桓玄在吴郡的疯狂掠夺和屠杀，耗尽了他最后一点政治信誉。其“挟帝南巡”的队伍，变成了纯粹的流寇武装，沿途经过嘉兴、海盐、钱塘、余杭、宣城、广德、三地，无不重复着强征、屠戮、劫掠的戏码。
在嘉兴，掌控漕运与粮仓的褚氏、钱氏，在顾氏覆灭的阴影下不敢明抗，却暗中藏匿粮草，结果被桓玄察觉，钱氏宗主被腰斩，褚氏全族被编为“运粮队”，动辄打杀。
在海盐，掌控盐业与渔业的张氏、陈氏，因拒缴存盐和渔船，遭遇了焚毁盐场、斩杀宗主的命运，族人被强征为水军炮灰。
在钱塘，俞氏、罗氏依托山地坞堡抵抗，桓玄派兵仰攻，破堡后屠尽抵抗者，焚毁坞堡。
在余杭，掌控铁矿与木材的徐氏、鲍氏，因藏匿资源，宗主被剥皮示众，族人沦为苦役，山林被焚。
在宣城，桓玄甚至对自己本家旁支和周氏举起屠刀，以“宗族叛逆”为由，将其剿灭，彻底断绝后患。
在广德，依附周氏的陈氏、董氏，因据守茶场与药材库抵抗，被屠场焚库，核心族人被杀光。
在三地，势力较弱的庾氏、王氏，虽不敢反抗，却因暗中联络已被刘裕控制的建康本家，而被桓玄关押宗主，吞并私兵。
桓玄如同一股毁灭性的洪流，所过之处，寸草不生，将江东旧有的门阀秩序冲得七零八落。
而刘裕，则紧随其后。他不再仅仅是一个军事统帅，更像一个高明的政治医生和重建者。他的手段灵活而高效：
舆论攻势： 他派出手下文吏、探马，细致收集桓玄沿途屠族、抄家、强征、背信弃义的种种罪证，整理成详尽的文书公告，在各州郡广为张贴、宣读。同时，在他实际控制晋安帝后，立刻让这位傀儡皇帝颁布“罪己诏”，将江南乱象全部归咎于桓玄“挟帝乱政”，而刘裕则成了“奉天讨逆”、“勤王靖难”的正统代表。
区别抚恤： 他对被桓玄迫害的门阀，采取分化策略。对顾、陆等核心反抗者，坚决铲除其核心力量，只保留无威胁的旁支，且严禁其担任地方要职。对中小门阀、尤其是那些被桓玄屠戮后留下的旁支、以及大量失去依附的流民、部曲，则给予“抚恤”——发放少量粮食，象征性归还微不足道的财产，任命其中较听话或有能力者为地方小吏、里正，营造出“刘裕救民于水火”的仁德形象。
彻底收编： 所有被打散或主动投靠的门阀私兵、部曲、壮丁，全部被刘裕打散原有宗族编制，重新编入北府兵体系。他以“军功授田”为最核心的诱惑，承诺将来按战功分配土地，极大地强化了这些新附军队的忠诚度和战斗力。
接管命脉： 盐场、铁矿、漕运、渡口、粮仓、茶场、药材……所有从门阀手中夺来的战略资源和经济命脉，刘裕毫不客气地全部收归“朝廷”（实质上由北府兵集团掌控）。他设立“江南转运使”等一系列官职，由北府兵文官或可靠归附者担任，统一调配江南钱粮物资，彻底切断门阀复辟的经济基础。
启用寒门： 在各级地方官府出现的大量权力真空，刘裕大力选拔寒门士子、流民中涌现的首领、以及北府兵中有功的将士进行填补，开始构建一个忠于他个人、而非门第的新兴官僚体系。
土地改革： 这是最根本的一击。没收来的庞大土地，被分为两部分：一部分直接分给北府兵家属和无地流民，建立“军屯”与“民屯”，保障军粮和稳定社会；另一部分设为“官田”，租给佃农耕种，收取田租充实府库。
规范商贸： 统一货币与度量衡，由官方牢牢掌控盐、铁、茶、酒等专卖权，严厉打击门阀过去的垄断行为，同时鼓励南北贸易，增加财政收入。
轻徭薄赋： 在接管初期，宣布对饱经战乱的江南百姓减免半年到一年的赋税，休养生息，极大地缓解了桓玄暴政带来的创伤，赢得了广泛的民心支持，也为后续更大的战略行动（北伐）储备了国力。
当桓玄裹挟着残兵败将和劫掠来的财富，狼狈地逃到广陵，准备北渡淮河时，他的兵力已在沿途的厮杀、劫掠和内耗中损失过半。而他的身后，整个江东，虽然满目疮痍，却已经悄然改换了主人。一个以刘裕和北府兵为核心，融合了部分改造后门阀力量、大量寒门士子、以及广大平民支持的新秩序，正在血与火的废墟上，顽强地孕育、生长。
刘裕站在长江南岸，眺望着北方。他的目光，已经超越了江东，投向了那片更为广阔、与梦想的中原大地。何时才能拜访黑山吴笛先生去北方感受化液的仙灵之气。当下应该追剿逃入徐州的桓玄。
丹阳城头的烽烟尚未散尽，刘裕已勒马北望。江东的血色清算刚刚落幕，徐州的广袤土地又成为他必须踏足的棋局。桓玄如丧家之犬般沿中渎水向北逃窜，而刘裕要做的，不仅是追击穷寇，更要借此东风，将徐州这片门阀盘踞之地彻底纳入掌中。
他命刘穆之总揽江东善后，以徐羡之镇守建康，自己则亲率北府精锐，踏上了北伐徐州、清剿桓玄的征途。战船沿江西进，至广陵转入中渎水，这条古老的运河，此刻成了刘裕犁庭扫穴的利刃锋芒。
海陵地处淮河入海口，水网密布，盐田万顷。此地周氏、范氏倚仗地利，垄断盐利，筑坞自保。桓玄溃军过境时，周氏宗主周韬不仅献上大批粮盐犒军，更派私兵为向导，助其北窜。
刘裕大军甫一抵达，并未急于攻城，而是先派小股精锐，截断了周氏通往海边的私盐通道。随后，他下令在郡城四门张贴安民告示，宣布“只诛首恶，不问胁从”，同时开仓放粮。当饥肠辘辘的百姓捧着久违的粟米时，对周氏的忠诚便开始冰雪消融。
三日后，城中内应打开城门。北府兵直扑周氏坞堡。刘裕当众宣读周韬勾结桓玄、资敌叛国的罪状，并将其历年强占民田、逼死盐户的罪行一一公示。证据确凿，周韬面如死灰，瘫软在地。
“周韬之罪，罪在通敌，罪在虐民！”刘裕立于高台，声如洪钟，“依北府军法，斩立决！其家产，半数充作军资，半数散于受害盐户及本郡贫民！周氏所占盐田，悉数收归官营！”
刀光闪过，人头落地。围观百姓在片刻的死寂后，爆发出震天的欢呼。范氏见势，连夜绑了自家宗主，开城请降。刘裕顺势将海陵盐业收归官营，委派寒门出身的干吏管理，并招募当地盐户子弟加入北府水师。海陵，这颗淮盐明珠，就此易主。