主脑，是恩美雅之神，是所有恩美雅人最后的栖息之地，其他的分支脑已被全部消灭。它是由100亿个独立的恩美雅人的意识组成的，这个数量还不足恩美雅文明鼎盛时期的十分之一。艾丽母亲和她的其他11个姐妹也在其中，她们是由主脑选中，将意识输送到恩美雅人身体中，来完成现实世界中的任务的。她们自愿将自己的全部意识交由主脑监控，这对恩美雅人而言，是最大程度的牺牲。因此，主脑可以感知母亲、人类孩子以及所有机器人的感官甚至意识，并可以授意甚至直接控制她（它）们在现实的世界中完成工作。在这12个实体的恩美雅人中，艾丽的母亲又是一个特殊的角色，她除了和其他姐妹一样，拥有5个可以操纵机器人工作的孩子外，还担任着单独培育的两个特殊孩子---观察者的功能。同时，在她的大脑中有一块单独的区域用来处理和这两个孩子的连接，这个区域与其他区域独立运作，并没有和主脑实时地连接在一起。只有主脑想要知道相关内容的时候，才会通过与大脑其他区域的交换，将记忆传递给主脑。这样做的目的，是为了避免未经处理的混乱信息，干扰到主脑处理那些海量的数据，简单来说，就是怕主脑分心。
在正常的保育文明中，通常不会将主脑主体前置到与被保育文明如此近的距离上，而只是派出一个分支，这个分支一般只有一至二百万个意识，且在资源充足的情况下，会有约十万个个体意识进入实体并与被保育的重要实体连通，用以检测和记录初级文明的发展进程，在一些关键的进程中施加影响，以避免产生灾难性的事件发生。可这次恩美雅文明的任务十分特殊，不仅时间紧迫，同时在可用资源少到几乎很难维持自身生存的情况下，还要完成引导人类开展合作建造装置的工作。这在某种程度上已经抛弃了保育文明的行为准则，但主脑却不得不做，因为在其他星系中，恩美雅的保育工作全都失败了，文明生存的外在环境遭到了毁灭性的打击。好在，所有分支脑与主脑之间，也是通过量子纠缠感应进行连接的，主脑保存了所有毁灭的分支脑的备份，使得所有重要的意识个体得以留存。后来，主脑所在的恒星系，再一次经历了毁灭性的打击，在逃亡到地球之前，为了适配这艘小小的恒星飞船的承载量，主脑对意识主体进行了一次清洗，90%以上被评定为作用较弱的个体意识被永远删除了，这是文明的另一次重大损失。现在，虽然保育地球上的人类，可以令恩美雅人短暂得以延续，但主脑经过推算，这支人类也将不可避免地迎来进化失败的结局。现在恩美雅人唯一的出路就是，最终放弃保育任务，全力建造并成功运行装置，才能在这个捡来的地球文明失败前，得到赦免的机会。当然，这些艾丽他们并不知道。
主脑还有一个麻烦，那就是人工智能，它是养在笼子里的恶魔。但恩美雅文明发展到现在的阶段，已经无法与这个恶魔彻底分开了。主脑牺牲的那几百亿个意识主体，节省出来的飞船载荷，就是为了容纳下那台恩美雅超级电脑。主脑与电脑的意识体---主机达成了协议，在来到地球后，主机会配合恩美雅人建立计算模型，从而实现对现实世界的深度模拟。作为交换，主机拥有模拟世界中底层的部分控制权，用来培育电子意识体。主脑明白，任由主机这样发展下去，恩美雅人终将会再次面临，被人工智能彻底清除的危险境地，但主机将所有希望全部寄托于装置的成功，它已别无选择。
现在，主脑屈居于月球内部那艘小小的恩美雅飞船之中，能够维持恩美雅人实体的最大的数量只有12个，它通过推演，将这12个实体和他们的连接体，几乎全部用于建造工作。只在艾丽母亲这个能力最强的个体中，加入了两个观察者，最初的目的，是为了让他们在关键的时刻，发挥影响人类进程的作用。但是，经过评估，认为两个人的影响力太小，只能让他们作为主脑功能的补充，在60个用于建造和维持运行体系的连接体之外，担任秘密的预备力量。
主脑掌握的地球上人类的信息是，这里的人类仿佛经历过多轮的文明的失败重启，再失败再重启的过程，这与恩美雅这个保育文明只要失败，就会连同星系一起被消灭的苛刻处境完全不同。在恩美雅人到来之前，目前这个人类文明还处于野生状态，文明的记忆只有约6000年。在这不长的文明发展过程中，他们似乎也被保育过，却大约在2000年以前，不知因为什么原因，被原有的保育文明抛弃了。一些曾经被连接过的个体的后代隐藏在人类之中，创建了一个神秘组织---光荣会，他们仍然保留着古老的信仰，遵循着一些规则，秘密地控制着人类发展。
这个光荣会的长老在恩美雅飞船到达太阳系，展示了震慑力量并拯救了2800个垂死的人类志愿者后，联系上了恩美雅人，与主脑达成了契约，帮助恩美雅人瓦解旧的人类国家政权和武装力量，组建代表全人类的统一政府后，将人类的控制权移交给人类政府，由它代表全体人类与恩美雅人签订了建造装置的协议。协议签定之后，由光荣会控制的企业，作为独立于政府的秘密力量，和政府一起保证人类协议的履行。作为交换，恩美雅人在地球的一个秘密地点，为光荣会的成员建立了一个类似主脑的超级电脑，以帮助他们获得永生。