长寿元年，公元692年春季，正月丁卯日，太后召见存抚使举荐的人员，无论贤能与否，全部加以提拔任用，才能出众的试任凤阁舍人、给事中，其次的试任员外郎、侍御史、补阙、拾遗、校书郎。试官制度从此开始。当时的人为此编了谚语说：“补阙多得用车载，拾遗满得用斗量；侍御史像用耙子推来的一样多，校书郎像用碗脱坯似的成批出现。”有个举人沈全交续写谚语说：“糊涂昏聩的存抚使，有眼无珠的圣神皇。”他被御史纪先知抓获，弹劾他诽谤朝政，请求在朝堂上对他处以杖刑，然后交付司法部门治罪。太后笑着说：“只要你们这些人不滥用职权，何必担忧别人的议论！应该赦免他的罪。”纪先知十分羞愧。太后虽然滥用禄位来收买天下人心，但对不称职的人，不久也会罢免，有的还加以惩处诛杀。她手握刑罚与奖赏的权柄来驾驭天下人，政令由自己亲自发出，明察事理且善于决断，所以当时的英才贤士也竞相为她所用。
宁陵县丞庐江人郭霸靠阿谀奉承求取太后的恩宠，被任命为监察御史。御史中丞魏元忠生病，郭霸前去探望，趁机尝了魏元忠的粪便，然后高兴地说：“大夫的粪便如果是甜的，就值得担忧；现在是苦的，说明没有大碍。”魏元忠十分厌恶他的行径，逢人就把这件事说出去。正月戊辰日，朝廷任命夏官尚书杨执柔为同平章事。杨执柔是杨恭仁弟弟的孙子，太后因为他是外戚才重用他。当初，隋炀帝修建东都洛阳时，没有修筑外城，只修建了低矮的围墙罢了，到这时，凤阁侍郎李昭德才开始主持修筑外城。
左台中丞来俊臣诬告同平章事任知古、狄仁杰、裴行本、司农卿裴宣礼、前文昌左丞卢献、御史中丞魏元忠、潞州刺史李嗣真谋反。在此之前，来俊臣上奏请求太后下达敕令，规定凡是被审问就承认谋反的人可以减免死罪。等到任知古等人被关进监狱，来俊臣就用这条敕令引诱他们认罪。狄仁杰回答说：“大周改朝换代，万物万象都焕然一新，我是唐朝的旧臣，甘愿接受诛杀。谋反属实！”来俊臣于是对他稍加宽容。判官王德寿对狄仁杰说：“尚书您肯定能减免死罪了。我王德寿也受人差遣，想谋求一点晋升的资本，麻烦您牵连杨执柔，可以吗？”狄仁杰说：“皇天后土在上，竟要我狄仁杰做这种事！”说罢用头撞柱子，血流满面。王德寿害怕了，连忙向他道歉。
侯思止审讯魏元忠，魏元忠言辞语气都刚强不屈。侯思止大怒，命令手下把他倒着拖走。魏元忠说：“我命途多舛，就像从驴背上摔下来，脚被马镫挂住，被拖着走罢了。”侯思止更加愤怒，下令接着拖他。魏元忠说：“侯思止，你如果想要我魏元忠的脑袋，就直接砍去，何必逼我承认谋反呢！”
狄仁杰既然已经承认谋反，有关部门只等朝廷批复后执行死刑，就不再严加防备。狄仁杰便撕裂被子的帛布，写下自己的冤情，塞进棉衣里，对王德寿说：“天气正热，请把棉衣交给我的家人，让他们拆掉里面的棉絮。”王德寿答应了他。狄仁杰的儿子狄光远得到帛书后，拿着它向朝廷揭发事变，得以被太后召见。武则天看了帛书，拿来质问来俊臣。来俊臣回答说：“狄仁杰等人入狱后，我从未剥夺他们的头巾和腰带，他们的住处也很安稳，如果没有谋反的事实，他们怎么会承认谋反呢！”太后派通事舍人周綝前去查看，来俊臣临时给狄仁杰等人戴上头巾、系上腰带，让他们排列站在西边，叫周綝观看。周綝不敢细看，只是朝东边点头哈腰罢了。来俊臣又伪造了狄仁杰等人请求处死自己的谢罪表，让周綝上奏给太后。
乐思晦的儿子年纪还不到十岁，因父亲获罪被没入司农寺为奴，他也向朝廷揭发事变，得以被太后召见。太后询问情况，他回答说：“我的父亲已经死了，家也破败了，只可惜陛下的法令被来俊臣等人玩弄。陛下如果不相信我的话，恳请挑选朝中忠诚清正、陛下一向信任的大臣，捏造他们谋反的罪状交给来俊臣审理，没有一个人不会被迫承认谋反的。”太后的心里稍稍醒悟，召见狄仁杰等人，问道：“你们为什么要承认谋反呢？”狄仁杰回答说：“不承认的话，早就死在严刑拷打之下了。”太后说：“那为什么要写谢罪表请求处死自己？”狄仁杰回答说：“我们没有写过。”太后拿出谢罪表给他们看，众人才知道是伪造的，于是下令赦免这七家人的死罪。二月庚午日，朝廷将任知古贬为江夏令，狄仁杰贬为彭泽令，裴宣礼贬为夷陵令，魏元忠贬为涪陵令，卢献贬为西乡令；将裴行本、李嗣真流放到岭南地区。
来俊臣与武承嗣等人坚持请求处死狄仁杰等人，太后没有准许。来俊臣于是又单独声称裴行本的罪行尤其严重，请求将他处死。秋官郎中徐有功反驳他，认为：“圣明的君主有使犯人死而复生的恩德，来俊臣却不能顺势弘扬这份恩德，反而损害君主的恩信。”殿中侍御史贵乡人霍献可是裴宣礼的外甥，他对太后说：“陛下如果不杀裴宣礼，我请求死在陛下面前。”说罢用头撞击宫殿的台阶，血流满地，以此表示自己作为臣子不偏袒自己的亲戚。太后对这些请求都没有听从。霍献可常常用绿色的丝帛包裹着伤口，让它稍微露出一点在头巾下面，希望太后看见后认为他忠心耿耿。
二月甲戌日，补阙薛谦光上奏疏，认为：“选拔举荐人才的制度，应该选取真正有才能的人，人才的取舍，关系到朝廷的风气教化。现在参选的人，都声称是为了谋求举荐，争相奔走钻营，大声喧哗、向朝廷申诉也毫无羞愧之心。至于那些才能足以辅佐国家的人，朝廷只让他们考策论；那些武艺能够克敌制胜的人，朝廷只检验他们拉弓射箭的本领。从前汉武帝读到司马相如的赋，遗憾没能和他处在同一个时代，等到把司马相如召入朝廷，最终只任命他为文园令，这是因为汉武帝知道他不能胜任公卿的重任。吴起将要出战，身边的人递给他一把剑，吴起说：‘将领的职责是击鼓指挥军队，面临强敌时决断疑难问题，舞剑的任务，不是将领该做的事。’如此说来，空洞的文章怎么足以辅佐时政，擅长射箭怎么足以战胜敌人！关键在于对文官要考察他们的品行和才能，对武官要观察他们的勇气和谋略，考核他们做官时政绩的好坏，对举荐者施行赏罚罢了。”
来俊臣向左卫大将军泉献诚索取钱财，没有得到，就诬告泉献诚谋反，将他关进监狱。二月乙亥日，泉献诚被绞杀。庚辰日，司刑卿、检校陕州刺史李游道被任命为冬官尚书、同平章事。己亥日，吐蕃党项部落一万多人归附朝廷，朝廷将他们分别安置在十个州。戊午日，朝廷任命秋官尚书袁智弘为同平章事。
夏季四月丙申日，朝廷大赦天下，改年号为如意。
五月丙寅日，朝廷下令禁止天下屠杀牲畜以及捕捞鱼虾。江淮地区遭遇旱灾，发生饥荒，百姓不能捕捞鱼虾充饥，饿死的人很多。右拾遗张德生了个儿子，第三天私下宰杀了一只羊，宴请同僚。补阙杜肃藏起一块肉，然后上表告发了这件事。第二天，太后在朝堂上对仗百官，对张德说：“听说你生了个儿子，我很高兴。”张德跪拜谢恩。太后说：“你从哪里弄到的肉？”张德磕头认罪。太后说：“我禁止屠宰牲畜，但有吉事、丧事的人家不在此限制。不过你从今以后召请宾客，也应该挑选合适的人。”说罢拿出杜肃的奏表给众人看。杜肃十分羞愧，满朝的官员都想啐他的脸。
吐蕃酋长曷苏率领自己的部落请求归附朝廷，朝廷任命右玉钤卫将军张玄遇为安抚使，率领两万精锐士兵前去迎接。军队行进到大渡水西边，曷苏归附朝廷的事情泄露，被本国人抓获。另一个部落的酋长昝捶率领羌族、蛮族八千多人归附朝廷，张玄遇将他的部落安置在莱川州，然后率军返回。辛亥日，万年县主簿徐坚上奏疏，认为：“古书上记载了审案时察言观色的五种方法，朝廷的法令也规定了判处死刑前要三次复奏的制度。我私下看到近来有敕令，凡是审理谋反的案件，使者审出实情后，就可以直接将犯人斩首处决。人命至关重要，一旦死去就不能复生，万一有人含冤受屈，只能忍气吞声，甚至被灭族，难道不令人痛心吗！这种做法不足以肃清奸邪叛逆、彰显国家的法律制度，反而会助长一些人滥用威权、制造疑惧的风气。我希望朝廷废除这种处置办法，按照法律规定复奏审核。此外，法官的任用，应该加以严格挑选，对于那些执法宽厚公平、被百姓称赞的人，希望陛下亲近并任用他们；对于那些处理案件严酷苛刻、不被众人信服的人，希望陛下疏远并罢免他们。”徐坚是徐齐聃的儿子。
夏官侍郎李昭德私下对太后说：“魏王武承嗣的权力太大了。”太后说：“他是我的侄子，所以我把他当作心腹重臣。”李昭德说：“侄子和姑姑的亲近程度，怎么比得上儿子和父亲？儿子尚且有杀害父亲篡位的，何况是侄子呢！现在武承嗣既是陛下的侄子，又是亲王，还担任宰相，权力和君主不相上下，我担心陛下不能长久安稳地坐在皇位上！”太后震惊地说：“我没有考虑到这一点。”秋季七月戊寅日，朝廷任命文昌左相、同凤阁鸾台三品武承嗣为特进，纳言武攸宁为冬官尚书，夏官尚书、同平章事杨执柔为地官尚书，同时免去他们的宰相职务；任命秋官侍郎新郑人崔元综为鸾台侍郎，夏官侍郎李昭德为凤阁侍郎，检校天官侍郎姚璹为文昌左丞，检校地官侍郎李元素为文昌右丞，他们与司宾卿崔神基一同担任同平章事。姚璹是姚思廉的孙子，李元素是李敬玄的弟弟。八月辛巳日，朝廷任命营缮大匠王璿为夏官尚书、同平章事。武承嗣也在太后面前诋毁李昭德，太后说：“我任用李昭德，才能睡得安稳，他是在为我分忧劳累，你不要再说了。”当时，酷吏肆意横行，文武百官都畏惧他们，吓得不敢迈步，只有李昭德敢在朝堂上揭发他们的奸邪行径。太后喜欢祥瑞的征兆，有人献上一块刻有红色花纹的白石，主管官员责问这块石头有什么特别之处，献石的人回答说：“因为它的心是红色的。”李昭德大怒，说：“这块石头的心是红色的，难道其他的石头都要谋反吗？”身边的人都笑了起来。襄州人胡庆用红漆在乌龟的腹部写了“天子万万年”的字样，到皇宫门前进献。李昭德用刀把那些字刮得一干二净，然后上奏请求将胡庆交付司法部门治罪。太后说：“这个人的用心也没有恶意。”下令赦免了他。
太后虽然年纪已经很大，但很擅长梳妆打扮，即使是身边的人也察觉不到她的衰老。丙戌日，太后下敕令说自己的牙齿掉落后又重新长了出来。九月庚子日，太后亲临则天门，大赦天下，更改年号。又将九月定为祭祀土地神的日子。朝廷还下令在并州设置北都。癸丑日，同平章事李游道、王璿、袁智弘、崔神基、李元素，春官侍郎孔思元，益州长史任令辉，全部被王弘义诬陷，流放到岭南地区。
左羽林中郎将来子珣因事获罪，被流放到爱州，不久后去世。当初，新丰人王孝杰跟随刘审礼攻打吐蕃，担任副总管，与刘审礼一同被吐蕃俘虏。吐蕃赞普见到王孝杰，哭着说：“他长得太像我的父亲了。”于是对王孝杰厚加礼遇，后来王孝杰最终得以返回唐朝，多次升迁后担任右鹰扬卫将军。王孝杰长期在吐蕃，了解吐蕃的虚实情况。恰逢西州都督唐休璟请求朝廷重新夺回龟兹、于阗、疏勒、碎叶四座重镇，太后下敕令任命王孝杰为武威军总管，与左武卫大将军阿史那忠节率领军队攻打吐蕃。冬季十月丙戌日，唐军大败吐蕃军队，重新夺回了四座重镇，朝廷在龟兹设置安西都护府，派遣军队驻守。
长寿二年，公元693年正月壬辰日，太后武则天到万象神宫祭祀，任命魏王武承嗣为亚献，梁王武三思为终献。太后亲自创作了神宫乐舞，舞女多达九百人。
太后身边的户婢团儿深受宠信，她对皇嗣李旦心怀怨恨，于是诬陷皇嗣妃刘氏、德妃窦氏用巫术诅咒太后。癸巳日，皇嗣妃与德妃到嘉豫殿朝见太后，退出之后，两人同时被杀害，尸体被埋在宫中，没人知道具体的位置。窦德妃是窦抗的曾孙女。皇嗣畏惧触犯太后的旨意，不敢诉说此事，在太后面前神态举止和往常一样。团儿又想谋害皇嗣，有人把她的阴谋告诉了太后，太后于是处死了团儿。
当时，告密的人都引诱别人的奴婢告发主人，以此谋求功劳赏赐。窦德妃的父亲窦孝谌担任润州刺史，他家有个奴仆捏造怪异的邪术恐吓窦德妃的母亲庞氏，庞氏十分恐惧，奴仆便请求在夜里祭祀祈祷来消解灾祸，随后却告发了这件事。太后下令让监察御史龙门人薛季昶审理此案，薛季昶诬告上奏，认定庞氏和窦德妃一同诅咒太后，他先是痛哭流涕，难以自已，然后才说：“庞氏的所作所为，是身为臣子的我不忍心说出口的。”太后提拔薛季昶为给事中。庞氏被判斩首，她的儿子窦希瑊到侍御史徐有功那里去诉冤，徐有功发文给相关部门暂停行刑，然后上奏议论这件事，认为庞氏无罪。薛季昶却上奏弹劾徐有功偏袒恶逆之徒，请求将他交付司法部门治罪，执法部门判处徐有功绞刑。徐有功手下的令史把这个结果告诉他，徐有功叹息说：“难道只有我会死，其他人就永远不死吗！”他吃完饭，便掩上扇子睡下了。人们都认为徐有功是勉强故作镇定，心里必定充满忧愁恐惧，便偷偷观察他，却发现他睡得很沉。太后召见徐有功，迎上去对他说：“你近来审理案件，重罪轻判的失误怎么这么多？”徐有功回答说：“重罪轻判，是臣子的小过失；爱惜生命，是圣人的大德。”太后听后沉默不语。因此庞氏得以减免死罪，和她的三个儿子一起被流放到岭南，窦孝谌被贬为罗州司马，徐有功也被削除官籍。
戊申日，姚璹上奏请求下令让宰相撰写《时政记》，每月送交史馆存档，太后批准了这个提议。《时政记》的编撰制度从此开始。
腊月丁卯日，太后将皇孙李成器降为寿春王，恒王李成义降为衡阳王，楚王李隆基降为临淄王，卫王李隆范降为巴陵王，赵王李隆业降为彭城王，他们都是唐睿宗李旦的儿子。
春季正月庚子日，朝廷任命夏官侍郎娄师德为同平章事。娄师德为人宽厚清廉、谨慎自持，别人冒犯自己也从不计较。他和李昭德一同入朝，娄师德身体肥胖，行走缓慢，李昭德多次等他都没等到，便怒骂道：“乡巴佬！”娄师德缓缓笑着说：“我娄师德不当乡巴佬，谁又该当呢！”他的弟弟被任命为代州刺史，即将赴任时，娄师德对他说：“我身居宰相之位，你又担任州牧，荣华恩宠太过兴盛，会遭人嫉恨，你打算怎样使自己免于祸患呢？”他的弟弟长跪着回答：“从今以后，就算有人把唾沫吐到我的脸上，我擦去它就是了，希望这样不给兄长添麻烦。”娄师德神色忧虑地说：“这正是我为你担忧的地方！别人往你脸上吐唾沫，是对你发怒；你擦去唾沫，就是违背了他的心意，会让他更加愤怒。唾沫不擦，过一会儿自然就干了，你应当笑着承受。”甲寅日，前尚方监裴匪躬、内常侍范云仙因私下拜见皇嗣获罪，被腰斩于街市。从此以后，公卿以下的官员都不能拜见皇嗣。又有人告发皇嗣暗中有谋反的图谋，太后命令来俊臣审讯皇嗣身边的人，这些人忍受不了酷刑的折磨，都打算诬陷自己认罪。太常寺的乐工京兆人安金藏大声对来俊臣说：“您既然不相信我的话，我请求剖出自己的心来证明皇嗣没有谋反。”随即抽出佩刀剖开自己的胸膛，五脏六腑都露了出来，鲜血洒满地面。太后听说这件事后，下令将他抬进宫中，让御医把他的内脏放回胸腔，用桑皮线缝合伤口，敷上药物，过了一整夜他才苏醒过来。太后亲自前去探望，叹息说：“我有儿子却不能自己证明清白，竟让你落到这般地步。”当即下令让来俊臣停止审讯。睿宗李旦因此得以幸免。
朝廷下令停止让举人研习《老子》，改为研习太后撰写的《臣轨》。
二月丙子日，新罗王金政明去世，太后派遣使者册立他的儿子金理洪为新罗王。乙亥日，朝廷禁止民间织造锦缎。侍御史侯思止私下囤积锦缎，李昭德负责审理此案，在朝堂上将他杖杀。
有人告发岭南被流放的人谋反，太后派遣司刑评事万国俊代理监察御史，前去审理此案。万国俊抵达广州后，将所有被流放的人全部召集起来，伪造太后的敕令赐他们自尽。被流放的人呼喊号叫，不肯服从，万国俊就把他们驱赶到河边的偏僻处，全部斩首，一天之内就杀死了三百多人。然后他伪造这些人谋反的罪状，返回京城上奏，趁机说各道被流放的人，肯定也心怀怨恨，图谋反叛，不能不趁早诛杀。太后很高兴，提拔万国俊为朝散大夫、行侍御史。太后又派遣右翊卫兵曹参军刘光业、司刑评事王德寿、苑南面监丞鲍思恭、尚辇直长王大贞、右武威卫兵曹参军屈贞筠，都代理监察御史，前往各道审理被流放的人。刘光业等人因为万国俊杀人多而获得奖赏，争相效仿他的做法，刘光业杀了七百人，王德寿杀了五百人，其余人杀人也不少于一百，就连那些早年因各种罪名被流放的人也一同被处死。太后很清楚这种做法过于滥杀，于是下诏：“六道被流放还没有死的人以及他们的家属，都准许返回故乡。”万国俊等人后来也相继死去，有的获罪被流放。
来俊臣诬告冬官尚书苏干，说他在魏州时与琅邪王李冲串通谋反，夏季四月乙未日，苏干被处死。
魏王武承嗣等五千人上表，请求为太后加尊号为金轮圣神皇帝。
九月乙未日，太后亲临卫象神宫，接受尊号，大赦天下。太后下令制作金轮等七种宝物，每次朝会时，都陈列在宫殿的庭院里。庚子日，太后追尊昭安皇帝为浑元昭安皇帝，文穆皇帝为立极文穆皇帝，孝明高皇帝为无上孝明高皇帝，皇后的尊号也都跟随皇帝的尊号相应提升。辛丑日，朝廷任命文昌左丞、同平章事姚璹为司宾卿，免去他的宰相职务；任命司宾卿万年人豆卢钦望为内史，文昌左丞韦巨源为同平章事，秋官侍郎吴人陆元方为鸾台侍郎、同平章事。韦巨源是韦孝宽的玄孙。