长安元年，公元701年春季，正月丁丑日，朝廷因为成州上报称发现了佛的足迹，便改年号为大足。
二月己酉日，朝廷任命鸾台侍郎柏人县人李怀远为同平章事。
三月，凤阁侍郎、同平章事张锡因主持铨选官员时泄露宫中密语、贪赃数额累计数万，按律应当斩首，临刑前被赦免死罪，流放循州。当时苏味道也因事获罪，和张锡一同被关进司刑狱。张锡骑着马，神色镇定自若，被安置在三品院居住，帷帐屏风、饮食起居，和平时没有两样。苏味道则步行到囚禁的地方，只能席地而卧，仅吃素食度日。太后听说了这件事，赦免了苏味道，恢复了他的官职。
这个月，天降大雪，苏味道认为这是祥瑞的征兆，便率领文武百官入宫祝贺。殿中侍御史王求礼上前阻止他说：“三月下雪就算瑞雪，那腊月打雷难道能算瑞雷吗？”苏味道没有听从。进入朝堂之后，只有王求礼一人不肯祝贺，他向太后进言说：“如今正是春阳和暖、万物复苏的时节，草木都焕发生机，而这场大雪其实是灾害，怎么能妄称是祥瑞呢！前来祝贺的人都是阿谀奉承之辈。”太后因此宣布罢朝。
当时又有人献上一头三足牛，宰相们再次入宫祝贺。王求礼大声说道：“大凡事物出现反常的形态，都是妖异的征兆。这头牛长了三只脚，却并非应在恰当的事物上，这是政令教化不能推行的象征啊。”太后听后神色变得凝重。
夏季，五月乙亥日，太后前往三阳宫。朝廷任命魏元忠为灵武道行军大总管，以防备突厥入侵。天官侍郎盐官县人顾琮被任命为同平章事。
六月庚申日，朝廷任命夏官尚书李迥秀为同平章事。李迥秀生性极为孝顺，他的母亲原本出身低微，他的妻子崔氏却常常大声呵斥身边的婢女，母亲听到后很不高兴，李迥秀当即就休弃了妻子。有人劝他说：“你的妻子虽然行事不够检点，容易招致嫌疑，但她的过错并不在‘七出’之列，何必这么急切地休弃她呢！”李迥秀回答说：“我娶妻原本是为了奉养母亲，如今她却让母亲心生不快，我怎么敢再留她在家呢！”最终还是将妻子休弃了。秋季，七月甲戌日，太后返回宫中。甲申日，李怀远被罢免同平章事一职，改任秋官尚书。
八月，突厥首领默啜率军侵犯边境，朝廷任命安北大都护相王为天兵道元帅，统领各路大军迎击敌军，大军还没有出发，入侵的突厥军队就撤退了。
丙寅日，武邑县人苏安恒上疏说：“陛下敬奉先帝的临终嘱托，接受太子的辞让，敬畏天命、顺应民心，执掌朝政已有二十年了。陛下难道没有听说过帝舜撩起衣裳、毅然归隐，周公辅佐成王、最终归政的典故吗！舜传位给禹，不过是同族亲属之间的事；周公辅佐成王，也没有离开叔父的身份。同族亲属的情谊，怎么比得上母子之间的骨肉亲情；叔父的名分，又怎么比得上母亲的养育之恩呢！如今太子推崇践行孝敬之道，年纪已经成年，如果让他登基继位、统治天下，和陛下亲自执掌朝政又有什么区别呢！陛下年纪和德行都已经很高，想必也对皇位感到倦怠了，朝廷的政务繁重琐碎，劳心费神，陛下为何不将皇位禅让给太子，让自己的圣体得以安养怡乐呢！自古以来治理天下的君主，从未见过异姓之人同时被封为王的情况，现在的梁王、定王、河内王、建昌王等人，承蒙陛下的庇佑，都得以受封为王。臣认为，陛下千秋万岁之后，这种情况会对朝政不利。臣恳请陛下将他们降为公爵侯爵，任命他们担任清闲的官职。臣还听说陛下有二十多个孙子，如今却没有得到丝毫的封地，这不是长久之计啊。臣恳请陛下分封土地让他们称王，为他们挑选任用老师，教导他们孝敬长辈的道理，让他们辅佐大周皇室，成为皇家的屏障藩篱，这才是妥善的做法。”奏疏呈上之后，太后召见了苏安恒，赐给他食物，好言劝慰之后让他离去了。
太后年事已高，朝廷的政事大多委托给张易之兄弟处理；邵王李重润和他的妹妹永泰郡主、郡主的丈夫魏王武延基私下议论这件事。张易之得知后，向太后告状。九月，壬申日，太后逼迫他们三人全部自杀。武延基是武承嗣的儿子。丙申日，朝廷任命相王掌管左、右羽林卫大将军事务。
冬季，十月壬寅日，太后向西进入潼关，辛酉日，抵达京城长安；朝廷大赦天下，改年号为长安。
十一月，戊寅日，朝廷将含元宫改名为大明宫。天官侍郎安平县人崔玄暐，性情耿直方正，从不曾登门拜访权贵请托谋求利益。掌权的人因此厌恶他，将他改任为文昌左丞。过了一个多月，太后对崔玄暐说：“自从你改任官职之后，我听说那些令史官们竟然摆设斋宴来庆贺。这是他们想要肆意地做奸贪之事罢了，现在恢复你原来的官职。”于是重新任命崔玄暐为天官侍郎，还赏赐给他七十段彩绸。
接着，朝廷任命主客郎中郭元振为凉州都督、陇右诸军大使。
在此之前，凉州的南北边境相距不过四百多里，突厥和吐蕃的军队连年突袭到城下，百姓深受其苦。郭元振到任后，首先在南部边境的硖口修筑和戎城，在北部边境的沙漠中设置白亭军，控制了战略要地，将凉州的疆域拓展了一千五百里，从此以后敌军再也没有能攻到城下。郭元振又命令甘州刺史李汉通开垦屯田，充分利用当地的水陆资源发展农业。过去凉州的粟米和小麦一斛的价格高达数千钱，等到李汉通推行屯田之后，一匹细绢就能买到几十斛粮食，官府积存的军粮足以支撑数十年。郭元振擅长安抚驾驭军民，在凉州任职的五年间，当地的夷族和汉族百姓都敬畏并爱戴他，境内政令严明、令行禁止，牛羊遍野，路不拾遗。
长安二年，公元702年春季，正月乙酉日，朝廷首次设立武举制度。
突厥军队侵犯盐州、夏州。三月庚寅日，突厥攻破石岭关，进犯并州。朝廷任命雍州长史薛季昶代理右台大夫，担任山东防御军大使，沧州、瀛州、幽州、易州、恒州、定州等州的各路军队都受薛季昶调度指挥。夏季四月，朝廷任命幽州刺史张仁愿专门负责幽州、平州、妫州、檀州的防御事务，同时让他与薛季昶互通消息，共同抵御突厥。
五月壬申日，苏安恒再次上疏说：“臣听说天下是高祖神尧皇帝、太宗文武皇帝打下的天下。陛下虽然居于正统之位，实际上是凭借李唐的旧有基业。如今太子已经被召回，年纪与德行都已成熟，陛下却贪恋皇位而忘却母子间的深厚恩情，将来有何颜面去拜谒李唐的宗庙，又有何言辞能祭奠先帝的陵寝呢？陛下为何日夜忧愁操劳，不知道时光已然用尽！臣愚昧地认为，从天意与人事来看，天下都应当归还给李家。陛下虽然安坐皇位，却不懂得物极必反、器满则倾的道理。臣又怎会吝惜自己短暂的性命，而不去安定万乘之国的根基呢！”太后也没有降罪于他。
乙未日，朝廷任命相王为并州牧，担任安北道行军元帅，任命魏元忠为副元帅。
六月壬戌日，朝廷征召神都留守韦巨源前往京师长安，任命副留守李峤接替他的职务。
秋季七月甲午日，突厥军队进犯代州。
司仆卿张昌宗兄弟显贵至极，权势压倒朝野上下。八月戊午日，太子、相王、太平公主一同上表，请求册封张昌宗为王，太后下制不允许；壬戌日，众人再次上奏请求，太后才赐封张昌宗为邺国公。
太后颁布敕令：“从今以后，再有告发扬州之乱以及豫州、博州叛乱残余党羽的，一律不予受理，朝廷内外的官府都不得追查处置。”
九月乙丑朔日，出现日食，太阳没有被完全遮蔽，形状如同弯钩，神都洛阳能看到日全食的景象。壬申日，突厥军队进犯忻州。己卯日，吐蕃派遣大臣论弥萨前来请求和解。
庚辰日，朝廷任命太子宾客武三思为大谷道大总管，洛州长史敬晖为副总管；辛巳日，又任命相王李旦为并州道元帅，任命武三思、武攸宜、魏元忠为副元帅；任命姚元崇为长史，司礼少卿郑杲为司马；但最终大军没有出征。
癸未日，太后在麟德殿设宴款待论弥萨。当时凉州都督唐休璟正好入朝，也受邀参加宴会。论弥萨屡次偷看唐休璟，太后询问缘由，论弥萨回答说：“洪源谷之战中，这位将军勇猛果敢、无人能敌，所以我想要见识一下他的样貌。”太后于是提拔唐休璟为右武威卫、右金吾卫二卫大将军。唐休璟熟悉边境事务，从碣石以西一直到安西四镇，绵延万里的疆域，山川地势与军事要塞，他都能一一记在心里。
冬季，十月甲辰日，天官侍郎、同平章事顾琮去世。戊申日，吐蕃赞普率领一万多人进犯茂州，都督陈大慈与吐蕃军队四次交战，都取得了胜利，斩杀敌军一千多人。
十一月辛未日，监察御史魏靖上疏说：“陛下既然已经知晓来俊臣的奸邪行径，将他处以极刑，恳请陛下重新审核来俊臣等人审理的十起案件，为那些被冤枉的人平反昭雪。”太后于是命令监察御史苏颋复核来俊臣等人经手的旧案，因此得以平反赦免的人非常多。苏颋是苏夔的曾孙。
十二月甲午日，朝廷任命魏元忠为安东道安抚大使，羽林卫大将军李多祚代理幽州都督，任命右羽林卫将军薛讷、左武卫将军骆务整为副使。
戊申日，朝廷在庭州设置北庭都护府。侍御史张循宪担任河东采访使，遇到疑难事务无法决断，心中十分忧虑，他问身边的官吏：“这个地方有没有才能出众的人，可以和我一起商议事情？”官吏回答说前任平乡县尉猗氏人张嘉贞有非凡的才能，张循宪于是召见张嘉贞，向他咨询疑难之事。张嘉贞为他逐条分析、梳理条理，让张循宪豁然开朗。张循宪接着请张嘉贞代写奏疏，其中的内容都是他自己没有想到的。张循宪返回朝廷拜见太后，太后称赞他的奏疏写得好，张循宪详细说明奏疏是张嘉贞所写，并且请求将自己的官职授予张嘉贞。太后说：“朕难道就没有一个官职来提拔贤才吗！”于是召见张嘉贞，在内殿与他交谈，太后对他十分满意，当即任命他为监察御史；同时提拔张循宪为司勋郎中，奖赏他发掘人才的功劳。
长安三年，公元703年，朝廷将文昌台改名为中台，任命中台左丞李峤掌管纳言事务。
新罗王金理洪去世，朝廷派遣使者册立他的弟弟金崇基为新罗王。
六月辛酉日，突厥首领默啜派遣大臣莫贺干前来，请求将自己的女儿嫁给皇太子的儿子。
秋季，七月癸卯日，朝廷任命正谏大夫朱敬则为同平章事。戊申日，朝廷任命并州牧相王李旦为雍州牧。
庚戌日，朝廷任命夏官尚书、代理凉州都督唐休璟为同凤阁鸾台三品。当时突骑施酋长乌质勒与西突厥各部互相攻伐，安西的交通要道被阻断。太后命令唐休璟与各位宰相商议对策，没过多久，策略就呈报上来，太后当即依照他们的建议施行。十多天后，安西各州纷纷请求派兵接应，出兵的时间与部署完全和唐休璟谋划的一样，太后对唐休璟说：“真后悔重用你太晚了！”又对各位宰相说：“唐休璟熟悉边境事务，你们十个人也比不上他一个。”
当时西突厥可汗斛瑟罗施行刑罚十分残酷，各部族都心怀不满。乌质勒原本隶属于斛瑟罗，号称莫贺达干，他善于安抚部众，各部族纷纷归附他，斛瑟罗无力控制。乌质勒设置二十名都督，各自统领七千人，驻扎在碎叶城西北；后来他率军攻陷碎叶城，将自己的牙帐迁到那里。斛瑟罗的部众纷纷离散，他只好入朝归附，不敢再返回西突厥，乌质勒于是吞并了他的全部领地。
起初，左台大夫、同凤阁鸾台三品魏元忠担任洛州长史时，洛阳县令张昌仪倚仗几位兄长的权势，每次到洛州衙门前，都直接闯入长史的办公大厅。魏元忠到任后，厉声呵斥，将他赶了出去。张易之的家奴在街市上横行霸道，魏元忠下令用棍棒将其打死。等到魏元忠担任宰相后，太后召见张易之的弟弟岐州刺史张昌期，想要任命他为雍州长史，在朝堂上向宰相们问道：“谁能胜任雍州长史一职？”魏元忠回答说：“如今朝廷的大臣们，没有人能比得上薛季昶。”太后说：“薛季昶在京府任职时间已久，朕想另外授予他一个官职；张昌期怎么样？”各位宰相都说：“陛下得到合适的人选了。”只有魏元忠反对说：“张昌期无法胜任！”太后询问原因，魏元忠说：“张昌期年纪尚轻，不熟悉政务，以前在岐州任职时，岐州的户口几乎逃亡殆尽。雍州是京城所在地，事务繁杂艰巨，不如薛季昶精明强干、熟悉事务。”太后沉默不语，此事便就此作罢。魏元忠还曾经当面上奏太后：“臣从先帝在位时起，就蒙受朝廷的恩德与优待，如今担任宰相之职，却不能竭尽忠诚、以死报国，致使小人在陛下身边侍奉，这是臣的罪过啊！”太后听后很不高兴，张易之兄弟也因此对魏元忠恨之入骨。
司礼丞高戬是太平公主所宠爱的人。恰逢太后身体不适，张昌宗担心太后一旦去世，自己会被魏元忠诛杀，于是诬陷魏元忠与高戬私下商议说“太后年纪大了，不如拥立太子，这样才能长久安稳”。太后勃然大怒，将魏元忠、高戬关进监狱，准备让他们与张昌宗在朝堂上对质。张昌宗暗中召见凤阁舍人张说，用高官厚禄贿赂他，让他出面指证魏元忠，张说答应了。第二天，太后召见太子、相王以及各位宰相，让魏元忠与张昌宗当堂对质，双方争执不休，无法决断。张昌宗说：“张说听到过魏元忠说的话，恳请陛下召见他来询问。”
太后于是召见张说。张说即将进入朝堂时，凤阁舍人南和人宋璟对他说：“名节道义最为重要，鬼神难以欺骗，你不能偏袒奸邪、陷害忠良来苟且偷生。如果因此获罪流放，那也是一种荣耀。倘若事情出现意外，我会进宫叩门力争，与你一同赴死。努力去做吧，你的所作所为将会被万代后人敬仰！”殿中侍御史济源人张廷珪说：“早晨明白了真理，就算晚上死去也值得！”左史刘知几说：“不要玷污了青史，给子孙后代留下牵累！”
张说进入朝堂后，太后询问他相关情况，张说迟迟没有回答。魏元忠十分恐惧，对张说说：“张说你想要和张昌宗一起罗织罪名陷害我吗！”张说大声呵斥他说：“你身为宰相，怎么竟然说出这种街头巷尾小人的话！”张昌宗在一旁催促张说，让他赶快作证。张说说：“陛下请看，在陛下的面前，他尚且这样逼迫臣，更何况在宫外呢！臣今天在大庭广众之下，不敢不据实回答。臣确实没有听到魏元忠说过这样的话，是张昌宗逼迫臣诬陷他的！”张易之、张昌宗急忙大声说：“张说与魏元忠一同谋反！”太后询问证据，二人回答说：“张说曾经称赞魏元忠是伊尹、周公。伊尹流放太甲，周公代理王位，这不是想要谋反又是什么呢？”张说说：“张易之兄弟是小人，只听说过伊尹、周公的名声，哪里懂得伊尹、周公的道义！前些日子魏元忠刚穿上紫色的官服，臣以郎官的身份前去祝贺，魏元忠对宾客说：‘我没有功劳却蒙受恩宠，心中不胜惭愧惶恐。’臣确实说过：‘明公担当伊尹、周公那样的重任，担任三品官又有什么可惭愧的！’伊尹、周公都是身为臣子却极为忠诚的人，古往今来都受人敬仰。陛下任用宰相，不让他们效仿伊尹、周公，那要让他们效仿谁呢？况且臣难道不知道，如今依附张昌宗就能立刻得到宰相之位，依附魏元忠就会招致灭族之祸吗？只是臣畏惧魏元忠的冤魂，不敢诬陷他罢了。”太后说：“张说是个反复无常的小人，应当将他也关进监狱一同治罪。”之后，太后再次召见张说询问，张说的回答还是和之前一样。太后大怒，命令宰相与河内王武懿宗一同审讯张说，张说始终坚持自己的证词。
朱敬则直言上疏为魏元忠、张说申辩说：“魏元忠素来被称为忠诚正直之人，张说获罪没有正当理由，如果将他们治罪，将会让天下人失望。”苏安恒也上疏说：“陛下登基之初，人们都认为您是善于纳谏的君主；到了晚年，人们却认为您是轻信奸佞的君主。自从魏元忠被关进监狱，街巷之中人心惶惶，大家都认为陛下宠信奸邪之人，贬斥贤良之士。忠臣义士都只能在私下里抚着大腿叹息，在朝堂上闭口不言，畏惧触犯张易之等人的意愿，因为直言进谏不过是白白送死，没有任何益处。如今赋税徭役繁重，百姓穷困潦倒，再加上奸佞之人专权放纵，刑罚赏赐失当，臣私下担心人心不安，将会引发其他变故，万一有人在朱雀门内争斗起事，在大明殿前觊觎皇位，陛下将用什么来谢罪天下，又将用什么来抵御变故呢？”张易之等人看到这份奏疏后，勃然大怒，想要杀死苏安恒，幸亏有朱敬则以及凤阁舍人桓彦范、着作郎陆泽人魏知古出面保护营救，苏安恒才得以幸免。
丁酉日，朝廷将魏元忠贬为高要县尉，将高戬、张说都流放到岭南。魏元忠辞行的时候，对太后说：“臣年纪大了，如今要前往岭南，恐怕是十死一生。陛下日后一定会有思念臣的时候。”太后询问原因，当时张易之、张昌宗都在旁边侍奉，魏元忠指着他们二人说：“这两个小子，终究会成为祸乱的根源。”张易之等人走下殿来，捶着胸膛、以头撞地，大声喊冤。太后说：“魏元忠你还是去吧！”
殿中侍御史景城人王晙再次上奏为魏元忠申辩，宋璟对他说：“魏公侥幸得以保全性命，如今你又要冒着触怒太后的风险去进言，难道不怕身陷困境吗？”王晙说：“魏公因为忠诚而获罪，我被道义所激励，即使遭受困顿，也毫无遗憾。”宋璟叹息说：“我没能为魏公洗刷冤屈，深深辜负了朝廷的重托啊！”
太子仆崔贞慎等八人在郊外为魏元忠饯行，张易之伪造告密人柴明的诉状，诬告崔贞慎等人与魏元忠一同谋反。太后命令监察御史丹徒人马怀素审理此案，对马怀素说：“这件事都是实情，你大致审问一下，赶快把结果上报。”没过多久，宫中的使者接连多次前来催促，说：“谋反的罪状清清楚楚，为什么还要拖延这么久？”马怀素请求传召柴明前来对质，太后说：“我不知道柴明在哪里，只需要根据诉状审问涉案的人，哪里需要找告密的人？”马怀素于是据实上报调查结果，太后大怒说：“你想要放纵谋反的人吗？”马怀素回答说：“臣不敢放纵谋反的人。魏元忠身为宰相却被贬官，崔贞慎等人因为是他的亲友故旧才前去送行，如果诬陷他们谋反，臣实在不敢。从前栾布在彭越的人头下向汉高祖奏事，汉高祖没有治他的罪，更何况魏元忠的刑罚还比不上彭越，陛下却要诛杀为他送行的人吗！况且陛下掌握着生杀大权，想要给他们定罪，陛下自己决断就可以了；如果命令臣审理此案，臣不敢不据实禀报！”太后说：“你是想要保全他们，不让他们获罪吗？”马怀素回答说：“臣见识浅薄，实在看不出他们有什么罪过！”太后的怒气这才消解，崔贞慎等人因此得以幸免。
太后曾经下令召集朝中权贵设宴聚会，张易之兄弟的座位都排在宋璟的上位。张易之向来忌惮宋璟，想要讨好他，于是空出自己的座位向宋璟拱手行礼说：“您是当今第一人，为什么要坐在下位呢？”宋璟说：“我才能低下、官位卑微，张卿却认为我是第一人，这是为什么呢？”天官侍郎郑杲对宋璟说：“中丞大人为什么要称呼五郎为‘卿’呢？”宋璟说：“按照官职来说，我称呼他为卿是恰当的。你又不是张卿家的家奴，为什么要称呼他为‘郎’呢！”满座的人都吓得心惊胆战。当时从武三思以下的官员，都谨慎地侍奉张易之兄弟，只有宋璟不肯对他们行礼。张易之兄弟积怨已久，常常想要陷害宋璟；太后知道其中的缘由，所以宋璟才得以幸免。
丁未日，朝廷任命左武卫大将军武攸宜担任西京留守。
十一月，己丑日，突厥派遣使者前来答谢朝廷允许通婚。丙申日，太后在宿羽台设宴款待使者，太子也参与了宴会。宫尹崔神庆上疏说：“如今五品以上的官员之所以佩戴龟符，是因为遇到皇帝的特别征召时，担心有人欺诈，需要宫中拿出龟符进行核验，然后才能奉命进宫。何况太子是国家的根本，自古以来征召太子入宫都要使用玉契，这实在是达到了极为慎重的程度。昨日因为突厥使者前来朝见，太子需要入朝参与朝会，官府只是下发了普通的文书到东宫，并没有颁布皇帝的敕令。臣愚钝地认为，太子如果不是在初一、十五入朝参拜，而是遇到其他特殊情况被召见时，希望陛下能颁布墨敕并配以玉契。”太后认为他说得很有道理。
始安郡的獠人欧阳倩聚集数万人，攻陷州县，朝廷希望能选派一位贤能的官员去镇守安抚。朱敬则举荐司封郎中裴怀古有文武双全的才能，太后于是下制任命裴怀古为桂州都督，同时担任招慰讨击使。裴怀古刚抵达岭南，就派人送书信给欧阳倩等人，向他们说明利害祸福，欧阳倩等人随即前来投降，并且说：“我们是被官吏欺凌逼迫，才起兵自救的。”裴怀古于是轻装骑马前往獠人的营地。身边的随从说：“夷獠之人向来不讲信用，您不能疏忽大意。”裴怀古说：“我依靠忠诚与信义，连神明都能沟通，更何况是人呢！”于是他来到獠人的营寨，贼众们都十分高兴，归还了他们掠夺的财物；那些原本在朝廷与叛军之间持观望态度的各洞酋长，都前来诚心归附，岭外地区就此全部平定。
这一年，朝廷分别派遣使者，依据六条标准巡察全国的州县。
吐蕃南部边境的各部族都发动叛乱，赞普器弩悉弄亲自率领军队前去讨伐，最终死在军中。他的几个儿子争夺王位，过了很久，国人才拥立他年仅七岁的儿子弃隶蹜赞为新的赞普。