六月初，徐鸿儒挥师东进，渡过运河，攻克邹县，接着，义军挥师滕县，一鼓而下，义军声威大振，队伍发展到几十万人。
邹、滕二县北邻济宁，南接徐州，是运河漕运的重要地段，不容有失，杨肇基率军马不停蹄，早赶晚赶，还是迟了一步。
望着邹县城楼上的义军，杨肇基回首看了看因为连日赶路已疲惫不堪的军士，知道无法趁闻香教立足未稳之际进攻了，长叹一声下令道：”全军休整！“
城头上徐鸿儒看着城外的大军，皱着眉头问计丞相徐航，徐航微微一笑：“陛下！不过是一万官军，又是远道而来，纵有滔天战力如今我看也所剩无几，反观我方，士气高昂，拥兵数十万，哪怕用人命堆也能耗死他们。
更何况邹，滕两县已入我手，漕运已断，急得该是明军，我等只要以逸待劳，等他们来攻便是，等到将明军熬成疲兵，我等召集四方义军将其围而歼之！”
徐鸿儒哈哈大笑：“丞相高见！”
第二天一早，全军用过饭，杨肇基就下令全力攻城，明军扛着云梯，如潮水般涌向城墙，弓箭手向城头射出密集的箭雨，掩护攻城部队，邹县不是大城，城楼只有三丈高，而且年久失修，许多地方的城墙都已破损，加之义军缺上弓箭手，很快明军就攻上城头。
城下杨肇基见状松了口气暗笑自己太过小心，一群农夫拿把刀，还是农夫。早知道昨日就强行进攻了。
很快攻上城头的明军将城门打开，杨肇基大喜，全军压上，一万人马全数冲了进去。
进城一看杨肇基突然发现情况与想象中大为不同，照理城门被攻破守军自然兵败如山倒，可眼前的景象，县城内的道路都被人挖了无数大坑小坑连环坑，根本不适应大队人马冲锋，而路边的屋舍内闻香教众仗着熟悉地形，且人多示众，拼命抵抗，由于环境狭小，明军的集团作战优势发挥不出来，一时间战况陷入胶着。
杨肇基思索一会传令：“放火烧！”
没一会明军点燃道路边的屋舍，很快义军从早已准备好的后路撤出屋舍，双方又在无数连环坑的道路上硬碰硬。这种情况骑兵根本没有用武之地。
而此时弓箭手只能仰天抛射，以求杀伤后面的义军，奈何双方接触面太小，道路前只有几十人接战，后面的义军都高举盾牌，杀伤力大减。
从城头往下看，就看见通往城内的数条道路上，双方士兵在大小泥坑里相互厮杀，后方又有无数义军继续挖坑。两边屋舍燃起熊熊烈火，满城都是滚滚浓烟。
天色渐暗时，杨肇基无奈下令停止攻击，明军退守至城门。
清点完伤亡，今杨兆基大吃一惊，竟然伤亡过千，他开始心存退意。
与之相反，徐鸿儒大喜望过对徐航道：“丞相果然妙计连连，朕看明军坚持不了多久。”
徐航眯着眼睛笑道：“一盛，二衰，三竭！还早呢！只要我等沉下心，明军奈何不了我们！”
明军帐内，杨肇基关顾诸将问道：“大伙儿商议一下，这仗该怎么打？”
副总兵胡烈道：“大人，不能这样打下去了，城内地势狭小，再加上那帮缺德的把路弄成那样，咱们人少可经不起折腾！”
骑兵统领是杨肇基的儿子杨御蕃他今天闲在旁边看了一天的热闹，抱拳道：“大人！不如我们撤出来，先扫荡城外的反贼，如果能引他们出来那最好，不出来也没关系，我们正好先剿灭小部反贼，顺便收集点粮草。来的匆忙，时间久了怕是粮草不够啊！”
众将听了全数点头赞成，今天的仗打的太憋屈，沉吟一会杨兆基终于点头道：“那就明天撤出去，先剿灭城外的反贼。”
第二天天一亮，杨肇基便率军退出邹城，转而开始清剿乡野村寨的闻香教众。
没几天形势顿时逆转，邹城周边被闻香教占据的村寨全数被攻破，明军缴获无数。
邹城内，几个侥幸逃脱的闻香教头目正对着徐鸿儒哭诉：“是孟家，孟承光那老贼派人给官军带路，可怜我们好多兄弟，都被官军杀了！陛下要为我等报仇啊！”
“是亚圣孟家？”
“是！”
“他们好大的胆子，放心！这个仇朕会报的！”
一旁徐航幽幽道：“孟家既然找死，那正好，不知堂堂亚圣后人满门被灭，不知朝廷会如何做呢？”
“自然是严令官军尽快剿灭我等啦！”徐鸿儒脱口而出，随即指着徐航大笑道：“丞相，好计谋！那杨肇基难逃一败了。”
几天后的一个夜晚趁明军远离之际，大批闻香教精锐悄悄出城围攻城外十几里地外的孟家庄，当夜杀声震天，孟府被攻破，孟家家主孟子第六十六代孙，孟承光及其长子孟宏略被杀，孟府被付之一炬。
清晨得到消息快马赶来援救的杨肇基，看见孟承光和其子的尸体，满心懊悔，欲哭无泪，连声哀叹！
杨御蕃不解道：“父亲大人！孟府之事虽然可惜，您为何模样？”
杨肇基木然回道：“这是谁？这是亚圣之后，居然被杀满门，孟府还被烧成白地，你说朝廷会怎么说？”
“孟家又不是我们杀的，朝廷最多要我们杀贼报仇而已，啊！朝廷会逼我们限期灭贼！”
杨肇基看着明白过来的儿子惨笑道：“这是最好的结果，今日消息传出必定有无数弹章弹劾我，明日说不定降罪的旨意就在路上了。”
孟府被灭的消息，在闻香教的推波助澜下，快速的传遍了山东，山东官场，士林引起了轩然大波，弹劾山东总兵杨肇基的奏章无数，巡抚赵彦头大如斗，连夜派人传讯给杨肇基，让他一定要尽快剿灭徐鸿儒，不然只怕要大祸临头！
杨肇基在接到赵彦的口信后，再也没有一丝侥幸，咬了咬牙挥手下令：“全军向邹城出发！”
万历二年六月二十八日，山东总兵杨肇基率军第二次攻击邹城！