崇祯癸未年（公元1643年）三月，原礼部仪制主事吴昌时被改任为吏部文选主事，并代理郎中职务。吴昌时善于交际，与太监王化民等人有深厚关系。他意图转入吏部铨选部门任职，吏部尚书郑三俊询问同乡徐石麒关于吴昌时的品行，徐石麒回答说吴昌时是个正直之人。基于此，郑三俊便向皇帝推荐了他。然而，徐石麒内心深知吴昌时手段颇多，故表面上赞誉他以避其锋芒，郑三俊对此并不知情。按照惯例，这时期应当按照六部推荐一名官员、都察院推荐两名官员的比例，从给事中范士髦等四人及御史陈尽等六人中选择提拔人员。吴昌时却特意扩大晋升人数，意在借此操控朝廷内外，为其排除异己创造条件。四月，御史祁彪佳弹劾吴昌时乱政专权，御史徐殿臣、贺登选也各自上疏指责其行为，郑三俊因误荐吴昌时而引咎辞职。
四月时，清军长期盘踞内地，皇帝特别任命内阁首辅周延儒挂帅督师，意图截断其退路。然而清军人多势众，周延儒畏惧不敢逼近，加之天气逐渐炎热，清军大肆劫掠后安然撤退。周延儒得知此事后，却奏报战功，因而被加封为太师。有位山人作诗讽刺道：“敌畏炎熇归思催，黄金红粉尽驼回。出关一月无消息，昨日元戎报捷来。”不久，朝廷官员纷纷上奏指出周延儒受贿并纵容敌军出境，皇帝点头赞同。
五月，周延儒因此事被勒令致仕返乡，给事中郝絅再度弹劾吴昌时以及礼部郎中周仲琏，二人结党营私，贪污受贿，甚至在内阁票拟等机密事务上提前预知并干预，周延儒被视为国家罪人，而吴昌时和周仲琏则被认为是周延儒的罪魁祸首。御史蒋拱宸、何纶也一同弹劾他们。
七月，皇帝召山东兵备雷演祚与山东总督范志完至中左门当面对质。此前，雷演祚入京面奏，称范志完在山东放纵军队胡作非为、奸淫掳掠，并有金银鞍马贿赂上官之事，皇帝下令将其逮捕审讯。至对质之日，皇帝询问范志完在京师行贿的具体情况，雷演祚逐一陈述。皇帝又问雷演祚：“你说的在朝堂上称赞功绩、广布恩德的是谁？”雷演祚答道：“周延儒揽权受贿，如起用废弃官员、清理冤狱、减免租税等事，皆自诩有功；考核科道官员时，几乎全部收入麾下。凡谋求总兵、巡抚职位者，必须先贿赂其幕僚董廷献，方能得到任用。”皇帝听后震怒，立即下令逮捕董廷献。接着皇帝又问范志完鞍马馈赠之事，范志完矢口否认。皇帝斥责其狡辩，并询问御史吴履中在天津查访的范志完相关情况。吴履中证实了雷演祚的说法，最终范志完被处决。
皇帝亲自在中左门审讯吴昌时，严刑拷打直至其腿部骨折才停止。
朝廷传唤周延儒接受审查。早先，周延儒再次被召回朝时，得益于庶吉士张溥、马世奇以公论劝导，其行事风格较之前有了很大转变，开始重用之前被排挤的人才。皇帝也虚心听取其意见。然而张溥去世后，马世奇远离权势，不再入京，周延儒身边环绕的尽是吴昌时一类人物，终至败局。
十二月，吏部文选司郎中吴昌时被处决，前内阁首辅周延儒因罪被赐死。
周延儒在国家内外交困之际无所作为，但因深受皇恩，得以长期保持高位。期间他裁撤宦官、厂卫势力，宦官们日夜寻找机会中伤他，皇帝始终不予采信。周延儒因此愈发轻视宦官，直至出师边疆玩忽职守时，皇帝对其态度才有所改变。这时宦官们揭露的周延儒的不法事实，皇帝才开始相信。待吴昌时之事爆发，皇帝怒不可遏，决定严惩不贷。
周延儒的起起沉沉，皆因贿赂而起，因贿赂而败；因宦官而起，亦因宦官而败；因吴昌时而起，终因吴昌时而败。
我曾听一位老兵讲述：”某日，清军迷失方向，误入泥沼之中，明朝将领们本打算趁机围困，但周延儒却发令放他们离去。皇帝后来逮捕了张国维，张国维途经苏州时，苏州百姓设灵祭祀并痛哭送别。张国维安慰他们说,不必担忧，我手中有周相的手书，他命令我释放的敌军。抵达京城后，张国维果然得以免罪。”