黑水疫情的成功控制，为苏清欢推行更深层次的医疗改革扫清了大量障碍。女帝的信任达到顶峰，朝中反对的声音暂时蛰伏。
苏清欢趁热打铁，将酝酿已久的《大曜医政革新疏》正式上呈女帝。奏疏核心有三：
一、设立州县医官体系：在各省府州县设立“惠民药局”，直属太医院指导，配备经过新式培训的医官，负责地方疫病防控、普及卫生知识、监督药材市场。旨在将先进的医疗理念和资源下沉到基层。
二、编纂颁行《大曜药典》：由国家牵头，太医院主导，重新系统整理、验证各类药材功效，制定标准，剔除伪劣，统一药名、药性、用法。旨在规范医药市场，提升整体医疗水平。
三、开办“医学馆”：在京城设立官办高等医学教育机构，面向社会招收有志学医的青年，系统传授新医学理论和技术，打破医术秘传的陋习，规模化培养医疗人才。
这三条，条条触及根本，旨在构建一个从中央到地方、从理论到实践、从人才培养到药品监管的完整医疗体系。一旦成功，将彻底改变大曜朝的医疗面貌。
奏书在朝堂上引发了比以往更激烈的争论。支持者认为这是利国利民的千秋大计；反对者（主要是世家背景的官员和部分保守太医）则斥之为“与民争利”、“动摇祖制”、“耗费国帑”。
女帝萧景琰力排众议，御笔朱批：“准奏。着太医院院使苏清欢全权督办，各部协理，不得有误。”
圣旨一下，苏清欢肩上的担子更重了。这已不仅仅是技术推广，而是涉及国家制度层面的深刻变革。
她首先从相对容易的《大曜药典》入手。以太医院和安平医馆为核心，抽调精干人员，成立编修馆。她亲自拟定编修体例和标准，要求每一种药材都必须有清晰的图谱、产地、采收时节、性状描述、药理作用（用传统理论结合她引入的“归经”、“功效”新解）、以及临床验证案例。
此举遭到太医院旧派的强烈抵制。许多老太医视祖传药方为命根子，不愿公开。药材商也担心标准统一后影响利润。
苏清欢毫不退让，一方面请出女帝旨意强压，另一方面采取激励措施：献出有效验方并经验证收录者，给予重赏，并可署名入典，流芳百世。
重赏之下，加之苏清欢如今的威望，阻力渐渐减小。编修工作艰难却稳步地推进。
就在编修工作稍有起色时，一场突如其来的风波打破了平静。有匿名奏疏呈到女帝面前，弹劾苏清欢在编修《大曜药典》时收受贿赂，擅自将一些无用甚至有害的药材收录其中。女帝大怒，责令苏清欢立刻停止编修工作，等候调查。苏清欢心中一惊，她明白这是反对者的阴谋。她迅速冷静下来，开始收集证据自证清白。她发现那些所谓“无用有害”的药材，其实是经过严格验证且有独特疗效的。而贿赂一事更是无中生有。在调查过程中，苏清欢凭借着之前积累的人脉和威望，找到了匿名奏疏背后的主使——一位世家出身的保守官员。原来，他为了阻止医政革新，不惜使出如此下作手段。苏清欢将证据呈给女帝，女帝查明真相后严惩了主使，编修工作得以继续，且苏清欢在女帝心中的信任更加牢固，改革的步伐也更加坚定。