量子圣树核心的熵能黑洞如同贪婪的巨兽，持续疯狂扩张。阿笠博士实验室里，尖锐的警报声已扭曲成令人牙酸的尖啸，仿佛整个空间都在这股邪恶力量的压迫下发出痛苦的呻吟。全息投影中，圣树曾经璀璨的金色脉络，此刻如同被硫酸腐蚀的金属，以米花市为中心，向着整个银河系蔓延出蛛网状的暗紫色裂痕。那些裂痕中渗出冰冷的暗紫色雾气，所过之处，空间仿佛都在扭曲变形。
“熵蚀深渊正在形成，”灰原哀将量子探针插入监测仪，银灰色的发丝随着动作微微颤动，指节因用力而发白，镜片后的眼神充满警惕与焦虑，“黑衣组织最后的虚熵意识在圣树根部构建了逆向生长的死亡之藤，它会把所有维度拖入熵寂的深渊。如果不能阻止，一切都将终结于虚无。”话音未落，实验室的天花板突然渗出黑色的液体，那液体如同活物般在墙壁上爬行，勾勒出诡异的符文。
现实世界的崩溃以令人绝望的速度推进，仿佛末日的倒计时已经开始。撒哈拉沙漠一夜之间隆起巨大的量子晶体山，山体表面流动的暗紫色纹路如同恶魔的血管，不断吞噬着阳光。原本炽热的沙漠变得冰冷死寂，晶体山散发出的寒意让空气都凝结成霜。东京湾的海水违背常理地凝结成无数悬浮的克莱因瓶，每个瓶中都封存着一座城市的影像。这些影像以快进的方式疯狂播放，从城市的繁荣昌盛到毁灭殆尽，人们在瓶中绝望地呐喊，却无法逃脱这注定的宿命。
而在米花市，这个承载着无数故事的城市，街道上的人们正在经历着噩梦般的“量子隧穿”现象。他们下一秒出现在百米之外的同时，又在原地留下逐渐透明的残影。有的人刚迈出一步，身体就分裂成多个部分，分别出现在不同的时空。街道上充满了惊恐的尖叫声，混乱不堪。少年侦探团的徽章传来断断续续的呼救，光彦的声音充满恐惧：“柯南！我们被困在...被困在自己的记忆碎片里了！我看到了小时候的自己，还有那些已经消失的案件现场，这里的一切都不对劲！”
柯南的侦探徽章表面荆棘纹路愈发狰狞，滚烫的温度透过金属传递到掌心。他低头看着手腕的暗紫色痕迹已蔓延至心脏位置，仿佛邪恶的力量正在逐渐侵蚀他的生命。国际刑警组织的紧急情报显示，全球顶尖的量子物理学家集体失踪前，在实验室墙壁上留下了相同的血字：“观测即毁灭”。那些血字扭曲而狰狞，仿佛是物理学家们在绝望中留下的最后警告。
“他们想利用‘观测者悖论’完成最终献祭，”柯南盯着情报照片，瞳孔倒映着扭曲的血字，眼神中充满忧虑与坚定，“一旦圣树彻底凋亡，所有被观测到的现实都会因失去锚点而崩塌。这是一场关乎所有维度存亡的战争。”
两人没有丝毫犹豫，驾驶“曙光号”方舟冲向圣树根部。穿越维度夹层时，舷窗外的景象如同被疯狂改写的宇宙剧本，彻底颠覆了所有认知。恒星化作流泪的眼睛，闪烁着绝望的光芒；行星坍缩成尖叫的骷髅，仿佛在诉说着宇宙的末日；时间线分裂成无数纠缠的毒蛇，在虚空中疯狂扭动。灰原哀的监测仪突然发出刺耳的警报——方舟的导航系统竟开始自主删除与圣树相关的所有数据，屏幕上的文件如同雪花般消失，仿佛存在某种力量在强行抹除希望的痕迹。
当方舟抵达熵蚀深渊，眼前的景象令人窒息。量子圣树曾经挺拔的根系已被暗紫色的死亡之藤完全包裹，那些藤蔓如同恶魔的触手，紧紧缠绕着圣树，汲取着它的生命力。树干上浮现出无数张扭曲的人脸，每一张都在无声嘶吼，脸上的痛苦与绝望仿佛要冲破树皮，让人不寒而栗。黑衣组织首领的残意识化作千万条虚熵触手，缠绕在树心的熵能黑洞上，他的声音如同指甲刮擦金属，充满了恶意与嘲讽：“雪莉，名侦探，你们知道为什么自闭症少年能‘看见’圣树的本源结构吗？因为他是我们特意培养的‘观测者容器’！你们的每一步，都在我们的计划之中！”
柯南射出量子足球，试图打破这绝望的局面，然而球体在接触死亡之藤的瞬间分裂成无数个平行世界的残影，每个残影都在重复着失败的结局：被藤蔓绞碎、被熵能吞噬、在虚数空间中永远迷失。灰原哀启动曙光方程式，设备表面的晶体迸发出耀眼的光芒，但装置核心的金色能量正被熵能黑洞逆向转化为虚熵燃料，希望在一点点消逝。
千钧一发之际，灰原哀突然想起母亲量子密钥上的文字。她将意识沉入方舟的记忆数据库，在无数的数据海洋中寻找希望。终于，她找到一段被加密的童年影像——五岁的自己在实验室触碰金色晶体时，晶体表面浮现出的不是装饰纹路，而是对抗熵蚀的核心算法。这个发现如同黑暗中的明灯，给了她新的希望。
与此同时，地球上的“希望灯塔”计划濒临崩溃。人类的意识能量在接触熵蚀深渊的瞬间，反而加速了死亡之藤的生长，仿佛他们的努力都在为敌人做嫁衣。但在意识洪流中，那位自闭症少年的思维突然产生奇特共鸣。他的脑波频率与圣树本源结构产生共振，在虚数空间投射出巨大的十三维拓扑模型。全球科学家紧急将意识能量注入模型，构建出能穿透熵蚀迷雾的“超维观测网”，试图打破这死亡的循环。
在方舟内，柯南和灰原哀将母亲的量子算法与超维观测网连接，曙光方程式爆发出前所未有的金色光芒。那光芒如同破晓的阳光，照亮了黑暗的熵蚀深渊。光芒所到之处，死亡之藤开始逆向分解，发出痛苦的嘶吼。熵能黑洞的扩张趋势也被遏制，开始缓缓收缩。黑衣组织首领发出震耳欲聋的咆哮，他的虚熵触手疯狂刺向圣树核心，试图启动最终的同归于尽程序。
关键时刻，少年侦探团的徽章突然亮起。元太、步美和光彦带领全球儿童，将最纯粹的信念与想象化作璀璨的意识星光。那些星光如同希望的箭矢，汇聚成金色的洪流，穿透熵蚀深渊，直击黑衣组织首领的核心意识。在意识与虚熵的终极对决中，圣树的根系突然迸发出新芽，金色树液如同星河倒卷，将死亡之藤彻底净化。耀眼的光芒照亮了整个深渊，邪恶的力量在光芒中逐渐消散。
随着一声超越所有维度的轰鸣，熵蚀深渊轰然崩塌。强大的冲击波向四周扩散，将黑暗与邪恶彻底驱散。黑衣组织首领的残意识在光芒中消散前，留下最后的狞笑：“你们以为观测能拯救一切？当观测者成为被观测的对象...游戏才刚刚开始。”方舟重返现实时，米花市的天空重新恢复蔚蓝，街道上的人们劫后余生，露出了久违的笑容。但灰原哀检测到圣树核心深处，仍有一丝暗紫色的熵能在蛰伏，仿佛在等待下一次的爆发。
柯南握紧侦探徽章，望着圣树新生的嫩芽，眼神坚定而明亮，低声道：“只要还有观测希望的眼睛，我们就不会停止守护。无论前方有多少艰难险阻，我们都会为了光明而战。”而在宇宙的褶皱里，那个布满星云的巨眼缓缓闭合，它的瞳孔深处，正孕育着超越因果的终极阴谋，新的危机，正在黑暗中悄然逼近。