废立皇后
早在顺治初年，多尔衮根据满清皇室与蒙古联姻的老传统，已为福临聘科尔沁卓礼克图亲王吴克善女博尔济吉特氏，但直到福临亲政后的顺治八年八月方完婚，并册封为皇后，举行了极为隆重的典礼。当年耶稣会士曾记载了完婚的“壮丽排场”：皇后是“在全部军队和无数骑兵的陪同下来到”北京的。他惊叹道：“世上竟确实有如此无边无际的骑兵队伍！我亲眼看见过西鞑靼给满清皇帝八万匹马作为礼物。”两年之后，即顺治十年八月，福临奏皇太后，降皇后为静妃，改居侧宫。谕礼部说，“今后乃睿王于朕于幼冲时因亲订婚，未经选择。自册立之始即与朕志意不协，宫阃参商已历三载。事上御下，淑善难期，不足仰宗庙之重。表明了他坚决废后的理由与决心。于是礼部尚书胡世安、侍郎吕崇烈、高珩上疏请“慎重详审，以全始终”。礼部员外郎孔允樾以及宗敬一、潘朝选等十四名御史具疏力争。九月初，诸王贝勒大臣等遵旨会议，不同意废后，认为胡世安、孔允樾所奏“实系典礼常经”，建议皇后“应正位中宫”。议上，福临批示：“朕纳后以来，缘意志不协，另居侧宫已经三载，从古废后遗议后世，朕所悉知。但势难容忍，故有此举。”下令再议，并责令孔允樾“指实具奏”。孔允樾上疏引罪，“静听处分”。最后济尔哈朗等再也不能违背皇上的旨意，遂奏言：“所奉圣旨甚明，臣等亦以为是，无庸更议。”后遂废。
顺治十一年（1654）五月，福临再聘蒙古科尔沁贝勒绰尔济女博尔济吉特氏为妃，六月册为后。可是，福临对这位新后仍不惬意。不久，他便以从未有过的炽烈感情倾注于董鄂妃。
独承帝眷董鄂妃
孝献皇后，世称董鄂妃，内大臣鄂硕之女，董鄂妃在顺治十三年（1656年）八月二十五日被册为“贤妃”，仅一月有余，顺治以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”为理由，晋封她为皇贵妃。这样的升迁速度，历史上十分罕见。十二月初六日，顺治帝还为董鄂妃举行了十分隆重的册妃典礼，并按照册封皇后的大礼颁恩诏大赦天下。在有清一代近300年的历史上，因为册立皇贵妃而大赦天下的，这是绝无仅有的一次。这一年顺治19岁，董鄂妃18岁。中国第一历史档案馆中保存了册立董鄂妃为皇贵妃的《诏书》。按常规，皇帝只有在册立皇后的大礼上，才会颁布诏书公告天下。董鄂妃享受到这种特殊礼遇，表明她得到了顺治不同寻常的宠爱。1657年，董鄂妃生下皇四子，顺治欣喜若狂，颁诏天下“此乃朕第一子”，对这个孩子的待遇如同嫡出，大有册封太子之意。然而这个孩子生下不到三个月就夭折了，顺治下令追封其为和硕荣亲王，为他修建了高规模园寝。董鄂妃本来就体弱多病，皇四子又百日而殇，这种打击使得她从此一病不起，顺治十七年（1660）八月十九日，一代名妃、绝代佳人董鄂妃香消玉殒，病逝于东六宫之一的承乾宫，年仅22岁。据福临说，董鄂妃崩时“言动不乱，端坐呼佛号，嘘气而死。薨后数日，颜貌安整，俨如平时”。
出家不成英年早逝
福临因董鄂妃之死，陷入了无法摆脱的困惑之中，心灰意冷到了极点。这时只有佛学理论使他还有所寄托，再萌出家之念。约于九、十月之交，福临决心出家，由茆溪森剃度成了光头天子。十月十五日，茆溪森本师玉林琇奉诏到京，闻其徒已为皇帝剃发，遂大怒，即命众聚柴薪准备烧死茆溪森。玉林琇比茆溪森明智得多，他接近皇帝宣讲佛法，目的是希皇帝以至高无上的权威，发挥护法作用，他决不要皇帝出家而无所依靠。这点他与木陈忞的态度是一致的。因此他劝福临说：“若以世法论，皇上宜永居正位，上以安圣母之心，下以乐万民之业；若以出世法论，皇上宜永作国王帝主，外以护持诸佛正法之轮，内住一切大权菩萨智所住处。”福临听其谏，许蓄发，罢出家之念。茆溪森因以免烧，当月便离京南还。福临虽然不再出家，但精神却再也振作不起来。
福临自亲政伊始，曾雄心勃勃，力图振兴国祚，政治一新，但却力不从心，致使矛盾重重，他已疲惫不堪了。在董鄂妃未薨前，他曾对木陈忞说：“老和尚许朕三十岁来为祝寿，庶或可待。报恩和尚（指玉林琇）来祝四十，朕决候他不得矣。”他已自觉骨瘦如柴，体力不支，难以“挨得长久”到四十岁，顶多勉强可以活到三十。现在董鄂妃崩后，他的精神支柱已轰然坍塌，已觉不久于人世，再也无力支撑这座辉煌的帝国大厦了。大概是他不希望最宠幸的太监在他身后伏法，顺治十八年（1661）正月初二，他安排吴良辅出家为僧。这天他亲临悯忠寺观看吴良辅出家仪式。归来的当晚即染上天花，发起高烧来。他预感病体沉重，势将不支，初六日深夜急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉入养心殿，口授遗诏。王熙、麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内，以初七一天的时间撰拟。“凡三次进览，三蒙钦定，日入时始定。”当夜，年仅二十四岁的青年天子便与世长辞了。福临晏驾后，麻勒吉及侍卫贾卜嘉二人“捧诏奏知皇太后，即宣示诸王贝勒贝子公大臣侍卫等”。遗诏立八岁的皇三子玄烨为皇太子，继帝位，命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。遗诏实为罪己诏，共罗列十四条罪过，主要是未能遵守祖制渐染汉俗，重用汉官致使满臣无心任事，几乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政绩。至于这是否福临本意，即这十四条是否福临过目批准的已无从知晓。但却留给了后世之疑：遗诏公布前先“奏知皇太后”；遗诏的主要起草者王熙事后对此守口如瓶：“一不以语子弟，世遂莫得而传。”“面奉凭几之言有事关国家大计，与诸大臣再三密议而后决者，公终身不以语人，虽子弟莫得而传也。”因此，人们有理由说“遗诏本出太后（福临生母博尔济吉特氏）授意，实为母责其子之言”。但不论怎么说，福临一死，他便被彻底否定了。
福临崩后，梓宫厝于景山寿皇殿。四月十七日，由再次进京的茆溪行森秉炬，举行火化仪式。茆溪森的偈语云：“释迦涅盘，人天齐悟，先帝火化，更进一步。大众会么？寿皇殿前，官马大路。”火化后宝宫（骨灰罐）安葬于遵化马兰峪，是为孝陵。庙号世祖，谥号章皇帝，后世累有尊谥，至乾隆元年尊谥加为二十二字：体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。
后妃：
皇后：
废皇后：博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部卓礼克图亲王吴克善之女。生卒年不详。孝庄文皇后侄女。
孝惠章皇后：博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部镇国公后封贝勒绰尔济之女。生于崇德六年(1641)辛巳十月初三日。曰孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后。废后的堂侄女；雍正、乾隆累加谥。
孝康章皇后：佟佳氏。都统佟图赖之女。生于崇德五年庚辰。曰孝康慈和庄懿恭惠温穆端靖崇文育圣章皇后。皇三子玄烨（康熙帝）一子；雍正、乾隆累加谥。
孝献皇后：董鄂氏内大臣鄂硕之女生于崇德四年（1639）；顺治十七年八月壬寅八月十九日谥曰孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后皇四子（和硕荣亲王），三月而殇抚远大将军费扬古之姊。
妃：
恭靖妃博尔济吉特氏蒙古浩齐特部额尔德尼郡王博罗特之女二十八年己巳四月初二日薨康熙十二年十二月尊为皇考恭靖妃
端顺妃博尔济吉特氏蒙古阿霸垓部一等台吉布达希布之女四十八年己丑六月二十六日薨康熙十二年十二月尊为皇考端顺妃
淑惠妃博尔济吉特氏蒙古科尔沁镇国公后封贝勒绰尔济之女五十二年癸巳十月三十日薨，年七十余孝惠章皇后之妹
宁悫妃董鄂氏长史喀济海之女三十三年甲戌六月二十一日薨爱新觉罗·福全（裕宪亲王）
悼妃博尔济吉特氏蒙古科尔沁部和硕达尔汗亲王曼殊锡礼之女顺治十五年（1658年）三月初五薨废后的堂妹；追封为悼妃
贞妃：董鄂氏轻车都尉一等阿达哈哈番巴度之女顺治十八年辛丑正月初七日以身殉世祖死孝献皇后之族妹
恪妃石氏吏部侍郎石申之女康熙六年丁未十一月二十日薨