刘云轩从混沌中醒来，发现自己悬浮在虚无空间。四周没有光，没有声音，只有流动的原始能量。他试着运转功法，却发现丹田空空如也，连最基本的引气入体都做不到。
记忆如碎片般涌现。他本是青云门杂役弟子，因偷学内门心法被罚思过崖。崖顶雷电交加，一道紫色霹雳贯穿天地，等他再睁眼，已在这诡异空间。
前方忽然亮起微光，光中浮现古朴卷轴。卷轴自动展开，上书《鸿蒙道经》四字。经文流转间，刘云轩识海中响起苍老道音：
\"鸿蒙未判，混沌未分。汝为应劫而生，当启乾坤之变。\"
道音方落，四周能量开始涌动。一丝混沌之气钻入丹田，剧痛让他几乎昏厥。但痛楚过后，丹田竟生出缕缕紫气，在体内自成周天循环。
不知过了多久，前方出现裂缝。刘云轩本能地伸手触碰，整个人被吸入漩涡。再睁眼时，已躺在荒山野岭。空中悬着两轮明月，草木散发着陌生香气。
他试着运转功法，惊喜发现修为竟达炼气三层。更奇的是，体内紫气能与月华共鸣。月光照处，草木生长轨迹清晰可见，连地底虫蚁蠕动都了然于心。
这日他在山洞避雨，石壁突然显出门户。门内是间石室，桌上放着玉简。玉简记载着此界秘辛：
此地名唤初玄界，三万年前鸿蒙之气泄露，造就修真盛世。但千年前大劫降临，灵脉枯萎，如今最高只能修到金丹期。玉简最后警告：界外天魔虎视眈眈，灭世大劫将至。
刘云轩正要细看，洞口传来脚步声。三个黑衣修士闯入，见他手持玉简，眼中闪过杀机。为首者冷笑：\"小子，这不是你该碰的东西。\"
生死关头，刘云轩体内紫气自动运转。他福至心灵地掐诀，洞中藤蔓突然疯长，将黑衣人缠成粽子。趁此机会，他抓起玉简冲出山洞。
逃到安全处，他才发现玉简背面刻着地图。标红点处，正是千里外的天机城。而怀中的《鸿蒙道经》无风自动，显现出新字迹：
\"集五行灵物，开鸿蒙道体。\"
刘云轩望向远方，眼神逐渐坚定。既然天意让他来此，便要在这初玄界，走出属于自己的通天大道！
刘云轩沿着地图指引向天机城进发。途中经过黑风林，林中毒瘴弥漫。他运转鸿蒙紫气，发现紫气竟能净化毒瘴。更奇妙的是，吸收毒瘴后紫气反而壮大几分。
林中有猎户被毒蛇咬伤，危在旦夕。刘云轩以紫气逼出蛇毒，猎户感恩，赠他避瘴珠。珠入手瞬间，《鸿蒙道经》浮现新提示：木灵物已现。
原来避瘴珠是千年树心所化，正是五行灵物中的木灵。刘云轩将树心贴近丹田，紫气自动包裹炼化。炼化完毕，他顿觉身轻如燕，对草木感知更敏锐。
走出黑风林，前方是烈焰沙漠。烈日炙烤下，沙地冒出青烟。刘云轩口干舌燥，忽见沙丘下有绿洲。走近才发现是海市蜃楼，真正的绿洲在十里外。
他凭借木灵之力感知水源，终于找到月牙泉。泉眼处有块赤红玉石，触手滚烫。《鸿蒙道经》提示：火灵物在此。但玉石被阵法守护，需破阵才能取。
刘云轩研究阵法三日，发现需以水克火。他取泉水布阵，阵成时玉石自动飞入怀中。火玉入体，与木灵相生，紫气化作红绿相间的流光。
穿越沙漠后，来到金属性的剑刃山。整座山如利剑直插云霄，山体布满剑痕。传说有剑修在此悟道，留下剑意。刘云轩登山时，剑气自动攻击。
危急时他祭出火玉，剑气遇火消融。在山顶找到把断剑，正是金灵物。断剑有灵，要试他资格。刘云轩以指代剑，使出青云门基础剑法。断剑认可，化作金光没入丹田。
五行已得其三，刘云轩修为涨到炼气六层。这时遇到商队，同往天机城。商队有对姐弟，姐姐叫苏婉，温柔善良，弟弟苏澈活泼好动。姐弟被仇家追杀，刘云轩出手相救。
苏婉赠他水灵珠报恩，这正是第四件灵物。炼化水灵珠时，异变突生。四灵相冲，刘云轩经脉欲裂。苏澈急中生智，取家传土符镇住暴动。土符正是最后一件灵物。
五行齐聚，刘云轩体内紫气化作五色光环。光环中心生出混沌漩涡，正是鸿蒙道体雏形。但道体初成引动天象，劫云汇聚。
第一道天雷劈下，刘云轩以五行相生之法硬抗。第二道雷劫更强，他运起鸿蒙道经中的化雷诀。第三道心魔劫最险，幻象中见青云门长老斥他叛徒。
关键时刻，苏婉琴音清心，助他渡过心魔。雷散云收，鸿蒙道体大成。刘云轩修为直达筑基初期，五行神通自成。他能点石成金，呼风唤雨，但对灵力消耗极大。
众人抵达天机城，却发现城池被结界笼罩。守城修士称，天魔先锋已至城外三百里，结界只能支撑三月。城主广招贤士，共抗天魔。
刘云轩报名参军，被分到侦查营。首战遭遇天魔斥候，对方魔气侵蚀灵力。危急时鸿蒙紫气自动护主，反而净化魔气。他生擒天魔，获重要情报。
庆功宴上，城主之女慕容雪出现。她身怀冰灵根，对刘云轩的五行神通很感兴趣。两人切磋道法，慕容雪不敌，却暗中种下追踪符。
当夜刘云轩察觉异常，顺藤摸瓜发现慕容雪竟与天魔有染。原来她被天魔附体，欲里应外合破城。刘云轩当机立断，联合苏婉姐弟制住慕容雪。
逼出天魔后，真慕容雪苏醒。为报救命之恩，她开放家族秘境助刘云轩修炼。秘境中有时间流速差异，外界一日，内里一年。
刘云轩在秘境苦修三年，将五行神通融会贯通。创出独门绝技\"鸿蒙五行斩\"，可斩元婴以下天魔。出关时天魔大军已兵临城下，决战来临。
城头之上，刘云轩见天魔阵中升起熟悉身影——竟是青云门大师兄！原来大师兄早被天魔夺舍，已成魔王麾下战将。师徒相逢，已是生死相搏。
大师兄使出青云绝学天雷引，刘云轩以五行相克破之。交战百回合，刘云轩终于唤醒大师兄残魂。大师兄自爆元神重创天魔阵，临终传音：小心掌门...
带着这个谜团，刘云轩知道，他的征途才刚刚开始。而《鸿蒙道经》又显现新字迹：道种已萌，道途漫漫。