桓玄的掠夺步伐并未停止，他的下一个目标是无锡的严氏和沈氏。这两族是吴地本土的中小门阀（吴姓），以纺织和冶铁为业，背后倚仗的是吴郡的巨擘——顾氏。
面对桓玄“强征沈氏全部铁器”、“严氏献绸缎三万匹”的无理要求，严氏和沈氏的宗主陷入了巨大的恐惧和矛盾之中。
献，则家族元气大伤，甚至一蹶不振；不献，桓玄的屠刀就在眼前。他们一面拖延，一面火速派人向吴郡的顾氏求援，希望顾氏能出面斡旋，或者至少给予支持。
然而，顾氏自身也面临桓玄的巨大压力，迟迟没有明确的回复。
桓玄失去了耐心。“既然敬酒不吃吃罚酒，那就别怪本王不客气！”他直接派兵包围了沈氏的冶铁作坊和严氏的纺织庄园，强行闯入，抢夺物资。
沈氏族人世代以打铁为生，性情刚烈，见桓玄军队如土匪般明抢，积压的怒火终于爆发。一些年轻子弟拿起铁锤、铁棍反抗。
“反了！反了！”带队军官又惊又怒，“沈氏谋逆！给我杀！”
屠杀再次上演。抵抗的沈氏子弟被砍杀，作坊里的老师傅、帮工也未能幸免。桓玄下令，将沈氏“满门抄斩”，以儆效尤。曾经炉火熊熊、叮当作响的冶铁作坊，瞬间变成了人间炼狱。
严氏宗主见沈氏惨状，吓得魂飞魄散，再不敢有丝毫犹豫，连忙将库房中的所有绸缎，甚至包括族人正在使用的被褥衣物都搜刮出来，凑足三万匹，战战兢兢地献给桓玄，只求能保住全族性命。
桓玄收下了绸缎，却并未放过他们。禁军仍然在严氏庄园内外劫掠了一番，才扬长而去。严氏虽保住了大部分族人的性命，但积累数代的财富被洗劫一空，家族产业濒临崩溃。
当刘裕进入无锡时，面对的是沈氏的血腥废墟和严氏的悲愤哭诉。
刘裕首先来到严氏，安抚惊魂未定的严氏族人，并当场下令，从缴获的桓玄物资中，拨出部分粮食和布匹，“归还”给严氏，助他们度过难关。
“严宗主，”刘裕握着严氏族长的手，语重心长，“桓玄之暴，人神共愤。然，顾氏坐视盟友遭难而不救，岂不令人寒心？”
严氏族长闻言，想起求援信如石沉大海，再看眼前“仗义疏财”的刘裕，心中对顾氏的怨怼之情油然而生。
紧接着，刘裕宣布：“沈氏冶铁作坊，乃军国利器，不容荒废。今由北府兵接管，设为‘军械局’，招募流民工匠，打造兵器甲胄！原沈氏、严氏工匠，愿留下者，待遇从优！”
随后，刘裕又做了一件看似不经意，却影响深远的事。他暗中授意严氏和一些被释放的俘虏，将“顾氏见死不救，坐视沈氏被屠、严氏被掠”的消息散播出去。
流言如同瘟疫，迅速在吴地中小门阀中蔓延。原本就对顾氏、陆氏等顶级门阀垄断利益不满的家族，此刻更是心生芥蒂。吴姓门阀看似铁板一块的联盟，被刘裕巧妙地撬开了一道裂痕。而无锡的冶铁业，也顺理成章地落入了北府兵的掌控，成为未来征战的重要军械来源。
桓玄挟连破数族之威，兵临吴郡（今苏州）城下。这里是江东门阀的核心区，顾氏、陆氏在此经营数百年，势力盘根错节，掌控着浙东的钱粮命脉，堪称江东的“无冕之王”。
这一次，桓玄连表面的客气都省去了。他直接以“晋安帝诏书”的名义，要求顾氏交出私兵五千，陆氏献粮十万石，并且两族宗主必须亲自随行“护驾”，美其名曰“参赞军机”。
这已不是征调，而是明目张胆的吞并和绑架人质！
吴郡城门紧闭。城头上，顾氏宗主顾荣（此处虚构延续其历史影响力）、陆氏宗主陆靖（虚构人物）并肩而立，面色凝重地望着城外黑压压的桓玄大军。
“桓玄此来，意在彻底摧毁我江东根基！绝不可屈服！”顾荣须发皆白，但眼神锐利，声音沉稳，“我已传檄四方，号召吴姓同袍，共保桑梓！”
“顾公所言极是！”陆靖点头，“我吴郡城高池深，粮草充足，只要我等同心协力，必能挡住桓玄！”
吴郡的抵抗，远非此前那些家族可比。顾、陆两族的私兵装备精良，训练有素，更兼有守城地利。桓玄大军猛攻三日，伤亡不小，却未能撼动吴郡城墙分毫。
然而，桓玄并非莽夫。他见强攻不下，便使出了离间和声东击西之计。他故意散布谣言，称某些吴姓小门阀已暗中投降，又分兵佯攻其他城门，制造混乱。
顾荣和陆靖虽然老练，但毕竟要分兵守御各处，兵力不免分散。就在他们专注于应对正面和侧翼佯攻之时，桓玄真正的杀招，来自西门。
西门守将是一名顾氏远房子弟，能力平庸，且对顾荣将精锐集中于他处心生不满。桓玄派细作以重金收买其副手，在约定时间，里应外合，突然打开了西门！
“西门破了！桓玄军进城了！”
惊呼声和喊杀声瞬间响彻全城！桓玄亲率最精锐的“影卫”和禁军，如同决堤的洪水般涌入吴郡！
城破之后，便是地狱。
桓玄对这座抵抗他、象征江东门阀荣耀的城市，下达了最残酷的命令——“屠城”！
“杀！给本王杀光这些叛逆！”桓玄骑在马上，面目狰狞，挥舞着马鞭。
禁军彻底变成了野兽，他们冲进大街小巷，见人就杀，见屋就烧，见财就抢。曾经繁华富庶的吴郡，变成了修罗场。哭喊声、求饶声、兵刃砍杀声、房屋倒塌声交织在一起。
顾氏府邸被重重包围。顾荣手持长剑，率领族中子侄家丁，在府门前做最后的抵抗。
“桓玄！国贼！江东义士，必为我报仇！”顾荣白发染血，怒目圆睁，最终力战而亡。顾氏满门，无论主支旁系，几乎被屠杀殆尽。百年望族，一日倾覆。
陆氏的坞堡同样未能幸免，被桓玄军攻破，付之一炬。陆靖死于乱军之中。陆氏积累的粮草被劫掠一空，反抗的族人尸体被抛入城外的太湖，湖水为之染赤。
当刘裕的先锋部队抵达吴郡时，看到的是仍在冒烟的残垣断壁，和堆积如山的尸体。空气中弥漫着令人作呕的焦糊味和血腥气。
刘裕面色阴沉如水。他下令全军戴孝，收敛顾、陆两族及无辜百姓的遗骸，在太湖畔择地集体安葬，并亲自祭奠。
站在巨大的坟茔前，刘裕对汇聚而来的幸存者、周边乡绅以及军中将士，发表了慷慨激昂的演说：
“桓玄逆贼！挟持天子，祸乱天下！屠戮忠良，荼毒江南！其罪滔天，罄竹难书！顾、陆诸公，为保江东，壮烈殉难，其志可嘉，其情可悯！”
他话锋一转，声音变得更加沉痛而坚定：“然，江南之乱，门阀拥兵自重、垄断利权，亦为根源之一！自今日起，我刘裕在此宣布：废除所有侨姓、吴姓门阀之免税、荫客特权！士庶一体纳粮，一体当差！所有门阀私占土地，除留足族人生计外，悉数没收，分予北府兵将士、阵亡家属及无地流民！”
此言一出，石破天惊！这不仅仅是针对桓玄的檄文，更是对延续了数百年的门阀政治的宣战书！
刘裕利用桓玄制造的权力真空和血腥恐怖，以“平定桓玄之乱、安抚吴地”为名，行彻底瓦解吴姓门阀核心势力之实。他不仅赢得了底层百姓和军人的拥护，更从根本上动摇了江东旧有的统治根基。