朱由榔的想法也并不复杂，一方面通过向军中派驻文官统计军功，既能一定程度上限制虚报军功等不良现象，另一方面也能起到部分监视作用。
而更重要的是，这些参军、主簿是军中主将的属下，但又不能由主将任免，既不可能干涉的到主将决策，又能让主将有所忌惮。
接着，一众君臣又讨论了一个多时辰，从粮饷问题到募兵工作，从辖制问题到文武分野，叽叽喳喳闹了半天，总算定下了一个基本方案。
首先，撤销现有的卫所、募兵编制，重新设立都督府统一管辖。
在这一点上，瞿式耜、何腾蛟是主张直接使用过去的五军都督府编制，但朱由榔却是赞同了吕大器的观点。即现在局势已经不需要过去那种五军分立的分权思想了，当务之急，不如直接学习太祖皇帝打天下时建立的大都督府，由天子亲任天下兵马大都督。
不过朱由榔取“驱除鞑虏、光复中华、重昭社稷、救济斯民”北伐口号中的“光复”二字，给这个大都督府重新定名为光复军大都督府，新编军队也以此得名为“光复军”。
大都督府设立大都督同知一人，大都督签事一人，大都督长史一人（均为正一品）。
大都督之下才分辖前后左右中海六军都督（从一品），同样设有同知、佥事、长史（正二品）。
其中海军都督府是朱由榔所提议设立的，这是他打算留给郑成功的位置，毕竟之前他已经封郑成功为左都督，现在降人家官肯定不合适，干脆给郑成功专门设立一个官职衙门。而且在朱由榔的初步设想中，北伐满清，郑成功的水师将会有极大作用，独设一军也是早晚的事。
而其中的长史一职便是朱由榔所提出的驻军文官，他还指定首辅瞿式耜为首任大都督府长史，并且以此为成例，日后大都督府长史均由内阁首辅兼任。
到这里，这个光复军的编制与之前明廷军制差距还不大，关键在于五个都督府之下。
由于废除卫所，每个都督所辖部队便不再以卫所区分，而是直接以一个新单位“师”为单位。
每都督辖前后左右中五师，师主将为总兵（正三品），以副将、参军为佐（从三品）。
每师又辖若干营（无定数），营主将为参将（正四品）或游击（正五品），以参佐、主簿为副（正五品或正六品）。
其中参将为师的常备主力部队，而游击则类似于后世“独立师”、“独立团”的侧翼部队。
再往下就是按照此时明军募军的一般编制，由哨总、把总、千总之类的辖制了。
除了编制之外，朝廷还重新理清了各品级武将所应授予的散阶，比如各师正三品总兵授予昭勇将军衔，正四品参将授明威将军衔，这就类似于后世军衔制度了。
除了编制问题以外，就是扩军工作了，有了一百万两银子底气的朱由榔出手也阔绰了许多，先拿出十五万两银子出来，由兵部官员出面，让亲军配合在肇庆、梧州、广州、惠州、潮州等地设卡征募青壮士卒。
以明朝后期的募军待遇，应征就给五两安家银，入伍后又给饷银每月七钱，一年约九两。
而与此同时进行的则是裁撤解散军中四十岁以上老弱，重新补充以十五岁以上，三十八岁以下的青壮。
兵部规划预计，此次扩军大约两万三千人，再算上被裁撤的老弱，整编后的两广明军应在五万人左右。
在充足资金的润滑下，这架吱吱呀呀的“袖珍”国家机器转动了起来，兵部开始组织外派官吏，与此同时，之前计划征募人才的陈子壮的工作也取得了进展。
约四百名来自两广、湖广、福建各个府县推举的原朝中离职官吏、未出世的举人、秀才等都向肇庆汇聚。
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郭恪擎刀候在校场一旁，陪护着天子左右视察
校场之中，尘沙飞扬，新分来的一批千余人青壮已经在此报到，正在老兵的呵斥声中进行简单队列训练。
军制改革敲定之后，李景兴、郭恪、赵纪三名亲军将领也得到了新的职务。朱由榔只留下了一千两百精锐亲军作为宿卫，剩下的所有亲兵均重新编入光复军都督府体系。
目前两广的五万大军统一编为光复中军都督府，暂不设都督，分管五师，前师位于广州，以原广州总兵余龙为前师总兵；中师位于肇庆，以原广海卫指挥使庞刚为中师总兵；右师位于漳州，以之前率军降明的赵任为右师总兵；左师位于广西桂林、柳州等地，以原桂林总兵赵印选为左师总兵；后师位于梧州、罗州，由原神电卫指挥使周嘉屏任后师总兵。
整编后的李景兴、郭恪、赵纪三人按照品级均被授予了营参将一职，其中赵纪安排在前师广州府那，而李、郭二人则编入中师，依旧护卫肇庆。
按照新军制，为了做出区分不搞混，营这一编制的命名与师那样前后左中右不同，而是以“某字营”作为命名。
比如眼前郭恪所率的便是烈字营。
而在烈字营校场上巡视了片刻的朱由榔却是皱起了眉头，作为以曾经天子亲军为骨干、皇帝亲信将领率领的部队，烈字营的兵员、训练自然都没什么问题，而且兵部也是将素质最好的一批新兵拨给了烈字营这种护卫肇庆的部队。
但朱由榔却发现了一些其他问题，那就是武器装备。
他发现全营三千士卒，除了约两千老卒倒还算刀枪、盾牌还算齐全，火铳、甲胄也有少量装备率外，那一千多新卒的装备就只能说是简陋了。
火铳、甲胄自不必说，就连刀剑、枪矛这种基本装备配齐的也只有一半，另一半则只能拿着一些耥耙、锄头一类的农具乃至于削尖的竹枪一类，盾牌一看就是兵士用刀将木板简单加工而成。
在惠州博罗的山谷之中，朱由榔可是亲眼见过清军武备如何的，不说几乎全员着甲，火铳、弓箭装备率高得吓人的满、蒙、汉八旗劲旅，就连一般的绿营降军，基本的军械一样齐全，而且也有着不少火器。
就凭着这样的武器装备，上了战场，与清军对战几乎就是送死！
想到这里，朱由榔转头向郭恪询问
“郭卿，之前潮惠之时，我军不是缴获了不少军械吗？如今怎么新卒都无军械可用啊？”
郭恪也是无奈回答
“陛下，潮惠之战，我军虽缴获不少，然而大军作战，兵械损失也是极大的。再加上本来我军装备就紧张，如今又扩军两万，便更加不足用了。”
“工部呢？难道这么久了，工部没有生产军械吗？”
朱由榔不爽的抱怨，但他话刚出口就后悔了，旁边的郭恪也是默然不语
哪有什么工部啊？现在光烈小朝廷连一个工部尚书都还没有呢！更别说去组织生产武器装备了！
郭恪想了想，犹豫着低声开口
“臣倒是听说，佛山铁冶在甲申之后就陷入混乱，但许多匠户、炉户都还在，若是......”
朱由榔闻言眼前一亮，他还差点忘了这茬，明朝最大的冶铁基地之一佛山铁冶不就在广东吗？自己居然还为军械发愁！
明朝初年﹐佛山铁冶就已经逐渐繁荣。至成化﹑弘治之际﹐佛山居民大都以铁冶为业。佛山镇地处西江和北江汇流处。环堡皆水﹐水上运输便利。广东各地采炼之生铁﹐多顺江而下﹐贩运至该镇炒铸成熟铁锭和其他铁制品。
到了明朝后期，佛山出产的大量铁器不仅提供给朝廷作为军用、官用，而且还远销海外，向北出口草原，向南向东销往东南亚、朝鲜、日本。
有这么一座金山在，朱由榔居然还为武器担心？