吕布兵败后，在青琐门外驻马，焦急地对王允说：“大人，局势已经无法挽回，您快走吧！”王允却一脸坚定地回答：“安定国家，是我一生最大的心愿。如果不能实现，我愿意以身殉国。如今朝廷的幼主只能依靠我，在这种危难时刻，我怎能苟且偷生？你替我向关东的各位豪杰致谢，希望他们以国家为重。”李傕、郭汜等人攻入长安城后，屯兵在南宫掖门，他们疯狂地屠杀朝廷官员，太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等都惨遭杀害，死于这场战乱的官吏和百姓更是不计其数。
王允带着天子登上宣平城门，想要躲避战乱。李傕等人来到城门下，假装恭敬地伏地叩头。汉献帝愤怒地斥责他们：“你们怎能如此作威作福，放纵士兵肆意妄为？到底想干什么？”李傕等人却狡辩道：“董卓对陛下忠心耿耿，却无缘无故被吕布杀害。我们只是为董卓报仇，不敢有叛逆之心。等事情结束，我们愿意到廷尉那里去接受惩罚。”王允在走投无路的情况下，只能出城与李傕相见，结果李傕毫不留情，将王允以及他的妻子、宗族十多口人全部杀害。长安城中的百姓，无论男女老少，看到这一幕，都忍不住流下了伤心的泪水。
王允，字子师，是太原祁人。他年少时就有远大的志向和高尚的气节，名士郭泰见到他后，对他的才华和品德大为赞赏，惊叹道：“王生前途无量，有辅佐帝王的才能啊！”郭泰虽然在当时已经是声名远扬的前辈，但还是主动与王允结交为好友。后来，三公纷纷征召王允，他先后担任豫州刺史等重要官职，还曾征召荀爽、孔融为从事，之后又升迁为河南尹、尚书令。等到他成为司徒，一心扶持王室，坚守大臣的气节，从天子到满朝文武，都对他十分倚重。董卓也曾信任他，将朝廷的事务交给他处理。华峤曾评价说，士人凭借正直立身，依靠谋略成事，秉持大义成就功名。王允当初接近董卓并分化他的权力，寻找时机揭露他的罪行，在当时那种复杂的局势下，他的做法看似与董卓合作，实则是为了拯救天下。他的出发点是忠义，所以接近董卓并非失去正道，分化权力也不算不义，寻找时机更不是奸诈，正是因为他的谋略和大义，才让他的行动最终回归到正道上。
李傕等人在报复完之后，将董卓安葬在郿地。可没想到，葬礼当天，突然狂风暴雨大作，董卓的坟墓被雷电击中，雨水灌进墓室，他的棺椁都被冲走了，仿佛连上天都在对他的恶行表示愤怒。
李傕因这次叛乱，被封为车骑将军、池阳侯，还兼任司隶校尉，持节都督军事；郭汜被封为后将军、美阳侯；樊稠被封为右将军、万年侯。他们三人掌控了朝政大权，在长安城中肆意妄为。而张济则被封为骠骑将军、平阳侯，屯兵在弘农。自此，长安又陷入了李傕、郭汜等人的黑暗统治之下，百姓们依旧生活在水深火热之中，看不到一丝希望。
这一年，韩遂、马腾等人率部归降，来到了长安。朝廷为安抚他们，封韩遂为镇西将军，命他返回凉州；封马腾为征西将军，让其屯兵郿地。然而，看似平静的局势下，一场新的阴谋正在悄然酝酿。
侍中马宇、谏议大夫种邵和左中郎将刘范等人凑在一起，秘密谋划着一场大事。他们打算让马腾率军突袭长安，自己则在城中作为内应，一举诛杀李傕、郭汜等人，从而夺回朝廷大权，拯救汉室于水火。
马腾接到计划后，立即率领大军向长安进发，很快就抵达了长平观。可没想到，他们的计划泄露了。李傕等人得知消息后，迅速做出反应。马宇等人见事情败露，吓得赶紧逃出长安，躲到了槐里。
樊稠奉命出击，迎战马腾。双方在战场上展开了激烈厮杀，喊杀声震天。马腾的军队虽勇猛，但樊稠指挥有方，马腾渐渐抵挡不住，最终战败，只能带着残兵败将退回凉州。樊稠乘胜追击，又攻打槐里。在他的猛烈进攻下，马宇等人孤立无援，最终都死在了这场战乱之中。
此时的长安及周边地区，也就是三辅之地，原本还有数十万户百姓。但李傕、郭汜等人掌权后，放纵士兵烧杀抢掠，所到之处，城邑被洗劫一空。百姓们陷入了极度的饥饿和困境，在短短两年时间里，很多人甚至被迫相互残食，人口锐减，曾经繁华的三辅地区变得一片荒芜，到处都是残垣断壁和饿殍遍野的凄惨景象。
有一次，汉献帝看到宫中的宫女们大多没有衣服穿，心生怜悯，想要打开御府，拿出丝绸布匹分给她们。李傕却坚决反对，他不耐烦地说：“宫里面不是有衣服吗，干嘛还要再做？”后来，汉献帝下诏卖掉宫中一百多匹马，让御府和大司农拿出两万匹杂色丝绸，用卖马的钱和这些丝绸，赏赐给公卿大臣以及那些生活困苦、无法生存的贫民。李傕却贪心不足，他声称自己的仓库储备不足，把这些财物全部拉到了自己的军营。贾诩劝他：“这是皇上的旨意，不能违抗。”可李傕根本不听。
随着时间的推移，李傕、郭汜等人内部的矛盾也越来越深，为了争夺权力，他们之间的争斗愈发激烈。
樊稠在追击马腾、韩遂的过程中，曾与韩遂有过一番交谈。韩遂对樊稠说：“这天下局势变幻莫测，谁也说不准以后会怎样。我们之间本来就没有私人恩怨，都是为了朝廷的事。咱们又是同乡，虽然现在有些小分歧，但从长远来看，还是应该齐心协力。我想和你好好聊聊，再道个别。万一以后有什么变故，咱们还能再见面吗？”说完，两人都下马，走到一起，手臂相交，交谈了很久才分开。
李傕的侄子李利当时也跟着樊稠，他回去后，把看到的这一幕告诉了李傕，还添油加醋地说：“韩遂和樊稠交头接耳，也不知道在说些什么，看起来关系很亲密。”李傕听后，心中顿时起了疑心，怀疑樊稠和韩遂私下勾结，有了异心。
后来，樊稠想要带兵东出函谷关，便向李傕请求增加兵力。李傕觉得这是个除掉樊稠的好机会，于是假意邀请樊稠来开会。就在会议上，李傕突然下令，将樊稠杀害，并吞并了他的军队。
樊稠死后，郭汜和李傕之间的矛盾也彻底爆发了。李傕经常设宴请郭汜喝酒，有时还留他在自己府上留宿。郭汜的妻子担心李傕会和郭汜的婢妾有染，从而夺走郭汜对自己的宠爱，便想着要离间他们。有一次，李傕派人给郭汜送食物，郭汜的妻子趁机把豆豉当成毒药，在郭汜准备吃的时候，她赶紧阻拦说：“这食物是外面送来的，说不定有问题！”还把所谓的“毒药”拿给郭汜看，挑拨道：“一只栖息的鸟窝容不下两只雄鸟，我就知道你太轻信李傕了。”
后来，李傕又请郭汜喝酒，郭汜喝得大醉。他想起妻子的话，心里怀疑李傕在酒里下了毒，吓得赶紧喝了些粪汁来解毒。从那以后，两人之间的嫌隙越来越深，各自整顿兵马，在长安城中展开了激烈的战斗。
李傕为了掌控局势，竟然将汉献帝劫持到自己的军营里。他命人烧毁宫殿城门，抢夺官署，把皇帝的乘舆、服饰、御用物品等全部搬到自己家中。汉献帝被困在军营里，生活十分困苦。当时正值盛夏，天气炎热，可李傕却不给皇帝和随行的侍臣们提供足够的食物和水。汉献帝向李傕索要五斛米、五具牛骨，想分给身边的人，李傕却不屑地说：“早晚都有饭吃，要米干什么？”然后只给了一些腐臭的牛骨，这些骨头臭气熏天，根本无法食用。汉献帝大怒，想要斥责李傕，侍中杨琦赶忙劝阻说：“李傕是边地之人，习惯了蛮夷的风气。他现在也知道自己犯下了大逆不道的罪行，心里一直很不安。他还想把陛下您带到黄白城去，以发泄心中的怨恨。陛下您还是先忍耐一下，不要轻易暴露他的罪行。”汉献帝无奈，只好听从了杨琦的建议。
李傕把司徒赵温也关在了军营的坞中，因为赵温不与他同流合污。赵温得知李傕想把皇帝转移到黄白城，便写信劝他：“你之前打着为董卓报仇的旗号，实际上却屠城陷池，杀害大臣，天下人都对你的所作所为看得清清楚楚。现在你和郭汜为了一点小事就结下深仇大恨，百姓们都生活在水深火热之中，苦不堪言。朝廷多次下诏，希望你们和解，可你们却置若罔闻。你现在还想把皇帝带到黄白城，我实在是想不明白。《易经》里说，一次犯错是过错，两次犯错就是过分，三次还不知悔改，就会招来灭顶之灾。你不如早点和郭汜和解，带兵回营屯守，这样对上能安定皇上，对下能保全百姓，这难道不是一件大好事吗？”李傕看完信后，气得暴跳如雷，想要派人去杀害赵温。幸好赵温以前的属吏、李傕的堂弟李应极力劝阻，过了好几天，李傕才打消了这个念头。