对于朱载坖的决定，太子和太孙自然是不敢反对，但是太子提出是不是将麻贵调回来，毕竟麻贵自己就是回教徒，让他去办这事，似乎是有些不妥的，朱载坖认为也确实是如此，朱载坖当日就下达诏令，召征西副将军麻贵回朝提督天武军，掌清军督练总署事务。
同时对于西域，要再次大规模增兵，这次和上一次的增兵不同，上次主要是为了征讨蒙古人，所以所抽调的多是各镇的精骑，但是这次主要是以各部的步兵为主了，这次朝廷所抽调的兵力数量庞大，规模是空前的。
按照朱载坖给军机处下达的命令，抽调陕西、山西、河南、北直、山东、宁夏等各镇、各都司的常备官军，加强京军一部，北方各省之班操京军八万，中都、兴都两留守司常备官军，共计二十二万，准备兵发哈密，一举荡平叶尔羌汗国，解决西域的问题。
这么大规模的军事行动，自然是需要一员大将来指挥的，朱载坖决定以武定侯郭大乾出镇倭奴都统使司，调原提督倭奴水陆军务事刘綎回朝，刘綎毕竟有指挥大军作战的经验，更加重要的就是流通足够狠辣，在倭国和安南就已经表现出来的，要对于西域的回教上层进行大规模的清洗，刘綎是非常之合适的人选。
同时朱载坖还点用了潞国公马栋，沈阳伯黑云龙等一众武将，准备领兵西征，由于抽调来的官军各部是有各镇各都司、留守司所组成了，在战前必须要经过一段时间的磨合才行，朱载坖命令所调发的官军各部在兰州府集结操练，明年开春之后再进军西域。
同时这两年朝廷也一直在哈密、交河等地储存粮秣，准备支应官军作战，在哈密、交河供储存粮秣二百三十万石，同时朱载坖命令采购口粮一千万份，发运军前，作为官军士卒们的应急口粮。
同时朱载坖在作出了各种决定之后，才召集国务会议，商讨相关事务，对于朱载坖大举发兵西域，群臣是早就有所准备了，毕竟现在只有西域的战事久拖不决，对于朝廷来说也绝非好事，所以朱载坖这次大举发兵西域，若是能够一举解决西域战事，其实也不失为一个办法。
朱载坖首先阐述了自己的观点，也就是对于回教的态度，就是要坚决打击回教，尤其是这些妄图窃取政权的回教势力，朱载坖认为，在蒙元时期，这些色目人和回教势力就是帮助蒙元，而大明夺取天下的过程中，回回中上层官员大多站在蒙元统治者一边，或组织地方武装——义兵镇压农民军；或忠于职守、保卫一方，对抗农民军，维护地方统治乃至殉国，即便是在大明取得天下之后，这些人还怀念前朝，充当遗民，由元入明宁愿老死丘壑，为故主贞介自守，而不肯屈尊降志、改事新朝者，其心殊不可问。
对于这些人，朱载坖一向是十分之警惕的，所以再次重申太祖诏令，朱载坖在重申太祖诏令之后，还特地予以解释道：“胡元入主中国，其种族散处天下者，难以速绝。故凡蒙古及色目人，听与中 国之人相嫁娶为婚姻不许蒙古、色目之本类自相嫁娶。如本类中违律自相嫁娶者， 两家主婚杖八十，所嫁娶之男女俱入官，男为奴，女为碑。夫本类嫁姿有禁者，恐其种类日滋也。”
同时将大明腹地的回教和西域的回教予以区分，大明腹地的回教和回教徒，是受到大明律法所保护的，而西域的这些搞政教政权的回教，则是邪教，以教为名，行叛逆之举，所以要予以铲除，这两者之间是有极大的区别的。
说白了，就是要实现回教的中国化，将其予以驯服，其实在大明腹地，这点已经做得是非常之好了，这些回教徒如海瑞等人，虽然是回教徒，但是一样能够为大明所用，知书达礼，这点是非常之重要的。
其中的关键就是一是提倡经堂教育，二是刊印发表汉文译述的伊斯兰教典籍，而经堂教育的提倡，更是启动了汉文译述的开展。所谓汉文译述，即“以儒诠经”，是“以东土之汉文，展天房之奥义”，也就是用中国语言和儒家文化来阐释伊斯兰教思想，用中国传统哲学的无极、太极、阴阳、理气、性命、五行、体用等范畴，阐发伊斯兰教的宇宙观，用中国传统“仁”“义”“礼”“智”“信”，解释回教的“念”“礼”“斋”“课”“朝”等，在学理上促进伊儒的交融会通。
回教要想得到朝廷的认可，就必须为朝廷所用，否则的话，就是大明的叛逆，就是官军征剿的对象，这点是毫无疑问的。
在朱载坖的指令之下，翰林院迅速拟定了诏书，昭告天下，朱载坖在诏书中说道：“叶尔羌恃其遐阻，屡扰疆场，肆行凶虐，种类乖离。爰命将士，申兹吊伐，有征无战，所向摧殄。明罚??法，圣人垂惩恶之道；命将出车，王者成定乱之德。故三苖负固，虞帝所以兴师；鬼方不恭，殷宗所以薄伐。朕嗣膺景命，君临区夏，弘大道于四方，推至诚于万类，凭宗社之灵，藉股肱之力，亿兆获乂，封疆无虞。建木疏林，山经靡记之域，幽都大夏，王会不书之君，莫不革面内款，屈膝请吏，袭冠带于魏阙，均贡赋于华壤。”
在解释朝廷为什么征讨叶尔羌的时候，朱载坖说道：“是故中国往昔之疆必复，且旧民涂炭之苦当拯也。及中州既定，皇风远肃，人怀首丘，途经彼境，皆被困系，加之重役，忍苦遐外，控告无所。又伊吾之右，波斯以东，职贡不绝，商旅相继，探书遭其寇攘，道路由其拥塞，反道败德，世安好祸，间哗酋豪，交乱种落，遂使毡裘之长，亟动干戈，引弓之人重罹涂炭。朕甚伤之！”