晋纪三十五
时间很快就来到了公元403年，这一年的春季正月，卢循派司马徐道覆侵犯东阳郡；二月辛丑日，建武将军刘裕击败了徐道覆。徐道覆是卢循的姐夫。
二月乙卯日，朝廷任命太尉桓玄为大将军。
二月丁巳日，桓玄杀害了冀州刺史孙无终。
接着，桓玄上奏表请求率领各路军队平定关中、洛阳地区，不久后又暗示朝廷下诏不准许，随后便说：“我是遵照诏令才停止行动的。”桓玄起初打算整治行装，先下令制造轻便的船只，用来装载服饰玩物、书法绘画作品。有人问他原因，桓玄说：“战事凶险，万一发生意外，这些东西容易搬运转移。”众人听后都嘲笑他。
到了夏季四月癸巳朔日（初一），发生了日食，这一般代表着不详。
此时，南燕君主慕容备德的旧部下赵融从长安前来，慕容备德才得知母亲和兄长的死讯，他放声痛哭，以至于吐血，随后就卧病在床。
紧接着，又发生了一件令南燕王慕容备德吐血的事，那就是他的司隶校尉慕容达谋反了，而且派遣牙门皇璆率领部众攻打端门，殿中帅侯赤眉打开城门接应；无奈之下，中黄门孙进只好搀扶着慕容备德翻墙逃出，并藏在孙进的住处。段宏等人听说皇宫内发生了变乱，便率领士兵驻守在四面城门。慕容备德回到宫中后，便下令诛杀了侯赤眉等人。而慕容达则是出逃投奔北魏。
随后，慕容备德下令对迁徙而来的百姓要优待，给他们长期免除徭役；百姓因此互相包庇隐瞒，有的上百户人家合并为一户，有的上千个壮丁共用一个户籍，以此逃避赋税徭役。尚书韩请求加以核查，慕容备德听从了他的建议，派韩巡视各郡县，查出被包庇隐瞒的农户五万八千户。
接着，泰山贼寇王始聚集数万人，自称太平皇帝，设置公卿等官职；南燕桂林王慕容镇率军讨伐并擒获了他。临刑前，有人问他的父亲和兄弟在哪里，王始说：“太上皇在外地流亡，征东将军、征西将军被乱兵杀害了。”他的妻子生气地对他说：“你就是因为这张嘴惹祸，怎么到现在还不改口！”王始说：“皇后不懂，自古以来哪有不灭亡的国家！我即便死了，国号终究不会改变！”
五月，后燕君主慕容熙修建龙腾苑，方圆十几里，征调服劳役的人两万名。在苑内修筑景云山，地基宽五百步，山峰高十七丈。
秋季七月戊子日，北魏君主拓跋珪向北巡视，在豺山修建离宫。
平原太守和跋奢侈豪强，喜好名声，拓跋珪非常厌恶他，便下令将他处死，并让他的弟弟和毘等人前来与他诀别。和跋说：“灅水以北土地贫瘠，你们可以迁到灅水以南居住，努力谋划家业。”并且让他们背对着自己，说：“你们怎么能忍心看着我死呢！”和毘等人明白他的用意，便假称是朝廷使者，逃入后秦。拓跋珪得知后大怒，便下令诛灭了和跋的家族。中垒将军邓渊的堂弟、尚书邓晖与和跋关系友好，有人向拓跋珪进谗言：“和毘出逃，实际上是邓晖送他走的。”拓跋珪怀疑邓渊知道这个阴谋，便赐邓渊自杀。
此时，南凉王秃发傉檀和沮渠蒙逊各自出兵攻打后凉君主吕隆，吕隆对此感到忧虑。后秦的谋臣对后秦王姚兴说：“吕隆凭借先辈的基业，在黄河以西独断专权，如今虽然饥饿窘迫，还能自我支撑，如果将来物资丰富，终究不会归我们所有。凉州地势险要隔绝，土地肥沃，不如趁他处境危急时夺取它。”姚兴于是派遣使者征召吕超到朝廷任职。吕隆考虑到姑臧最终无法保全自己，便通过吕超请求归降后秦。姚兴派遣尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘、左王乞伏乾归、镇远将军赵曜率领步兵、骑兵四万人，到河西迎接吕隆，南凉王秃发傉檀撤走了昌松、魏安两处的守军来避让后秦军队。八月，齐难等人抵达姑臧，吕隆乘坐白车白马，在道路旁迎接。吕隆劝说齐难攻打沮渠蒙逊，沮渠蒙逊派臧莫孩抵御，击败了齐难的前军。齐难于是与沮渠蒙逊结盟，沮渠蒙逊派弟弟沮渠挐到后秦进贡。齐难任命司马王尚代理凉州刺史，配备三千士兵驻守姑臧，任命将军阎松为仓松太守，郭将为番禾太守，分别驻守两座城池，将吕隆的宗族、僚属以及一万户百姓迁徙到长安，姚兴任命吕隆为散骑常侍，吕超为安定太守，其余文武官员依据才能提拔任用。
当初，郭黁经常说“取代吕氏的人是姓王的”，所以他起兵时，先推举王详，后来又推举王乞基；等到吕隆向东迁徙，王尚最终取代了吕氏在凉州的地位。郭黁跟随乞伏乾归归降后秦，又认为灭亡后秦的是东晋，于是前来投奔东晋，后秦士兵追上并杀死了他。
沮渠蒙逊的伯父、中田护军沮渠亲信，以及临松太守沮渠孔笃，都骄横放纵，成为百姓的祸患，沮渠蒙逊说：“扰乱我的法令的，是这两位伯父。”于是逼迫他们自杀。
后秦派遣使者梁构抵达张掖，沮渠蒙逊问他：“秃发傉檀被封为公，而我却只是封侯，这是为什么呢？”梁构说：“秃发傉檀凶恶狡诈，忠诚的心意还不明显，所以朝廷用尊贵的爵位、虚假的名声来笼络他。将军您的忠诚可与太阳相比，应当入朝辅佐皇室，朝廷怎么会用不信任的态度对待您呢！圣明的朝廷封爵必定依据功劳，比如尹纬、姚晃，是辅佐创业的大臣，齐难、徐洛，是一时的猛将，他们的爵位都不超过侯伯，将军您凭什么要比他们先得到更高爵位呢！从前窦融恳切坚决地辞让爵位，不愿位居旧臣之上，没想到将军您会突然提出这样的问题！”沮渠蒙逊说：“朝廷为什么不就近封我为张掖侯，却要远封我为西海侯呢？”梁构说：“张掖，将军您已经自己占有了，之所以把西海封给您，是想扩大将军您的国土啊。”沮渠蒙逊很高兴，于是接受了册封。
这时，荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄任命桓修接替他的职位。从事中郎曹靖之劝桓玄说：“桓谦、桓修兄弟独自掌控朝廷内外大权，权势太重了。”桓玄于是任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
刘裕在永嘉击败卢循，追击到晋安，多次打败他，卢循乘船向南逃走。
何无忌暗中前往刘裕那里，劝说刘裕在山阴起兵讨伐桓玄。刘裕与当地豪强孔靖商议，孔靖说：“山阴距离京都路途遥远，起兵难以成功；况且桓玄还没有篡夺皇位，不如等他篡权之后，在京口谋划讨伐他。”刘裕听从了孔靖的建议。孔靖是孔愉的孙子。
九月，北魏君主拓跋珪前往南平城，规划测量灅水以南地区，准备修建新都。
这时，东晋侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝说大将军桓玄早日接受禅让，暗中撰写九锡文和册命文书。任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、兼任司徒，桓胤为中书令，加授桓修抚军大将军。桓胤是桓冲的孙子。丙子日，朝廷册命桓玄为相国，总领百官，封给他十个郡，封为楚王，加授九锡，楚国内设置丞相以下各级官员。
桓谦私下问彭城内史刘裕：“楚王功勋德行卓着，朝廷上下的心意，都认为应当举行禅让大典，您觉得怎么样？”刘裕说：“楚王是宣武公（桓温）的儿子，功勋德行超过世人。晋朝皇室衰弱，百姓的期望早已转移，顺应天命举行禅让，取代晋朝，有什么不可以的呢？”桓谦高兴地说：“您说可以，那就可以了。”
新野人庾仄，是殷仲堪的党羽，听说桓伟去世、桓石康还未到任，便起兵在襄阳袭击雍州刺史冯该，将冯该赶走。庾仄拥有部众七千人，设置祭坛，祭祀晋朝七代祖庙，声称要讨伐桓玄，江陵地区人心震动。桓石康抵达雍州后，调兵攻打襄阳，庾仄战败，逃奔后秦。
高雅之上表给南燕君主慕容备德，请求讨伐桓玄，说：“即便不能平定吴郡、会稽地区，也能夺取长江以北的土地。”中书侍郎韩范也上奏疏说：“如今晋朝皇室衰败混乱，长江、淮河南北地区，人口没多少，军队力量单薄。再加上桓玄叛逆作乱，朝廷上下人心离散；凭陛下的英明神武，出动一万步兵、骑兵进逼晋地，他们必定土崩瓦解，军队不用受阻就能前进。夺取并占据那些地方后，后秦、北魏都不值得我们对抗了。开拓疆土、建立功勋，就在今天。错过时机不行动，等晋地的豪杰诛杀桓玄，再整顿德政，到那时不仅建康得不到，长江以北也没希望夺取了。”
慕容备德说：“我因旧国（前燕）覆灭，所以想先平定中原，再扫荡荆州、扬州，所以才没向南征伐。还是让大臣们共同商议这件事吧。”随后他在城西操练军队，共有步兵三十七万人、骑兵五万三千匹、战车一万七千辆。大臣们都认为桓玄刚得势，不能图谋，这件事就搁置了。
冬季十月，楚王桓玄上奏表请求返回封国，却暗中让晋安帝写下亲笔诏书坚决挽留他。他又谎称钱塘县临平湖湖水干涸（古人认为湖开是祥瑞）、江州降下甘露，让百官聚集庆贺，把这些当作自己接受天命的征兆。
又因前代都有隐士，他耻于自己在位时没有，便找到西晋隐士安定人皇甫谧的六世孙皇甫希之，供给其生活物资，让他隐居山林；随后征召皇甫希之任着作郎，再让他坚决推辞不就职，之后下诏表彰礼遇他，称其为“高士”。当时人都称皇甫希之为“充隐”（凑数的隐士）。
桓玄还想废除钱币，改用谷物、布帛交易，又打算恢复肉刑，政策制定混乱，想法反复不定，最终没有一项实施。他生性贪婪鄙陋，只要有人有精美的书法作品、好的绘画或优良的园林住宅，必定通过赌博的方式夺取；尤其喜爱珍珠宝玉，手中从未离过。
十月乙卯日，北魏君主拓跋珪立他的儿子拓跋嗣为齐王，加授相国之位；立拓跋绍为清河王，加授征南大将军；立拓跋熙为阳平王；立拓跋曜为河南王。
十月丁巳日，北魏将军伊谓率领两万骑兵袭击高车族残余部落袁纥部、乌频部；十一月庚午日，大败这两个部落。
随后，东晋朝廷下诏让楚王桓玄使用天子的礼仪音乐，他的王妃改称王后，世子改称太子。十一月丁丑日，卞范之撰写禅让诏书，让临川王司马宝逼迫晋安帝抄写。司马宝是司马曦的曾孙。
十一月庚辰日，晋安帝亲临殿前，派兼太保、领司徒王谧捧着皇帝印玺绶带，将皇位禅让给楚王桓玄。十一月壬午日，晋安帝出宫居住在永安宫。十一月癸未日，朝廷将晋朝太庙的祖先牌位迁到琅邪国，穆章何皇后和琅邪王司马德文都迁居到司徒府。文武百官前往姑孰劝桓玄登基。
十二月庚寅朔日（初一），桓玄在九井山北修筑祭坛；十二月壬辰日，桓玄正式登基称帝。禅让册文中多有贬低晋朝皇室的内容，有人劝谏他，桓玄说：“禅让的文书，本来就只该向百姓陈述实情，怎么能欺骗上天呢！”
接着，桓玄宣布大赦，改年号为永始。将南康郡的平固县封给晋安帝，称平固王；降封何皇后为零陵县君，琅邪王司马德文为石阳县公，武陵王司马遵为彭泽县侯。
桓玄追尊父亲桓温为宣武皇帝，庙号太祖；追尊南康公主为宣皇后；封儿子桓昇为豫章王。任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子、相国左长史王绥为中书令。王绥是桓氏的外甥。
十二月戊戌日，桓玄进入建康皇宫，登上皇帝宝座时，宝座突然塌陷，大臣们都惊慌失色。殷仲文说：“这是因为陛下圣德深厚，大地都承载不住啊。”桓玄听后非常高兴。
梁王司马珍之的属官孔朴护送司马珍之逃往寿阳。司马珍之是司马曦的曾孙。
十二月戊申日，后燕君主慕容熙尊奉后燕太祖慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏是慕容熙的养母。十二月己酉日，慕容熙立苻贵嫔为皇后，宣布大赦。
十二月辛亥日，桓玄将晋安帝迁徙到寻阳。
后燕任命卫尉悦真为青州刺史，镇守新城；任命光禄大夫卫驹为并州刺史，镇守凡城。
十二月癸丑日，桓玄将父亲桓温的神位送入太庙。他亲临听讼观审查囚犯，无论罪行轻重，大多被赦免释放；遇到拦路乞讨的人，有时也会抚恤他们。他就是这样喜欢施行小恩小惠。
这一年，北魏君主拓跋珪开始命令有关部门制定官员的冠服制度，依据官阶品级区分等级。但当时制度刚刚创立，大多没有遵循古代礼法。没想到，桓温一直想篡夺皇位的事没实现，却在自己儿子这里实现了，两者的区别可能就是所处的环境不同吧！
到了公元404年春季正月，桓玄立他的妻子刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄因祖父桓彝以上先辈的名位不显赫，便不再追尊他们并建立宗庙。散骑常侍徐广说：“敬重父亲，子女才会心悦诚服，请依照旧例建立七代祖先的宗庙。”桓玄说：“按礼仪，太祖牌位应面朝东方，后代祖先按左昭右穆排列。晋朝建立七庙，连宣帝司马懿都不能占据正东的位置，有什么值得效仿的！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙祭祀真的连祖先都顾及不到，由此可知楚朝的国运不会长久。”徐广是徐邈的弟弟。
桓玄自即位以来，内心常常不安。二月己丑朔日（初一）夜里，钱塘江大潮涌入石头城，淹死很多人，喧哗声震动天地。桓玄听到后，恐惧地说：“奴才们要造反了！”
桓玄性情苛刻琐碎，喜欢自夸。负责奏事的官员，若奏疏中有一个字不规范，或一句话有差错，他必定加以指责，以此显示自己聪明。尚书省回复诏书时，误把“春蒐”（春季狩猎）写成“春菟”，从左丞王纳之往下，所有参与签署的官员，都被降职罢免。他有时亲自批注任免官吏，有时亲自选用令史，诏令繁杂混乱，有关部门来不及奉命执行，而朝廷法纪混乱，积压的奏案多到无法统计。他还喜好出游打猎，有时一天出去好几次。他迁居东宫后，又修缮宫室，土木工程同时兴起，督促进度十分严苛，朝廷内外骚动不安，想叛乱的人越来越多。
桓玄派遣使者加封益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军。毛璩扣留了桓玄的使者，不接受任命。毛璩是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令众将驻守三巴地区（巴郡、巴东、巴西）来防备毛璩。毛璩向远近各地传布檄文，列举桓玄的罪状，派遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击败桓希等人，随后率领部众进军驻守白帝城。
刘裕跟随徐、兖二州刺史、安成王桓修入朝。桓玄对王谧说：“刘裕的风度气质不同寻常，是人才中的俊杰。”每次游乐聚会，桓玄必定殷勤接待刘裕，赏赐十分丰厚。桓玄的皇后刘氏，有智慧和洞察力，对桓玄说：“刘裕走路如龙似虎，目光不凡，恐怕最终不会屈居人下，不如趁早除掉他。”桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没人能用；等平定关中、黄河地区后，再另作打算。”
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；任命刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘是桓修的弟弟；刁逵是刁彝的儿子。
这时，刘裕与何无忌同乘一条船返回京口，秘密谋划恢复晋朝皇室。刘迈的弟弟刘毅住在京口，也与何无忌商议讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏势力强盛，能图谋吗？”刘毅说：“天下之事本就有强有弱，若行事违背道义，再强也会变弱，只怕找不到能主持大事的人。”何无忌说：“天下民间并非没有英雄。”刘毅说：“我所见的只有刘裕（时任下邳太守）。”何无忌笑而不答，回去后把这话告诉刘裕，于是与刘毅确定谋反计划。
起初，太原人王元德和弟弟王仲德曾为前秦苻氏起兵攻打后燕君主慕容垂，失败后前来投奔晋朝，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说：“自古以来改朝换代，确实不止一个家族，但如今起兵的人，恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶任青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见到孟昶后很欣赏他，对刘迈说：“在出身寒微的士人里找到一个可任尚书郎的人，你和他是同乡，是否认识？”刘迈一向与孟昶关系不好，回答说：“我在京口时，没听说孟昶有特殊才能，只听说他们父子频繁互相赠诗罢了。”桓玄笑着不再提此事。孟昶听说后非常怨恨刘迈，回到京口后，刘裕对孟昶说：“民间应当会有英雄崛起，你听说过吗？”孟昶说：“如今的英雄还能有谁，正是你啊！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶，以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之，共同谋划起兵。刘道规任桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到长江北岸与刘道规、孟昶会合，一起杀死桓弘，占据广陵；诸葛长民任刁逵的参军，派他杀死刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之留在建康，让他们聚集部众攻打桓玄作为内应；约定日期同时行动。
孟昶的妻子周氏家境富裕，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前诋毁我，让我一生难以得志，我决心要造反。你不如趁早和我断绝关系，若我将来得到富贵，再接你团聚也不晚。”周氏说：“你父母还在世，却想策划非凡的谋反大事，这哪里是妇人能劝阻的！若事情失败，我会在官府中侍奉你的父母，绝没有回娘家的打算。”孟昶怅然失意了很久才起身。周氏叫住孟昶让他坐下，说：“看你的举动，不是要和我商量，不过是想要财物罢了。”接着指着怀里的孩子说：“就算卖掉这个孩子，我也不会吝惜。”于是拿出全部家产资助孟昶。孟昶弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏哄她说：“昨夜梦见很不吉利的事，家里红色的东西应该全部拿来镇邪。”堂妹相信了她，就把红色物品都拿来，周氏把它们全部缝制成士兵的战袍。
何无忌夜里在屏风后起草檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上阁楼暗中观察，哭着说：“我比不上东海的吕母（西汉末年起义领袖），这是很明显的了。你能有这样的志向，我还有什么遗憾！”她问与何无忌同谋的人是谁，何无忌说：“是刘裕。”母亲更加高兴，接着向他分析桓玄必定失败、起兵必定成功的道理，鼓励他。
乙卯日，刘裕借口打猎，与何无忌召集部众，得到一百多人。丙辰日清晨，京口城门打开，何无忌穿着传达诏令的官服，谎称是朝廷使者，走在前面，部众跟在后面一起进城，立即斩杀桓修示众。桓修的司马刁弘率领文武官员前来救援，刘裕登上城墙对他们说：“江州刺史郭昶之已在寻阳侍奉皇帝复位，我们都接到秘密诏书，诛杀叛逆党羽，如今叛贼桓玄的首级应当已悬挂在朱雀航（建康重要浮桥）上了。你们难道不是大晋的臣子吗？现在来这里想做什么？”刁弘等人相信了，于是收兵撤退。
随后，刘裕问何无忌：“现在急需一名府主簿，去哪里找呢？”何无忌说：“没人比刘道民更合适了。”刘道民就是东莞人刘穆之。刘裕说：“我也认识他。”于是立即派人骑马去召刘穆之。当时刘穆之听到京口的喧哗声，早晨起床后走到路边，正好与使者相遇。刘穆之盯着使者看了很久没说话，随后返回屋内，把粗布衣服改制成裤子，前去见刘裕。刘裕说：“我们刚发起大义，正面临艰难，急需一名军吏，你认为谁能胜任？”刘穆之说：“您的府署刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有比我更合适的了。”刘裕笑着说：“你能屈就，我的大事就能成功了。”当即在座位上任命刘穆之为主簿。
孟昶劝说桓弘在当天出去打猎，天还没亮，桓弘就打开城门让猎人出城；孟昶与刘毅、刘道规率领几十名壮士径直闯入府内，桓弘正在喝粥，当即被斩杀。他们趁机收编部众渡过长江。刘裕派刘毅诛杀刁弘。
此前，刘裕派同谋者周安穆进入建康报告刘迈，刘迈虽然口头答应，内心却十分惶恐。周安穆担心事情泄露，就骑马返回京口。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想尽快到任。当天夜里，桓玄写信给刘迈说：“北府（京口）一带人心如何？你最近见到刘裕，他说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道谋反计划，早晨起床后就向桓玄告发了。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌刘迈没抓住周安穆，让他逃走，于是杀死刘迈，把王元德、辛扈兴、童厚之等人全部处死。
众人推举刘裕为盟主，总管徐州事务，任命孟昶为长史，驻守京口，檀凭之为司马。彭城人中应募参军的，刘裕全部派郡主簿刘钟统领。丁巳日，刘裕率领徐、兖二州的部众一千七百人，在竹里驻军，向远近各地传布檄文，声称益州刺史毛璩已平定荆楚地区，江州刺史郭昶之在寻阳侍奉皇帝复位，镇北参军王元德等人已率领部众占据石头城，扬武将军诸葛长尼已占据历阳。
桓玄迁回皇宫，召集侍从官员都进入宫中居住；加封扬州刺史、新安王桓谦为征讨都督，任命殷仲文代替桓修为徐、兖二州刺史。桓谦等人请求立即派兵攻打刘裕，桓玄说：“刘裕的军队精锐，抱着必死的决心，如果我们出兵失利，他们的士气就会高涨，而我的大事就完了；不如把大军驻扎在覆舟山等待他们。刘裕的军队空跑二百里，没得到任何补给，锐气已受挫，突然见到我们的大军，必定会惊慌失措；我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交战，他们求战不得，自然会溃散逃走，这是上策。”桓谦等人坚持请求进攻，桓玄才派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上迎击。桓玄极为担忧恐惧，有人说：“刘裕等人是乌合之众，势力薄弱，肯定成不了事，陛下何必如此深忧！”桓玄说：“刘裕足以成为一代枭雄，刘毅家中连一石粮食的储备都没有，却敢在赌博中一掷百万，何无忌酷似他的舅舅刘牢之；他们共同谋划大事，怎能说成不了事！”
就在东晋战事如火如荼的进行时，黄河以西也在发生着大事，南凉王秃发傉檀畏惧后秦的强大，于是取消年号，撤销尚书丞、郎等官职，派遣参军关尚出使后秦。后秦王姚兴说：“你家君主（秃发傉檀任车骑将军）向我称臣归附，却擅自兴兵修筑大城，这难道是臣子该有的做法吗？”关尚说：“王公设置险要地形来守卫自己的国家，这是前代圣王的制度。车骑将军驻守偏远的藩地，靠近强大的敌寇，修筑城池不过是为国家加固边防，没想到陛下竟对此产生疑虑。”姚兴认为他说得对。秃发傉檀请求兼任凉州刺史，姚兴没有答应。
起初，袁真杀死朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃奔桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰挖开袁真的坟墓，鞭尸泄愤。桓温大怒，想杀死朱绰，因桓冲求情才赦免了他。朱绰像对待父亲一样侍奉桓冲，桓冲去世后，朱绰吐血而亡。刘裕攻克京口后，任命朱绰的儿子朱龄石为建武参军。三月戊午朔日（初一），刘裕的军队与吴甫之在江乘相遇。即将交战时，朱龄石对刘裕说：“我家世代受桓氏厚恩，不想用兵器与他们对抗，请求让我留在军队后方。”刘裕认为他有义气，便答应了他。吴甫之是桓玄的猛将，他的军队十分精锐。刘裕手持长刀，大声呼喊着冲锋，敌军纷纷溃败，当即斩杀吴甫之，进军到罗落桥。皇甫敷率领几千人迎战，宁远将军檀凭之战败身亡。刘裕越战越勇，皇甫敷将他包围了好几层，刘裕背靠大树顽强抵抗。皇甫敷说：“你想怎么死！”拔出长戟就要刺向刘裕，刘裕怒目喝斥，皇甫敷吓得后退。刘裕的部下很快赶到，用箭射中皇甫敷的额头，皇甫敷倒地，刘裕拔刀上前。皇甫敷说：“你有天命，我把子孙托付给你。”刘裕斩杀皇甫敷后，优厚地安抚他的子女。刘裕把檀凭之统领的军队交给参军檀祗。檀祗是檀凭之的侄子。
桓玄听说吴甫之、皇甫敷两位将领战死，内心十分恐惧，便召集众多术士推算吉凶，并施行镇邪法术。他问大臣们：“我会失败吗？”吏部郎曹靖之回答说：“百姓怨恨，神灵愤怒，臣实在为此担忧。”桓玄说：“百姓或许会怨恨，神灵为什么会愤怒？”曹靖之回答说：“晋朝的宗庙牌位，漂泊在长江岸边，大楚的祭祀，连祖先都顾及不到，这就是神灵愤怒的原因。”桓玄说：“你为什么不早劝谏？”曹靖之回答说：“陛下身边的大臣都认为现在是尧、舜盛世，臣怎敢说这话！”桓玄听后沉默不语。他派桓谦和游击将军何澹之驻守东陵，派侍中、后将军卞范之驻守覆舟山西面，共集结两万兵力。
己未日，刘裕的军队吃完饭后，把剩余的粮食全部丢弃，进军到覆舟山以东。他让体弱的士兵登上山头，张开旗帜充当疑兵，分几路同时前进，旗帜布满山谷。桓玄的侦察兵回来报告说：“刘裕的军队到处都是，不知道有多少人。”桓玄更加担忧恐惧，派遣武卫将军庾赜之率领精锐士兵去支援各路军队。
桓谦等人的士兵大多是北府（京口）人，一向敬畏刘裕，没有斗志。刘裕与刘毅等人分成几队，冲锋突破桓谦的军阵；刘裕身先士卒，将士们都拼死作战，无不以一当百，喊杀声震动天地。当时东北风刮的非常猛烈，刘裕军队趁机放火焚烧敌营，浓烟火焰冲天，击鼓呐喊的声音震动京城，桓谦等各路军队彻底溃败。
桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，却已下定决心逃跑，暗中让领军将军殷仲文在石头城准备船只；听到桓谦等人战败的消息后，他率领几千名亲信，谎称要去迎战，随后带着儿子桓昇、侄子桓浚从南掖门逃出。途中遇到前相国参军胡籓，胡籓拉住马缰绳劝谏说：“现在宫中的羽林射手还有八百人，都是愿意为您死战的，西边的人蒙受您家几代的恩惠，不驱使他们打一仗，一旦放弃这里，您想去哪里安身呢！”桓玄不回答，只举起马鞭指向天空，接着鞭打马匹逃跑，向西奔向石头城，与殷仲文等人乘船向南逃走。他一整天没吃东西，手下人送来粗米饭，桓玄难以下咽，桓昇抱着他的胸口轻轻抚摸，桓玄悲痛得不能自已。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接，刘裕在马上抱着王方回，与王仲德相对而哭。他追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕在桓谦过去的营地驻扎，派刘钟占据东府。
庚申日，刘裕驻守石头城，设立临时朝廷机构“留台”，任命百官，在宣阳门外焚烧桓温的神位，重新制作晋朝祖先的神位，将之送入太庙。他派遣众将追击桓玄，尚书王嘏率领百官前往迎接晋安帝，诛杀留在建康的桓玄宗族。
随后，刘裕派臧熹进入皇宫，收缴图书、器物，封闭府库；发现有镶金的乐器，刘裕问臧熹：“你难道想得到这些东西吗？”臧熹神色严肃地说：“皇上被囚禁逼迫，流亡在外，将军您首举大义，为王室操劳，我即使不成器，也绝不会对乐器有想法。”刘裕笑着说：“我只是跟你开玩笑罢了。”臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌日，桓玄的司徒王谧与众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事；王谧又推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，任命刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕刚到建康时，各项重大决策都委托给刘穆之，仓促之间制定的制度，没有不符合民心的。刘裕于是把刘穆之当作心腹，一举一动都向他咨询；刘穆之也尽心竭力，毫无隐瞒。当时晋朝政令宽松混乱，法纪不立，豪门大族横行霸道，百姓穷困窘迫，再加上司马元显执政时政令错乱。桓玄虽然想整顿，却制定了繁杂细密的法规，众人都不愿遵守。刘穆之根据实际情况斟酌调整，随时矫正弊端；刘裕以身作则，首先用威严的法令约束众人；朝廷内外百官都严肃地履行职责，不到十天，社会风气就有了明显改变。
起初，诸葛长民到豫州后，因延误期限没能按时起兵。刁逵抓住诸葛长民，用囚车将他押送给桓玄。走到当利时，桓玄战败，押送的人一起砸破囚车放出诸葛长民，诸葛长民返回历阳。刁逵放弃城池逃跑，被他的部下抓住，在石头城被斩首，他的子侄无论老少都被处死，只赦免了他的弟弟、给事中刁骋。刁逵过去的下属隐藏了他的侄子刁雍，把他送到洛阳，后秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名声低微、职位低下，行为轻薄狡诈，世家大族都不愿与他交往，只有王谧看重他，对刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾与刁逵赌博，没能按时缴纳赌债，刁逵把他绑在马桩上。王谧见到后，斥责刁逵并释放了刘裕，还替他还清了赌债。因此刘裕深深怨恨刁逵，而感激王谧。
萧方等（南朝史学家）评论说：蛟龙潜伏时，鱼虾也敢轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝宽恕梁鹄，怎么能因为平民时的恩怨，酿成帝王与臣子之间的裂痕呢！如今王谧身居高位，刁逵却家族覆灭，刘裕报恩报怨，心胸多么狭隘啊！
尚书左仆射王愉和他的儿子、荆州刺史王绥密谋袭击刘裕，事情泄露，被灭族；王绥的侄子王慧龙被僧人释彬隐藏起来，得以幸免。
此时，北魏因中原地区人口减少、经济萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
丁卯日，刘裕迁到东府驻守。
桓玄到达寻阳，郭昶之给他提供器物用具和兵力。辛未日，桓玄逼迫晋安帝向西进发，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队追击。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之驻守湓口。
桓玄在途中亲自撰写《起居注》，叙述讨伐刘裕的事情，自称谋划策略没有遗漏，是各路军队违背调度，才导致失败。他一心专注于着述，没有时间与手下商议时事。《起居注》完成后，他还向远近各地展示。
丙戌日，刘裕声称接受晋安帝的秘密诏书，让武陵王司马遵以“承制”（代行皇帝职权）的身份总领百官事务，加授侍中、大将军，随即宣布大赦，只有桓玄一族不被宽恕。
刘敬宣、高雅之联合青州豪门大族和鲜卑族首领，谋划杀死南燕君主慕容备德，推举司马休之为主君。慕容备德任命刘轨为司空，十分宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老体弱，有在齐地安度晚年的想法，不能告诉他。”高雅之最终还是告诉了刘轨，刘轨没有同意。密谋泄露，刘敬宣等人向南逃跑，南燕人抓住刘轨并杀死他，追上高雅之，也将其杀死。刘敬宣、司马休之逃到淮河、泗水之间，听说桓玄战败，就前来归附东晋，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕君主慕容备德听说桓玄战败，便命令北地王慕容钟等人领兵准备夺取江南地区，恰逢慕容备德生病，此事才停止。
夏季四月己丑日，武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有加；任免百官的文书称为“制书”，发布的指令称为“令书”。任命司马休之为监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅日，桓玄挟持晋安帝到达江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新任命百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败逃跑后，担心政令无法推行，于是更加严苛地制定刑罚，众人更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为众将不遵守军纪，天象也不吉利，所以才回到旧楚之地（江陵）；而这些小人纷纷胡乱提出异议！正该用严厉的手段纠正，不能施行宽纵的政策。”荆州、江州各郡听说桓玄流亡，有人上奏表慰问他的起居，桓玄都不接受，反而命令各地祝贺他迁都江陵。
起初，王谧是辅佐桓玄篡位的核心大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解下晋安帝的玺绶；等到桓玄战败，众人认为王谧应当被处死，刘裕却特意保全了他。刘毅曾在朝会时，问王谧皇帝的玺绶在哪里。王谧内心不安，逃到曲阿。刘裕写信给武陵王司马遵，请求迎接王谧回来恢复职位。
桓玄的侄子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败他们，在练固斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里，共同驻守湓口。何无忌、刘道规到达桑落洲，庚戌日，何澹之等人率领水军迎战。何澹之平时乘坐的战船装饰着羽毛仪仗和旗帜，十分显眼，何无忌说：“贼寇首领肯定不在这艘船上，是想欺骗我们，应该尽快攻打它。”众人说：“何澹之不在里面，攻下它也没用。”何无忌说：“现在我们寡不敌众，作战不可能全胜，何澹之既然不在这艘船上，船上的士兵必定薄弱，我们用精锐兵力攻打，一定能攻下；攻下它，贼寇的气势就会受挫，我们的士气就会倍增，趁机逼近他们，一定能打败贼寇。”刘道规说：“好！”于是进军攻打并占领了那艘船，随即大声呼喊：“已经抓住何澹之了！”何澹之的军队顿时就陷入了混乱。何无忌的部下也信以为真，乘胜进攻何澹之等人，最终大败敌军。
何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派遣使者护送宗庙神主返回京城。朝廷加授刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全套铠甲跳入水中，潜水三十多步，才得以登岸。当时去江陵的路已经断绝，他就返回豫章。刘裕一向听说胡籓为人忠诚正直，便征召他担任参领军军事。
这时，桓玄收拢荆州的兵力，不到三十天，就聚集了两万人，战船、武器装备十分充足。甲寅日，桓玄再次率领各路军队挟持晋安帝向东进军，任命苻宏为梁州刺史，担任前锋；又派散骑常侍徐放先行出发，劝说刘裕等人：“如果能撤军解甲，我会与你们重新开始，各自授予官职，保证你们不失名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗郁久闾社仑的堂弟郁久闾悦代大那谋划杀死社仑，没有成功，逃奔北魏。
后燕君主慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，房屋连在一起有几百间，还开凿了曲光海。当时正值盛夏，士兵得不到休息，中暑而死的人超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月癸酉日，与桓玄在峥嵘洲相遇。刘毅等人的兵力不足一万人，而桓玄的士兵有几万人，众人都很畏惧，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势不同，现在如果畏惧退缩，必定会被敌军趁机进攻，就算退回寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然盗用名义自称雄豪，内心其实胆怯；再加上他已经战败逃跑过，部众没有坚定的斗志。在战场上决战，意志坚定的一方能取胜，不在于人数多少。”于是指挥部众率先前进，刘毅等人紧随其后。
桓玄常常在战船旁系着小船，以防战败逃跑，因此部众没有斗志。刘毅等人乘风放火，全军精锐奋勇争先，桓玄的军队大败，他烧毁辎重，连夜逃跑。郭铨向刘毅投降。桓玄过去的部将刘统、冯稚等人聚集四百名党羽，袭取并攻破寻阳城。刘毅派遣建威将军刘怀肃讨伐，平定了叛乱。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟持晋安帝乘坐单船向西逃跑，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的战船上，请求离开，乘坐别的船去收拢逃散的士兵，趁机背叛桓玄，侍奉两位皇后逃往夏口，随后返回建康。
己卯日，桓玄与晋安帝到达江陵。冯该劝说桓玄再次东下决战，桓玄不同意，想逃往汉中投奔桓希，但人心涣散，命令无法推行。庚辰日夜里，桓玄安排好出发事宜，城内却已大乱，他只好与一百多名亲信侍从骑马从城西逃出。到城门时，身边的人在暗中砍杀桓玄，但没有砍中，他的部下反而互相残杀，尸体横七竖八。桓玄勉强逃到船上，随从四处逃散，只有卞范之在身边。
辛巳日，荆州别驾王康产侍奉晋安帝进入南郡官署居住，太守王腾之率领文武官员担任侍卫。
桓玄准备前往汉中，屯骑校尉毛修之是毛璩的侄子，引诱桓玄进入蜀地，桓玄听从了他。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之和参军费恬率领几百人，护送毛璩的灵柩返回江陵。壬午日，他们在枚回洲遇到桓玄。毛佑之、费恬迎击桓玄，箭如雨下，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体遮挡桓玄，都被射死。益州督护汉嘉人冯迁抽出刀，上前准备砍杀桓玄，桓玄取下头上的玉簪给他，说：“你是什么人，敢杀天子！”冯迁说：“我杀的是弑君叛国的贼寇！”于是斩杀桓玄，又杀死桓石康、桓浚、庾赜之，活捉桓昇押送到江陵，在街市上斩首。晋安帝在江陵恢复帝位，任命毛修之为骁骑将军。甲申日，朝廷宣布大赦，所有因畏惧逼迫而跟随叛逆的人，一律不予追究。戊寅日，将晋朝祖先神主送入太庙。刘毅等人传送桓玄的首级，悬挂在朱雀航上示众。
刘毅等人战胜后，认为大事已定，没有紧急追击桓玄残部，又遇到大风，船只无法前进，桓玄死后将近十天，各路军队还没到达江陵。当时桓谦藏匿在沮中，扬武将军桓振藏匿在华容浦，桓玄过去的部将王稚徽驻守巴陵，派人告诉桓振说“桓歆已经攻克京城，冯稚又攻克寻阳，刘毅等各路军队都已中途败退”。桓振大喜，聚集二百名党羽，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应。闰五月己丑日，他们再次攻陷江陵，杀死王康产、王腾之。
桓振在行宫拜见晋安帝，骑马提戈，径直走到台阶下，问桓昇在哪里。得知桓昇已死，他怒目瞪着晋安帝说：“我桓氏家族哪里对不起国家，竟被如此屠灭！”琅邪王司马德文走下坐床说：“这哪里是我们兄弟的本意啊！”桓振想杀晋安帝，桓谦苦苦劝阻，桓振才下马，收敛怒容，行礼后退出。壬辰日，桓振为桓玄举办丧事，设立灵堂，追谥桓玄为武悼皇帝。
癸巳日，桓谦等人率领群臣向晋安帝进献玺绶，说：“陛下（指桓玄）效仿尧禅让给舜，如今楚朝国运不长，百姓之心又回归晋朝了。”任命琅邪王司马德文兼任徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦恢复侍中、卫将军之职，加授江、豫二州刺史，晋安帝身边的侍从，都是桓振的亲信。
桓振年轻时品行不端，桓玄不把他当作子侄看待。到这时，桓振感叹说：“桓公过去不早点任用我，才导致这样的失败。如果桓公还在，我担任前锋，平定天下不在话下。如今我独自做这些事，能回到哪里去呢？”于是放纵饮酒，沉迷美色，肆意杀人。桓谦劝说桓振领兵东下决战，自己驻守江陵，桓振一向轻视桓谦，不听他的建议。
刘毅到达巴陵，诛杀王稚徽。何无忌、刘道规分别在马头进攻桓谦，在龙泉进攻桓蔚，都打败了对方。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直接进军江陵，刘道规说：“兵法讲究进退有度，不能冒进。桓氏家族世代居住在西楚，部下都会为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以与他正面抗衡。我们暂且停战休整，养精蓄锐，再用计策牵制他，不愁不能攻克。”何无忌不听。桓振在灵溪迎战，冯该领兵与他会合，何无忌等人大败，战死一千多人，退回寻阳，与刘毅等人上书请罪。刘裕因刘毅负责统领各路军队，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄已死，从白帝进军，到达枝江时，得知何无忌等人在灵溪战败，也领兵撤退。不久，罗述、甄季之都生病去世，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，被桓振杀死。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂收拢残余部众，驻守涪陵。
六月，毛璩派遣将领攻打汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季七月戊申日，永安皇后何氏去世。
后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪去世后，慕容熙把王荣绑在公车门，将他肢解后焚烧。
八月癸酉日，朝廷将穆章皇后安葬在永平陵。
北魏设置六谒官，仿照古代的六卿官职。
九月，刁骋谋反，被处死，刁氏家族就此覆灭。刁氏一向富裕，家奴门客横行霸道，独占山林湖泽，是京口的祸患。刘裕分散刁氏的财产积蓄，让百姓根据自己的力气去拿，一整天都没拿完。当时各州郡遭遇饥荒，百姓依靠这些财物得以渡过难关。
乞伏乾归与杨盛在竹岭交战，被杨盛打败。
这时，西凉公李暠立儿子李歆为世子。
北魏君主拓跋珪亲临昭阳殿，改任和补充百官，召集朝廷文武大臣，亲自选拔，根据才能授予官职。爵位分为四等：王爵封给大郡，公爵封给小郡，侯爵封给大县，伯爵封给小县。官职品级从第一到第四，过去有功但没有爵位的旧臣，追封爵位；宗室中血缘疏远的人以及异姓世袭封爵的人，根据情况降低爵位。又设置五等散官，品级从第五到第九；文官中才能出众的秀才、武官中能担任将帅的人，品级也等同于第五到第九；百官有空缺时，就从散官中选拔补充。北魏的官名大多不用汉、魏时期的旧称，而是仿照上古的龙官、鸟官，比如把各部门的使者称为“凫鸭”，取其飞行迅速的意思；把负责侦察的候官称为“白鹭”，取其伸长脖子远望的意思；其他官名也都类似这样。
卢循侵犯南海，攻打番禺。广州刺史濮阳人吴隐之坚守一百多天。冬季十月壬戌日，卢循趁夜袭击，攻陷番禺，烧毁官府和百姓房屋，活捉吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务。他收集尸体焚烧后的骸骨，合葬在洲上，共得三万多具骷髅。又派徐道覆攻打始兴，活捉始兴相阮腆之。
刘裕兼任青州刺史。刘敬宣在寻阳囤积粮食、修缮船只，始终没有放松防备，所以何无忌等人虽然败退，依靠他得以重新振作。桓玄的侄子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，被刘敬宣打败。
刘毅、何无忌、刘道规再次从寻阳向西进军，到达夏口。桓振派遣镇东将军冯该驻守东岸，扬武将军孟山图占据鲁山城，辅国将军桓仙客驻守偃月垒，兵力合计一万人，水陆相互支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌在长江中游拦截敌军，从辰时到午时，两座城池都被攻破，活捉孟山图、桓仙客，冯该逃往石城。
辛巳日，北魏宣布大赦，改年号为天赐，修建西宫。十一月，拓跋珪前往西宫，命令宗室设立宗师，八个部落（八国）设立大师、小师，各州郡也分别设立师官，负责辨别宗族亲疏，推荐有才能德行的人，职责类似魏晋时期的中正官。
慕容熙与苻皇后出游打猎，向北登上白鹿山，向东越过青岭，向南抵达沧海才返回，士兵被虎狼咬死和冻死的有五千多人。
十二月，刘毅等人进军攻克巴陵。刘毅号令严明，所到之处百姓安定喜悦。刘裕再次任命刘毅为兖州刺史。桓振任命桓放之为益州刺史，驻守西陵；文处茂打败桓放之，桓放之逃回江陵。
高句丽侵犯后燕。
戊辰日，拓跋珪前往豺山宫。
这一年，东晋百姓为躲避战乱，用襁褓背着孩子逃往淮北，路上接连不断。