除了这些措施之外，还有就是统一官军薪饷待遇和退役的安置，朱载坖要求制定官军统一的士卒薪饷和保障则例，经过兵部和相关衙门的商量之后，将大明官军的薪饷分为军饷、战费和赏功三部分，军饷是大明官军士卒的基本工资，主要是由士卒的军阶和服役年限所决定的，如初入伍的新兵月饷一元五钱，而战费是士卒在作战时的增发薪饷，也包括了之前的行粮的部分作用，从军机处下达作战命令的当月或者是从有战事的当月开始发放，一般是军饷的一倍，同时根据路程的远近相应予以增加。
而赏功则是根据士卒战场表现予以考核赏赐，除了首级军功之外，朱载坖也开始实施戚继光当年在戚家军中所实施的按照战场表现予以赏赐的办法，不过首级军功还是存在，毕竟首级军功相对比较客观这点确实是很重要的，军功赏赐对于三军士气是极为重要的，所以朱载坖认为要制定完备的赏功制度，才能够保证士卒们乐于死战。
大明的军功制度其实主要是两种，第一就是首级军功制度，第二就是以战斗表现论功，在洪武、永乐时期，多以战斗表现论功，成祖皇帝曾经规定：“交锋之际突入贼阵、透出其背杀败贼众者，敢勇入阵、斩将搴旗者，本队已败贼众、能救援别队克敌者，受命能任其事、出奇破贼成功者，皆为奇功；齐力前进、首先败贼者，前队交锋未决、后队向前破贼者皆为头功。凡建立奇功、头功，其亲管头目即为报知，妄报者治以重罪。行营、下营之时擒获奸细者，升赏准头功。余俱次功。”
但是抖了后代，首级军功反而得到了推崇，原因主要是首级军功毕竟好查验，但是在实际的操作中，则完全不是这么回事，首级军功所带来的最严重的问题就是杀良冒功，这点是很难纠正的，所以之前戚继光就曾经上疏认为：“计今合当止以战次为额，如某处贼约若干，但能全胜，则约以悬赏若干，而不必论其首功。”
而有临阵经验的重臣们也很清楚，战阵之上斩获首级其实是一件不太现实的事情，徐渭就说道：“陛下，论功行赏，视首级之多寡以为殿最。然臣以为论小敌则可；若遇大敌，则当先破敌者势难取功，夺首级者未必杀贼。此不惟功赏不明，人心解体；往往又因争首级，驯至误事。两军相敌，当先格斗者，手眼瞬息，不得差池，何暇割首？使其割首，则再不能战，而为敌所乘，为后军所争夺，死矣！”
朱载坖也认为首级军功所带来的弊端太大，应当予以废止，所以命令军机处和兵部参照戚继光当年所制定的规则制定新的军功则例，戚继光当年规定：“以冲锋陷阵者为首功，擒斩首级者次之。交锋之际但顾杀贼，不 许贪图功赏，拾 斩死级，凡官军奋勇先登、冲锋破敌、众目共见者，不论首级多寡，先行赏银壹百两，贼平后仍分与死级，破格叙功。”
针对倭贼和北虏的不同，戚继光还制定了不同的赏功办法，对于倭贼：“凡遇战斗，阵中执长牌、长枪、狼筅等当先长兵不许带解首刀割首，只管当先冲杀，杀倒之贼由本队短兵割首，每一颗止许一人割，提在阵后。战后一队统一论功，每颗首级以三十两论之，当先牌枪筅分二十两，砍首兵二两，余兵无分者一两，火兵虽不上阵，本队有功，亦分五钱。每颗本队鸟铳手亦分二两。”
而对于北虏，则是规定：“凡战斗时杀倒北虏首级、马匹，都不必管，杀手（持刀、枪、棍、钯等与敌短兵相接、进行格斗的士卒）只管向前，而另派一班人割首级、收马匹。战后论功则“首级以十颗为率，冲锋者六颗，铳手二颗，割首级与札营者二颗，俱系阵前回营均分。”
朱载坖命令在戚继光当年的军功制度上与九边将佐们详细商讨，制定新的赏功则例，重在战斗表现，将军功给到真的用命死战的士卒手中，朱载坖当然知道首级军功的危害，在下达给官军各部的上谕之中，朱载坖明确指出：“朝廷向右定制，军职授官，悉准首功。今幸门大启，有买功、冒功、寄名、窜名、并功之弊：权要家赂军士金帛，以易所获之级，是谓买功；冲锋斩首者甲也，而乙取之，甚者杀平民以为贼，是谓冒功；身不出门闾，而名隶行伍，是谓寄名；贿求掾吏，洗补文册，是谓窜名；至有一人之身，一日之间，不出京师，而东西南北四处报功者，按名累级，骤至高阶，是谓并功。此皆坏祖宗法，解将士体。朕向所知之，今必除之，军功系朝廷之大政，三军之所望，朕所素重也。今朝廷改定新例，欲使士卒得授其利也。”
除了制定军功制度之外，朱载坖还准备调整官军的军制，这点也是很重要的，之前大明的主要是存在两个军制，第一就是世兵制，也就是都司卫所制度，都司卫所既是管理机构，也是作战单位，但是随着卫所逃军日多，战斗力下降，卫所逐渐从作战单位变成了军事行政单位，卫所逐渐退出了作战中，取而代之的是营兵。
营兵制是大明官军作战的主要编制，现在所实施的镇协体制，其实也就是营兵制的变种，按照总兵、副总兵、参将、游击所统之兵，其军队单位以自身兵种命名，为标兵营、营兵营、援兵营、游兵营。按照朝廷之前的定例：“蓟镇正兵营，总兵官统之，官军五千员，名内马军三千五百名，步军一千五百名。奇兵营，副总兵统之，有马官军三千员名。旧游兵营，左游击将军统之，有马官军三千员名。新游兵营，右游击将军统之，有马官军三千员名。入卫游兵营，入卫游击将军统之，有马官军三千员。”
营是官军之前作战的主要单位，后来朱载坖加重总兵权力，使得镇取代了营成为官军的主要作战单位。