朱载坖于是决定赐武田胜赖以安姓，赐名为安恭诚，加封武田胜赖为龙虎将军、都督佥事、倭奴都统使司副使，给钱十万，甲胄三百，火铳三百等赏赐，表明大明对于武田胜赖的重视，而对于方逢时倭奴都统使司七宣慰司的设置，朱载坖也予以同意，命令方逢时在倭奴酋长之中选择恭顺的酋长担任宣慰使。
除此之外还是要加强大明在倭国的存在，充实卫所，加强朝廷对于此地的控制，对于大明在原倭国上所设立的府州县，朱载坖命令设立安东布政使司、按察使司、提学使司等衙门予以管理，与安东都指挥使司一道构成大明的行政、军事体系，同时在安东布政使司开科取士，将这些倭奴酋长的子弟选送各级学校和国子监学习，加强对于他们的同化。
同时对于不恭顺的酋长，要立即采取措施，会同倭奴都统司出兵征讨，由于现在的倭奴都统使年龄尚小，不能履行职务，朱载坖命令倭奴都统副使安恭诚暂代都统使，统辖各土司，与官军一道讨平不臣。
除了解决倭国的问题之外，西域也是重要的问题，虽然李成梁已经夺取了西域，但是也耗尽了粮秣，现在的当务之急不仅仅是增兵，更加重要的是运输粮秣，朱载坖一面命令陕西、甘肃、宁夏等地转运粮秣，由兵站都司经由嘉峪关、哈密向西域转运，同时督促张学颜迅速将从蒙古向西域补充粮秣的路线摸清楚，加强朝廷的运输能力。
同时西域经略吴兑也向朝廷上疏，请求在乌鲁木齐地区筑城屯垦，为官军日后的征战提高条件，吴兑认为原本的轮台旧城已经不能适应大明的管辖了，要在沿河修筑一座新城，同时在附近屯垦，朱载坖同意了吴兑的上疏，命令吴兑在乌鲁木齐地区择定地点，兴建城池，仍旧用轮台之名，设立轮台府，作为大明在西域的行政、军事中枢，将西域经略、提督等衙门迁移到此。
同时通过云中办事大臣张学颜和土默特部沟通，希望由土默特部派遣使者和和硕特部等予以交涉，以和硕特部和大明封贡为条件，采取羁縻的形式对和硕特部加以控制，使得和硕特部能够作为大明的藩篱，同时朱载坖还在与重臣们商量移民的事情。
由于现在大明的人口多在南方，而经过几轮大规模的移民之后，北方的流民已经很少了，而且西域等地一向被内地的百姓视为苦寒之地，不到万不得已是不愿意去的，之前中原、北直隶等出流民众多，百姓没有土地可以耕种，在这种情况下，朝廷以土地作为诱惑，还可以使得一些百姓愿意移民到辽东、吉林等处，而现在随着工商业的发展，各种工场也需要大量的劳动力，在这种情况下现在大明不是流民问题，而是劳动力短缺的问题，这点已经是有所显现了，除了军户之外，朝廷似乎也没有太多的人力可以调动了，这点确实是制约大明消化这些领土的一个重要因素。
而这些困难也确实成为朝廷和民间反对大明在西北、东北用兵的现实理由，很多官员认为这些土地得之无益，毕竟现在大明的领土并不小了，而且就西域而言，大部分的土地确实都是荒漠，没有开垦的价值，同时现在丝绸之路已经不通了，原有的商贸功能也不存在了，而西域距离大明内地又实在是太过于遥远，轮输转运对于朝廷来说确实是一个很大的负担。
尤其是在今年朝廷再次大规模增兵的情况下，对于西北各省来说确实是存在一定的负担，所以对于是否支持用兵，尤其是增加朝廷在西域的兵力这个问题，朱载坖认为有必要予以讨论了，朱载坖首先命令内阁主持部院重臣们讨论此事，同时命令军机处也要讨论此事，从短期利益来说，经略西域绝对是一件得不偿失的事情，朝廷要投入巨资，但是能够收回的成本十之一二，这点朱载坖并不否认。
但是就现在朝廷的针对西域的反对已经主要是两个看法，边疆无用论、得不偿失论，朱载坖命令军机处从国防地理上对于西域的重要性予以阐述，西域和东北是大明日后国防的一个重要屏障，只要西域在手中，依靠天山等山脉的天险，陕西等西北数省都受到保护，成为内陆省份，可以安心发展，而蒙古则受到大明三个方向的压力，在这种情况下，蒙古势力将不再能够成为大明的北部边患，可以极大的节省朝廷军费和各种开支，同时保证消弭边患。
而西域也并非只能投入，没有产出，依靠冰川和各种内陆河流，西域一样可以发展农业，同时西域的环境更加适合种植棉花，日后可以成为大明重要的棉花来源，这点是非常之重要的，虽然在西域的投入很大，见效也很缓慢，但是肯定是有回报的，当然，对于大明来说，最大的现实利益就是消弭边患，这点也是朱载坖出兵西域的直接目的。
尽管现在大明已经和土默特部达成了封贡，但是蒙古的威胁是始终存在的，朝廷仍旧要在九边屯驻重兵，针对一些人说的：“西域乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。朝廷倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。”
朱载坖认为这种言论是极为荒谬的，朝廷如果能够平定西域，再加上对于东北的经略，就可以将蒙古诸部彻底予以控制，使得的九边皆成腹地，京师不再受到袭扰，这点是对于大明来说最大的现实利益，所以现在不管要付出多大的代价，必须要为后世子孙计，消弭边患。
朱载坖命令户部等单独列出预算，有不足的奏请朱载坖动支内帑，务必要保证西征的粮秣等转运。