光烈三年的新春，由于奉天殿被焚的缘故，元旦大朝改在谨身殿进行，光复江南，兴克旧都，以及短暂和平的到来，都让这个新年格外喜庆，但原本心潮澎湃的江南士子们，却陷入了某种复杂情绪当中。
朱由榔并未隐瞒什么，随着时间推移，有关天子以及年后朝堂巨大变动的不少传言开始散播。
十二月除夕，内阁辅臣陈子壮外出回府的车驾被数十名士子拦住，为首一名举人，当场叩首，以血书询问。
“闻天子欲以军将替内阁，颠倒文武之制，敢问学士可有此疏？”
陈子壮倒是也不慌乱，数千人围观之下，冷静回应
“是与不是，与尔等何干？此军国重事，当以天枢裁夺！”
虽让兵丁驱散人群，维护秩序。
次日年初大朝，有士子数百，于承天门外叩阙
“陛下尧舜之姿，焉能做如此荒唐事，必是瞿、陈、吕、堵、姜，五奸臣弄权耳！蛮夷刚灭，又有权奸当道，我等士大夫，自当倒贼以还朗朗乾坤！”
自古以来，学生都是最容易煽动的，尤其是关乎他们切身利益的情况下，数百人浩浩荡荡，堵在承天门前。
可宫内大朝却依旧没有耽搁，无论是天子还是大臣，就像没看见他们一样。
这一刻，一种无力感爬上了所有人心头，他们更加深刻地发现，他们对这个横空出世，从肇庆一路打过来的朝廷，竟然如此陌生。
大朝会之上，随着战事基本结束，各地督抚大臣、军中将帅，大部分汇集京师，他们可不仅仅是来过年的，自东征以来，凡立功、捐躯者数不胜计，也该到论功行赏的时候了。
谨身殿高台之上，中书舍人谢颖扯开金色绣龙帛书，面对下方站立着的数百文武大臣，涨红了脸，朗声一一念去。
已故光复中军副将塔天宝，力挽狂澜、身捐王事，追封绥国公，谥武肃。
已故总兵余龙，追封潮郡公，谥忠简，已故总兵马进忠，追封榆郡公，谥武靖。
此三将，爵位可由子嗣承袭一代不减等，由天子内帑出资，于军山湖畔立祠堂供奉。
再往下，阵亡牺牲的其他副将、参将等军职追封，不多赘述。
虽然残酷，可不得不说，纵使朱由榔万般重视，但大家更为期待的，还是剩下活着的封赏。
朱由榔坐在丹陛之上的皇位中，正襟危坐，面色肃然，在琉冕之下，看不清表情。
谢颖清了清嗓子，接着念道
“光复中军都督、陈郡公李过，沉断英谋、忠勇无双，克立殊勋，加封宁国公。”
高一功加封鄂国公，郑成功加封威国公，赵印选加封信郡公，刘文秀、艾能奇、焦琏、胡一青、王兴、郝摇旗等诸将共十九人，全部封侯。
再往下，其余功劳没这么突出的总兵、副将一级还封了二十三个伯爵，再往下就都是散阶了，没必要在这里宣告。
不过还有一个名字未曾念及，谢颖看到帛书最后，竟是顿了顿，才继续道
“光复左军都督、齐郡公李定国，先以克复云南，由兴讨闽浙，有救驾之勋，阵战多铎、生擒博洛，功在诸将之冠。”
“加封武威郡王！”
此言一出，下面部分臣工议论纷纷，有明一朝，从无异姓王之说，即使是功高如徐达、常遇春，也是死后追封。
如果这个旨意，是在嘉靖、万历、天启之时，甚至于之前的皇帝在位时，恐怕还没等对方念完，就已经有人冲上去“触柱血谏”了。
但现在，仅仅是稍稍喧嚷之后，便回归平静。
因为那里坐着的，不是哪个太后、文官、太监们拥立出来的继任之君，而是真正如同朱元璋、朱棣一样，“削平天下、混一宇内”的中兴之主！
大朝会结束后，所有人却并未解散，已经六十四岁，年迈体衰的阁臣吕大器再次上疏乞骸骨，朱由榔挽留再三，最后同意，加封其为太子太傅，赐银五千、帛百匹，三公车马、仪仗，命刻立牌坊，御前兵马护持，礼送还乡。
对于明眼人而言，这是意料之内的事情，吕大器在诸臣当中，年纪最大，身体也素来不佳，年前就多次上疏请辞了。
问题在于，谁来接替他的位子。
从之前风波之中，所有人对于天子心中所想都有所揣测，但事到临头之前，也不敢妄下论断。
但很快，谢颖手中的下一封圣旨揭开了答案
升武威郡王李定国，为光复军大都督府同知，刘文秀接任左军都督。
大都督府同知，相当于“全国武装部队副总司令”，是仅次于光复军大都督的职位，由于大都督为朱由榔亲领，也就是说，李定国将成为明军实际上的总指挥官。
原本平息下来的议论之声，又开始响起，殿中侍御史连忙出前高声维持秩序。
倒是四位阁臣，以及刚刚请命致仕的吕大器都没什么惊讶动作，大概早就知道了。
可圣旨还没念完。
升光复中军都督李过为枢密使，中军都督由赵印选接任，焦琏升任都督同知，同时李明忠升任前军都督同知。
枢密使李过，入内阁参政。
殿下顿时寂然，枢密使？这不是宋朝的职位吗？
当然，其实明朝也有过枢密使，准确来说，是朱元璋还是吴王的时候，那时还没有五军都督府，枢密院就作为最高军事机关存在。
很快，下方就有大臣出列，朗声询问
“陛下，我朝中已有光复军都督府统率军事，当年太祖皇帝废枢密院，就是因为五军都督府已代替其职，敢问陛下，这枢密使岂非重叠？”
朱由榔闻言看向谢颖，这种大朝会里面，皇帝一般不用亲口说话。
谢颖望着圣旨接着道
“设枢密院，有枢密使一人，位同尚书，副使两人，位同侍郎，都承旨一人，承旨若干，均以武官充任，主理军中人事调动、编制、训练、兵械、条例诸务。”
大臣们一下子明白过来，那名官员也回到位置上，这个枢密院的权责和大都督府并无冲突，但所有人却又把目光看向另一个方向。
兵部。
是的，仔细想想就知道，这个新成立的枢密院手中权力，和兵部基本重合，直接占了兵部事务的一半。
明代自土木堡以后，勋贵集团影响力丧尽，五军都督府基本上就是虚职。
要知道，平常所说的军权，其实分为两个部分，一个叫统兵权、一个叫调兵权。
明朝中后期，文官掌控朝政后，调兵权基本为外派的督抚们掌控，而统兵权，包括兵械、将领官职调动、征兵等等工作，事实上都收于兵部之手，而文官通过控制兵部，来控制军权。
可转移目光的百官们这才发现问题所在，之前的兵部尚书，不就是吕大器兼任吗？
也就是说，此时兵部群龙无首，连个带头反抗的人都没有......
但问题还是没有完全解决，都督府是没事了，那兵部呢？如此一来，兵部还管个啥？
谢颖接着道
“征兵、将卒遣散安置、民兵训练、城防建设、军饷、军资审计依旧由兵部负责。”
不少文官这才松了一口气。
这就是朱由榔想出来的对策，一方面要把军权彻底从文官的影响中拔出来，同时还要让军方进入决策机关，能一方面又要尽可能的限制监督军权。
既然不能以文驭武，那何妨以武制武。
朱由榔事实上就是在效仿近代军队的指挥架构，把军权分为三个部分。
兵部虽然权力大减，只能做些打杂的活，但手中依旧有三个关键权利，其一，征兵权，这是为了削弱军中的地方主义和宗族主义，军官能指挥部队，但不能挑选控制兵源。
其二，退役安置，如此，军人的退役待遇不再由直属的将领安置，而是由朝廷统一安置，既能防范某些人喝兵血，也能让军人明白自己的待遇是谁给的。
其三，军饷、军资审计，这项权柄最大，所谓审计不是说由兵部发饷，发饷工作肯定还是枢密院和都督府负责，而是查账！每年军费预算花在哪？花了多少？枢密院和各地都督府都得给兵部一个说法。
相当于后世的国防部。
而枢密院的建立，毫无疑问，就是奔着总参谋部去的，很多人误解参谋部，以为就是个幕僚机构，出出主意罢了，其实不然。
总参谋部总管军队的编制、人员调动、日常训练等等几乎所有非战时的军队事务，是一支军队的“大管家”，也就是所谓的“统兵权”。
至于剩下的都督府，事实上就是具体指挥战争的司令部了。
如此，达到兵部（国防部，军事政务与审计机关）、枢密院（总参谋部，军事建设与领导机关）、大都督府和各军都督府（总司令部和战区司令部，军事指挥机关），三权分立，三个机构除了兵部会有部分文官参与，其余全部由军官构成。