清军在突围之际，已无暇顾及这些投降南堂的官员，只能将他们全部遗弃，其中包括被关押在守备府的弘光帝朱由崧。
待明军彻底收复南京后，许多人企图伪装成平民逃离，却都被城外的明军侦察营和锦衣卫擒获，送入大牢。
在与清军激战于城内时，明军曾掩护百姓撤至外城，并设立临时难民营，清军败逃后，朱慈烺号召百姓重返家园，重建南京城。
朝廷不仅提供食宿，还资助城中百姓重建房舍，于是难民营的百姓纷纷响应，积极投身家园重建。
那些变节之人唯恐遭到清算，意图离开南京，由于行为异常，很快便被锦衣卫盯上并抓获。
朱由崧原本被关在南京守备府，听闻太子的军队入城之后，羞愧不已，准备效仿崇祯帝自缢，保留帝王尊严。
但一直到被冲进来的明军控制，也没敢踏上板凳，介于太子还没发落其罪，就将其软禁在守备府，等候太子发落。
朱由崧委任的宗理令崇王朱慈?，以及惠王朱常润、潞王朱常淓，在清军入城时，唯恐被清军抓获，第一时间就投了降，还带着一群郡王。
只有吉王朱慈煃选择跟着周王一脉冒险出城，清军于明军作战之时，将宗室成员都关在内宫诸间之中。
明军入城之后，宗室也没有逃跑，因为他们不相信朱慈烺敢冒天下之大不韪，对他们怎么样，只是写了请罪书为自己辩解。
先前得益于城中的投降派，清军才攻入城中，比如赵之龙、阮大铖、卢九德等人均被抓获，马士英没有投降，而是隐藏于城中，也被揪了出来。
第二日清晨，皇极门前气氛庄重，朱慈烺在此召集群臣，投降派中的勋贵、文官武将，以及宗室成员皆被押解至此，站立于场中。
朱慈烺身着红色龙纹常服，头戴翼善冠，坐在皇极门前，左侧是身穿蟒袍的吴长喜，右侧是曹化淳，李若琏则身着飞鱼服，带领一队盔甲鲜明的大汉将军威严地站在两侧。
众官员向朱慈烺行过礼后，纷纷将目光投向场中的这些亲王、勋贵和文官武将，朱慈烺心中的气不打一处来，他已仔细核对过名单，发现这些人依旧是历史上那些选择投降的人。
不说原本历史上，这些人面对清军围城，一枪没打就开城投了降，今世的所作所为，也然无法让朱慈烺轻易饶了他们。
朱慈烺昨夜已与参谋部对这场战争进行了深入的复盘，并向魏国公详细了解了南京城沦陷的来龙去脉。
撇开那些人的福王拥立之举不谈，单就协助清军破城这一项罪行而言，这已是死罪难逃，若非投降派从中作梗，清军很可能在几面夹击之下全军覆没。
明军也不必以如此惨重的代价，在城中与清军艰苦奋战十多日，幸而明军在人数上占据优势，否则这场战斗的胜负还难以预料。
朱慈烺冷冷地注视着这些人，语气中透露出不可违抗的威严：“把帽子都给孤摘下来！”
场中的投降派们反应各异，一些人老老实实地摘下了帽子，而另一些人则迟迟不敢动。
见状，曹化淳手中的朝鞭猛烈挥动，发出清脆的啪啪声，尽管年事已高，曹化淳却依然精气神十足，他怒声斥责道：“殿下命你们去冠，还不遵从！”
站在两侧的大汉将军齐刷刷地向前迈出一步，声势逼人，场中投降派的几百人见状，只能乖乖地摘下头顶的帽子。
果然，其中三分之一的人露出了光溜溜的脑袋，包括保国公朱国弼、忻城伯赵之龙、礼部尚书钱谦益，右都御史唐世济等显赫人物，均已剃成了光头。
清军一入城，许多投降派人士不愿剃头，而赵之龙等人为了在多铎面前邀功请赏，竟主动剃头，并留了金钱鼠尾辫以示效忠。
明军收复南京后，这些人见风使舵，又慌忙把辫子剃去，好几个人都跑到了寺庙中躲避，钱谦益就是一个典型，在鸡鸣寺被捕。
锦衣卫在城中搜捕之际，差点将他漏网，幸得其妾室柳如是义愤填膺，主动向锦衣卫检举钱谦益的虚伪行径，这才将他抓获归案。
钱谦益原本相约于柳如是一同投池殉国，被以水冷拒绝，清军入城之后，竟称头顶奇痒难耐，主动剃了头，柳如是对其彻底失望。
钱谦益躲进寺庙之时，告诫柳如是，让其称他是主动出家，为崇祯帝祈福才出动出家为僧的，锦衣卫上门拿人时，柳如是主动相告。
锦衣卫找到钱谦益之后，顺着这个思路，又在南京城中不少寺院抓获了许多剃头的勋贵和官员，柳如是算是立了大功。
看着这些人，朱慈烺也懒得废话，当众宣布凡是投降派之人，一律革除爵位和官身，先行收监，日后等待三司会审。
而投降的宗室，如崇王等人，直接以投敌叛国罪除国，日后交由宗理院发落，至于朱由崧，则是令其去除帝号，同崇王等人一起收监，等待日后发落。
朱慈烺没有将这些赶尽杀绝的想法，决定先暂时收监，等待朝廷的的框架组织完善之后，在进行审理判决。
朱慈烺内心有一个量刑标准，就是这些人在原本历史上的所作为所为，比如钱谦益，其虽然丧失气节，但投降后暗中组织复明。
凭借这一点，今世也可免其死罪，但像刘泽清、刘良佐、这种不论是原本历史还是现在，都是罪大恶极之人，定然必死无疑。
切朱慈烺也不打算让他们死的那么简单，必须举办公审大会，当众宣布其罪行，然后游街，最后处以极刑。
这样做才对的起被他们迫害的百姓，也能对百姓和军队将领起到很好的警示作用，同时朱慈烺还准备举办献俘仪式，振奋百姓抗清的决心。
朱慈烺在方岳贡的奏书中，已经知道了第二军团长高第被抓和野战四师损失惨重的事宜，也知道了郭云龙已经在奇袭辽东的计划取得了成效。
等山东众人迁来南京之后，所有框架都得重新调整，朱慈烺也令人向远在福州的朱聿键传信，令其带定王等人返回南都。