与此同时，京城中的皇亲国戚们也纷纷跳出来弹劾袁崇焕。
他们的土地在后金军的践踏下一片狼藉，这些贵族不敢向后金军发泄怒火，只能将满心的怨气都撒在袁崇焕身上。
他们纷纷指责袁崇焕保卫京城不力、投敌卖国，各种莫须有的罪名一股脑地扣在袁崇焕头上。
这些弹劾如同雪片般纷纷飞到崇祯帝面前，让崇祯帝更加坚信袁崇焕罪无可恕。
崇祯二年（1629年）十二月，崇祯帝以商议计策为由，用箩筐将袁崇焕从城头吊运进城。
袁崇焕一进皇宫，就被崇祯帝下令逮捕，罪名是通敌叛国、拥兵自重，以及擅杀毛文龙、保卫京城不力等。
尽管袁崇焕极力辩解，试图证明自己的清白，可崇祯帝根本不听，他早已被偏见和猜疑蒙蔽了双眼。
袁崇焕被关进了监狱。
此时他的手下大将祖大寿，看到自己的上司无端获罪，吓得带着手下士兵就往辽东跑，边跑边骂：
“奶奶地，忠臣没活路了，大不了老子上山当流寇。”
崇祯见祖大寿带兵跑了，于是亲自下监狱求袁崇焕写封信，让祖大寿回来保卫京都。
起初袁不从命，崇祯不断以国家为重恳求，袁崇焕顾全大局，这才写了一封让祖大寿回来的信。
“袁巡抚让我回，我必须回！”祖大寿最终带兵返回保卫京都。
随后，不管袁崇焕如何辩解，崇祯决意要杀之！
1630年9月22日，袁崇焕，这位一心报国的将领，被处以凌迟之刑。
据说行刑前，袁崇焕仰天长叹作诗一首：一生事业总成空，半世功名在梦中，。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
随后，袁被割了三千六百八十一刀，场面惨不忍睹。
袁崇焕死时年仅46岁，太可惜了！
时京城百姓争相购买袁身肉片食之，一文一片，最后只留下袁之头颅，皇帝下令传示九边，以儆效尤。
出现这种悲剧，并非范文程的计策有多么高明，实际上，他的“反间计”十分老套，甚至让人觉得不值一提。
实在是崇祯皇帝太过愚蠢，也有人为崇祯辩解，说他年龄小，没有经过大事，一时被蒙蔽，中了皇太极的计策，当时崇祯19岁。
同时，京城老百姓又太过单纯，容易被谣言误导。这些人多年未曾经历过战争，如今人心惶惶六神无主。
袁崇焕含冤而死，崇祯帝自毁长城，自此边关局势变得更加危急。
在“己巳之变”的激烈战斗中，袁手下大将满桂，在与后金军的正面交锋中，身中数箭，壮烈牺牲；
赵率教在驰援京城的途中遭遇后金军埋伏，寡不敌众，力战而死。
经此一役，祖大寿对明朝朝廷也心生嫌隙，不再如以往那般全心信任，对朝廷的忠诚度大打折扣。
在袁崇焕被冤杀后，崇祯帝启用70岁的老将孙承宗保卫京都。
孙承宗虽然年事已高，但他老当益壮，经验丰富。
他重新整顿京城防务，收拢人心，组织明军顽强抵抗。
皇太极见明军防守愈发严密，又得知明朝各地的援军正源源不断地赶来，
担心自己陷入重围，腹背受敌，便决定退兵，率领主力部队退回了沈阳。
……
皇太极通过千里迢迢突袭北京城，收获了两个意想不到的“成果”：一是看清了大明朝廷统治的腐朽不堪；
二是成功借崇祯皇帝之手除掉了劲敌袁崇焕。
彼时，皇太极心中不禁暗自思量：偌大的明朝，如今还有谁敢与我抗衡？一时间，皇太极自信心爆棚。
然而，世事无常，事情的发展往往不尽如人意。
崇祯皇帝杀了袁崇焕后，很快就意识到自己中了皇太极的反间计。
但崇祯刚刚即位不久，根基不稳，他根本无法承受认错所带来的巨大后果，只能将错就错，有苦往肚里咽。
为了挽回局面，崇祯皇帝赶忙启用老将孙承宗救场。
孙承宗曾是袁崇焕的老上级，二人一同镇守辽东，在防御策略上配合默契，孙承宗对袁崇焕构建的关宁锦防线更是赞赏有加。
北京城局势稳定后，孙承宗带着袁崇焕的旧部祖大寿前往辽东。
祖大寿与何可纲、赵率教并称袁崇焕手下“辽东三杰”，祖大寿是辽东宁远（今辽宁兴城）人，出身将门。
他的祖父祖承训曾任明朝辽东副总兵，父亲去世后，祖大寿投身军旅。
宁锦大捷时，祖大寿立下战功，被袁崇焕提拔为总兵官。
在行军途中，孙承宗和祖大寿瞅准时机，顺势收复了永平、栾城、遵化、迁安四座城池，一时间明军士气大振。
抵达宁远城后，祖大寿睹物思人，内心悲痛万分，他对明朝廷也多了几分戒备。
此后，他时常担忧被朝廷中的奸臣小人算计陷害，所以不太愿意外出执行任务。
此时，孙承宗深知，若要稳固关宁锦防线，必须在大凌河修建一座前沿城堡。
大凌河位于今锦州东边30里的凌海市。
这项任务困难重重，袁崇焕在世时，曾两次尝试修建这座城堡，但每次都遭到皇太极派兵骚扰破坏，工程始终只完成了一半。
孙承宗遍观麾下将领，觉得只有祖大寿能胜任此项任务，于是叫来祖大寿：“大寿，本帅要你去修建大凌河防线，你意下如何？”
“大帅放心，我保证完成任务！”祖大寿一直渴望立功，引起皇帝注意，如此一来，奸佞小人就不敢轻易加害他。
孙承宗很是欣慰，设宴为祖大寿送行。
这次，祖大寿率领士兵接着之前的半拉工程施工，由于有前期基础，工程进度十分迅速，很快就惊动了皇太极。
“这还了得！大凌河防线一旦建成，以后进攻辽西可就难如登天了。
一个宁远城就已经够难对付了，要是再加上大凌河，我后金还怎么跨越防线进攻中原？”
皇太极决心要将大凌河防线彻底摧毁。
1631年（崇祯四年）农历八月初六，皇太极点齐人马，向大凌河进发。
大凌河之战就此爆发。
出征前，皇太极精心部署战术，派贝勒德格类、岳托、阿济格各率精兵五千，守住大凌河的四个道口，截击前来救援祖大寿的明军，自己则亲率大队人马直逼大凌河城。
皇太极企图用老办法引祖大寿出城决战。
后金军长期在关外广阔地域作战，擅长野外机动作战，骑射娴熟，战术灵活多变，在旷野作战中优势明显。
但祖大寿不为所动，坚守城池不出，任凭后金士兵在城前叫骂。
皇太极见祖大寿摆出坚守不出的架势，没有选择强攻，而是采取围城战术，试图困死城中的祖大寿。