这也是朱载坖之前要严厉征缴工商赋税的原因，因为朝廷的田赋收入锐减，同时朝廷还要蠲免很多受灾地方的赋税，为了防止出现民变，朝廷还要大兴各种工程，以工代赈，财政支出浩大，在这种情况之下，朱载坖当然是希望从工商赋税中加以弥补了。
而现在旱灾终于有所缓解了，对于朝廷来说终于可以松一口气了，不过朱载坖立即和朱翊釴商量善后事宜，首先就是收储粮食，补充仓储，之前朝廷所收储的粮食在这次旱灾中是起了大作用的，若非朝廷有充足的储备，这次的旱灾很容易就会激起民变的。
现在旱灾结束，农业生产得以恢复，对于朝廷来说，首先自然是继续蠲免赋税，扶持受灾地区的生产恢复，同时继续加强朝廷的仓储，之前朝廷的备荒和常平仓的储备是按照应对三年大灾的计划配置的，但是这次旱灾持续时间达到了五年，若非浙江、南直等受灾地方有海运粮食补充，而河南等地主要是依靠京通仓接济的话，地方的仓储恐怕是早就耗尽了。
所以不仅仅是要将仓储恢复到原本的水平，同时还要增加储备，朱载坖要求地方的常平仓和备荒仓要提升到能够应对五年大灾的仓储水平上来，这也是现在的技术水平所能够达到了极限了。朱载坖准备再次投入巨资到仓储上来，除了增加地方的储备之外，在重要的地区还要增加直属于朝廷的大型仓储。
之前朝廷的大型仓储主要是分为两块，第一是两京仓储，朝廷在南北两京都设立了规模庞大的仓储设立，京师的京通仓，南京的南京仓，还有天津的水次仓等都是属于总督仓场直接管理的大型仓储，能够储备三千万石的粮食，其中以京通仓的规模最大的，在之前，京通仓的粮食储备都不少于一千五百万石，但是经过这几年的损耗，京通仓现有存粮不过四百余万石，已经是隆庆以来的最低点了。
另外就是在边疆地区的军储仓库，这些仓储是为了保证军需供给给设立的，轻易不能动用的，经过这次大旱，朱载坖认为现在这些仓储仍旧是不足的，同时之前受限于技术水平，粮食不能长期储存，仓储过程中的损耗过大，也是朝廷仓储建设中的难点。
原本大明的仓储设施被称为仓廒，前后出檐，且当心间前有抱厦 。 每廒有 26 个柱础，木架起脊，檐柱高一丈五尺，山柱高二丈二尺余，中间四梁八柱，两山是插柁，前后有柱，中间排山柱直达屋顶 。 屋顶为悬山合瓦清水脊，廒顶建有气楼，透气以调节温湿度。
在仓廒的建设上，仓廒大致的营建过程包括择仓址、做地基、铺屋地和用建材。 择仓址的标准是防潮防湿，所以“南向择高阜之处以避水湿”，而且中间要高于四周并留水道，防止仓外水倒流。做地基要挖地槽，铺设排水管；选石材或熟透大砖作为跟脚，要严丝合缝；丁横做成一体，以防地震；梁栋椽柱要粗，确保地基的牢靠。铺屋地（防潮层）需四层以防潮气，自下而上依次为煤灰为底、麦糠覆上、城砖砌满、木板铺垫；同时，廒门、廒墙各处开孔泄地气。在建材使用上，用白矾水浸泡屋瓦以防漏雨；柱、栋、梁、椽要粗大；将竹篾编成隔孔钉于窗上以防鸟； 使用黑城砖来修建以防止倒塌。
但是这样仍旧不能保证粮食的长期储存，粮食的陈化、发霉、腐败、受潮等仍然是非常之常见的事情，朱载坖命令工部使用水泥和文思院一道研究应该怎么延长朝廷仓储储存粮食的时间，改进仓廒的修建方式，修建新式仓廒以储备粮食，同时在一些重点地区建设朝廷直属的大型仓储，以备灾荒。
在朱载坖和户部等相关的部院商量之后，决定在武昌、杭州、开封、西安、兰州、成都、济南兴建大型仓储，储备粮食，以备灾荒，增加朝廷的仓储总额，同时加强对于江汉平原、交趾、台湾、辽东、吉林等地的开发，提升大明的粮食生产能力，以应对可能出现的灾荒。
这次的大旱对于大明来说并非没有好处，使得朝廷上很多人看到了开海的重要性，在五年的大旱中，朝廷累计通过海运从暹罗、缅甸等地转运粮食一千八百万石，若是没有这一千八百万石粮食的的话，不知道要多出多少饿殍，所以现在很多官员都上疏要求朝廷加强对于南洋的控制，以保证大明的粮食供应。
在这次的旱灾期间，朱载坖推行以工代赈，雇佣了大量的灾民修整了南北直隶、河南和浙江等省份的道路，使得朝廷北方和南直、浙江等处的直道修筑和各府州县的交通得到了极大的改善，现在交通总署正在试验在南京八卦洲上修筑桥梁，这是朱载坖最关心的事情，因为朝廷的直道在南京被隔断在长江两岸无法贯通，过江客货都要乘船摆渡，严重影响了运输效率。而且很多人都认为南京江面水深流急，不宜建桥，但是朱载坖还是支持交通总署大胆试验。
现在长江是影响大明交通最大的一个障碍了，当然是要尽可能的在长江上建设桥梁。同时，这次的旱灾还使得朱载坖得以大规模的移民，以充实辽东、吉林、台湾等新收复的地区，大量的灾民被安置到这些地方，重新恢复生产，也使得这次的救灾相对比较成功。
对于大明来说，这次的救灾确实是很成功，实现了朱载坖在之前就说过的几个愿望，不发现民变，也没有瘟疫的发现，更没有出现大规模的饿殍，这对于大明朝廷和朱载坖本人来说，都极大了提升了朝廷和朱载坖的威望，荒政一向是最难的，而这次连续五年的大旱，朝廷都能够应对，说明大明朝廷能力还是相当不错的。