当然张元功在辽东做的这些事情是瞒不了言官们的，不少言官纷纷上疏弹劾张元功、严绍庭滥杀，他们两人也赶紧向朱载坖上疏请罪，因为这事毕竟是朱载坖以密旨的形式交代给他们两人办理的，朱载坖显然不可能承认此事的，朱载坖在收到两人的请罪奏疏之后，将首辅申时行、右都御史劳堪召到西苑。
朱载坖对他们两人说道：“现在张元功、严绍庭也上疏请罪了，他们都是为朝廷立下大功的人，朕自有处分，科道就不要鼓噪了。”
申时行、劳堪怎么不明白朱载坖的意思，朱载坖的意思是很明确的，此事到此为止，朱载坖不想在追究下去了，两位重臣都是人精，他们很清楚，张元功、严绍庭是没有这么大的胆子敢杀降的，最大的可能就是朱载坖事先已经授意他们两人了，女真多次叛乱，朱载坖也确实是忍无可忍了，对女真出重手也在申时行等人的意料之中，所以现在朱载坖才会出来要求科道闭嘴。
申时行和劳堪赶紧答应下来，而朱载坖也以上谕的形式对于此事做了一个评价，朱载坖认为，张元功、严绍庭本来剿灭女真叛乱，立下大功，本当重赏，但是其杀降一事，科道交章弹劾，朱载坖也认为此事性质极为恶劣，本当严惩，姑念有功，不予追究。
同时下达诏令，英国公张元功以少保兼太子太保总督六军营务，严绍庭官降一级，以中军都督府都督佥事任锦衣亲军都指挥同知署本衙事，西宁侯宋世恩出镇辽东，任提督辽东、大宁等处军务，恭顺侯世子吴汝胤升辽东总兵官，曹国公李言恭协理六军营务，兼领侍卫内大臣，宿卫宫禁。
明眼人都看得出来，朱载坖虽然语气严厉，但是实则对于张元功和严绍庭根本没有问罪的意思，他们本来也知道，张元功是堂堂英国公，那是很难被问罪的，但是朱载坖的这个处理办法也确实是刺激了很多官员，这哪里是问罪啊，分明就是升赏，张元功总督六军营务，比原来的总督京营戎政权力大多了，严绍庭也被召回京师，执掌锦衣亲军，虽然从职务上看确实是有所贬抑，但是都是实权职务，天子近臣，这就说明他们所做的事情大概率就是就是朱载坖所授意的，至少是朱载坖所默许的。
同时朱载坖命令军机处迅速将善后事宜解决好，在原本女真人的地盘上安排卫所屯垦，控制这些地盘，同时加强对于吉林都司等地的支持，对于人口滋生的地方，也要适当的设立州县，先由辽东布政使司管理，到合适的时候，成立吉林布政使司。
而在隆庆二十六年的中秋节，李成梁的报捷奏疏也到了京师，官军在奎屯河大胜卫拉特四部，使得卫拉特四部退却，对于大明来说，击败了卫拉特四部，对于大明在西域是极为有利的，这就意味着天山现在尽在官军的掌握之中了，只要能够逼迫卫拉特四部和大明达成协议，大明的兵锋就可以从天山直接南下，克服喀什等地，一举将汉唐故地纳入大明的怀抱之中，对于朝廷来说自然是极大的好事。
朱载坖对于李成梁、吴兑等人加以赏赐，同时加强对于蒙古各部的招抚，剿抚并用一向是朱载坖对于蒙古诸部的策略，现在外交方面主意是和卫拉特四部打交道了，朱载坖命令云中办事大臣张学颜，要和顺义王、大宝法王等一道与和硕特部谈判，晓以利害，经过两战，他们也应该知道大明官军厉害了，和大明作对是没有任何好处的。
朱载坖表示，大明可以支持和硕特部为卫拉特四部之主，名义上接受顺义王的管理，实则由科布多办事大臣等办事大臣负责处理蒙古的相关事务，朱载坖认为要加强大明对于这些蒙古部落的管理，既然是归顺大明，就必须要接受大明的管理，行封贡之实，和土默特部一样，当然相应的经济支持甚至于帮助蒙古人营建城池等，都可以考虑起来。
而在倭国，在大明的征讨之下，倭国的叛乱也已经被讨平了，官军将这些胆敢叛乱的土司予以消灭，方逢时奏请论功行赏，这些叛乱土司的领地，一部分直接由朝廷予以没收，增加朝廷在倭奴都统使司的力量，同时对于在此次平叛中出力的倭国土司，也要予以赏赐，这得到了朱载坖的同意，毕竟大明现在还是要收买人心的。
但是朱载坖也晓谕方逢时等人，非我族类，其心必异，对于这些倭奴土司，既要利用，也要防范，不能养虎为患，使得他们影响大明在倭奴都统使司的统治，还有就是加大对于倭奴都统使司和金银和铜料的开采，转运到大明各铸币厂，随着西洋商道的再次通畅和大明经济的发展，对于货币的需求量是进一步增加了，大明需要更多的货币，所以对于金银铜料的需求量更大。
而在文思院的努力之下，有轨马车和相应的车厢等也被研发了出来，这种有轨马车虽然仍旧以骡马牵引的，但是其载重能力远远超过一般的马车，使用木质轨道的话，拉三四千斤不成问题，要是使用铁质轨道的话，六千斤也是可以牵引的，这种马车对于大明的矿冶确实是有很大推动。
大明现在冶铁炼钢都得到了长足的发展，同时朝廷和民间都需要大量的铁料，而无论是铁矿石还是煤炭，都是极为沉重的货物，运输起来极为不方便，有了这种有轨马车，可以极大的提高朝廷转运大宗物资的能力，这点是极为重要的，朱载坖显然是极为支持此事的，朱载坖一向对于交通是极为重视的，在朱载坖的支持下，朝廷准备投资兴建从天津到京师的有轨马车专线，负责将海运而来的粮食等物资转运到京通仓来。