宇宙新平衡的虹光尚未褪去，穿梭舰的星图警报突然爆鸣。林婉的晶化右手不受控制地颤抖，《混沌医典》燃烧的书页间，浮现出用骨灰书写的古老坐标——银河系旋臂深处，一座由历代名医墓碑组成的巨型矩阵正在悄然成型。秦逸的观测者之力封印剧烈震颤，银针碎片自动排列成锁链形态：“那是初代道侣遗留的‘因果刑场’，每块墓碑都封存着一位医者的终极遗憾。”
当同盟舰队抵达目的地，眼前的景象令人窒息。数以万计的墓碑悬浮在暗物质洪流中，每座墓碑都刻满扭曲的医疗符文，碑顶的烛火明灭不定，映照出碑文上用鲜血书写的“罪证”。望舒的基因烙印与灵枢族生命树产生共鸣，少年的盲眼泛起血色光芒：“这些墓碑...在吞噬过往医者的灵魂，他们的悔恨正在实体化！”
林婉挥动因果锚试图靠近核心墓碑，金色光芒却在触及碑阵的瞬间被转化为黑色锁链，缠住她的脚踝。“这是因果闭环！”秦逸将银针刺入地面，银芒与锁链碰撞出火星，“每座墓碑都是一个独立的因果循环，只有完成十万次‘完美手术’，才能打破矩阵。但每次成功救治，都会加速墓碑的熵化进程！”
战斗在诡异的寂静中展开。林婉陷入华佗的开颅手术场景，患者的脑部竟生长出熵化藤蔓，她必须在维持生命体征的同时，用因果锚斩断根源；秦逸则遭遇张仲景的伤寒瘟疫现场，银针需精准定位病毒核心，同时安抚被感染的亡魂。而望舒面对的是灵枢族最后的医者，他的笛声必须穿透千年病痛记忆，唤醒被封印的治愈之力。
随着手术次数增加，碑阵的压迫感愈发沉重。李时珍的墓碑突然显灵，石质手臂抓住林婉的肩膀：“小姑娘，救一人而毁万人，可乎？”林婉望向手术台上因治疗而加速熵化的患者，咬牙折断平衡裁决刃的尖端：“当救眼前人！”断刃的光芒照亮碑阵，引发了连锁反应——无数医者残魂从墓碑中苏醒，他们虽被熵化侵蚀，却仍保持着行医的本能。
齿轮组织的残余势力趁机发动袭击。他们驾驶着由墓碑碎片拼凑的“罪医战舰”，舰炮发射的不是弹药，而是具象化的医疗事故记忆。林婉的晶化右手传来灼烧感，她看到自己最失败的救治案例在眼前重现；秦逸的观测者之力封印濒临崩溃，无数个“失败的自己”从虚空中走出。
关键时刻，星孩双体的意识降临。善体的光芒驱散部分熵化记忆，恶体则以混沌之力扰乱敌人阵型。望舒将灵枢族生命法典融入笛声，音波化作巨树根系，缠绕住罪医战舰。而林婉与秦逸在残魂医者的帮助下，找到了碑阵的核心——初代道侣的忏悔碑。碑中封存着她创造熵主时，牺牲万千医者灵魂的真相。
“打破它！”林婉的因果锚与秦逸的银针同时刺入石碑。当碑文崩解的瞬间，十万座墓碑发出悲鸣，被困的灵魂终于得到解脱。但代价随之而来——碑阵开始不可逆的坍缩，形成吞噬一切的因果漩涡。林婉用最后的力量展开共鸣链，召集全宇宙医者的信任之力，在漩涡中心构建逃生通道。
当众人脱险时，万医碑林已化作一颗死寂的黑星。秦逸的身体变得愈发透明，他握紧林婉的手：“碑阵的崩塌，让初代道侣的部分意识残片流入宇宙。”林婉望着手中断裂的裁决刃，刃口闪烁着诡异的红光：“齿轮组织不会善罢甘休，而我们...必须在意识残片酿成大祸前，找到彻底终结的方法。”在宇宙的暗处，某个被遗忘的星域，一块刻满初代道侣符文的石碑正在缓缓升起，碑顶的烛火重新点燃，预示着新的危机即将降临。