大门装置没有了电，无法打开。
里杰让玫瑰原地等待，他去寻找备用电源。
里杰启动备用能源，打开大门，里面是一条通道。
在通道中，有不少的变异者攻击他们，他们直接开枪解决掉。
在过程中，米丽的无线电打来说道：“我们找到了逃生的直升机，在平台上，里杰你在哪里？”
里杰说道：“我现在要用芯片植入核心室，启动神秘人总部的自毁程序。完成后才会前往直升机所在的位置。”
接着，一个毁灭者从大门中走了出来，里杰和玫瑰最终联手打爆毁灭者的头。
到达c区域，离核心室已经不远了。
他们一路前进，在走廊上清理了变异者之后，直接使用卡片打开了大门。
终于来到了核心室，里面十分宽阔。
在中心位置有一个大型控制平台，里杰他们走向控制平台，插入t8芯片。
芯片开始运转，接着释放了电子病毒，直接入侵了电脑的所有系统，跳过权限直接开启了自毁程序。
完成之后，核心室开始瓦解崩塌，自毁系统进入了三分钟的倒计时。
两人就要离开，前往逃生的直升机平台。
然而，没有死亡的灭绝者已经来到了大门口，并开始冲向两人。
玫瑰被一拳打在地上，倒地不起。
里杰愤怒地说道：“你这家伙！”
他很生气不已，直接开枪攻击灭绝者。
受伤的玫瑰起身，走上了墙壁的储存室，打开之后找到了抑制剂，她知道这东西非常有用。
里杰重创了灭绝者。
玫瑰给灭绝者使用了抑制剂。
沃肯也恢复了少许的人性，让他们使用激光毁灭炮摧毁他。
玫瑰在一旁的机械中激活了激光毁灭炮，坐在位置上手动瞄准。
灭绝者瞬间被熔浆的火炮激光命中，融化了。
两人开始离开崩塌的核心室，前往直升机平台。
两人很快来到直升机平台，但是他们看到了令人震惊的一幕。
芙拉拿着手枪对着米丽的头，让他们交出神秘人总部的储存卡。
芙拉恶狠狠地说道：“把储存卡交出来，不然我就杀了她。”
原来她是神秘人组织的高层成员，并让他们放下所有的武器。
里杰和玫瑰只能照办。
玫瑰看了一眼里杰，里杰心领神会地拿出了一张卡片，上前去。
她开枪击中了玫瑰。
芙拉警惕地说道：“不能乱动，那可是很危险的。”
里杰很生气，他把卡片扔给了她，说道：“放了米丽。”
芙拉接到后正要查看，米丽一个过肩摔，躲过她的手枪，开枪命中她的胸膛，芙拉倒下了。
里杰去查看玫瑰的伤势，发现她失血过多晕了过去。
接着，发生了巨大爆炸。
里杰抱着玫瑰上了直升机，米丽启动直升飞机快速离开。
没有死亡的芙拉，不想他们就这么简单的离开，让他们在这里为她陪葬。
她给自己注入了某种基因，变成一个植物触手怪。
芙拉疯狂地喊道：“你们别想跑！全部留在这里。”
里杰拿起了机舱里面的反器材火箭炮，瞄准就是一发，直接命中那泛着绿光的大心脏，瞬间炸碎。
直升飞机升空离开。
十分钟之后，城市发生了巨大的闪爆，整个城市都被巨大的黑洞吞噬。
他们回到了1号基地，玫瑰被推入了手术室，好像经过一整天的抢救，没有了生命危险。
经过这次事件，神秘人组织覆灭之后，总指挥官莱恩不久生了重病，最终死亡。
基地联盟推举里杰为新的 号基地总指挥官。
但是他拒绝了，他觉得神秘人总部的毁灭有点不正常，过于简单。
于是，他就暗地里调查关于神秘人的相关信息。