后来在阿罗拉的居民和宝可梦的帮助下，究极防卫队使奈克洛兹玛恢复了光，毒贝比的世界也恢复了原貌。小智和他的毒贝比告别后，和同学们回到了阿罗拉地区。
小智独自前往乌拉乌拉岛挑战默丹的大考验，期间认识了阿塞萝拉，后者带着小智造访乌拉乌拉岛的守护神－卡璞?哞哞，并与其进行特训，小智的鬃岩狼人也控制住了自己目光火红时的强大力量，完成了大考验，得到了鬃岩狼人z。库库伊博士带着小智和同学们到波尼岛进行自由研究，他们见证了波尼岛岛屿女王的诞生。小智也完成了波尼岛的岛屿女王－哈普乌的大考验，并由皮卡丘选择了钢z作为大考验的奖励。
从大乱斗！皇家对战151！开始，小智参加了玛纳罗大会。在决赛！最强劲敌对决!!至诞生！阿罗拉的霸者!!中，格拉吉欧与小智展开决赛。格拉吉欧用银伴战兽击败了小智的美录梅塔，但随后被小智的皮卡丘击倒。随后格拉吉欧派出利用幻觉特性变成鬃岩狼人的索罗亚克与小智的皮卡丘对战。最终索罗亚克与皮卡丘两败俱伤，同时失去战斗能力。随后格拉吉欧派出自己的鬃岩狼人与小智的鬃岩狼人对决，最终不敌而落败。小智获得冠军。
在恶食大王来袭！z招式大决战!!中，小智，皮卡丘与皇家蒙面人和回归的四颚针龙击退了恶食大王。从最终对战！小智vs库库伊!!到阿罗拉最强的z！卡璞?鸣鸣vs皮卡丘!!，小智与库库伊博士进行全面对战，最终小智获得胜利。
在太阳与月亮与大家的梦想！中，小智送别了四颚针龙并决定回到真新镇；在谢谢阿罗拉！各自的启程!!中，小智将自己在阿罗拉地区的宝可梦寄托给库库伊博士，与同学们告别，回到真新镇。
回到关都后的某一天，小智和大木博士一起参加了枯叶市新的研究所——樱木研究所的落成典礼。在落成典礼上，研究所所樱木博士告诉与会者，在枯叶港很快就会出现一只极其稀有的宝可梦。小智听闻后迅速赶往那里，在小智面前出现的是传说的宝可梦洛奇亚。在与洛奇亚邂逅时，他还认识了一个叫小豪的男孩，两人共同乘着洛奇亚在关都地区的天空和海洋间穿梭。之后，小智和小豪一起回到了樱木研究所樱木博士感受到了小智和小豪的强大行动力，所以邀请小智和小豪成为他的研究所的特别研究员。花子担心小智从真新镇到枯叶市通勤过远，樱木博士表示可以让小智住在研究所。为了方便，花子把魔墙人偶留下来照顾小智的起居饮食。
之后，小智和小豪作为特别研究员的调查就拉开帷幕，他们首先调查了枯叶市里频繁出现的妙蛙草，接着前往伽勒尔地区的旷野地带亲眼目睹了超级巨化的卡比兽，还参加丰缘地区的对战开拓区?玻璃哨杯小智成功取得优胜，将偶遇的美咲走失的波加曼从关都地区送回神奥地区的雪峰市，前往城都地区调查凤王的目击情报等等。后来，小智和小豪前往伽勒尔地区观看了宝可梦世界锦标赛的决赛。比赛最终以丹帝打败阿渡告终，丹帝成功获得最强训练家——最强王者的称号。看了比赛的小智，希望能和丹帝进行对战。然而，就在比赛场外一只失控的极巨化暴噬龟开始到处破坏。小智和小豪尝试和暴噬龟战斗，但他们的攻击几乎无效。这时，小智的皮卡丘不小心也吸收了超极巨化的能量后超极巨化了。在丹帝的指导下，小智和皮卡丘打败了暴噬龟，暴噬龟也恢复了正常。第二天，丹帝接受了小智的挑战，和小智进行一场非官方对战，他还送给小智一条极巨腕带，比赛最终是丹帝取得了胜利。在回关都地区的途中，小智告诉小豪自己也要参加宝可梦世界锦标赛，并且总有一天要在正式的比赛中再战丹帝，并打败他。
一次，因为樱木博士的研究所停电，小智和小豪只好先回家休假，送小豪上了巴士的小智发现了小豪忘记带了东西特地将其送还给小豪，并认识了小豪的双亲还和他们共进晚餐。小智在冒险中也遇到了许许多多新的宝可梦加入队伍，其中包括有一只在小智的照料下成功从蛋里孵化、和小智波导相通的利欧路，还有被人抛弃的耿鬼，好战的伽勒尔大葱鸭和快龙等等。接着，参加世界锦标赛的小智，不断连胜，在卡洛斯地区击的娑罗市的对战庆典上击败了久别重逢的可尔妮后成功晋级超级级。然而，当小智遇到了和可尔妮同样是格斗属性的道馆馆主彩豆之后，他的连胜就此中断。他们在格斗道场的二对二比赛中，小智派出两只宝可梦都未能击败彩豆一只宝可梦，最难攻下的就是彩豆的八爪武师的蛸固。这突如其来的败仗使得小智大受打击，并在之后的对战中再次落败并且掉段到一般级。郁郁寡欢的小智在小豪的一番言语的鼓励和激励下，重整旗鼓，并迅速回到了超级级。并在湛蓝道馆和彩豆的对战中，和彩豆平局。
一天夜里，小智的极巨腕带开始发光。第二天，小智和小豪从樱木博士那里得知了伽勒尔地区有许多宝可梦在能量点之外突然间就极巨化的目击情报，于是动身前往调查。在到达该地区后不久，小智和小豪在微寐森林里走散了，小智遇到了苍响。后来，小智碰见了丹帝，并和他一起处理在伽勒尔周围失控的极巨化宝可梦。处理完毕后，他们最终遇到了洛兹会长和奥莉薇，小智应邀和洛兹在洛兹塔共进晚餐，席间洛兹向小智抛出橄榄枝，他希望能够像过去栽培丹帝那样栽培小智，但被小智婉拒。夜里，小智和小豪通话，并约好第二天会合。无极汰那出现在宫门市，暗夜降临伽勒尔，于是小智立刻赶完宫门市。在宫门市竞技场，小智让丹帝先行区阻止无极汰那，而自己则牵制洛兹。在对战中，小智利欧路进化成路卡利欧击败了洛兹。接着来到塔顶的小智和小豪目睹了丹帝的喷火龙败给了无极汰那，在苍响和藏玛然特的帮助下小智和小豪成功击败无极汰那。小豪在小智的帮助下收服了无极汰那，并将其交于木兰博士封存。
陪同小豪前往赛罗岛寻找梦幻的小智，不小心和小豪一同坠下瀑布，醒来后发现是超梦见过了他。在小豪对超梦表达了自己想要了解梦幻，并打算收服超梦的梦想后，小智也打算和超梦对战，最终小智和小豪双双落败，被超梦送回了樱木研究所。
接着小智在宝可梦世界锦标赛中，陆陆续续的打败许多训练家包含源场、凛斗以及曾经和小智一起旅行并位于合众联盟冠军的艾莉丝后成功晋级高级级。从那之后，小智开始戴上z招式以皮卡丘为首打败电次赢下高级级的首胜。随后，小智为了帮助路卡利欧得到超级进化，于是前往卡洛斯地区的娑婆道馆从可尔妮处获得钥石，并转往超级岛与路卡利欧经历冒险打败假冒超级进化仙人的可可布尔后获得路卡利欧进化石，不久之后，小智紧接着收到与彩豆对战通知，而动身往伽勒尔地区的溯传竞技场，双方彼此介绍6只宝可梦，并表示与彩豆的第三次对战双方将拿出全力，第二天正式进行对战，最终小智以超级进化的路卡利欧打败彩豆的超极巨化怪力赢下高级级的第二场胜利。之后，小智得知耿鬼能超极巨化消息，于是来到溯传镇的幽灵道馆找欧尼奥，后来在欧尼奥的帮助下，小智采用3个极巨菇菇，成功熬成极巨汤后，使耿鬼超极巨化成功。几天后，小智为了和玛俐进行高级级比赛，他先遇上呐喊队给出的错误地点，来到尖钉镇道馆遇上玛俐的哥哥聂梓，在聂梓得知事件后他帮助小智赶到正确的比赛地点宫门竞技场之后，与玛俐开始进行正式对战，最终小智以超极巨化耿鬼战胜长毛巨魔赢下高级级的第三场连胜。隔天，小智因为睡过头，错过和小豪的旅行，在小智急忙赶过去时，他因为打听到丹帝在附近对战消息，而忘记小豪转往比赛现场看着丹帝对战，结束后丹帝也邀请着小智一起特训。
小智得知下个高级级对手是四天王朵拉塞娜后，来到卡洛斯地区密阿雷市和希特隆他们赴约特训，隔天，小智派出葱游兵和鳃鱼龙两只宝可梦阵容单打朵拉塞娜的音波龙和超级进化的七夕青鸟对战，最终小智战胜进入到第9名。和希特隆告别后，小豪因为对七夕青鸟收服感兴趣，而转往到丰缘地区，后来得知小春参加华丽大赛后，和小豪前往水静市，但途中却遇到对小智关注世界锦标赛的米可利想和小智对战，导致错过华丽大赛观看，傍晚，小智来到码头离开丰缘地区时，和小春在旁的莎莉娜重逢，他主动告诉莎莉娜自己参加世界锦标赛目标想成为最强，于是莎莉娜正为了小智一起定下最强目标，向小智加油。
在路卡利欧与甲贺忍蛙！命运的波导!!中，小智收到大师换位战消息，得知下场对手是奇巴纳，于是小智积极着特训，而小智的路卡利欧也很兴奋得拉拢小豪的闪焰王牌特训，在小豪的呱呱泡蛙进化成呱头蛙后，小智想起他自己也有收服过一个，个性和路卡利欧很像的甲贺忍蛙，之后小智打算带着路卡利欧来到卡洛斯森林处见到了甲贺忍蛙并展开特训后，也让路卡利欧学会巨大波导弹，接着和甲贺忍蛙告别后，在vs奇巴纳！八大师争夺战!!中，来到伽勒尔地区的拳关竞技场与奇巴纳进行大师锦标赛，小智先后派出的是快龙、耿鬼和路卡利欧，而奇巴纳派出沙漠蜻蜓、黏美龙和铝钢龙，本来小智主要在这场为路卡利欧用上超级进化，但后来起初快龙先被打败，而耿鬼陷入苦战之时，小智灵机一动临时改用超极巨化战术，击败沙漠蜻蜓与黏美龙同归于尽，最后剩下路卡利欧和铝钢龙一对一，奇巴纳打算快速了结，直接给铝钢龙进行超极巨化，后来在小智冷静的情况下，和路卡利欧同步使用巨大波导弹，成功战胜奇巴纳的铝钢龙。最后升上大师级第8名，成为八大师之一，并公开得知八大师全员已经大师锦标赛即将开幕的事。
之后在莫恩与莉莉艾，雪原的重逢至凯旋！阿罗拉冠军!!中，小智等人来到王冠雪原遇见莉莉艾一家和莫恩的事件，结束后与莉莉艾一家回到阿罗拉地区庆祝欢迎会，期间，被阿罗拉同学们鼓励升上八大师的事。后来和卡奇、格拉吉欧以及库库伊博士的皇家对战中，得到阿罗拉全民观众呼喊冠军，同时卡奇、格拉吉欧为他在大师锦标赛鼓励和加油的欢呼后，让小智深深感动。清晨，小智在海边时遇见前来的卡璞?鸣鸣，并得到它的祝福和支持，让小智期待着大师锦标赛。八壹中文网
最终测验！收服雷吉艾勒奇跟雷吉铎拉戈!!至炎之特训对战！小智vs真司!!中，小智在樱木公园为即将到来的大师淘汰赛特训。期间接到大木博士的电话，让他回到大木后院。小智便回去了，与宝可梦们见面。这时，真司出现。提议用不替换的3对3战斗。小智同意了，真司派出3个大师参赛者的王牌特训小智。最终小智2:1战胜真司，之后真司告别了小智、博士。
开幕！大师淘汰赛!!至vs竹兰！艾莉丝通向龙之大师的道路!!中，小智抵达伽勒尔地区，并与丹帝的弟弟赫普对战，随后与赫普在观众席观看了大师淘汰赛前3场。当艾莉丝打输后，小智在选手走廊见到哭泣的艾莉丝。