对于家丁问题，朱载坖之前也做过一些限制，但是现在看来家丁的弊端已经是暴露无疑，再不立即禁止，恐怕官军的战斗力会受到极大的影响。
戚继光在奏疏中称：“近来将官只收拾家丁三、二百名，遂将营伍之众绝不问理，逃者不补，补者不练，无怪乎军容之日弱也。”
朱载坖将戚继光的奏疏下练兵军务处，要求各位参赞军务大臣们就戚继光的奏疏发表意见，兵部尚书汪道昆率先上疏，支持戚继光的建议，要求在官军中将家丁废除，不允许将领豢养家丁，汪道昆在奏疏中说道：“操练之檄何月不行，操练之事何日不说？乃诸镇将自一二蓄养内丁外，皆视营兵为无用而不屑操。不惟不操也，且使为内丁厮役，诚如是，虽使岳家军到今日，亦将逃亡乞丐不暇而奚暇能军。幸语诸镇将以视内丁之心视营兵，则无不强也，以收拾内丁之心操练营兵，则无不可战也。”
汪道昆认为，家丁的存在，会影响官军整体的战斗力，应当予以整顿。
协理京营戎政兵部左侍郎王崇古也上疏认为：“树奇勋多藉家蓄之兵，蓄家兵必由私殖之厚。”家丁制度实际是建立在对卫所和朝廷官军的吸血上的，所以要坚决予以废除。
不过对于是否废除家丁，马芳、李成梁等人是有异议的，因为他们之所以能够建功立业，就是依靠家丁的，马芳、李成梁等人的作战风格就是以小股精骑为主，由于家丁数量少，精于训练，战马等装备充足，其机动性非常强，能够承担远出捣穴的任务，边将只要对家丁这一精锐统率得法、运用得当，那么建功立业就会比较容易。
所以马芳、李成梁等人都认为家丁还是有用处的，最重要的就是保卫自身安全，不管是在面临哗变还是临敌应战中，家丁和将领都是共同进退的，马芳之所以能够驾驭宣大的骄兵悍将，也就是依靠他麾下的马家军，所以他们认为家丁一时半会儿还不能够废除。
不过内阁的几位辅臣并没有就此发表看法，朱载坖于是派人去询问高拱等人的意见，高拱张居正等人随后以内阁的名义向朱载坖上疏，陈述了自己的想法，内阁的看法是，家丁最大的作用就是保卫将帅，同时承担在战场上督战、率先冲锋，激励士气等职责，故而在嘉靖朝，家丁是很盛行的，但是到了现在，家丁制度所带来的弊端已经是非常明显了。
内阁认为，所谓家丁，说到底就是集中大部分的财力和物力训练出的一支精悍的机动部队。将领依赖家丁，就会造成两个恶果，第一就是戚继光所言的官军训练不足的问题。第二则是家丁和将领建立起牢固的从属关系，甚至是世代依从，这样的军队，极易形成藩镇，这才是对于朝廷来说最为要命的事情。
高拱等人在奏疏中说道：“长此以往，家丁非朝廷经制之兵，实将帅之私兵也。非朝廷之幸事。”
内阁的担忧并非没有道理，事实上，后来大明的武将跋扈、不遵号令，与家丁的关系是极为密切的，因为这些家丁只听从将帅的命令，对于朝廷的命令是根本无所谓，同时家丁还和另外一个朱载坖极度反感的东西有关，就是将门。
将帅为了控制家丁这一部分精兵，采取了带有宗族色彩的形式，把这些亲军的将官当作义子、义孙，主帅既是最高指挥官，同时也具有家长身份。还可以保证自己的子孙可以凭借血缘关系继续指挥这些家丁们，长此以往，就出现所谓将门群体。
所谓将门，就是父子、祖孙世代为将，这并非是因为他们可以通过血缘遗传先祖的勇武和韬略，要是真的如此的话，那魏国公、英国公、成国公、临淮侯才是大明现在的一流武将了，实则是因为家丁制在维系将门，将门世家的子弟虽说也有军事才能出众的，如刘显和刘綎父子，李成梁和李如松父子，但大部分资质平平，他们之所以能得到朝廷的 任用，完全就是因为武将家族掌握了一支精锐的家丁部队，这些家丁只听命于家主，朝廷根本指挥不动。
这长此以往，家丁被牢牢地掌握在武将手中，私兵化倾向就愈加明显，这才是内阁真正担心的事情。
朱载坖也认为这是最值得警惕的，也正是因为如此，家丁制度必须要予以废除，官军乃是朝廷的经制之兵，是百姓用民脂民膏养出来的，而不是将帅的私兵。同时官军要重新回到大兵团作战的路上来，各级将领要切实掌握部队，善待士卒，严明军纪才行。
所以朱载坖再次召集军务会议的时候，就明确告知所有的参赞军务大臣，朱载坖已经决定，明确废除家丁制度，各级军官不允许豢养家丁，更不允许携带家丁随任，虽然要废黜家丁，但是将领的人身安全问题也必须要重视。
这也是马芳、李成梁等人之前不同意废除家丁制度的重要原因，因为现在将领威慑众军、控制大军，多要倚仗这些家丁，一旦在出现哗变的话，那将领们依靠什么来弹压士卒呢？
朱载坖在和一众参赞军务大臣们商量之后，决定在每朕设立中军，中军亲卫除了安置之前的将领家丁之外，就是从锦衣亲军中调派校尉，负责在军中维持军纪，在镇抚官的领导下负责军纪的维持，每镇派驻锦衣千户一名，充镇抚官，配置相应的锦衣校尉，负责军纪军法，各营派驻锦衣百户一名，充镇抚，负责处理营内的违反军纪军法之事。
同时各镇的镇抚官还负责保护主将安全，以天子亲兵身份弹压士卒，一旦出现由于镇抚及中军失职，导致大将罹难的事情，中军镇抚，以违反军法处斩。这样一来使得朝廷的耳目直接抵达军中，也便于朝廷控制各边镇。