暗物质护盾能吸收所有能量攻击，常规手段无法突破。楚云一想起星核结晶的特性——星核能量能稳定空间结构，或许能中和暗物质。他将穿梭艇上仅存的星核能量注入“能量导管”，导管接触到暗物质护盾的瞬间，护盾表面泛起涟漪，出现了一道短暂的缺口。
楚云一抓住机会，驾驶穿梭艇冲进缺口，抵达核心壁垒前。他穿上星核动力战甲，打开穿梭艇舱门，用能量剑疯狂切割壁垒。壁垒的厚度远超预期，能量剑的光芒逐渐暗淡。就在这时，母巢的主意识核心察觉到威胁，释放出“纳米蜂群”——数以亿计的微型机械体从核心舱的缝隙中涌出，向楚云一袭来。
核心舱血战与主意识核心的摧毁
纳米蜂群像黑色的潮水般淹没了楚云一，战甲表面的反纳米涂层快速磨损，能量护盾的能量值直线下降。楚云一调动战甲内的星核能量，释放出“能量脉冲”，震退周围的蜂群，然后继续用能量剑切割核心壁垒。壁垒终于被切开一道口子，楚云一钻进核心舱，眼前的景象令他震撼：核心舱中央悬浮着一颗直径达五米的“紫色晶体”，这就是主意识核心，晶体周围环绕着无数的“意识传输线”，连接着母巢的各个部位。
主意识核心释放出强烈的“精神冲击波”，楚云一的脑海中瞬间涌入无数机械代码和掠夺指令，头痛欲裂。他强撑着意识，将“反物质微型炸弹”贴在核心表面。但核心释放出的能量屏障挡住了炸弹，炸弹无法激活。楚云一不得不调动体内最后的星核能量，凝聚成一把“能量长矛”，刺穿能量屏障，将炸弹推进核心内部。
炸弹成功激活，倒计时开始。楚云一转身冲向穿梭艇，但主意识核心释放出最后的纳米蜂群，将他困住。战甲的能量彻底耗尽，楚云一的身体被纳米机械体划伤，鲜血直流。就在炸弹即将爆炸的瞬间，他引爆了穿梭艇的能源核心，巨大的爆炸冲击波将蜂群震开。楚云一趁机冲出核心舱，驾驶着备用逃生舱，在母巢爆炸前一秒逃离。
主意识核心被摧毁后，整个噬星集群陷入瘫痪，纳米机械体纷纷停止活动，漂浮在星屑回廊中。机械母巢和剩余的精炼塔也在失去控制后，逐渐崩解成金属碎块。楚云一驾驶逃生舱返回星穹-IV，看着屏幕上逐渐消失的纳米机械信号，心中松了口气。但他知道，这只是暂时的胜利——宇宙中可能还有其他的噬星集群，它们的威胁远未解除。
纳米机械的二次进化与暗星域的新危机
三个月后，楚云一在“暗星域”进行巡逻时，再次检测到纳米机械的信号。这次的信号比之前更强烈，且具有明显的“暗物质融合”特征。暗星域是一片被暗物质笼罩的星域，这里的星体都含有大量的暗物质元素。楚云一赶到信号源所在地时，发现之前被摧毁的噬星集群碎片，竟在暗物质的作用下完成了“二次进化”——进化后的“暗物质纳米机械体”能吸收暗物质能量，体型更大，且能在暗物质中隐形。
暗物质纳米机械体组成的“暗星集群”，正在吞噬一颗直径达十万公里的“暗金属星球”。星球表面已经被灰色的纳米机械体覆盖，无数的“暗物质纳米巨兽”在星球上肆虐——这些巨兽由万亿纳米机械体融合而成，体型达万米，能释放出暗物质能量波，扭曲周围的时空。楚云一启动星穹-IV的“暗物质探测仪”，发现暗星集群的“暗物质主核心”位于暗金属星球的地心深处，核心正在不断吸收暗物质能量，为整个集群提供动力。
星穹-IV刚一靠近暗金属星球，就被暗物质纳米巨兽发现。巨兽释放出暗物质能量波，星穹-IV的相位闪避系统失效，舰体开始被时空扭曲。楚云一启动“暗物质中和引擎”——这是他在修复星穹-IV时加装的设备，能释放出反暗物质粒子，中和暗物质能量。引擎启动后，星穹-IV周围的时空扭曲逐渐恢复正常，但暗物质纳米巨兽已经围拢过来，它们的利爪能轻易撕开舰体装甲。
“启动‘纳米分解射线’！”星穹-IV的主炮释放出一道绿色的射线，射线能将纳米机械体分解成原子状态。射线击中一只巨兽，巨兽的身体开始溶解，但其他巨兽依然源源不断地袭来。更可怕的是，暗星集群的“暗物质纳米风暴”正在形成——风暴由暗物质和纳米机械体融合而成，能吞噬一切物质和能量，范围还在不断扩大。
地心核心的攻坚战与暗物质能量的对抗
楚云一知道，必须摧毁暗物质主核心才能阻止风暴的形成。他驾驶星穹-IV冲向暗金属星球的“地壳裂缝”，试图从裂缝进入地心。裂缝中布满了暗物质纳米机械体，它们像藤蔓一样缠绕在舰体上，试图阻止星穹-IV前进。楚云一启动“全功率推进器”，舰体像一把利剑，冲破机械体的阻拦，进入地心通道。
地心通道内充满了液态的暗金属，温度高达上万摄氏度。星穹-IV的装甲在高温下开始融化，楚云一不得不启动“冷却护盾”，同时释放出“纳米清除机器人”——这些机器人能专门清除附着在舰体上的纳米机械体。经过一小时的艰难航行，星穹-IV终于抵达地心——这里是一个巨大的空洞，暗物质主核心悬浮在空洞中央，核心周围环绕着暗物质能量流，无数的纳米机械体从核心中涌出。
暗物质主核心释放出“暗物质能量炮”，星穹-IV的冷却护盾瞬间被击穿，舰体表面融化出一个大洞。楚云一启动“暗物质中和炮”，反暗物质粒子光束击中核心的能量流，能量流出现紊乱。他趁机驾驶星穹-IV冲向核心，将“暗物质湮灭炸弹”贴在核心表面。但核心释放出的暗物质护盾挡住了炸弹，炸弹无法激活。