独山州虽名为州，实则不过是个依山势险要构建的堡寨，当地人又称之为独山城。崇祯以前，此处为明军千户所，负责管辖附近平浪、丹行、丹平、平州六洞司等土司。由独山城往西就是通往贵阳的官道，往南则是广西方向。贵州多丛山峻岭，进出通道很少，可以说独山城这条路是广西进入贵州的必经之地，地理位置十分重要。
当年清军三路大军攻入云贵时，左路大军便是由卓布泰率领由此处攻入贵州。后来线国安率军回援广西时，太平军第十一镇在镇将高进库的率领下与此大战，结果高进库战死，全镇可以说是全军覆没。此战也间接导致了后面柳州会战太平军方面在相当长的一段时间内处于被动之中。
吴三桂反正归明，举兵反清后，桂黔边境的紧张局势得到了缓和，独山城的吴军甚至和对面南丹州的太平军做起了生意，双方默契的互抽对方商队税金，在长达一年的时间内，可以说是相安无事，然而战争却在悄无声息中到来。
“轰、轰！”
黎明的炮声突然打破了大山里的平静，也将睡梦中的独山城吴军惊醒。他们一边躲避着从天而降的炮子，一边错愕的看着城外如同红色海洋的太平军。
守卫独山城的吴军将领是原明朝总兵黄元才，此人当初与马宝一起投降吴三桂，所部被吴三桂编为一营，有兵四千余。
看着城外密密麻麻的太平军和各式随风飘荡的旗帜，黄元才心不住的往下沉，他没想到彼此间可以算作是“友军”的太平军会突然不宣而战，且一次出动这么多的兵马。想到自己上个月还致书太平军方面的广西巡抚邵九公，请求他能够售卖一些军粮于自己，对方还一口答应下来，黄元才就觉得十分可笑。他很清楚，太平军来攻兵马不下数万，这么大规模的部队集结绝非几天就能完成的，粮草的筹措和运输更是浩大的工程，没有一两月时间部署准备，太平军是不可能发起进攻的。由此可见，自己一直被广西方面蒙在鼓里，只以为清廷一日未亡，吴军和太平军就不会大打出手，哪曾想自己真是一腔情愿，对方早就存了攻打贵州之心。
但这件事意料之外，却又在情理之中，一山难容二虎啊！
黄元才暗叹一声。
太平军的火炮仍在持续的炮击独山城，巨大的炮弹轰鸣声响彻独山城上空，惊得城头的清兵不住闪躲。麾下将领都在看着黄元才，等待他的命令，是降还是战。
黄元才内心挣扎之后，决定战。因为吴三桂并不曾亏待于他，更重要的是他的好友现在都在吴三桂手下，倘若他降了太平军，日后难免会和昔年好友拼个你死我活，这显然是向来重义气的黄元才无法接受的。
太平军兵马虽多，可独山城也是险要，自己还有四千人马，并非不能坚守下去。如果独山失守，那么通往贵阳的官道就会向太平军敞开，一旦太平军向贵州进逼，贵阳的皇帝和朝廷就会被惊动，这也是黄元才不敢想象的后果。他为人讲义气，但也忠君，当初若不是皇帝突然弃国，不知死活，马宝和马惟兴他们又苦苦相劝，黄元才未必就会降了吴三桂。如今皇帝回来了，吴三桂也反清了，他自是不可能再反复。
“传令下去，死战不退，敢有弃城而逃者，杀无赦！”
黄元才拔出了佩刀，下令死战同时，对面太平军军阵中，卢光祖纵马驶出阵前，也拔出了自己的长刀，向着独山城发出了进攻命令。
“杀！”
早就摩拳擦掌，一心要在国内友军面前露脸的远征军将士们呐喊着冲向了独山城。这是远征军回国的首战，全镇上下无一不是雄心壮志，誓要打出远征军的威风来。
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黄元才没能坚守下去，独山在次日就告失守。城中的清军从开战起，就一直被太平军的炮火死死压着。从安南回调的远征军担负了攻城重任，他们装备清一色的火铳，皆是从安南人手中缴获而来。在付出了六百多伤亡后，太平军炸开了独山城的城门。随着大队太平军涌入，独山城上的吴军旗帜很快被砍倒，取而代之的是太平军的大旗。
黄元才被俘虏，城中余下的两千多清军在城门失守后，放下兵器向太平军投降。
“卢都督，怎么处置这些俘虏！”
卢光祖的副将张月看着那些被一队队押出来的吴军俘虏很是感慨，两年前，就在此地，他目睹了镇将高进库的战死，他拼死带回了十一镇的军旗。虽然当初致使他十一镇全军覆没的是线国安，但他却将怒火发泄在了这些吴军身上，因为在他眼里，不管这些吴军有没有辫子，他们都是清军，一帮只会捡便宜的墙头草而已。真正的大明军队只有他们太平军，别的都不是。
“留着他们做什么，都杀了了事。”
说话的是第四镇的镇将王有喜，江西绿营出身，广西巡抚邵九公的老部下。
“好咧！”
张月本就有意杀俘，听到王有喜这么说，立时大声应了下，就要去下令处斩俘虏，卢光祖却喝道：“不能杀！”
王有喜皱眉看向卢光祖：“为何？”
卢光祖上前摇了摇头，说道：“大帅说过，汉人不杀汉人。”
王有喜冷笑一声：“这些人算什么汉人，从前都是清军，手上哪一个没有咱汉人的血。”
卢光祖听了这话，沉默片刻，开口道：“王将军，从前我们也是清军。”
闻言，王有喜一滞。
卢光祖劝道：“王将军，咱们打了这么多年仗，死的人够多了，这些人既已归降，何必还要处决他们？大帅一直说，人口是咱们大明的最重要战略物资，少一个就得花上二十年时间才能重新成长一个，时间太漫长了。我们不能再如从前一般大肆杀俘了，这些人不如送到安南赵都督手下，用不了两年，便又是一支精兵啊。”
此时，后方的邵九公也派快马赶到，要卢光祖和王有喜对吴军方面放下武器的官兵不得屠戮，大军入贵州后更要安民抚民，不能破坏城镇，更要约束军纪，王有喜遂不再反对卢光祖的安排，吩咐部下将俘虏尽数送往广西，尔后再行安排。
独山这座入黔门户既下，卢光祖和王有喜立即率部向平浪、都匀进军，以期以最快的速度攻占贵阳，完成军帅府切断云贵同川陕联络的战略意图。