崇祯己卯年（公元1639年）三月，漕运巡抚的中军将领刘良佐在光山县取得了胜利，安庐巡道易开远在舒城县也取得了三次战斗的成功，贼军逐渐向西撤退，张献忠和曹操趁机逃入房县和竹山县的山区，这两县都属于湖广郧阳府管辖。最初，张献忠伪装成官兵，偷袭南阳并在南关驻扎。恰好左良玉率军抵达，对他产生了怀疑并召见，张献忠感到危险，便逃脱。左良玉追赶上，两马相对时，左良玉射出的箭一支射中张献忠的眉心，另一支则钉在了他手中的弓靶上。在混乱中，左良玉挥刀砍向张献忠的脸，鲜血溅满了铠甲，幸好孙可望及时上前挡住，张献忠才得以逃脱。他逃至麻城，左良玉继续追击，一昼夜行程达到七百里，一直追到襄阳府的谷城县。
戊寅年（公元1638年）正月初九夜晚，左良玉成功击败张献忠。张献忠被迫并向当地民众宣布：其部队的主要目标是匡扶乱世，已成功驱逐闯军远去，现打算解除武装回归朝廷。张献忠聚集了当地德高望重的老人出具保证书，并派遣孙可望带着一块长约一尺多的碧玉以及两颗直径一寸的珍珠，贿赂熊文灿，请求投降。熊文灿同意接受投降，并指派佥事张大经监督张献忠的军队。然而，熊文灿庸碌无能，驻扎在襄阳时，整日在后花园种菜，每日动用几十人为其灌溉。当时正值干旱，各地官府上书请求降雨，熊文灿批复说：“园中蔬菜长得旺盛，为什么稻田却独自枯萎呢？恐怕这只是农民逃避交纳粮食的借口罢了。”他的管理能力由此可见一斑。
左良玉与巡按林铭球、巡道王瑞旃商议，计划诱捕张献忠。但熊文灿却说：“杀害投降的士兵不吉利”，极力保护张献忠，并将他的营地移到城内。张献忠仗着熊文灿的袒护，愈发无所顾忌，私下训练士兵，制造军器。谷城县的生员徐以显与张献忠一见如故，还教授他孙武和吴起的兵法，为张献忠向朝廷请求官职和月饷，甚至请求在渑池、陕州、庐州、灵宝、阌乡五州县屯集马步兵共计六千人。己卯年（公元1639年）春天，张献忠叛变的迹象愈发明显，左良玉请求讨伐他，但熊文灿故意泄露了此事，让张献忠有所察觉，熊文灿还拖延左良玉出兵的时间。结果张献忠趁机从容不迫地将所有的兵力和器械运入房山，熊文灿这才催促左良玉出兵，但此时张献忠已经发动叛乱了。
当时，熊文灿招抚了十三家贼军，这些贼军如同蜜蜂聚集、蚂蚁结巢般盘踞在中州地区，时而接受招抚，时而又叛乱。巡抚徐一范后来认为，可以彻底剿灭贼军的机会以及能够有效剿匪的物力资源，都在一味安抚的过程中被白白错过，这样的说法确实是有根据的。
五月的时候，张献忠叛变，杀害了谷城县令阮之钿。阮之钿在临终之际，用自己的鲜血写下了绝命词。同时，罗汝才率领的九个营寨也积极响应张献忠，张献忠进而胁迫御史林鸣球向朝廷递交请求他在襄阳受封的奏章，林鸣球拒绝了他的要求，结果被张献忠杀害。
到了七月，张献忠和罗汝才两股贼军势力在房县汇合。秦良玉得知这个变故后表示：经略官员放任贼军如同老虎盘踞险地，逼迫我不得不去迎战，若我不去，肯定会因拖延不前而受到责罚。接到命令后，她即便是在炎热的夏季也率兵进军，但不幸遭遇伏击而大败而归，连军中的符印也丢失了。秦良玉向朝廷详细陈述了这次战败的情况，朝廷因此罢免了熊文灿的职务，同时秦良玉也被降职，并要求她通过消灭贼军来赎罪。
徐调元曾在戊寅年（公元1638年）担任黄冈县令，他曾经谈到：“张献忠在投降并接受招抚之后，熊文灿所上的关于如何处理张献忠的奏疏被皇帝扣留下来，没有作出批复。张献忠的性格像一只猿猴，无法长久忍受安宁，他在城外安营扎寨，并让人把训练用的器械堆叠起来，每天从下往上反复攀爬，一刻不停，仿佛在教猴子爬树一样，虽然这是他天性好动的表现，但也借此机会锻炼自己，并用来训练他的士兵。”当时，熊文灿的奏疏长时间没有得到回复。张献忠带着十名亲信将领快速进城，询问县令阮之钿朝廷的决策如何。阮之钿迎合张献忠的心理，回答说：“将军很快就要获得重大的任命，而且会被封侯。”听了这话，张献忠就离开了，这样的情况发生了多次。
一个月过去，熊文灿的奏疏依然没有得到答复，张献忠了解到自己的许多请求都没有得到满足，于是开始秘密策划再次反叛。他又一次急速进城找到阮之钿，像之前那样质问他。阮之钿惊慌失措，张献忠察觉到他之前的回答并不真实，勃然大怒，斥责阮之钿：“你是在欺骗我吗？”他环顾四周，命令手下：“把他给我抓过来！”随后下令将其斩首，发动了叛乱。宋代有人曾说，“在某些动荡不安的时代，最快的升官之路莫过于平定叛乱或匪患，而他们独特策略和奇思妙计往往体现在招抚、收编上。”这句话似乎是对熊文灿处理张献忠一事的真实写照。