话说在大明成化年间，南直隶应天府辖下有个上元县，县中有一户姓张的殷实人家。家主张诚，年方四十，娶妻王氏，夫妻二人守着祖传的偌大生药铺过活，虽非堆金积玉的巨富，却也仓廪充实，衣食无忧。这张诚为人敦厚，童叟无欺，邻里皆称他为“张善人”。唯一美中不足的是，二人成婚近二十载，膝下犹虚，为此不知拜了多少佛寺道观，许了多少香火愿心。
或许是诚心感动上天，就在张诚四十寿诞过后不久，王氏忽觉身体困倦，饮食厌烦，请了郎中来看，竟是有孕了！夫妻二人喜不自胜，如得珍宝。十月怀胎，一朝分娩，竟产下个白白胖胖的男孩，啼声洪亮，眉宇间自带一股英气。张诚中年得子，视若性命，取名张继祖，小名宝儿。
这宝儿自小聪明伶俐，七岁上开蒙读书，过目成诵，十二三岁便已通晓经史，更兼心地纯良，孝顺父母，街坊邻里无不夸赞。张诚夫妇更是将全部希望寄托在儿子身上，只盼他日后科举成名，光耀门楣。
谁知天有不测风云，宝儿长到一十五岁上，张诚偶感风寒，起初只当是小恙，不料病势日渐沉重，延医服药，竟如石沉大海，不过月余，便撒手人寰。临终前，张诚紧握王氏与宝儿之手，喘息道：“我死之后，孤儿寡母，须得谨慎门户。铺中事务，可托付老成伙计掌管。吾儿须用心读书，早取功名，光宗耀祖，我在九泉之下也能瞑目了。”言罢，瞑目而逝。王氏与宝儿哭得死去活来，料理丧事，自不必说。
张诚一死，家中便失了顶梁柱。那生药铺中，原本有两个得力伙计，一个叫赵乙，一个叫钱丙。赵乙为人还算本分，钱丙却是个面善心狡之徒。往日张诚在时，钱丙尚不敢放肆，如今见主家只剩孤儿寡妇，便渐渐生出不良之心。他先是假意殷勤，将铺中账目打理得看似井井有条，暗中却勾结外人，虚报损耗，侵吞货款，不上一年，竟将个好端端的生药铺弄得亏空大半。王氏一介女流，宝儿年少，哪里晓得其中关节？只道是时运不济，生意难做。
这一日，钱丙又假惺惺向王氏禀报，说有一批贵重药材需现银采购，可获厚利，怂恿王氏将家中积蓄取出。王氏犹豫不决，与宝儿商议。宝儿虽年轻，却有心计，觉得此事蹊跷，便道：“母亲，父亲临终嘱咐谨慎门户。钱丙近来言行闪烁，此事还需从长计议。”母子二人便婉拒了钱丙。
钱丙见计不成，怀恨在心，暗忖：“若不除去这小儿，这偌大家业，我如何能到手？”于是心生毒计。他知隔壁县有个专一帮闲挑事的讼棍，名叫刁整，最会颠倒是非，构陷良善。钱丙便备下厚礼，深夜拜访刁整，如此这般，定下一条毒计。
没过几日，上元县衙突然来了几个如狼似虎的公差，手持牌票，直闯张家，口称：“张宝儿涉嫌勾结江洋大盗，窝藏赃物，县尊老爷传讯问话！”不容分说，铁链一套，便将宝儿锁去。王氏吓得魂飞魄散，跌足痛哭，忙使家人拿上银两，去衙门上下打点，才知是有人首告，说张宝儿与近日一伙劫了官银的强盗有染，证据便是一锭有官银印记的元宝，不知何时被埋在了张家后院的桂花树下，又被“恰好”挖出。
这分明是栽赃陷害！可那县官是个糊涂官，只认“赃证”确凿，又受了刁整暗中贿赂，便不问青红皂白，将宝儿屈打成招，问成死罪，收监候斩。王氏四处喊冤，变卖家产，上下打点，却如鸡蛋撞石墙，毫无用处。眼看秋决之日将近，王氏哭得泪尽血出，一病不起。
这一日，王氏正昏昏沉沉卧于榻上，忽听得门外有木鱼声响，一个苍老的声音念道：“苦海无边，回头是岸；冤狱虽深，自有天鉴。”王氏心中一动，挣扎起身，命丫鬟将门外僧人请进。只见来的是一位老僧，布衣芒鞋，却精神矍铄，双目炯炯有神。老僧见了王氏，合十道：“施主眉间冤气凝结，家中必有奇冤。”王氏见老僧气度不凡，如见亲人，便将儿子冤情哭诉一遍。
老僧听罢，长叹一声：“阿弥陀佛！此事老衲已有耳闻。陷害令郎者，非为别个，正是你家伙计钱丙与讼棍刁整。那官银，亦是他们趁夜埋入你家院中。”王氏惊问：“老师父何以得知？”老僧道：“老衲云游至此，偶在城外土地庙歇脚，听得庙祝说起，月前曾见两人鬼鬼祟祟在你家后院墙外徘徊，其中一人身形酷似钱丙。若要翻案，须得寻得真赃，或使恶人自露马脚。”
王氏泣道：“我儿已招供，赃物又‘确凿’，如何翻得？衙门上下，皆被买通，我孤儿寡母，求助无门啊！”老僧沉吟片刻，道：“施主莫慌。老衲有一计，或可一试。此事须得如此这般……”附耳低言，嘱咐一番。王氏将信将疑，但见是唯一指望，只得依计而行。
且说那钱丙，害了宝儿，又见王氏病重，心中大喜，只道张家产业已是囊中之物。他每日仍在生药铺中，假意维持，实则将剩余资财不断窃入自己腰包。这一日晚间，钱丙正在铺中盘算，忽见赵乙慌慌张张跑来，道：“钱兄，不好了！我方才从县衙刑房书吏处听得消息，说那批被劫的官银，另有隐情！”
钱丙心中一惊，忙问：“甚么隐情？”赵乙道：“书吏说，那伙强盗近日又犯案被擒，为首的名叫‘一阵风’，熬刑不过，招供说上次所劫官银，其中有一匣是特殊的‘饷银’，铸有暗记，与普通官银不同。如今上司行文，要重查此案，核对赃银。若发现之前作为赃物的银子并非那批饷银，则张宝儿之案恐有反复！”
钱丙一听，冷汗直冒。他用来裁赃的，乃是自己平日积攒的普通银两，熔了后私自刻上官银印记，如何能有强盗才知的暗记？若官府真来核对，岂不立刻露馅？他强作镇定，打发走赵乙，心中如十五个吊桶打水——七上八下。他想：“那锭作为赃物的银子，如今还在县衙库房。若能在官府核对前，将它偷梁换柱，换成真官银，方可无虞。可真官银何处去寻？难道要去寻那伙强盗购买？此计太险。或者……再去偷一锭真正的官银？”他被这念头吓了一跳，但思前想后，似乎别无他法。他深知库房看守严密，难以得手，忽然想起，城中富户李员外家，前日似乎刚缴纳了一笔税银，或许尚有留存。
正当钱丙心乱如麻之际，忽听得铺板轻响，一个黑影闪入铺中。钱丙吓了一大跳，定睛一看，却是个用黑布蒙面之人，只露出一双精光四射的眼睛。那人低声道：“钱管事，莫要声张，我乃‘一阵风’麾下兄弟，特来寻你。”
钱丙魂飞魄散，颤声道：“好汉……好汉寻我作甚？”蒙面人道：“我们大哥失手，皆因你那件事牵扯出来。如今大哥在狱中，为保性命，或将你我勾结之事供出。大哥让我传话给你，若想平安，速将当初那锭假赃银换回，否则，大家一同上路！”钱丙闻言，更是心惊肉跳，暗道：“此事如何连强盗都知道了？”忙道：“好汉明鉴，那银子在县衙库房，我如何换得？”蒙面人道：“那是你的事！三日之内，若办不成，休怪我等无情！你可知我辈手段，纵然身在牢狱，取你性命亦如反掌！”说罢，也不待钱丙回话，身形一闪，又消失在夜色中。
这蒙面人自然是那老僧安排，故意惊吓钱丙，逼他行动。钱丙遭此一吓，六神无主，果然中计。他左思右想，唯有冒险去李员外家盗取真官银，再设法买通库吏，换出假赃银。他哪里知道，这一切，都已落入一张精心编织的大网之中。
再说王氏，依老僧之计，一面派人暗中监视钱丙动向，一面将家中仅存的一件珍贵首饰——一支祖传的赤金点翠明珠簪，托老僧设法变卖，用作活动经费。老僧道：“此簪不凡，或许另有机缘。施主暂且宽心，静待消息。”
老僧携了金簪，并未去当铺，而是径自来到城中最大的客栈“悦来居”，寻了一位在此落脚的外省客商。这客商姓周，名文盛，乃是湖广有名的珠宝商人，见多识广。老僧取出金簪，周客商一见，便吃了一惊，反复观看，尤其是簪头那颗硕大的明珠，其光润晶莹，非同一般。他沉吟道：“老师父，此珠……似乎并非凡品，倒像是南海贡珠中的极品‘合浦珠’，民间罕见。不知此物从何而来？”
老僧便简略说了张家冤情，只道是主家变卖救子。周客商听罢，唏嘘不已，道：“若果是合浦珠，其价值连城，足以救人性命。但此物太过显眼，轻易出手，恐惹祸端。在下有一故交，现任应天府通判，为人刚正。我可修书一封，老师父可携此簪与书信去见通判大人，或可直陈冤情，由上宪干预，方能彻底翻案。”
老僧合十称谢。于是周客商当即修书，详述明珠之贵，并张家之冤。老僧连夜赶往应天府衙。那通判见了故友书信，又见了这稀世明珠，心知此事非同小可，若真是冤案，自己干预乃是分内之事，且可博个清名。便秘密吩咐得力手下，暗中查访。
再说钱丙，被蒙面人恐吓后，果然铤而走险。他打听到李员外家护院轮值规律，趁一个风雨之夜，翻墙入内，竟真被他找到了藏银之处，偷得一锭五十两的大官银。得手之后，他又咬牙拿出重金，买通了县衙库房一名贪财的小吏，约定次日深夜，潜入库房换银。
这一切，都被通判派出的暗探与老僧安排的人手看在眼里。到了约定之时，钱丙鬼鬼祟祟潜入库房，刚将那锭假赃银换出，忽听得一声锣响，四下火把通明，数十名衙役如从天降，将他与小吏当场拿获，人赃并获。通判大人亲自坐堂，连夜审讯。钱丙见大势已去，只得将如何起意、如何勾结刁整、如何裁赃陷害宝儿之事，一一招供。又派差役即刻捉拿刁整到案，刁整亦无可抵赖，画押招认。
天光放亮，通判即命重升大堂，提审张宝儿一案。县令见上司亲临，惊得面如土色。通判当众出示钱、刁二人供词，并真赃实据，宣布张宝儿无罪释放。那宝儿在狱中受尽折磨，已是形销骨立，出得堂来，见母亲在外等候，母子抱头痛哭，观者无不下泪。
案件既明，通判判钱丙、刁整斩立决，县令贪赃枉法，革职查办。张家生药铺物归原主。王氏与宝儿对通判与周客商千恩万谢，再寻那老僧时，却早已飘然远去，不知踪影，只留话说：“宝儿历此大劫，后福无穷，好自为之。”
宝儿死里逃生，深感世事险恶，亦觉功名如浮云，遂将生药铺交与忠厚的赵乙打理，自己则专心侍奉母亲，闲暇时广读诗书，更研习医道，竟成一方名医，活人无数。他将家中厅堂命名为“还珠堂”，以志不忘那段明珠雪冤的奇遇。后来王氏高寿而终，宝儿娶妻生子，家道复兴，子孙繁衍，皆成栋梁之材。这正是：
奸计图谋终是空，苍天有眼辨鱼龙。
明珠不掩光华色，还向合浦碧海中。