堡内残存的硝烟与血腥气尚未散尽，胜利者的审判已然降临。
被拘禁的马化龙，关押在一处由重兵看守的残破院落中。昔日叱咤风云的“总大阿訇”，此刻虽衣衫略显凌乱，神情却异常平静。他或许早已透过冰冷的围墙，听到了外面零星的抵抗声和家眷绝望的哭嚎，深知大势已去。左宗棠并未急于见他，而是先命刘锦棠进行初步审讯，厘清其部下架构及抵抗过程，这本身即是一种心理上的施压。
数日后，左宗棠在临时节堂内，终于提审了马化龙。这并非一场平等的对话，而是胜利者对失败者的最终宣判。左宗棠端坐堂上，面色冷峻，目光如刀。他没有咆哮呵斥，而是以一种冰冷的、居高临下的语气，历数马化龙“负隅顽抗”、“蛊惑人心”、“致使生灵涂炭”的罪状，尤其强调了其“诈降戕害大将”（指刘松山）的“卑劣行径”。
马化龙立于堂下，沉默地听着。据零星记载，他并未过多为自己辩解，或许只言及“各为其主”、“求活百姓”之类。他知道任何辩解在此时都已苍白无力。最终，左宗棠宣布了朝廷（实则已授权于他）的判决：处死。
正月十二日（3月2日），天色阴沉。在金积堡外一片空旷之地，临时设置了法场。四周旌旗环绕，精锐清军持刀肃立，气氛肃杀至极。马化龙及其子马耀邦等一批核心头目被押赴刑场。面对死亡，马化龙表现出了某种程度的镇定，保持了其作为领袖的最后尊严。刽子手刀光闪过，一代枭雄就此落幕。其首级被装入木笼，传示各处堡寨，以昭示朝廷威严，震慑所有残余反抗力量。
处决首脑仅是开始。左宗棠对投降的大批人员进行了冷酷的甄别。他下令将投降的回军中所有骨干、“伪官”、以及被认为冥顽不化者，共计一千八百余人，全部处决。这个过程并非一次完成，而是在不同地点、分批进行，持续了数日。史载“其毙于铳炮雷石者并不在此数焉”，意味着在最后攻城战中死亡者尚不包含在内，其惨烈可见一斑。
对于剩余的大量老弱妇孺及被认定为“胁从”者，左宗棠采取了名为“安抚”、实为“分散羁縻”的策略。这些人被强行登记造册，然后由清军押送，迁徙至平凉、化平川（今宁夏泾源）等指定的、远离故土的贫瘠地区进行安置。迁徙途中，条件艰苦，监管严厉，实质上是一种变相的流放和隔离，旨在彻底瓦解其地缘和组织基础，防止再生事端。左宗棠在其奏报中，将此称为“拨其徒众，迁居安插，以期一劳永逸”。
金积堡大捷的捷报传至北京，朝廷自然需大加褒奖，以激励将士，彰显天恩。褒奖谕旨用词华丽，盛赞左宗棠“老成谋国”、“调度有方”、“克竟全功”，特旨赏加骑都尉世职。
当年，左宗棠在攻克浙江全境后，获授一等恪靖伯。为什么朝廷还会封一个骑都尉世职呢？
骑都尉世职是一个显赫的世袭爵位，属于正四品，在清代世爵体系中属于较高等级的荣誉头衔，可世袭罔替——即家族可永久承袭爵位。获得该爵位者通常会被授予“荣禄大夫”等官阶称号，并享有朝廷规定的俸禄、待遇及社会地位，有点像铁饭碗。
世职持有者及其家族成员可免除部分赋税徭役，并有机会参与朝廷重大事务的讨论。例如， 清朝中期的名臣张廷玉，因功绩获一等轻车都尉世职后，他的子孙仍可承袭该爵位。
这意味着，左宗棠的个人功勋和地位达到了一个新的高度。
在平凉大营接旨时，仪式隆重。左宗棠率文武官员面北叩谢天恩，三呼万岁。然而，在其写给家人的私信中，或许更能反映其真实心境。他可能并未过多沉醉于荣耀，反而深感责任重大，前路漫漫。金积堡虽克，河州、西宁、肃州犹在，靡饷千万，将士伤亡惨重，朝中攻讦之声虽暂息却未绝（李鸿章一派岂会真心悦服？），这一切都让他无法放松。
他立即着手两件事：一是论功行赏，大力保举刘锦棠、雷正绾、黄鼎等有功将领，特别是刘锦棠，他为其请头功，奏请“破格优奖”，称其“忠勇奋发，器识宏远，实由天赋”，试图为这位年轻的接班人铺平道路。二是详细撰写奏折，向朝廷沥陈此次战役之艰苦、伤亡之惨重、饷需之浩繁，以及下一步进军河州等地的必要性与困难，实则为继续争取朝廷的财政支持做铺垫。
金积堡的硝烟渐渐散去，但留下的创伤和阴影却难以磨灭。清军营中，士兵们在休整之余，也会谈论那场惨烈的攻坚战和后续的清算，胜利的喜悦中掺杂着对死亡的恐惧和对未来的茫然。而被迁徙的回众，则在清军的押解下，扶老携幼，一步一回头地离开故土，走向未知的、注定艰辛的安置地，眼中充满了悲凉与迷茫。
左宗棠没有太多时间沉浸在胜利中。他站在巨大的西北舆图前，目光已投向西方——河州（今甘肃临夏）方向。那里是另一个强大的回军领袖马占鳌的势力范围。金积堡的陷落无疑会震动河州，马占鳌是会奋起抵抗，还是会审时度势？新的战略计划已在左宗棠脑中成型，大军休整补充后，必将挥师西进。
攻克金积堡，是左宗棠西征史上的一座里程碑。它展现了左宗棠作为军事统帅的坚韧、果决乃至冷酷，也暴露了这场民族冲突的极端残酷性。朝廷的嘉奖为他赢得了更高的威望和更大的自主权，但真正考验其“五年平定”诺言的，依然是前方未卜的征途和更为复杂的局面。