灵枢之战结束后的第七个月圆夜，混元树突然发出刺耳的嗡鸣，万千枝叶如触手般疯狂扭动，树干表面浮现出细密的裂痕。正在树下修炼的陈阳、林婉、秦逸与苏清瑶同时被一股神秘力量包裹，意识瞬间被拽入一个由光影交织的虚幻空间。在这里，他们看到宇宙深处那颗神秘种子破土而出，生长出的植株竟同时绽放圣洁白光与诡异紫芒，每片花瓣都在演绎着创世与毁灭的双重景象。
“这颗种子......竟融合了光明与黑暗的本源之力！”陈阳眉头紧锁，识海中《九幽真解》的残韵剧烈震颤，浮现出“混沌再临，混元重铸”的血色文字。话音未落，混元树的裂痕中渗出暗金色液体，在空中凝结成一幅星图，图中标记的坐标直指三界之外的「归墟旧地」——曾经万魔溯本归源之处，如今却散发着比往昔更危险的气息。
四人不敢耽搁，立即施展秘法前往归墟。然而当他们抵达时，却发现这里早已面目全非。曾经的深渊巨殿消失不见，取而代之的是一片由液态时空构成的汪洋，水面上漂浮着无数记忆碎片：有他们与黑袍人的历次交锋，有暗渊主宰的恐怖威压，甚至还有尚未发生的未来景象——三界被一株参天巨树贯穿，树的根系吸收着万物生机，树冠则喷射出毁灭一切的暗紫色光束。
“这些碎片是时空乱流的具象化！”苏清瑶玉箫轻颤，吹奏出探查音波，却见音波接触水面的瞬间便扭曲成尖锐的悲鸣，“归墟的法则已彻底紊乱，我们每走一步都可能陷入不同的时空陷阱。”她的话音刚落，秦逸脚下的水面突然裂开，一只布满时空纹路的巨手将他拽入水中。
“秦逸！”林婉挥剑斩向巨手，青鸾真火与星图钥匙的力量融合，却发现火焰在触及巨手的刹那开始倒流。陈阳立即施展混元结界，将众人笼罩其中，可结界表面的光芒在时空乱流的侵蚀下不断明灭。危机时刻，秦逸从水中冲出，周身缠绕着暗金色锁链，眼中闪烁着陌生的紫芒。
“小心！他被时空之力侵蚀了心神！”陈阳大喝一声，混元剑化作万千剑影，试图压制秦逸身上的异变。然而秦逸却展现出惊人的力量，雷鞭挥出的不再是金色雷霆，而是能吞噬光线的暗雷。林婉见状，将自身精血注入软剑，青鸾真火与秦逸体内残留的雷狱本源产生共鸣，赤红光芒闪过，终于将他眼中的紫芒驱散。
“刚在水下，我看到了种子的本体......”秦逸喘着粗气，指向归墟深处，“它就悬浮在时空漩涡的中心，每一次脉动都在改写周围的法则。”四人顺着他所指的方向望去，只见一个巨大的漩涡正在成型，漩涡中心，那颗神秘种子已经长成树苗，树干上刻满与混元树相似却截然相反的符文。
当他们靠近树苗时，树苗突然绽放出刺目的光芒，将四人分别卷入不同的时空幻境。林婉置身于青鸾宗被彻底摧毁的末日场景，无数魔化生物啃食着弟子的残骸；秦逸被困在永恒的雷暴中，每道劈下的雷霆都带着暗渊的腐蚀之力；苏清瑶的玉箫寸寸碎裂，音道传承在她眼前化为乌有；而陈阳则直面混元树的枯萎，三界在他面前分崩离析。
“这些都是幻象！”陈阳咬破舌尖，以疼痛唤醒神识，“混元之道，唯心不破！”他的怒吼声穿透时空，惊醒了陷入幻境的同伴。四人同时运转混元之力，在各自的幻境中斩破虚妄。当他们的力量在现实中汇聚，竟在树苗周围形成一个微型的混元宇宙，与树苗散发的混沌之力相互抗衡。
树苗感受到威胁，突然发出婴儿啼哭般的声音。时空漩涡开始崩塌，无数暗紫色藤蔓从树苗根部伸出，藤蔓上结满了蕴含毁灭之力的果实。这些果实一旦成熟落地，三界必将重蹈覆辙。千钧一发之际，混元树的力量跨越时空传来，与四人的混元之力融合，在混沌树苗上方凝聚出一道开天辟地的剑光......