林灵溪捏碎传送符后，未如预期抵达预设的炼丹秘境，反而被一股莫名力量牵引，坠落至“陨星古地”——这片曾因上古仙魔大战碎裂的星域残片，地表覆盖着能腐蚀灵力的“星尘锈”，空气中弥漫着若有若无的界渊戾气。她刚稳住身形，便察觉储物袋中的灵髓玉碎片异动，碎片表面浮现出细碎的金色纹路，与古地深处传来的能量波动产生共鸣。
在探查四周时，林灵溪遭遇“陨星蚁”袭击——这种以星尘为食的异兽，体内蕴含微量界渊戾气，寻常术法难以击杀。危急时刻，她想起枉死城主赠予的“冥界幽火”（此前对话中未提及，此处补充为城主暗中附加在传送符上的防护），引幽火灼烧蚁群，却意外发现幽火与灵髓玉碎片的金色纹路相互滋养，碎片光芒更盛。
清理蚁群后，林灵溪在一处坍塌的祭坛遗迹中，发现一缕被困的上古丹师残魂——云松子。残魂感知到灵髓玉碎片的纯净能量，主动现身，告知陨星古地曾是上古“丹道圣坛”，后因界渊戾气侵袭而废弃，自己当年为守护“九转炼心鼎”，魂魄被戾气束缚于此。
云松子提出交易：他愿献出九转炼心鼎的蓝图，助林灵溪完善医鼎炼制之法，但需林灵溪以医道之力净化他魂魄中的戾气，助他入轮回。林灵溪应允，以自身灵力为引，结合灵髓玉碎片的能量，耗时三日为残魂驱散戾气。过程中，她发现界渊戾气竟能与魂魄中的“执念”结合，形成更难清除的“戾念”，这让她意识到净化三界生灵与亡魂的难度远超预期。
云松子消散前，提醒林灵溪尽快离开陨星古地——每百年一次的“星核喷发”即将来临，届时古地深处的界渊戾气会随星核能量涌出，形成“戾气潮”，足以吞噬任何生灵。林灵溪按照蓝图指引，前往古地中心寻找炼制医鼎所需的“星髓砂”，却在途中遭遇另一伙探寻者——“血魂宗”弟子。
血魂宗以吸食亡魂精气修炼，此次前来是为夺取灵髓玉碎片，用于炼制能操控戾气的“血戾幡”。双方爆发冲突，林灵溪虽凭借医道术法压制对方，但血魂宗弟子临死前引爆随身携带的“戾气珠”，提前触发了小规模的戾气潮。为躲避潮涌，林灵溪被迫躲入一处上古丹炉遗迹，却意外发现炉壁上刻有与灵髓玉碎片同源的金色纹路。
躲入丹炉遗迹后，林灵溪发现这竟是上古时期的“混沌炼神炉”，虽已残破，却仍残留着微弱的混沌之气。灵髓玉碎片贴近炉壁时，金色纹路完全激活，与炉壁纹路相连，形成一幅完整的“医鼎炼制图谱”——图谱显示，医鼎需以灵髓玉为核心，融合星髓砂、冥界幽火、天界“月华晶”、人界“生灵之心”四种材料，且炼制过程中需以“医道本源之力”为引，否则医鼎会被界渊戾气反噬。
与此同时，混沌炼神炉传来认主意念，林灵溪以自身医道感悟沟通炉灵，成功将其收服，作为炼制医鼎的基础炉具。认主瞬间，炉灵传递出一段记忆碎片：上古时期，曾有一位“医道圣人”炼制过类似的医鼎，却因中途被“戾魔”偷袭，医鼎碎裂，圣人陨落，灵髓玉碎片也因此散落三界。
离开陨星古地后，林灵溪决定先前往冥界，向枉死城主告知上古医鼎的秘辛，同时补充冥界幽火的储量。抵达枉死城时，却发现城内气氛异常——亡魂数量骤减，守城鬼将神色凝重，城中四处可见被戾气侵蚀的残魂。
找到枉死城主后，林灵溪得知，自她离开后，冥界“枉死渊”（冥界与界渊的连接点）的戾气浓度突然飙升，大量戾气溢出，不仅侵蚀亡魂，还催生了“戾鬼”（被戾气完全控制的亡魂）。更严重的是，血魂宗残余弟子联合冥界的“黑莲教”（信奉戾魔的邪教组织），试图破坏枉死渊的封印，释放更多戾气。
枉死城主虽奋力抵抗，但黑莲教教主持有“戾魔之爪”（戾魔的本命法器），城主节节败退，身受重伤。林灵溪立即以医道术法为城主疗伤，同时以灵髓玉碎片净化城内残留的戾气。疗伤过程中，城主告知林灵溪：月华晶藏在天界“广寒宫”的“月桂树”根部，生灵之心则需在人界“万灵谷”中，从自愿献祭的生灵体内提取（需生灵主动献出一丝本源生命力，无性命之忧）。
为获取月华晶，林灵溪前往天界。抵达南天门时，却被天兵阻拦——天界近期因“月华异常”（月华能量中混入戾气），禁止三界生灵随意出入。林灵溪表明来意，提及上古医鼎与戾魔的威胁，天兵将其带至“凌霄宝殿”，面见玉皇大帝。
玉皇大帝对医鼎之事半信半疑，但广寒宫的月桂树确实出现枯萎迹象，月华能量中的戾气已影响到天界仙娥的修为。为验证林灵溪的说法，玉皇大帝派人陪同她前往广寒宫，面见嫦娥仙子。
抵达广寒宫后，嫦娥仙子告知，月桂树枯萎始于三个月前，当时广寒宫出现过一名神秘黑衣人，试图挖掘月桂树根部的月华晶，被她击退，但黑衣人留下的戾气却附着在月桂树上，导致月华能量被污染。嫦娥仙子怀疑黑衣人是血魂宗或黑莲教的人，但其修为极高，远超普通仙魔。
林灵溪以灵髓玉碎片净化月桂树中的戾气，过程中发现，月桂树根部的月华晶已被黑衣人取走大半，仅剩一小块残留。嫦娥仙子告知，剩余的月华晶虽不足以支撑医鼎的核心需求，但天界“瑶池”的“莲台玉露”可暂时替代月华晶的能量，不过莲台玉露由“王母娘娘”掌管，需得她同意才能取用。
林灵溪与太白金星前往瑶池，面见王母娘娘。王母娘娘提出条件：若想获取莲台玉露，林灵溪需先治愈“瑶池仙草”的“枯萎症”——这种病症是因月华异常导致，仙草叶片发黄，濒临死亡，天界御医束手无策。
林灵溪查看仙草后，发现其病因并非单纯的戾气侵蚀，而是仙草的“本源灵气”与月华能量中的戾气产生了“排斥反应”。她以灵髓玉碎片为媒介，引导自身医道本源之力，将仙草体内的戾气与本源灵气分离，再以少量莲台玉露滋养仙草根系。三日过后，仙草恢复生机，王母娘娘如约赠予莲台玉露，但同时提醒林灵溪：人界万灵谷近期也出现了异常，谷中生灵陷入沉睡，疑似与界渊戾气有关，让她务必小心。
离开天界后，林灵溪前往人界万灵谷。万灵谷是人界生灵的聚居地，谷中草木繁盛，生灵和睦，却在林灵溪抵达时呈现出一片死寂——谷中飞禽走兽全部陷入沉睡，体表覆盖着一层淡淡的灰色戾气，谷内的灵脉也因戾气堵塞而变得微弱。
在谷中心的“万灵树”下，林灵溪遇到了谷主“灵犀婆婆”——一位修炼千年的树精，也是唯一未陷入沉睡的生灵。灵犀婆婆告知，半月前，谷中突然出现一股浓郁的戾气，生灵吸入后便陷入沉睡，她虽以自身修为抵抗，但也只能勉强维持清醒，无法驱散戾气。
林灵溪检查沉睡的生灵，发现它们体内的“生灵之心”（本源生命力的凝聚点）并未受损，只是被戾气包裹，无法与外界能量流通。她尝试以灵髓玉碎片净化生灵体内的戾气，却发现单个生灵的净化速度极慢，而谷中生灵数量庞大，若逐一净化，至少需要数月时间，届时冥界枉死渊的封印可能已被破坏。
灵犀婆婆提出建议：万灵树是谷中灵脉的核心，若能净化万灵树中的戾气，激活灵脉，便可借助灵脉之力同时净化所有生灵体内的戾气。但万灵树的根系已深入地底，与界渊的支流相连，树体内的戾气浓度极高，净化过程中可能会引发界渊支流的反噬。
林灵溪采纳灵犀婆婆的建议，以混沌炼神炉为容器，将灵髓玉碎片、莲台玉露、星髓砂放入炉中，点燃冥界幽火，炼制“净化丹”——此丹可增强灵髓玉碎片的净化之力，用于净化万灵树。炼制过程中，炉内突然爆发一股强烈的戾气，炉壁上的金色纹路剧烈闪烁，林灵溪察觉不对，强行压制炉火，却见一道黑色身影从炉中冲出——竟是戾魔的“分身”。
戾魔分身告知林灵溪，她收集的医鼎材料中，星髓砂早已被其注入戾气，目的就是在林灵溪炼制医鼎时，趁机夺取灵髓玉碎片和混沌炼神炉。戾魔分身的修为极强，林灵溪与灵犀婆婆联手，仍难以抵挡。危急时刻，万灵树突然爆发出强烈的绿光，将戾魔分身暂时困住——原来灵犀婆婆以自身千年修为为引，激活了万灵树的“守护之力”。
林灵溪趁机将净化丹投入万灵树根部，灵髓玉碎片与万灵树的灵脉相连，金色纹路蔓延至整棵树，树体内的戾气被快速净化。灵脉激活后，绿色的灵脉能量扩散至整个万灵谷，沉睡的生灵体内的戾气逐渐消散，纷纷苏醒。戾魔分身见计划失败，不甘离去，临走前留下狠话：“待我本体破封而出，三界将沦为戾魔的乐园，你的医鼎不过是我恢复力量的工具！”
万灵谷的生灵苏醒后，得知林灵溪炼制医鼎是为了净化三界戾气，保护众生，纷纷主动提出献出“生灵之心”（一丝本源生命力）。灵犀婆婆将所有生灵的生灵之心收集起来，以万灵树的灵脉之力凝聚成一颗“万灵本源珠”——此珠蕴含着人界生灵的纯净生命力，可替代分散的生灵之心，作为医鼎的核心材料之一。
林灵溪接过万灵本源珠时，感受到珠中蕴含的温暖能量，心中更加坚定了炼制医鼎的决心。灵犀婆婆提醒她，戾魔分身的出现意味着戾魔的本体即将突破冥界枉死渊的封印，若不尽快炼制出医鼎，三界将面临灭顶之灾。同时，她赠予林灵溪一枚“万灵护心符”——此符可在林灵溪炼制医鼎时，抵挡戾气的反噬，保护她的医道本源之力。
离开万灵谷前，林灵溪收到太白金星传来的消息：天界广寒宫的月桂树再次出现异常，此次不仅有戾气侵蚀，还出现了“空间裂缝”，疑似戾魔本体在试图打通天界与界渊的通道。林灵溪意识到，时间已经不多，她必须立即返回冥界，在枉死渊封印被破前炼制出医鼎。
林灵溪返回冥界枉死城时，局势已愈发危急——枉死渊的封印出现多处裂痕，大量戾鬼从裂痕中涌出，黑莲教与血魂宗的残余势力趁机发动进攻，枉死城的守城鬼将死伤惨重。枉死城主虽已恢复部分修为，但面对源源不断的戾鬼和邪教徒，仍难以支撑。
林灵溪立即加入战斗，以灵髓玉碎片净化戾鬼，同时以医道术法救治受伤的鬼将。战斗间隙，她召集枉死城主、冥界“十殿阎罗”、天界派来的援兵、人界万灵谷的生灵代表，组成“三界联军”，共同守护枉死渊的封印，为她炼制医鼎争取时间。
联军制定计划：由十殿阎罗带领鬼将和天兵抵挡戾鬼和邪教徒的进攻，灵犀婆婆的树精卫队负责修复封印的裂痕，林灵溪则在枉死城的“冥界祭坛”（炼制医鼎的最佳地点，蕴含纯净的冥界灵气）炼制医鼎。枉死城主亲自为林灵溪护法，防止戾魔分身或邪教徒干扰炼制过程。
林灵溪在冥界祭坛开启混沌炼神炉，将灵髓玉碎片、星髓砂（已净化戾气）、莲台玉露、万灵本源珠放入炉中，点燃冥界幽火，按照九转炼心鼎的图谱开始炼制。炼制过程极为艰难，四种材料的能量属性差异极大，需以医道本源之力强行融合，稍有不慎便会导致炉毁人亡。
炼制到第三转时，炉内突然爆发一股强烈的能量冲击——万灵本源珠中的生灵生命力与冥界幽火的阴寒能量产生排斥，灵髓玉碎片的金色纹路剧烈闪烁，试图压制排斥反应，却导致自身能量消耗过快。林灵溪被迫注入更多的医道本源之力，却因此引发“本源反噬”——她的经脉开始出现裂痕，嘴角溢出鲜血。
枉死城主见状，试图出手相助，却被林灵溪阻止——炼制医鼎需以她自身的医道本源为引，外人介入只会打乱能量融合的节奏。林灵溪咬紧牙关，回忆起在万灵谷中生灵们的期待、在天界嫦娥仙子的信任、在冥界枉死城主的支持，心中的医道信念愈发坚定，她的体内突然爆发出一股新的能量——“三界医心之力”（由三界生灵的信任与期待凝聚而成，远超普通的医道本源之力）。
就在林灵溪炼制医鼎到第七转时，枉死渊的封印突然完全碎裂——戾魔本体终于破封而出！戾魔本体的修为远超分身，刚一出现便释放出铺天盖地的界渊戾气，瞬间吞噬了大量联军士兵。黑莲教教主与血魂宗残余弟子见状，立即向戾魔臣服，成为其麾下的“戾魔使者”，对三界联军发动更猛烈的进攻。
十殿阎罗与仙界联手对抗戾魔，却被戾魔轻易击退，身受重伤。灵犀婆婆的树精卫队虽奋力修复封印，但戾魔释放的戾气不断破坏修复成果，树精卫队死伤过半。枉死城主不得不离开祭坛，加入战斗，以自身修为抵挡戾魔的攻击，为林灵溪争取最后两转的炼制时间。
戾魔察觉到冥界祭坛的医鼎能量，知道林灵溪的医鼎是自己的最大威胁，便摆脱联军的纠缠，朝着祭坛飞去。枉死城主拼死阻拦，却被戾魔一掌击中，重伤倒地。戾魔来到祭坛前，正准备破坏混沌炼神炉，林灵溪炼制的医鼎恰好完成最后一转——“九转医心鼎”终于出世！
九转医心鼎飞出混沌炼神炉，悬浮在冥界祭坛上空，鼎身刻满金色纹路，散发出柔和却强大的净化之力。林灵溪虽因本源消耗过大而虚弱，但仍强撑着起身，以自身医道本源为引，操控医鼎朝着戾魔飞去。
医鼎释放出金色的净化光束，击中戾魔后，光束扩散至整个枉死城，甚至蔓延到冥界、天界、人界的各个角落。戾魔体内的界渊戾气被快速净化，发出痛苦的嘶吼，它试图反抗，却发现自身的戾气不断被医鼎吸收、转化为纯净的能量。黑莲教教主与血魂宗弟子体内的戾气也被净化，失去了力量，被联军擒获。
净化过程持续了整整一日，当金色光束消散时，戾魔的本体已被完全净化，化为一缕纯净的灵气融入三界。枉死渊的封印自行修复，三界的界渊戾气被医鼎清除殆尽，陷入沉睡的生灵苏醒，被戾气侵蚀的亡魂恢复神智，三界终于恢复了和平。
林灵溪因本源消耗过度，在医鼎完成净化后便昏迷过去。枉死城主、嫦娥仙子、灵犀婆婆等人将她带回万灵谷休养，三界生灵为纪念她的功绩，尊称她为“三界医尊”，将九转医心鼎供奉在万灵谷的万灵树下，作为守护三界的象征。
林灵溪在万灵谷沉睡了三个月后，终于苏醒。醒来时，她发现自己的医道本源之力不仅完全恢复，还因吸收了戾魔净化后的灵气而得到突破，达到了“医道圣人”的境界（与上古医道圣人同级）。