一楼42寸电视偶然起到了飘升机的作用。
这使得D-mial的发送得以实现，明白了这些的红莉栖想到了时间跳跃的原理，将自己的意识送回过去变为可能。
听到铃羽说红莉栖与SERN是一伙的后冈部并没有过于在意，而红莉栖向冈部吐露了心声。
在外购物的冈部突然接到了恐吓的短信和照片，桥田也发现SERN已经反向访问了他们。
时间跳跃的机器已经成功完成，但之前发生的事情让冈部不想再以身试险，冈部决定将时间机器发表交由相关部门测试。
Lab准备的时间跳跃机器庆祝会上大家都玩得很开心，当听到Lab与SERN的光缆连接在一起后神情慌张的铃羽跑了出去。
随后萌郁带着SERN的武装分子闯入Lab想要接收时间机器，并且向真由理开枪。
启动了一楼电视的铃羽赶了回来，瞬间击败了武装分子的她与萌郁对峙，红莉栖和冈部趁机发动了时间跳跃机器，记忆的过往在冈部的脑内播放，当他反应过来时真的回到了当天的下午。
拼尽全力的他还是无法阻止真由理的死亡，再次返回当天下午后改变了处理事态的方法，但真由理却又以不同的形式死亡。
无数次返回当天下午的冈部依旧无法阻止真由理的死亡，既便与萌郁无关真由理还是会以其他形式死亡，束手无策的冈部陷入了绝望，仿佛全世界都串通一气想要杀害真由理一般。
无奈的冈部向红莉栖求助，再次回到时间跳跃机器刚刚完成的时候，让红莉栖相信自己来自未来。
而后两人一起寻找致使真由理走向死亡的原因，听到这些的铃羽走了进来。
铃羽就是冈部一直联系的提托，而她来自被SERN统治的2036年。
绝望的未来让冈部等人非常吃惊，而想要解救真由理就要从根本上解决问题，那就是消除冈部发出的第一封D-mail，为此铃羽必须乘坐时光机器前往1975年找到IBN5100。
再次使用时间跳跃回溯到最大限度后冈部让桥田展开了维修时光机器的工作，而其他人则帮助铃羽寻找父亲。
在大家调查铃羽父亲的这段时间里，桥田终于在13号下午修好了时间机器，而根据真由理的推测铃羽的父亲就是桥田。
短暂的告别后铃羽乘坐时光机器返回到1975年，而期待的冈部等人收到的却是铃羽的遗书，行动失败致使世界线没有转移。
明白失败原因的冈部发D-mail给2010年8月9号的自己别去跟踪铃羽，世界线终于开始了转移。
世界线的改变只是让真由理的死亡日期从13号推迟到14号，死亡的事实依旧无法改变。
时间跳跃到13号下午的冈部再次和红莉栖商议，他们得出的结论是必须消除所有的D-mail，让世界线回到最初的状态。
找到菲利斯的冈部叙述了事情的经过，模糊存在这其他世界线记忆的菲利斯告诉了冈部自己所发D-mail的内容，她改变了父亲死去的事实。
接下来要消除的就是琉华发送的D-mail。
但当冈部说出琉华在其他世界线里是男生时却引起了尴尬的局面，在冈部一筹莫展的时候收到了琉华的信息。
存在其他世界线模糊记忆的琉华相信了冈部的话，但在消除D-mail变回男生前琉华希望与冈部正式交往一天，因为在变为男生后就意味着要永久的封闭对冈部的爱慕。
不断进行时间跳跃的冈部明白，如果没有把所有的D-mail消除真由理的死亡结果便不会改变，而下一封要消除的便是萌郁所发的D-mail。
红莉栖陪着真由理确认死亡的时间，而前去寻找萌郁的冈部却发现对方已经自杀。
在确定了真由理死亡时间后冈部再次进行时间跳跃，回到了萌郁自杀前的他抢到了对方的手机，但发出“不要换手机”的信息后世界线却没有改变。
无功而返的冈部再次与红莉栖商议，在红莉栖的提一下冈部决定找出蛊惑萌郁的FB，想要知道真相的萌郁选择与冈部同行。
跟随着被取走的IBN5100冈部终于发现，他们的房东Mr.布朗竟然就是FB。
事情败露的Mr.布朗在射杀萌郁后自杀，用Mr.布朗的手机发送信息给之前的萌郁不要去寻找IBN5100后世界线终于得以改变。
现在只需要消除第一封D-mail便会回到β世界线，但冈部却突然反应过来这将会造成红莉栖的死亡。
真由理和红莉栖对于冈部来说都是非常重要的存在，回到β世界线真由理就会获救。
但红莉栖却逃脱不了遇刺的结果，想要与命运抗争的冈部依旧改变不了什么，没有消除第一封D-mail的他又一次目睹了真由理的死亡。
再次进行时间跳跃的他依旧一筹莫展，在红莉栖的逼问下他终于说出了真相，两人的讨论毫无进展，而冈部在这时接到了真由理的电话。
无数次目睹真由理死亡的冈部已经麻木，但他依旧不能接受牺牲红莉栖的结果，想要再次进行时间跳跃的冈部被红莉栖阻止，这样下去只会让悲痛加深。
相互示爱的两人在彼此心中都留有深刻的记忆，在红莉栖的说服下冈部终于下定决心回到β世界线，在桥田入侵SERN系统消除第一封D-mail后回归到了β世界线，而这真是冈部所期待的世界？
回归到β世界线的冈部等人又遇到了乘坐时光机器而来的铃羽，为了避免第三次世界大战他们就必须拯救红莉栖，而经历了无数次时间跳跃的冈部却心存疑虑。
真由理的鼓励让冈部下定了决心，与铃羽一起回到红莉栖遇害当天的他竟然在混乱中误杀了红莉栖，就在他面临崩溃的时候收到了来自15年后的自己发来的视频信息。
之前的失败是为了成功的准备，根据未来的提示冈部终于找到了拯救红莉栖的方法，那就是在不改变过去既定事实的基础上欺骗自己，欺骗世界。
再次回到事发当天的他成功的实施了计划，他用自己的鲜血营造出红莉栖遇害假象，而中钵博士所抢的论文也被烧毁，世界终于进入了他所期待的命运石之门。