义熙元年乙巳年，也就是公元405年。
春天正月，南阳太守扶风人鲁宗之起兵袭击襄阳，桓蔚逃往江陵。己丑日，刘毅等各路军队到达马头。桓振挟持皇帝出兵屯驻在江津，派使者请求割让江、荆二州，以此奉送天子返回；刘毅等人不答应。辛卯日，鲁宗之在柞溪打败了桓振的将领温楷，进军屯驻在纪南。桓振留下桓谦、冯该镇守江陵，自己领兵和鲁宗之交战，把鲁宗之打得大败。刘毅等人在豫章口打败了冯该，桓谦放弃城池逃跑。刘毅等人进入江陵，抓住卞范之等人，把他们杀了。桓振返回，望见城中起火，知道江陵已经陷落，他的部众全部溃散，桓振逃到涢川。
乙未日，朝廷下诏，重大事务的处理全都委托给冠军将军刘毅。
戊戌日，宣布大赦，改年号为义熙，只有桓氏一族不被宽恕；因为桓冲忠于王室，特别赦免了他的孙子桓胤。任命鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军、都督益、梁、秦、凉五州诸军事，毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史。刘怀肃追击冯该到石城，将其斩杀，桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷都逃奔后秦。桓怡是桓弘的弟弟。
后燕王熙讨伐高句丽。戊申日，攻打辽东。城池即将陷落时，王熙命令将士们：“不准抢先登城，等铲平城墙后，我和皇后乘车进城。”因此城中得以严密防备，最终没能攻克，只好返回。
秦王姚兴任命鸠摩罗什为国师，像对待神一样侍奉他，亲自率领群臣和僧人听鸠摩罗什讲解佛经，又命令鸠摩罗什翻译西域的佛经、论着三百多卷，大规模建造佛塔寺庙，坐禅的僧人常常有上千人。公卿以下的官员都信奉佛教，从此州郡也受到影响，信奉佛教的人十家有九家。
乞伏乾归攻打吐谷浑的大孩，把他打得大败，俘虏了一万多人后返回，大孩逃到胡园死去。视罴的世子树洛干率领剩余的部众几千家逃奔莫何川，自称车骑大将军、大单于、吐谷浑王。树洛干减轻徭役赋税，有功必赏，有罪必罚，吐谷浑重新兴盛起来，沙、漒一带的各戎族都归附了他。
西凉公李暠自称大将军、大都督、领秦、凉二州牧，宣布大赦，改年号为建初，派舍人黄始、梁兴秘密前往建康进献表章。
二月丁巳日，留守朝廷的官员准备好皇帝的车驾前往江陵迎接皇帝，刘毅、刘道规留下屯驻夏口，何无忌侍奉皇帝向东返回。
当初，毛璩听说桓振攻陷江陵，率领三万部众顺流东下，准备讨伐他，派他的弟弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗从外水出兵，参军巴西人谯纵、侯晖从涪水出兵。蜀地人不愿意远征，侯晖到了五城水口，和巴西人阳昧谋划作乱。谯纵为人温和谨慎，蜀地人都爱戴他，侯晖、阳昧一起逼迫谯纵做首领，谯纵不答应，逃到水里；被拉上来后，又被士兵逼着登上车，谯纵又趴在地上，叩头坚决推辞，侯晖把谯纵绑在车上。返回后，在涪城袭击毛瑾，杀了他，推举谯纵为梁、秦二州刺史。毛璩到了略城，听说变故，逃回成都，派参军王琼领兵讨伐谯纵，被谯纵的弟弟谯明子打败，战死的人有十分之八九。益州的营户李腾打开城门接纳谯纵的军队，杀了毛璩和他的弟弟毛瑗，诛灭了他们全家。谯纵自称成都王，任命堂弟谯洪为益州刺史，任命谯明子为巴州刺史，屯驻白帝。从此蜀地大乱，汉中空虚，氐王杨盛派他哥哥的儿子平南将军杨抚占据了汉中。
癸亥日，北魏君主拓跋珪从豺山返回，撤销尚书三十六曹。
三月，桓振从郧城袭击江陵，荆州刺史司马休之战败，逃奔襄阳，桓振自称荆州刺史。建威将军刘怀肃从云杜领兵迅速赶来，和桓振在沙桥交战；刘毅派广武将军唐兴援助他，在战场上将桓振斩杀，重新夺取江陵。
甲午日，皇帝到达建康。乙未日，百官到皇宫请罪，皇帝下诏命令他们恢复职位。
尚书殷仲文因为朝廷音乐不完备，向刘裕进言，请求整治。刘裕说：“现在没有空闲时间顾及这个，而且我生性不懂音乐。”殷仲文说：“喜欢它自然就会懂。”刘裕说：“正因为懂了就会喜欢它，所以我才不学习啊。”
庚子日，任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史照旧，刘毅为左将军，何无忌为右将军、督豫州、扬州五郡军事、豫州刺史，刘道规为辅国将军、督淮北诸军事、并州刺史，魏咏之为征虏将军、吴国内史。刘裕坚决辞让不接受，朝廷又加授他录尚书事，他还是不接受，多次请求返回藩镇；皇帝下诏让百官敦促劝进，皇帝还亲自到他的府第。刘裕惶恐不安，又到皇宫陈述请求，皇帝才允许他返回藩镇。任命魏咏之为荆州刺史，代替司马休之。当初，刘毅曾经担任刘敬宣的宁朔参军，当时有人用雄杰来称赞他。刘敬宣说：“非凡的人才自有气度，怎么能就说他是人中豪杰呢！这个人的性格，外表宽厚而内心猜忌，自夸而又好胜，如果一旦得志，也会因为欺凌上级而招致灾祸。”刘毅听说后很恨他。等到刘敬宣担任江州刺史，他以没有功劳为由推辞，认为自己不应该比刘毅等人先受到任用，刘裕不答应。刘毅派人对刘裕说：“刘敬宣没有参与最初的谋划。猛将和有功劳的大臣，正需要按功行赏；像刘敬宣这样的人，应该排在后面。如果您不忘过去的交情，只可以让他做员外常侍。听说已经授予他郡守的职位，实在是过于优厚了；不久又要让他担任江州刺史，更让人惊讶惋惜。”刘敬宣更加不安，自己上表请求解除职务；于是被召回担任宣城内史。
夏天四月，刘裕返回京口镇守，改授都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。
卢循派使者前来进贡。当时朝廷刚刚平定，没有空闲去征讨他；壬申日，任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循送给刘裕益智粽，刘裕回赠他续命汤。卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞劝卢循说：“我本来不是军旅之人，在这里没什么用处；向来受到刘镇军（指刘裕）的厚待，如果能回到北方，必定会受到任用，无论公私场合，都会报答您的厚恩。”卢循认为他说得很对。刘裕给卢循写信，让他遣送吴隐之回来，卢循不答应。王诞又劝卢循说：“将军现在留下吴公，对公私都没好处。孙伯符（孙策）难道不想留下华子鱼（华歆）吗？只是因为一境之内容不下两个君主罢了。”于是卢循派吴隐之和王诞一起返回。
当初，南燕主慕容备德在秦国做官时担任张掖太守，他的哥哥慕容纳和母亲公孙氏住在张掖，慕容备德跟随秦王苻坚侵犯淮南时，留下一把金刀和母亲告别。慕容备德和燕王慕容垂在山东起兵后，张掖太守苻昌收捕了慕容纳和慕容备德的几个儿子，把他们都杀了，公孙氏因为年老得以赦免，慕容纳的妻子段氏正在怀孕，没有被处决。狱掾呼延平是慕容备德过去的下属，偷偷带着公孙氏和段氏逃到羌中。段氏生下儿子慕容超，十岁时公孙氏生病，临终前，把金刀交给慕容超说：“你如果能回到东方，应当把这把刀还给你的叔叔。”呼延平又带着慕容超母子逃奔到凉州。等到吕隆投降秦国，慕容超跟随凉州的百姓迁徙到长安。呼延平去世后，段氏为慕容超娶了呼延平的女儿为妻。
慕容超担心被秦国人收捕，就假装疯狂，沿街乞讨；秦国人都看不起他，只有东平公姚绍见了觉得他不一般，对秦王姚兴说：“慕容超身材相貌奇特不凡，恐怕不是真的疯狂，希望能稍微给他点官爵来笼络他。”姚兴召见慕容超，和他交谈，慕容超故意说些荒谬的话来回答，有时问他也不回应。姚兴对姚绍说：“谚语说‘漂亮的皮肤包裹不住丑陋的骨头’，不过是瞎说罢了。”于是把他放了。
慕容备德听说哥哥慕容纳有个遗腹子在秦国，就派济阴人吴辩去寻访。吴辩通过在长安以占卜为生的同乡宗正谦，把消息告诉了慕容超。慕容超不敢告诉母亲和妻子，偷偷和宗正谦改名换姓逃回南燕。走到梁父时，镇南长史悦寿把这事报告给兖州刺史慕容法。慕容法说：“从前汉朝有个占卜的人冒充卫太子，现在怎么知道他不是这类人呢！”对慕容超不加礼遇。慕容超因此和慕容法产生了嫌隙。
慕容备德听说慕容超到了，非常高兴，派三百名骑兵去迎接。慕容超到了广固，把金刀献给慕容备德。慕容备德痛哭不止，悲伤得不能自已。他封慕容超为北海王，任命为侍中、骠骑大将军、司隶校尉、开府，还精心挑选当时的贤才做他的僚属。慕容备德没有儿子，想把慕容超立为继承人。慕容超在宫内侍奉慕容备德极尽孝道，在宫外对士人谦逊有礼，因此朝廷内外的赞誉和期望都集中到他身上。
五月，桂阳太守章武王司马秀和益州刺史司马轨之谋反，被杀。司马秀的妻子是桓振的妹妹，所以他因自疑而谋反。桓玄的残余党羽桓亮、苻宏等人，还有十多股在郡县聚众作乱，刘毅、刘道规、檀祗等人分兵讨伐，把他们都消灭了，荆、汀、江、豫等地都平定了。朝廷下诏任命刘毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。
北青州刺史刘该反叛，勾结北魏作为援军，清河、阳平二郡太守孙全聚集部众响应他。六月，北魏豫州刺史索度真、大将斛斯兰侵犯徐州，包围彭城。刘裕派他的弟弟南彭城内史刘道怜、东海太守孟龙符领兵救援，斩杀了刘该和孙全，北魏军队战败逃走。孟龙符是孟怀玉的弟弟。
后秦陇西公姚硕德讨伐仇池，多次打败杨盛的军队；将军敛俱攻打汉中，攻克成固，把三千多家流民迁到关中。秋季七月，杨盛向后秦请求投降。后秦任命杨盛为都督益、宁二州诸军事、征南大将军、益州牧。
刘裕派使者到后秦求和，并且请求归还南乡等几个郡，秦王姚兴答应了。大臣们都认为不可以，姚兴说：“天下的善行都是一样的。刘裕从低微的地位崛起，能够讨伐诛杀桓玄，复兴晋室，对内整顿政务，对外整治边疆，我何必吝惜几个郡，不成就他的好事呢！”于是割让南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡给晋朝。
八月，后燕辽西太守邵颜有罪，逃亡做了强盗；九月，中常侍郭仲讨伐并斩杀了他。
汝水干涸了，南燕主慕容备德对此很厌恶，不久就卧病在床。北海王慕容超请求祈祷，慕容备德说：“君主的寿命长短由上天决定，不是汝水能控制的。”慕容超坚持请求，慕容备德还是不答应。
戊午日，慕容备德在东阳殿召见群臣，商议立慕容超为太子。不久发生地震，百官惊恐，慕容备德自己也不安，回到宫中。当天夜里，他病情加重，不能说话。段后大声说：“现在召中书来写诏书立慕容超为太子，可以吗？”慕容备德睁开眼睛点头。于是立慕容超为皇太子，大赦天下，慕容备德不久就去世了。他们制作了十多口棺材，夜里，分别从四个城门运出，偷偷埋葬在山谷中。
己未日，慕容超登上皇帝位，大赦天下，改年号为太上。尊奉段后为皇太后。任命北地王慕容钟为都督中外诸军、录尚书事，慕容法为征南大将军、都督徐、兖、扬、南兖四州诸军事，加封慕容镇为开府仪同三司，任命尚书令封孚为太尉，鞠仲为司空，封嵩为尚书左仆射。癸亥日，把慕容备德虚葬在东阳陵，谥号为献武皇帝，庙号世宗。
慕容超把亲信公孙五楼当作心腹。慕容备德过去的大臣北地王慕容钟、段宏等人都感到不安，请求到外地任职。慕容超任命慕容钟为青州牧，段宏为徐州刺史。公孙五楼为武卫将军，领屯骑校尉，参与朝政。封孚劝谏说：“我听说亲信不能安置在外地，寄居的人不能安置在朝廷内。慕容钟是国家的宗室重臣，国家的依靠；段宏是外戚中有美德声望的人，百姓都敬仰他；他们正应该辅佐朝政，不适合到远方镇守。现在慕容钟等人出京镇守，公孙五楼在朝廷内辅佐，我私下里感到不安。”慕容超不听。慕容钟、段宏心里都不满，互相说：“黄狗的皮，恐怕最终要用来补狐裘啊。”公孙五楼听说后恨他们。
魏咏之去世，江陵令罗修谋划起兵袭击江陵，尊奉王慧龙为主。刘裕任命并州刺史刘道规为都督荆、宁等六州诸军事、荆州刺史。罗修没能发动起事，侍奉王慧龙逃奔后秦。
乞伏乾归讨伐仇池，被杨盛打败。西凉公李暠和长史张邈谋划迁都酒泉，来逼近沮渠蒙逊；任命张体顶为建康太守，镇守乐涫，任命宋繇为敦煌护军，和他的儿子敦煌太守李让镇守敦煌，于是把都城迁到酒泉。
李暠亲手写命令告诫几个儿子，认为：“从政的人应当谨慎地施行赏罚，不要凭个人的爱憎行事，亲近忠诚正直的人，疏远奸佞谄媚的人，不要让身边的人窃取权力、作威作福。对批评和赞誉，应当研究核查真假；处理诉讼案件，一定要和颜悦色地依照道理，千万不要预先怀疑别人欺诈，主观臆断，轻易地发脾气。一定要广泛咨询，不要独断专行。我治理政事五年，虽然没能让百姓休养生息，但能包容别人的过失，早上还是仇敌，晚上就可以托付心腹，大体上没有辜负新交旧友，处理事务公平，胸怀坦荡没有私心，一开始就不怀偏见，对事物的增减都有分寸。从眼前看好像做得不够，但从长远看却是足够的，或许也无愧于前人了。”
十二月，后燕王熙袭击契丹。
义熙二年（丙午，公元406年）：
春天正月甲申日，北魏主拓跋珪前往豺山宫。各州设置三个刺史，各郡设置三个太守，各县设置三个令长；刺史、令长分别到所在的州、县任职，太守虽然设置了却不管理百姓，功臣担任州刺史的都被召回京城，以爵位回家。
益州刺史司马荣期在白帝攻打谯明子，打败了他。
后燕王熙到了陉北，害怕契丹人多，想回去，苻后不答应，戊申日，于是放弃辎重，率领轻装部队袭击高句丽。
南燕主慕容超猜忌暴虐一天比一天厉害，政令出自受宠的权贵，他沉迷于游乐打猎，封孚、韩讠卓多次劝谏，他都不听。慕容超曾经在朝堂上问封孚：“我可以和前代的哪个君主相比？”封孚回答说：“桀、纣。”慕容超又惭愧又愤怒，封孚从容地走出去，脸色一点都没变。鞠仲对封孚说：“和天子说话，怎么能这样！应该回去道歉。”封孚说：“我年纪七十了，只寻求死的地方罢了！”最终也没去道歉。慕容超因为他有很高的声望，宽容了他。
桓玄叛乱时，河间王司马昙之的儿子司马国璠、司马叔璠逃奔南燕。二月甲戌日，司马国璠等人攻打弋阳。
后燕军队行军三千多里，士兵和马匹疲惫寒冷，死的人在路上接连不断，攻打高句丽的木底城，没能攻克就返回了。夕阳公慕容云被箭射伤，而且害怕后燕王熙的暴虐，于是以生病为由辞去官职。
三月庚子日，北魏主拓跋珪返回平城。夏季四月庚申日，又前往豺山宫。甲午日，返回平城。
柔然社仑侵犯北魏边境。
五月，后燕主慕容宝的儿子博陵公慕容虔、上党公慕容昭，都因受猜疑而被赐死。
六月，后秦陇西公姚硕德从上邽入朝，秦王姚兴为他大赦天下；等他回去时，姚兴送他到雍城才返回。姚兴对待晋公姚绪和姚硕德都像家人一样有礼节，车马、服饰玩物，先送给两位叔叔，自己用次一等的，国家大政，都向他们咨询后才施行。
秃发傉檀讨伐沮渠蒙逊，沮渠蒙逊环城固守。秃发傉檀到赤泉后返回，向后秦献上三千匹马、三万只羊。秦王姚兴认为他忠诚，任命秃发傉檀为都督河右诸军事、车骑大将军、凉州刺史，镇守姑臧，征召王尚回长安。凉州人申屠英等派主簿胡威到长安请求留下王尚，姚兴不答应。胡威见了姚兴，流着泪说：“我们州归附陛下的教化，到现在已经五年了，这里地域偏僻遥远，朝廷的威严和恩泽难以到达，士人百姓卧薪尝胆，共同坚守孤城；上靠陛下的圣德，下靠贤明长官的仁政，才得以保全，直到今天。陛下怎么能把我们这些人换成三千匹马、三万只羊呢？轻视百姓看重牲畜，恐怕不可以啊！如果军国需要马匹，只需烦劳尚书下一道命令，我们州三千多户人家，每户献一匹马，早上下令晚上就能办好，有什么困难呢！从前汉武帝用尽天下的财力，开拓河西，来斩断匈奴的右臂。现在陛下无故放弃五郡之地的忠良华人，来资助残暴的敌人，不仅我们州的士人百姓会陷入水深火热之中，恐怕还会成为圣朝日夜担忧的事。”姚兴后悔了，派西平人车普骑马去阻止王尚，又派使者告诉秃发傉檀。恰逢秃发傉檀已经率领三万步兵骑兵驻扎在五涧，车普先把情况告诉了他，秃发傉檀立刻逼迫王尚离开；王尚从清阳门出城，秃发傉檀从凉风门进城。
别驾宗敞送王尚回长安，秃发傉檀对宗敞说：“我得到凉州三千多户人家，感情所寄托的，只有你一个人，为什么要舍我而去呢！”宗敞说：“现在送旧主，正是对殿下忠诚的表现啊。”秃发傉檀说：“我刚治理你们州，安抚远近百姓的策略该怎么做？”宗敞说：“凉州虽然凋敝，但地势险要。殿下善待安抚百姓，收揽贤才俊杰来建立功名，有什么追求不能实现呢！”于是推荐了本州十多位文武名士，秃发傉檀赞许并接纳了他们。王尚到了长安，姚兴任命他为尚书。
秃发傉檀在宣德堂宴请群臣，抬头看着堂屋感叹说：“古人有句话：‘建造的人不住，住的人不建造’。确实是这样啊。”武威人孟祎说：“从前张文王（张骏）开始建造这座堂，到现在一百年了，经历了十二个主人，只有践行诚信、思虑顺应天道的人才能长久居住在这里。”秃发傉檀认为他说得好。
北魏主拓跋珪规划平城，想仿照邺、洛、长安，扩建宫殿。因为济阳太守莫题有精巧的构思，召见他，和他商议工程事宜。莫题长期侍奉后渐渐懈怠，拓跋珪发怒，赐他死。莫题是莫含的孙子。于是征发八部五百里内的男丁修建南宫，宫门高十多丈，挖掘沟池，扩大苑囿，规划建立外城，方圆二十里，分别设置市区，三十天完工。
秋季七月，北魏太尉宜都丁公穆崇去世。
八月，秃发傉檀任命兴城侯秃发文支镇守姑臧，自己返回乐都；虽然接受后秦的爵位任命，但他的车马服饰礼仪，都像君王一样。
甲辰日，北魏主拓跋珪前往豺山宫，接着到了石漠。九月，越过漠北；癸巳日，向南返回长川。
刘裕听说谯纵反叛，派龙骧将军毛修之领兵和司马荣期、文处茂、时延祖一起讨伐他。毛修之到宕渠，司马荣期被他的参军杨承祖杀害。杨承祖自称巴州刺史，毛修之退回白帝。
秃发傉檀向西凉请求和好，西凉公李暠答应了。沮渠蒙逊袭击酒泉，到安珍。李暠战败，据城防守，沮渠蒙逊领兵返回。
南燕公孙五楼想独揽朝政，向燕主慕容超诬陷北地王慕容钟，请求诛杀他。南燕主慕容备德去世时，慕容法没有来奔丧，慕容超派使者责备他；慕容法害怕，于是和慕容钟及段宏谋反。慕容超听说后，征召慕容钟，慕容钟称病不到。慕容超收捕他的党羽侍中慕容统等人，杀了他们。征南司马卜珍告发左仆射封嵩多次和慕容法往来，怀疑有奸谋，慕容超收捕封嵩下廷尉狱。太后害怕，哭着对慕容超说：“封嵩多次派黄门令牟常劝我说：‘皇帝不是太后亲生的，恐怕会依照永康年间的旧例（指慕容宝杀段后事）。’我一个妇人见识短浅，害怕被皇帝杀害，就把这话告诉了慕容法。慕容法谋划失误，我还有什么可说的。”慕容超于是用车裂之刑处死封嵩。西中郎将封融逃奔北魏。
慕容超派慕容镇攻打青州，慕容昱攻打徐州，右仆射济阳王慕容凝及韩范攻打兖州。慕容昱攻克莒城，段宏逃奔北魏。封融和一群盗贼袭击石塞城，杀了镇西大将军余郁，国内震动恐慌。济阳王慕容凝谋划杀韩范，袭击广固，韩范得知后，领兵攻打慕容凝，慕容凝逃奔梁父；韩范合并了他的部众，攻打梁父，攻克了它。慕容法逃奔北魏，慕容凝逃奔后秦。慕容镇攻克青州，慕容钟杀了自己的妻子儿女，挖地道逃出，和高都公慕容始都逃奔后秦。后秦任命慕容钟为始平太守，慕容凝为侍中。
南燕主慕容超喜欢变更旧制度，朝廷内外大多不高兴；又想恢复肉刑，增加烹煮、车裂的刑罚，因众人意见不合而作罢。
冬季十月，封孚去世。
尚书评议兴复晋室的功劳，上奏封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安城郡公，其余的人封赏各有差别。
梁州刺史刘稚反叛，刘毅派将领讨伐并擒获了他。
庚申日，北魏主拓跋珪返回平城。
乙亥日，任命左将军孔安国为尚书左仆射。
十一月，秃发傉檀迁都到姑臧。
乞伏乾归到后秦入朝。
十二月，任命何无忌为都督荆、江、豫三州八郡军事、江州刺史。
这一年，桓石绥和司马国璠、陈袭在胡桃山聚集部众做强盗，刘毅派司马刘怀肃讨伐打败了他们。桓石绥是桓石生的弟弟。
义熙三年（丁未，公元407年）：
春季正月辛丑初一，后燕大赦，改年号为建始。
秦王姚兴因为乞伏乾归逐渐强大难以控制，把他留在朝中任主客尚书，任命他的世子乞伏炽磐行西夷校尉，监管他的部众。
二月己酉日，刘裕到建康，坚决辞让新任命的官职，想前往廷尉自首；朝廷下诏依从他的请求，刘裕才返回丹徒。
北魏主拓跋珪立他的儿子拓跋修为河间王，拓跋处文为长乐王，拓跋连为广平王，拓跋黎为京兆王。
殷仲文一向有才华声望，自认为应当执掌朝政，因不得志而闷闷不乐；出京任东阳太守，更加不高兴。何无忌一向仰慕他的名声，东阳是何无忌统辖的地方，殷仲文答应顺路去拜访，何无忌很高兴，殷切期待。但殷仲文因失意而精神恍惚，最终没去府衙拜访；何无忌认为他轻视自己，大怒。恰逢南燕入侵，何无忌对刘裕说：“桓胤、殷仲文是心腹之患，北方的敌人不值得担忧。”闰月，刘裕府中的将领骆冰谋划作乱，事情败露，刘裕杀了他。趁机说骆冰和殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖暗中勾结，谋划立桓胤为主，把他们都灭族。
后燕王熙为他的皇后苻氏建造承华殿，从北门运土，土的价格和粮食一样。宿军典军杜静载着棺材到朝堂极力劝谏，王熙杀了他。
苻氏曾在季夏想吃冻鱼，仲冬想要生地黄，王熙下令有关部门严厉责罚没能办到的人，并把他们杀了。
夏季四月癸丑日，苻氏去世，王熙哭得昏死过去，很久才苏醒；为她服丧如同父母，穿斩衰丧服，吃稀粥，命令百官在宫内设灵位哭祭，派人检查哭的人，没有眼泪就治罪，群臣都含着辛辣的东西来催出眼泪。高阳王妃张氏是王熙的嫂子，美丽且有巧思，王熙想让她殉葬，就毁掉她的靴子，在里面找到破旧的毡子，于是赐她死。右仆射韦璯等人都害怕被殉葬，沐浴后等待命令。公卿以下到士兵百姓，每户都要参与营建陵墓，耗费的财物用尽了府库储备。陵墓周围有几里地，王熙对监工的人说：“好好建造，我将要跟着去。”
丁酉日，后燕太后段氏被除去尊号，和熙一起住在外宫。
氐王杨盛任命平北将军苻宣为梁州督护，领兵进入汉中，后秦梁州别驾吕莹等人起兵响应他。刺史王敏攻打他们，吕莹等人向杨盛求援，杨盛派军队进逼浕口，王敏退守武兴。杨盛又和晋朝通好，晋朝任命杨盛为都督陇右诸军事、征西大将军、开府仪同三司，杨盛于是任命苻宣代理梁州刺史。
五月壬戌日，后燕尚书郎苻进谋反，被诛杀。苻进是苻定的儿子。
北魏主拓跋珪向北巡视，到达濡源。
北魏常山王拓跋遵因罪被赐死。
当初，北魏主拓跋珪消灭刘卫辰，刘卫辰的儿子刘勃勃逃奔后秦，后秦高平公没弈干把女儿嫁给了他。刘勃勃身材高大，风度仪表俊美，生性善辩聪慧，秦王姚兴见了觉得他不一般，和他谈论军国大事，对他的宠信礼遇超过了功臣旧属。姚兴的弟弟姚邕劝谏说：“不能亲近刘勃勃。”姚兴说：“刘勃勃有济世的才能，我正要和他一起平定天下，怎么能猜忌他呢！”于是任命他为安远将军，让他协助没弈干镇守高平，把三城、朔方的各族夷人以及刘卫辰的部众三万人配给他，让他伺机窥察北魏的间隙。姚邕坚决争辩认为不可以，姚兴说：“你怎么知道他的为人？”姚邕说：“刘勃勃侍奉上级傲慢，统治部众残暴，贪婪狡猾不仁义，轻易就会背叛离开。过分宠信他，恐怕最终会成为边境的祸患。”姚兴才作罢。过了很久，最终还是任命刘勃勃为安北将军、五原公，配给他三交五部鲜卑以及其他各族二万多村落，镇守朔方。
北魏主拓跋珪把所俘虏的后秦将领唐小方归还给后秦。秦王姚兴请求归还贺狄干，并送一千匹好马赎回狄伯支；拓跋珪答应了。
刘勃勃听说后秦又和北魏通好，非常愤怒，于是谋划背叛后秦。柔然可汗社仑向后秦进献八千匹马，到了大城，刘勃勃抢走了这些马，把他的部众三万多人全部聚集起来，假装在高平川打猎，趁机袭击并杀死没弈干，吞并了他的部众。
刘勃勃自称是夏后氏的后代，六月，自称大夏天王、大单于，大赦天下，改年号为龙升，设置百官。任命他的哥哥右地代为丞相，封代公；力俟提为大将军，封魏公；叱干阿利为御史大夫，封梁公；弟弟阿利罗引为司隶校尉，若门为尚书令，叱以韐为左仆射，乙斗为右仆射。
贺狄干长期在长安，常常被幽禁，于是学习阅读经史，举止如同儒生。到他返回北魏，北魏主拓跋珪见他的言语衣服都像秦国人，认为他仰慕并效仿秦国人，发怒，把他和他的弟弟贺狄归一起杀了。秦王姚兴任命太子姚泓录尚书事。
秋季七月戊戌初一，发生日食。
汝南王司马遵之因事获罪被处死。司马遵之是司马亮的五世孙。
癸亥日，后燕王熙把他的皇后苻氏葬在徽平陵，丧车高大，拆毁北门才出去，王熙披散头发，光着脚，步行跟从二十多里。甲子日，大赦天下。
当初，中卫将军冯跋和弟弟侍御郎冯素弗都得罪了王熙，王熙想杀他们，冯跋兄弟逃到山林泽地。王熙的赋税徭役繁重，百姓无法忍受；冯跋、冯素弗和他们的堂弟冯万泥谋划说：“我们这些人自首也没有活路，不如趁着百姓的怨恨，共同举大事，可以建立公侯的功业。事情如果不成功，再死也不晚。”于是一起乘车，让妇女驾车，偷偷进入龙城，藏在北部司马孙护家中。等到王熙出去送葬，冯跋等人和左卫将军张兴以及苻进的残余党羽作乱。冯跋一向和慕容云交好，于是推举慕容云为主。慕容云以生病推辞，冯跋说：“河间王（王熙）荒淫暴虐，人神共愤，这是上天要灭亡他的时候。您是高氏名家，怎么能做别人的养子，而放弃这难得的机会呢？”扶着他出来。冯跋的弟弟冯乳陈等人率领部众攻打弘光门，击鼓呐喊着前进，禁卫都逃散了；于是进入宫中分发铠甲，关闭城门据守。中黄门赵洛生跑去告诉王熙，王熙说：“鼠辈盗贼能做什么！我回去就诛杀他们。”于是把皇后的灵柩放在南苑，系好头发，穿上铠甲，骑马返回平乱。夜里，到达龙城，攻打北门，没能攻克，在门外过夜。乙丑日，慕容云登上天王位，大赦天下，改年号为正始。
王熙退入龙腾苑，尚方兵褚头翻越城墙投奔王熙，声称营中士兵同心效命顺从，只等大军到来。王熙听说后，惊慌地跑出去，身边的人没人敢逼近。王熙从水沟下偷偷逃跑，过了很久，身边的人奇怪他没回来，一起去找他，只找到衣服帽子，不知道他去了哪里。中领军慕容拔对中常侍郭仲说：“大事即将成功，而皇帝无故自己受惊，非常奇怪。但城内的人正期待我们，我们一到必定成功，不能停留。我先去逼近城池，你留下等待皇帝，找到皇帝，赶紧来；如果皇帝没回来，我能顺利安抚城中，再慢慢迎接也不晚。”于是分领二千多壮士登上北城。将士们以为王熙到了，都放下武器请求投降。不久王熙很久没到，慕容拔的军队没有后援，众人心中疑虑恐惧，又下城赶赴龙腾苑，于是都溃散了。慕容拔被城中人杀死。丙寅日，王熙穿着便服藏在树林中，被人抓住，送给慕容云，慕容云历数他的罪状后杀了他，连同他的几个儿子。慕容云恢复高姓。
幽州刺史上庸公慕容懿献出支郡投降北魏，北魏任命慕容懿为平州牧、昌黎王。慕容懿是慕容评的孙子。
北魏主拓跋珪从濡源向西到参合陂，然后返回平城。
秃发傉檀又对后秦怀有二心，派使者邀请乞伏炽磐，乞伏炽磐杀了他的使者，把事情报告给长安。
南燕王慕容超的母亲和妻子还在后秦，慕容超派御史中丞封恺出使后秦去请求放回她们。秦王姚兴说：“从前苻氏失败，太乐的各种歌舞艺人都到了燕国。燕国现在称臣，送歌舞艺人来或者送一千吴地人口来，你们所请求的才能得到满足。”慕容超和群臣商议这件事，左仆射段晖说：“陛下继承守护社稷，不应因为私人亲情的缘故就降低尊号；况且太乐是前代的遗音，不能给他们，不如抢掠吴地人口送给他们。”尚书张华说：“侵犯抢掠邻国，会导致战争接连不断，灾祸纠缠不休，我们能去，他们也能来，不是国家的福分。陛下的亲人在别人手中，怎么能吝惜虚名，不为他们降低身份呢！中书令韩范曾经和秦王一起做过苻氏的太子舍人，如果派他去，一定能如愿。”慕容超听从了他的建议，于是派韩范出使后秦，称臣并献上表章。
慕容凝对姚兴说：“燕王得到他的母亲和妻子后，就不会再称臣了，应该先让他送歌舞艺人来。”姚兴于是对韩范说：“我归还燕王的家属是肯定的，但是现在天气还热，要等到秋凉的时候。”八月，后秦派员外散骑常侍韦宗出使南燕。慕容超和群臣商议接见韦宗的礼仪，张华说：“陛下之前已经献上表章，现在应该面向北接受诏书。”封逞说：“大燕七位圣主光辉相继，怎么能一下子向小子屈服！”慕容超说：“我为太后屈服，希望各位不要再说了！”于是面向北接受诏书。
毛修之与汉嘉太守冯迁联合兵力攻打杨承祖，将其斩杀。毛修之想要进军讨伐谯纵，益州刺史鲍陋不同意。毛修之上表说：“人之所以重视生命，实在是因为有生存的道理可以保全。我的情况是，生路已经断绝，之所以还能在清晨的露水般短暂的生命中苟活，是希望能凭借上天的威严诛杀仇敌逆贼。现在多次出现可乘之机，而鲍陋却常常违背约定不来，我即使在敌寇的庭院前效死，救援也无从谈起，这将如何成功呢！”刘裕于是上表推荐襄城太守刘敬宣率领五千部众讨伐蜀地，任命刘道规为征蜀都督。
北魏主拓跋珪前往豺山宫。候官报告说：“司空庾岳服饰华丽，言行举止的风采，模仿君主。”拓跋珪收捕庾岳，将他杀死。
北燕王高云任命冯跋为都督中外诸军事、开府仪同三司、录尚书事，冯万泥为尚书令，冯素弗为昌黎尹，冯弘为征东大将军，孙护为尚书左仆射，张兴为辅国大将军。冯弘是冯跋的弟弟。
九月，谯纵向后秦称臣。
秃发傉檀率领五万多人讨伐沮渠蒙逊，沮渠蒙逊与他在均石交战，大败秃发傉檀。
沮渠蒙逊进军到日勒，攻打西郡太守杨统，杨统投降。
冬季十月，后秦河州刺史彭奚念反叛，投降秃发傉檀，后秦任命乞伏炽磐代理河州刺史。
南燕主慕容超派左仆射张华、给事中守正元向后秦献上一百二十名太乐歌舞艺人，秦王姚兴才归还慕容超的母亲和妻子，给予丰厚的物资和礼遇送她们回去，慕容超亲自率领六宫妃嫔在马耳关迎接。
夏王刘勃勃击败鲜卑薛千等三部，降服他们的部众数以万计，进军攻打后秦三城以北的各戍所，斩杀后秦将领杨丕、姚石生等。众将领都说：“陛下想要夺取关中，应该先巩固根基，让人心有所依托。高平山川险要坚固，土地肥沃，可以定都。”刘勃勃说：“你们只知其一，不知其二。我的大业刚刚开创，士兵部众不多。姚兴也是一时的英雄，众将领听从命令，关中还不能谋取。我现在专门固守一座城池，他必定会集中力量对付我，我们的部众不是他的对手，灭亡会立刻到来。不如率领精锐骑兵风驰电掣，出其不意，他救援前面就攻击后面，救援后面就攻击前面。让他疲于奔命，而我们却从容地掠夺食物。不出十年，岭北、河东都会归我们所有。等到姚兴死后，他的继位儿子昏庸懦弱，再慢慢夺取长安，这都在我的计划之中。”于是侵掠岭北，岭北各城的城门白天都不敢打开。姚兴于是感叹说：“我不听黄儿（姚邕）的话，才到了这个地步！”刘勃勃向秃发傉檀求婚，秃发傉檀不答应。十一月，刘勃勃率领二万骑兵攻打秃发傉檀，到达支阳，杀伤一万多人，驱赶掳掠二万七千多人、数十万牛羊后返回。秃发傉檀率领部众追击，焦朗说：“刘勃勃天资雄健，治军严整，不能轻视。不如从温围向北渡过黄河，奔赴万斛堆，凭借河水扎营，扼住他的咽喉，这是百战百胜的方法。”秃发傉檀的将领贺连发怒说：“刘勃勃是败亡的残余，乌合之众，为什么要躲避他，向他示弱！应该赶紧追击！”秃发傉檀听从了贺连的意见。刘勃勃在阳武下峡凿冰埋车来堵塞道路，率兵迎击秃发傉檀，大败他，追击八十多里，杀伤数以万计的人，名臣勇将死了十分之六七。秃发傉檀和几个骑兵逃奔南山，几乎被追兵抓住。刘勃勃把尸体堆积起来封土，称为髑髅台。刘勃勃又在青石原击败后秦将领张佛生，俘虏斩杀五千多人。
秃发傉檀害怕外敌的逼迫，把三百里内的百姓都迁入姑臧；国内的人惊恐怨恨，屠各成七儿趁机作乱，一夜之间聚集了几千人。殿中都尉张猛向众人大声说：“主上在阳武的失败，是因为依仗人多的缘故。责备自己悔改过错，对英明有什么损害，而各位却突然跟随这个小人做不义的事！殿中的军队现在就到，灾祸就在眼前了！”众人听了，都散去了；成七儿逃奔晏然，被追击斩杀。军咨祭酒染裒、辅国司马边宪等谋反，秃发傉檀把他们都杀了。
北魏主拓跋珪返回平城。
十二月戊子日，武冈文恭侯王谧去世。
这一年，西凉公李暠因为之前的表章没有得到回复，又派僧人法泉秘密前往建康进献表章。
义熙四年（戊申，公元408年）：
春季正月甲辰日，任命琅邪王司马德文领司徒。
刘毅等人不想让刘裕入朝辅政，商议任命中领军谢混为扬州刺史，有人想让刘裕在丹徒兼任扬州刺史，把朝廷内的事务交给孟昶。派尚书右丞皮沈把这两种意见咨询刘裕，皮沈先见刘裕的记室录事参军刘穆之，详细说明了朝廷的商议情况。刘穆之假装起身去厕所，秘密写了一张纸条告诉刘裕说：“皮沈的话不能听从。”刘裕会见皮沈后，暂且让他出去，叫刘穆之来问他。刘穆之说：“晋朝朝政混乱已经很久了，天命已经转移。您复兴晋室，功勋高地位重，现在的形势，怎么能保持谦逊，就做镇守藩镇的将领呢！刘毅、孟昶等人，和您都是从平民崛起，共同发起大义来获取富贵，事情有先后，所以一时互相推让，并不是真心佩服，早就确定了君臣的名分。势力相当，最终会互相吞并。扬州是国家的根本所在，不能借给别人。之前把它授予王谧，是权宜之计；现在如果再把它授予别人，就会受制于他人。一旦失去权柄，就没有办法再得到，将来的危险，难以仔细考虑。现在朝廷商议这样，应该回应，一定要说这事在于我，但措辞又困难，只应该说：‘神州是国家的根本，宰辅职位重要，这事既然重大，不能凭空讨论，便暂时入朝，共同详尽讨论不同意见。’您到了京城，他们一定不敢越过您再授予别人，这是很明显的。”刘裕听从了他的建议。朝廷于是征召刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史照旧。刘裕上表请求解除兖州刺史职务，任命诸葛长民为青州刺史，镇守丹徒，刘道怜为并州刺史，戍守石头。
庚申日，武陵忠敬王司马遵去世。
北魏主拓跋珪前往豺山宫，接着到了宁川。南燕主慕容超尊奉他的母亲段氏为皇太后，妻子呼延氏为皇后。慕容超在南郊祭祀，有一只像老鼠而颜色赤红、大小如马的野兽，来到祭坛旁边。不久，刮起大风，白天变得昏暗，仪仗和帷帐都被吹毁撕裂。慕容超害怕，问太史令成公绥，成公绥回答说：“这是陛下信用奸佞、诛杀贤良、赋税繁重、徭役众多所导致的。”慕容超于是大赦天下，罢免公孙五楼等人。不久又起用他们。
北燕王高云立妻子李氏为皇后，儿子彭城为太子。
三月庚申日，把后燕王熙和苻后葬在徽平陵，给王熙谥号为昭文皇帝。
高句丽派使者访问北燕，并且叙述宗族关系，北燕王高云派侍御史李拔回访。
夏季四月，尚书左仆射孔安国去世；甲午日，任命吏部尚书孟昶代替他。
北燕宣布大赦。
五月，北燕任命尚书令冯万泥为幽、冀二州牧，镇守肥如；中军将军冯乳陈为并州牧，镇守白狼；抚军大将军冯素弗为司隶校尉；司隶校尉务银提为尚书令。
谯纵派使者向后秦称臣，又和卢循暗中勾结。谯纵向后秦上表请求放回桓谦，想和他一起攻打刘裕。秦王姚兴就这事问桓谦，桓谦说：“我家几代人，在荆、楚一带施恩深厚，要是能凭借巴、蜀的资源，顺流东下，士民一定会纷纷响应。”姚兴说：“小水容不下大鱼，要是谯纵的才能足以成事，也不用借助你作为辅助了。你还是自己多求福分吧。”于是打发他去了。桓谦到了成都，虚心招纳士人；谯纵却怀疑他，把他安置在龙格，派人看守。桓谦哭着对弟弟们说：“姚主的话太神了！”
秦王姚兴因秃发傉檀内外多难，想趁机夺取凉州，派尚书郎韦宗前去察看。傉檀和韦宗谈论当世大事，纵横捭阖，滔滔不绝。韦宗告辞后，感叹道：“奇才英器，不一定只在华夏有；明智敏识，不一定只有读书人具备，我今天才知道九州之外、《五经》之外，还有这样的人才。”回去后，对姚兴说：“凉州虽然凋敝，但傉檀权谋诡诈超过常人，不可图谋。”姚兴说：“刘勃勃凭着乌合之众都能打败他，何况我发动天下的兵力去攻打呢！”韦宗说：“不是这样的。形势变化，反复无常，欺凌别人的容易失败，警惕戒惧的难以攻破。傉檀败给勃勃，是因为轻视他。如今我们派大军逼近，他必定恐惧而求自保。我看群臣的才略，没有能和傉檀相比的，即便凭着天威去攻打，也不敢保证一定能取胜。”姚兴不听，派他的儿子中军将军广平公姚弼、后军将军敛成、镇远将军乞伏乾归率领三万步兵骑兵袭击傉檀，左仆射齐难率领二万骑兵讨伐刘勃勃。吏部尚书尹昭劝谏说：“傉檀仗着地势险要偏远，所以敢违抗怠慢；不如下诏让沮渠蒙逊和李暠去讨伐他，让他们互相困斗而亡，不必烦劳中原的兵力。”姚兴也不听。
姚兴给傉檀写信说：“现在派齐难讨伐勃勃，怕他向西逃跑，所以让姚弼等人在河西拦截他。”傉檀信以为真，就没有设防。姚弼从金城渡河，姜纪对姚弼说：“如今朝廷大军声称讨伐勃勃，傉檀犹豫不决，守备不严，希望给我五千轻骑兵，突袭他的城门，那么山野百姓就都会归我们所有，孤城没有援兵，就能轻易攻克了。”姚弼不听。进军到漠口，昌松太守苏霸闭城抵抗，姚弼派人劝他投降，苏霸说：“你们背弃信誓攻打盟国，我只有一死，哪有投降的道理！”姚弼进攻，杀了苏霸，长驱直入到姑臧。傉檀环城固守，派出奇兵攻击姚弼，打败了他，姚弼退守西苑。城中人王钟等人谋划做内应，事情泄露，傉檀想只杀主谋而赦免其余的人，前军将军伊力延侯说：“现在强敌在外，而奸人在内部作乱，还有比这更危险的吗！不全部活埋他们，怎么惩戒后人！”傉檀听从了，杀了五千多人。又命令郡县把牛羊都散放在野外，敛成放纵士兵抢掠；傉檀派镇北大将军俱延、镇军将军敬归等人攻击，秦军大败，被斩首七千多级。姚弼坚守营垒不出战，傉檀攻打，没能攻克。
秋季七月，姚兴派卫大将军常山公姚显率领二万骑兵，作为各路军队的后援，到高平后，听说姚弼战败，就加速前进。姚显派擅长射箭的孟钦等五人在凉风门挑战，箭还没射出，就被傉檀的材官将军宋益等人迎击斩杀。姚显于是把罪责推给敛成，派使者向傉檀道歉，安抚黄河以外地区，领兵返回。傉檀派使者徐宿到后秦谢罪。
夏王刘勃勃听说秦军要来，退守河曲。齐难因勃勃已经远去，就放纵士兵在野外抢掠。勃勃暗中出兵袭击，俘虏斩杀七千多人。齐难领兵退走，勃勃追到木城，擒获了他，俘虏他的将士一万三千人。于是岭北的夷人、汉人归附勃勃的数以万计，勃勃都设置守宰来安抚他们。
司马叔璠从蕃城侵犯邹山，鲁郡太守徐邵弃城逃跑，车骑长史刘钟击退了他。
北燕王高云封慕容归为辽东公，让他主持燕的祭祀。
刘敬宣进入三峡后，派巴东太守温祚率领二千人从外水进军，自己率领益州刺史鲍陋、辅国将军文处茂、龙骧将军时延祖从垫江转战前进。谯纵向后秦求救，秦王姚兴派平西将军姚赏、南梁州刺史王敏率领二万兵力赶赴。刘敬宣的军队到黄虎，距离成都五百里。谯纵的辅国将军谯道福率领全部兵力据守险要，双方相持六十多天，刘敬宣不能前进；粮食耗尽，军中发生瘟疫，死亡的人超过一半，于是领兵返回，刘敬宣因罪被免官，削去三分之一的封地，荆州刺史刘道规因督率不力被降为建威将军。九月，刘裕因刘敬宣失利，请求退位，下诏降为中军将军，开府的待遇不变。刘毅想用重法惩处刘敬宣，刘裕保护他，何无忌对刘毅说：“怎么能因私人恩怨伤害公理呢！”刘毅才作罢。
乞伏炽磐因后秦的朝政逐渐衰败，且害怕被秦攻击，冬季十月，招集各部二万多人在嵻蜋山筑城据守。
十一月，秃发傉檀又自称凉王，大赦天下，改年号为嘉平，设置百官。立夫人折掘氏为王后，世子武台为太子、录尚书事。左长史赵晁、右长史郭幸为尚书左、右仆射，昌松侯俱延为太尉。
南燕的汝水干涸。黄河都封冻了，而渑水却不结冰。南燕王慕容超对此很厌恶，问李宣，李宣回答说：“渑水不结冰，是因为靠近京城，离日月近啊。”慕容超非常高兴，赐给他一套朝服。
十二月，乞伏炽磐到枹罕攻打彭奚念，被彭奚念打败返回。
这一年，北魏主拓跋珪杀了高邑公莫题。当初，拓跋窟咄讨伐拓跋珪时，莫题因拓跋珪年轻，暗中送箭给窟咄说：“三岁的牛犊哪能承受重载呢！”拓跋珪心中怀恨。到这时，有人告发莫题居处傲慢，模仿君主，拓跋珪派人拿箭给莫题看，并对他说：“三岁的牛犊到底怎么样？”莫题父子相对而哭。第二天早上，就被收捕斩杀了。