朱载坖当然很清楚，漕运干系甚大，不仅仅是他们口中的百万漕工衣食所系，还有这么多年以来漕运的积弊，朱载坖知道这其中的利害关系，正是因为知道这其中的利害关系，朱载坖才要去大力整顿漕运，若是朱载坖加上张居正都不能够将漕运予以整顿的话，朱翊釴恐怕就更不行了，所以此事一定要在朱载坖的手上做成，这是朱载坖和张居正多次商量之后所达成的共识，必须严厉整顿漕运，将漕运的积弊予以消除。
而漕运中积弊最深的就是沿运河设置的这些水次仓，水次仓从北到南进行分布，主要有北直隶的天津仓，山东布政司的德州仓、 临清仓，南直隶的徐州仓以及淮安仓。水次仓则是负责各地税粮的暂存及转运，水次仓所转运的粮食用于解运到京通仓，可谓是大明的国本，对于此事，不管是朱载坖还是张居正都是极为重视的。
所以在朱载坖、张居正的支持下，王国光亲赴各水次仓检查，其实朝廷这次对于水次仓的检查，目的是很明确的，就是打击私兑，私兑最严重的就是苏松等处，江南苏州、松江、嘉兴、湖州为漕赋重地，纳粮大户皆势力豪强，熟识大户为了逃避徭役而寻求其庇佑，投靠其门下，他们常常不将漕粮交到水次仓，而是要求运军到他们所设立的私仓去兑运粮食。
他们为什么要这么做？这些人将漕粮私贮家中，不纳官仓，逼迫卫所官军分散到各户收兑漕粮，卫所旗军收兑漕粮无异于挨家挨户沿门持钵，称苦不堪。因为这样做对他们来说有巨大的利益。
因为这样做，粮长大户可以私自收取轻赍银，经营花费，一直到五六月才匆忙买米，掺和沙水糠谷，不纳官仓，免于晒扬筛选查验漕粮，逼迫运军就船交兑，这样运军收到的漕粮质量腐烂，不符合朝廷“干洁圆新”等要求，便要由运军赔补漕粮，而他们则将百姓上交上来的好粮食予以倒卖，从中赚取差价。
之前潘季驯总督漕运的时候，就曾经上疏陈述过此事，潘季驯在奏疏中称：“粮长大户既不晒扬干洁，反又插和糠水，百计留难，官军畏惧，违限比较问罪， 只得屈兑上船，沿途蒸折，临仓亏欠，负累包赔，不胜困极。”
这就导致在京通仓接收漕粮时，苏松等地的漕粮反而是最糟糕的，之前王国光在检查各地转运而来的漕粮之后就曾经上疏说过：“夫苏州，视他郡不同，人多豪右，米最滥恶，军怵于执卷舌束手莫敢谁何。其赴苏州，若投火井，是故有佥甲时逃且自尽者，有中途而逃者，有抵京挂欠而逃者。”
而其实这种情况的原因是满朝皆知的，徐阶当首辅的时候，就知道这个问题，他曾经就说过：“江南权势之家，粮至数百千石以上，不早入仓，有司因使之自运，不领于粮长，初亦甚便。今则缘此多掺糠秕，强军私兑，不足则计户科敛以充之。”
他也是很清楚漕运中的弊端的，这些东西，其实满朝上下，但凡有些见识的官员都是清楚的，但是要处理起来，就十分麻烦了，豪强地主、漕帮运军、仓场官吏，各种势力盘根错节，难以对付，所以虽然不断有官员们上疏极言漕运之弊，但是很多阁臣的想法都是因循苟且，抱着再苦一苦百姓，骂名皇帝来担的想法继续这么下去。
之前高拱担任首辅的时候就有心整顿漕运，但是由于当时的情况不允许，朱载坖仅仅只是收拾了京通仓的一帮小吏就罢手了，现在朱载坖总算将蒙古人按下来了，北方的威胁解除了之后，朱载坖就腾出手来收拾这帮趴在运河吸血的水蛭了。
王国光受命之后立即出京，首先巡视的就是天津的水次仓，这里主要囤积的是海运的粮食，主要是东南和暹罗、缅甸来的粮食，王国光巡视并且清点了之后，向朱载坖奏报，天津水次仓的粮食情况相对比较好，粮食的质量也好，虽然也有账目短少的情况，但是数目并不大。
朱载坖命令王国光将重点放在南直隶山东等处的水次仓上，同时将查获的涉嫌倒卖漕粮的官吏交法司严惩。
而被朱载坖任命为钦差了王宗沐等人，在收到诏令之后，就首先前往淮安的漕运总督衙署，最先赶到的就是南刑部尚书王宗沐，他首先找到了劳堪，询问案件的相关情况。
劳堪现在是压力山大了，损失漕粮二十多万石，现在弹劾他的奏疏都堆成山了，而现在案件毫无进展，劳堪急得头发都白了。
王宗沐问道：“漕督对于此事眉目？”
劳堪摇摇头，他哪里有什么眉目啊，虽然淮安的天妃闸也确实运河上的险要之处，之前也确实有漕船在此倾覆，但是像这样大规模的倾覆漕船，损失漕粮的事情，还从未发生过，事发之后，劳堪已经将所得涉事人员扣押，也进行了审讯，这些运军都称水下暗流突起，导致漕船互相撞击倾覆。
王宗沐问道：“这种事情，之前有过吗？”
劳堪摇摇头说道：“老夫查阅了永乐以来的记录，从未有过。”
王宗沐笑笑说道：“这从未有过之事，突然发生，不是奸人作祟，就是神鬼灵异了。”
劳堪脸上闪过一丝狠厉，他说道：“大司寇说笑了，哪里有什么神鬼灵异之事，老夫看就是有奸人作祟，意图对抗朝廷新政。”
王宗沐接着就问道：“这次倾覆的漕粮和船只是哪里的啊？”
这些事情劳堪之前就做好了统计，这次倾覆的漕船和漕粮是派广洋卫三帮，分兑浙江嘉兴县，江西清江县，松 江华亭县；龙江右卫三帮，分兑松江华亭县，浙江秀水县，江西新淦县；豹韬左卫四帮，分兑松江华亭县，浙江平湖县，江阴卫二帮， 分兑松江华亭县，应天溧水、高淳二县；水军右卫三帮，分兑松江上海县，应天溧水县，浙江海盐 县；水军左卫三帮，分兑松江上海县，浙江嘉善县，苏州吴县等处的漕粮。