仅仅一个月后，美军将领约翰·d·斯洛特率军到达索诺马，宣布当地为 美国领土。面对这一形势，加利福尼亚共和国不得不放弃独立，选择加入美国。
至此，存在仅一个月的加利福尼亚共和国便宣告解体。美军随后继续向上加利福尼亚各地推进，很快便占领了整个上加利福尼亚地区。
但由于南北战争的战场远离加利福利亚，在这里，西班牙等殖民者撤离之后，美国人也没有天然的敌人，所以在内战期间，北方也没有多少兵力在此驻扎。
加利福利亚处在历史上混乱的时期，移民自行组织着村镇建设，屠杀印第安人，蚕食他们的土地然后开矿和种植。
攻占旧金山湾在战争上的难度不大，关键是要守住这一片土地，因为一旦占领之后，势必会迎来美国人的疯狂反扑。好不容易将欧洲其他殖民者赶出北美，大力攫取土地的美国人绝不会容忍这时候突然插进一只手，而且是他们一贯认为孱弱的中国人的手。
军事行动还必须等着宁波后续船只的到来，这些船只将满载陆战士兵和粮食在夏威夷基地登陆。
不过，夏威夷不是阿拉斯加那种极北之地，来往的商船会在这里补充给养，占领夏威夷的消息隐瞒不了多长时间，所以，不可能等到李秀成调来大部分兵力才动手，于是军事行动在一个多月后，两班次船只到达后开始了。
电报机在此时的战争中起到了非常大的作用，让来自四个方向的军队协调一致的出现在旧金山湾的海陆方向。
美国海军大部分的军舰都在大西洋，这里只有几艘蒸汽机炮舰和一艘风帆战列舰。
陆上，只有2000多人的西北军，还有一些自治的武装。这已经很多了，要知道美国获得加利福尼亚的圣帕斯夸尔战役双方都只有几百人参战，美军死了31人。
相比之下，李秀成的太平军是从尸山血海的战争磨盘里走出战争集团，无论陈玉成、李世贤，还是黄呈忠，见过的死人堆起来都是一座山。
黄呈忠从北方南下攻打马林半岛，从夏威夷领军的是陈炳文，他负责攻打旧金山半岛。
陈玉成负责攻打瓦列霍，然后拿下卡基尼斯海峡，待海上军队进入后，再北上扫荡。
李世贤则负责扫荡整个湾区内部的城市从费列蒙到奥克兰，从匹兹堡到里士满。
一天之内，美国在旧金山湾区的海军全部覆灭，黄呈忠突破金门海峡进入旧金山湾，配合陆军开始挨个轰炸内部的城镇。
陈炳文则在旧金山半岛两侧沿岸轰炸城镇。
第二天，黄呈忠的军舰到达卡基尼斯海峡之后，陈玉成立即掉头北上，带领军队向斯帕克斯和卡森城一带进军，拿下那里作为防线。
李世贤继续在湾区进行扫荡，战事虽然不胶着，这些城镇都不是太平军的一合之敌，但是城镇的居民大多数都是倾家荡产来西部的，百分之八十都是男性，都是来赌博命运的，还有一些就是别的国家的逃犯，在这里洗白藏匿，他们抵抗的决心也是很强。
无论他们抵抗的决心多强，也比不上太平军要在这里立足的决心，一支没有回头路的战争机器遇到抵抗注定是要靠杀戮开道。
李世贤在湾区杀了三天，可以说是血流成河，几乎杀了所有抵抗的白人男性，只放过了一些女性和从属的印第安人仆役。
阮文海没有参与湾区之战，只是近距离观察，只要太平军海上没有遇到对手，他就不会下场，毕竟这是属于太平军的战争。
三天之后，旧金山湾区所有城镇基本被战争机器犁了一遍，从夏威夷和阿拉斯加开始运送家属到湾区打扫战场，维修房屋，接手金矿。
黄呈忠上岸开始带领陆军南下，陈炳文则率舰队南下，进攻洛杉矶和拉斯维加斯一带，构筑南方防线。
李世贤则居中开始调度，对占领区开始调度和经营。首先是安置家属，然后是会见各印第安部落首领讨论领地问题。
此时，北线已经进入深秋，库页岛也不可能再向阿拉斯加移民，黄呈忠南下的时候，留下了1万士兵和5000家属，还有三艘军舰，粮食也留了足够渡过冬天的数量。
但南线依旧开始跨洋运送人口和士兵，大量的土地需要人耕种，漫长的防线需要士兵守卫。
还有蒸汽机等机器要运送到湾区，首当其冲的就是建设造船厂和军工厂，蒸汽炮舰无法渡过广袤的太平洋，必须重新修造。
科罗拉多河、萨克拉门托河、圣华金河这些河流都需要蒸汽炮艇来巡弋，而且在湾区之战中，一艘蒸汽机舰船因为搁浅也受到了损伤需要修复。
李秀成性格比较果断，早就决定将带不过去的蒸汽炮舰以后还给“丰南号”，已经跟不上时代的风帆战列舰全部改为商船。所以主力就是发展蒸汽机舰船，所以，在工业上的第一步就是建设造船厂。
湾区有美国人的造船厂，有一些底子，因陋就简，都是可以用的。
后面运送士兵和家属的船队中已经分批安排矿产勘探人员和各类工匠，这些人都是在“丰南号”精心培养出来的，是未来太平军开拓事业的重要人才。
两个月后，太平军余部基本将加利福利亚和内华达州的土地收入囊中，运送到北美的士兵已经高达20万，随迁的家属和百姓也有25万。
这期间，这里的白人不是在反抗中被杀，就是闻风而逃，备受欺辱的印第安人也趁机反杀。
已经快到过年了，阮文海将要回台湾，东海舰队将留下5艘钢铁舰在夏威夷作为太平军海上的后援，带着2艘钢铁舰和5艘货船回台湾。
李世贤带着几名太平军将领送别阮文海，将杀戮中缴获的大量金银交给阮文海带回，算作还一笔欠的“丰南号”债务。
同时，需要“丰南号”支持的弹药数量和蒸汽机数量也通过电报机发给了李秀成。