1913年7月12日凌晨，江西湖口的炮声划破了长江的晨雾。李烈钧站在炮台之上，望着对岸北洋军的营地，手中的令旗一挥：“开炮！” 轰鸣的炮声中，他身后的士兵举起“讨袁军”的白旗呐喊，拉开了二次革命的序幕。
宋教仁的灵柩停在上海静安寺时，孙中山就从日本赶回了国内。4月27日，他在黄兴的寓所召开紧急会议，桌上摊着宋案的密电证据。“袁世凯暗杀元勋，破坏约法，已暴露反革命真面目！”孙中山一掌拍在桌上，茶碗震得叮当响，“我辈唯有起兵讨袁，否则共和亡无日矣！”
可座下的响应者寥寥。黄兴皱着眉翻看各地兵力报表：“先生，北洋军有十万之众，且装备精良，我军散在南方各省，合计不足五万，饷械两缺，仓促起兵必败。” 陈其美叼着烟枪敲桌面：“沪军新编不久，士兵多是街头流民，怕是顶不住冯国璋的攻势。” 更有人顾虑：“一旦开战，百姓又要遭兵燹之苦，不如先通过法律弹劾袁世凯。”
两派争执不下，孙中山气得发抖：“钝初（宋教仁）用生命证明，法律解决之路已死！你们不敢打，我独自去广东！” 据《孙中山全集》记载，他甚至写下血书：“袁贼不倒，民国不立，誓死讨贼，舍我其谁！” 可现实的困境摆在眼前：广东都督胡汉民被袁世凯免职，湖南都督谭延闿态度暧昧，江西的李烈钧虽愿举兵，却也坦言“赣军仅能自保”。
袁世凯也加快了动作，他利用“善后大借款”从五国银行团搞到2500万英镑军费，一边扩充北洋军，一边下令罢免李烈钧、胡汉民、柏文蔚三位革命党都督，釜底抽薪。6月18日，李烈钧接到免职令时，正在湖口的水师营视察，他把公文撕成碎片扔进长江：“袁贼想削我兵权？除非江水倒流！” 这句怒言，成了二次革命的先声。
7月8日，李烈钧潜回江西，在湖口成立“讨袁军总司令部”。他在誓师大会上举着宋教仁的遗像：“钝初未竟之业，我辈当以血继之！” 士兵们举枪响应，声震山谷，可他们手中的步枪，半数是清末的老毛瑟，子弹每人只发五发。李烈钧的参谋长在日记里写：“将士有必死之心，奈何器械窳劣，粮饷不济，恐难持久。”（《湖口起义史料》）
湖口的炮声点燃了南方的烽火。7月15日，黄兴抵达南京，迫使江苏都督程德全宣布独立，自任“江苏讨袁军总司令”。他站在都督府的地图前，手指划过安徽、上海、福建：“只要我们守住南京，安徽柏文蔚、上海陈其美、福建许崇智必能响应，形成掎角之势。” 可话音刚落，安徽传来急报：柏文蔚刚宣布独立，部下胡万泰就被袁世凯策反，连夜包围了都督府。
上海局势同样不妙。陈其美计划攻打江南制造局，原本联络好的海军舰队司令被袁世凯用二十万银元收买。7月23日深夜，讨袁军向制造局发起进攻，子弹打在厚实的城墙上弹飞，而局内的北洋军架起机枪扫射，冲在前面的士兵成片倒下。
湖南的谭延闿表面通电“响应讨袁”，却按兵不动，暗地里给袁世凯发密电：“湘省局势稳定，绝无异动。” 当江西、江苏战事吃紧，李烈钧派人求援时，他推说“湘军未整训，恐难当大任”，眼睁睁看着友军陷入重围。这种首鼠两端，让孙中山在上海气得拍案：“谭延闿误我！”
即便是真心举义的省份，也难敌北洋军的攻势。安徽柏文蔚兵败逃亡，福建许崇智寡不敌众，广东龙济光（袁世凯亲信）趁机反攻，革命党人苦心经营的南方根据地，短短一个月就丢了大半。《申报》记者在前线见闻中写道：“讨袁军号令不一，如散沙聚堆，有的部队上午还在作战，下午就因无粮溃散，百姓避之不及，哀鸿遍野。”
南京成了最后的据点。黄兴亲自坐镇紫金山炮台，可炮弹打出去三发就有两发不炸——这些都是清末的库存弹药。8月13日，冯国璋的北洋军打到城下，张勋的辫子军也从侧翼包抄而至，8月14日，北洋军的重炮轰开了南京太平门。张勋的辫子军如潮水般涌入，见人就杀，见房就烧。秦淮河畔的商铺被抢空，夫子庙的戏台成了刑场，有士兵因剪了辫子被当作“革命党”砍头，尸体顺流而下，染红了江面。美国传教士史密斯在日记里写：“城破之日，火光冲天，哭喊之声彻夜不绝，这哪里是讨袁，分明是生灵涂炭。”
此时的黄兴已无力回天。8月29日夜，他在日本领事馆的帮助下，乘“龙田丸”商轮撤离南京。站在甲板上回望，南京城的火光映红了夜空，他突然对随从苦笑：“我等苦心经营十余年，竟不敌袁贼一旅之师？”
南京失守后，讨袁军的防线彻底崩溃。8月18日，南昌被北洋军攻陷，李烈钧带着残部躲进庐山，身边只剩数十人；9月1日，张勋的辫子军开进南京，纵兵烧杀三日，英国领事估计“平民死伤逾万”；上海制造局的枪声停了，陈其美化妆成商人逃往日本；安徽、福建的讨袁军相继解散，将领们或流亡，或投降，曾经轰轰烈烈的二次革命，短短两个月就烟消云散。
袁世凯在北京新华宫摆起了庆功宴。他举起酒杯对段祺瑞说：“孙文、黄兴之流，不过跳梁小丑！” 随即下旨通缉“乱党”：孙中山、黄兴、李烈钧等二十九人被列为“国事犯”，悬赏金额从五千元到十万元不等。上海《时报》刊登的通缉令上，孙中山的照片被画了红圈，旁边写着“就地正法”。
南京的讨袁军士兵被俘后，北洋军把他们绑在铁轨上，用火车活活碾死，铁轨旁的野草半年后还是黑紫色；江西的农会会员因支援过讨袁军，被北洋军集体活埋；革命党人朱执信在广州被捕，临刑前骂不绝口，刽子手用棉花塞住他的嘴，鲜血却从嘴角涌出，染红了胸前的“共和”徽章。
流亡日本的轮船上，孙中山望着东海的浪涛，对身边的胡汉民说：“此次失败，非袁氏太强，乃我等太弱。” 他手里攥着一份从国内带出来的报纸，上面是袁世凯解散国会的公告——那个宋教仁用生命扞卫的议会，终究成了空谈。船舷边，黄兴的身影被月光拉得很长，他刚给国内友人写了封信，末尾说：“共和之路，道阻且长，我辈唯有死战，再无退路。”
东京的流亡寓所里，革命党人召开了一次沉痛的会议。有人痛哭流涕，有人互相指责，有人主张“暂停革命，等待时机”。孙中山站起身，目光如炬：“失败乃成功之母，此次虽败，却让国人看清了袁世凯的真面目。我等当重组政党，再举义旗！” 1914年7月，他在东京成立“中华革命党”，要求党员宣誓“绝对服从总理”，哪怕因此与黄兴产生分歧，也在所不惜——经此一败，他深知涣散的组织无法对抗强权。
留在国内的革命党人，有的转入地下，有的隐姓埋名，却从未放弃理想。上海的陈独秀在《新青年》的前身《青年杂志》上撰文，反思二次革命的教训：“革命失败，非患于兵不强，而患于民智未开，思想未新。” 这种反思，后来催生出新文化运动的浪潮。
历史学家章开沅曾说：“二次革命的失败，是民主制度在中国首次遭遇的重创。它证明，光有理想不足以对抗强权，还需要组织、民众与时机。”