江南水乡有个芙蓉镇，镇上住着个年轻花匠叫周生。周生祖上三代都是种花的好手，到了他这辈，尤善养莲。他在镇外有片莲池，经他侍弄的莲花，夏日里能开得挤满半亩方塘，朵朵饱满鲜艳，风一过，满镇清香。
周生心地纯善，若是谁家想要些莲花装点庭院，他从不收钱，亲自挑开得最好的连根带泥送去。镇上人都说，周生这娃儿，是真心把花当亲人待。
这年春天，周生在水塘边发现一株并蒂莲苗，两茎同根，相依相偎。他心头一喜，知道这是难得一见的祥瑞，便格外用心照料，日日守在池边，除草施肥，对着莲苗说些贴心话。
说来也怪，那莲苗在周生照料下长得飞快，不出两月，已露出并蒂花苞。恰在此时，周生的青梅竹马苏秀从外乡归来了。
苏秀是镇上苏记绣庄的闺女，与周生自幼一起长大。三年前她随舅父去北方学艺，如今学成归来，出落得亭亭玉立，绣工更是名震四乡。她回来后第一件事就是去找周生，两人重逢，站在莲池边说了大半日话，看着那并蒂莲苞，心中都甜滋滋的。
谁知并蒂莲的消息很快传到了城里太守耳中。这太守姓贾，为人贪婪好利，最喜搜罗奇珍异宝讨好上司。一听芙蓉镇有这等祥瑞，立刻动了心思。
三日后，贾太守带着十余名衙役浩浩荡荡来到周生的莲池边。他腆着肚子，眯眼打量那含苞待放的并蒂莲，满意地点点头：“好，好！此等祥瑞，正该献给巡抚大人祝寿。周生，你这莲花，本官要了。”
周生急忙上前：“大人，这并蒂莲是小人精心培育多年才得的，实在舍不得......”
“放肆！”贾太守脸色一沉，“普天之下，莫非王土。这祥瑞出现在本官管辖之地，自然该由本官处置。来啊，把莲花挖出来，仔细装车！”
衙役们如狼似虎地下塘挖莲。周生欲要阻拦，被一把推倒在地。苏秀闻讯赶来，见周生受辱，忍不住上前理论：“太守大人，这莲花是周生心血，您怎能强取豪夺？”
贾太守本是恼怒，转头见苏秀容貌清丽，气度不凡，顿时换了副嘴脸：“哟，这是谁家姑娘，如此伶牙俐齿？”旁边师爷忙凑上前低声告知苏秀身份。
贾太守眼珠一转，计上心来：“本官并非不讲理之人。这样吧，三日后本官在府中设赏莲宴，若这姑娘肯来府上献艺，为宾客展示苏绣绝技，本官或可网开一面。”
周生和苏秀知他不怀好意，但眼下莲花已被挖出，只得暂且应下，再图后计。
当夜，被移栽到太守府陶瓷大缸中的并蒂莲突然放出异光，七彩流转，照亮半座城。更奇的是，这光芒引来方圆百里的飞鸟，它们盘旋在太守府上空，不顾家丁驱赶，俯冲下来啄咬贾太守。贾太守抱头鼠窜，身上官袍被啄得千疮百孔，额头还挨了几下重的，起了好几个包。
“妖莲！这是妖莲！”贾太守又惊又怒，“给我毁了它！连那周生的莲池也一并毁了！”
衙役们得令，挥铲将并蒂莲砍得七零八落，又连夜赶到芙蓉镇，不顾周生苦苦哀求，将整片莲池践踏得一片狼藉。
次日清晨，周生望着满池残破，心如刀绞。苏秀前来安慰，两人正相对垂泪，却见贾太守带着更多人马赶到。
原来贾太守回去后越想越气，觉得一切祸端都因周生而起，决意要将他抓回府中问罪。
“周生培育妖莲，意图不轨，给本官拿下！”贾太守一声令下，衙役上前捆人。
苏秀急忙阻拦：“大人明鉴，周生一向安分守己，何来不轨之举？”
贾太守冷笑：“你这丫头，与周生勾结，本官还没找你算账呢！既然你自投罗网，就一并带走！”
周生见苏秀也要受牵连，奋起反抗，却被衙役打得头破血流。苏秀为护周生，被贾太守一把推开，头撞在石头上，顿时血流如注，昏死过去。
贾太守见闹出人命，心下也有些慌，忙命人将周生押回大牢，自己匆匆离去。
周生在牢中得知苏秀死讯，悲痛欲绝。当夜，他咬破手指，在墙上画下一朵莲花，发誓道：“苏秀，我定要那狗官偿命！纵是化身厉鬼，也不放过他！”
却说芙蓉镇百姓感念周生平日的善良和苏秀的冤屈，凑钱买通狱卒，将周生救出。周生不回别处，直奔被毁的莲池。
月光下，昔日繁盛的莲池一片狼藉，残破的莲叶耷拉在泥水中，如同祭奠的幡旗。周生跪在池边，泪如雨下。
忽然，他想起祖上传下的一个说法：真心人之血，可唤醒花魂。周生毫不犹豫，取出随身携带的小刀，划破手腕，让鲜血滴入泥泞的莲池中。
“莲花啊莲花，若你们真有灵性，请为我与苏秀申冤！”周生面色逐渐苍白，却仍坚持让鲜血流入池中。
奇迹出现了。池中残存的莲根突然发出柔和的光芒，迅速生长蔓延。一株巨大的莲花从池中央破土而出，茎干粗如碗口，荷叶大如伞盖，花苞更是前所未有地硕大，在月光下泛着淡淡的红光。
次日清晨，贾太守得知周生越狱，勃然大怒，亲自带兵前来捉拿。一到莲池边，就见周生虚弱地靠在巨莲旁，而那株奇异的莲花已然绽放，花瓣层层叠叠，中心花蕊金光闪闪。
“妖人！妖花！”贾太守又惊又怒，“给本官放箭，射死这妖人！”
箭雨向周生飞去，却在接近他时被无形的力量挡开。更令人震惊的是，巨莲突然抖动起来，花瓣张开如同巨口，一股强大的吸力将贾太守及其亲信卷入花心之中。花瓣合拢，只听得里面传来阵阵惨叫，不久便归于平静。
巨莲缓缓沉入水中，池水渐渐被染成红色。镇上百姓闻讯赶来，只见池中央，巨莲再次升起，这次花心之中，竟站着周生和苏秀，两人相拥而出，宛若重生。
“苏秀！”周生惊喜交加，紧紧抱住爱人。
苏秀微笑道：“我被莲花之力唤醒，今后我们再不分开了。”
原来这并蒂莲本是天地灵气所钟，感应到周生的真诚与善良，又吸收了周生以生命献祭的热血，最终化作灵物，既惩罚了恶人，又成全了有情人。
贾太守失踪后，上级官员查访得知其恶行，不再追究。周生和苏秀成亲后，将莲池修复得比以往更加美丽。每年夏天，池中必开并蒂莲，而芙蓉镇也因这祥瑞之地，日渐繁荣。
镇上老人常说，真心待花，花亦知人意。善恶有报，天道轮回，就像那并蒂莲，终会开出属于自己的圆满。