因为需要跨海作战，此时西班牙在马尼拉的舰队虽然孱弱，但是为了保障海上运输的绝对安全，刘步蟾决定先率远征舰队对马尼拉湾的西班牙舰队发动进攻。
因为西班牙国力已经衰弱，国内造船工业已经远远落后于这个时代，所以西班牙海军大部分蒸汽战舰都是从意大利等国购买的，款式老旧，舰龄太长，而且其海军主力主要驻守在欧洲和美洲，在菲律宾的军舰只有10艘，排水量共1.2万吨，舰炮为30门射程近、射速慢的旧式前装炮，兵力1800人。
6月14日，人民革命军海军远征舰队集中了11艘主力舰，吨位为7万多吨，趁着夜色潜入马尼拉湾。
这些军舰全部为蒸汽动力，航速均在15 节以上，机动性强，装有85门射程远、射速快的大口径速射炮（4-8 英寸），加上其他口径舰炮共有155门舰炮，共有2300多名海军官兵。
相比较于南浦港的俄军远东舰队，西班牙的菲律宾舰队装备更差，不仅这些军舰不具备发射鱼雷的能力，而且港口外都没有布置反鱼雷网和水雷。所以，15号凌晨，天刚微亮，人民革命军两艘战列舰“秦始皇”号、“汉高祖”号放下了军舰上搭载的鱼雷艇，突然冲进了马尼拉军港，朝西班牙军舰发射了四枚鱼雷。
由于西班牙舰队处于停靠状态，又多少风帆和蒸汽机混用，启动比较慢，对高速袭来的鱼雷无法规避，只听几声巨响，西班牙菲律宾舰队旗舰 “雷娜?克里斯蒂娜号”被三枚鱼雷命中。
“雷娜?克里斯蒂娜” 号属于西班牙自建的无防护巡洋舰，虽然开建于1887年10月，但是由于西班牙造船技术相对落后，所以其设计水平属于19世纪中期水平，带有明显风帆蒸汽战舰的特征，虽然满载排水量有3090吨，马力3900匹，设计航速16节，实际航速却只有10节，其船身建造采用的钢材也不如英国、德国的合金。因此，被三枚鱼雷命中之后，爆炸迅速撕开了“雷娜?克里斯蒂娜” 号的船体，使得其船体迅速下沉。
随着鱼雷成功击沉西班牙菲律宾舰队的旗舰打响了马尼拉湾海战之后，西班牙菲律宾舰队其他军舰纷纷开启，离开泊位，准备向人民革命军的舰队发动进攻。同时西班牙舰队还依托海岸炮台防守，但炮台年久失修，火炮虽然还能发射，但是射程太近了，够不着对方军舰，而且都是实心弹，只是在水中砸起一朵朵水花。
此时，西班牙战舰除了三艘运输船之外，还有其他六艘战舰，剩下最大的是巡洋舰“卡斯蒂利亚”号铁肋木壳巡洋舰，动力开动不了，只能依靠风帆作为动力航行，剩下的则是五艘500吨级到1000吨级的炮舰。
远征舰队司令刘步蟾则是命令舰队采用 “t 字战术”，横切敌舰队航线，集中全舷火力轰击，以精准的速射炮和较远的射程，压制西班牙舰船。
“轰、轰”两艘战列舰“秦始皇”号战列舰、“汉高祖”号战列舰以及两艘重型巡洋舰“汉昭烈帝”号巡洋舰、“西楚霸王”号巡洋舰，四艘战舰上面的8英寸巨炮纷纷打响。
由于，远征舰队很多炮手是出自原来北洋水师，久经训练，在黄海海战中他们的命中率比日本联合舰队还要高，现在由于岳天在各军舰上加装了自己设计的光学瞄准仪和测距仪，使得命中率得到进一步提高。
与此同时，为了对付木制战舰，岳天还让远征舰队携带了特质的20发铝热剂燃烧弹，并被投入了使用。由于西班牙造船厂技术问题，再上了为了减少造船成本，即使是铁壳战舰上面也大量采用了木制构件，结果这20发铝热剂燃烧弹先后命中了剩余的六艘战舰，使得这些军舰迅速被点燃。
“卡斯蒂利亚”号铁肋木壳巡洋舰，由于船体较大，先后被两枚燃烧弹命中，整艘船被迅速点燃了。这艘军舰上的西班牙士兵们被迅速组织起来灭火，但是火势根本不受控制，哪怕是浇上海水，火也灭不了，顷刻间就吞没了整支军舰，船上200多名官兵大部分被大火烧死，只有十几个人，在第一时间跳海逃生。
其他5艘被命中的西班牙炮舰，虽然采用钢体结构，但是燃烧弹还是引燃了大量的木制配件，使得各军舰上的大火烤得士兵们无法战斗，也有不少士兵直接命丧火海。
由于铝热剂燃烧弹对木制战舰杀伤力太大，使得双方开战不到一个小时，西班牙所有战舰均被击沉或者焚毁。西班牙菲律宾舰队参加官兵约 1800 人中，包括舰队司令帕特里西奥?蒙托霍在内共852人阵亡，693人被俘虏，其他的水兵大多落水之后，逃回了岸上。
消灭西班牙菲律宾海军战舰之后，马尼拉炮台和马尼拉城防部队，仍然不断发炮袭击远征舰队。于是刘步蟾下命用两艘战列舰上面的八英寸舰炮对炮台和马尼拉城里的西班牙炮兵阵地进行炮击。
双方又进行了一个小时的炮战，这场炮战可以说是单方面的屠杀。人民革命军的两艘战列舰在敌人射程之后，进行炮击，并使用了装填tNt炸药的爆破弹，使得西班牙殖民军的炮兵损失异常惨重。
到6月15号中午，马尼拉炮台防守的215名西班牙官兵全部阵亡，所有岸防炮均被炸毁，而马尼拉城里面的西班牙炮兵部队也损失惨重，几乎所有远程火炮均被炸毁，城内有376名西班牙官兵被击毙。
马尼拉港口码头也被乘坐小艇登陆的人民革命军占领。由于西班牙菲律宾舰队司令帕特里西奥?蒙托霍在鱼雷艇袭击中，伴随旗舰沉入大海，再加上双方海战持续时间很短，大部分西班牙海军将领要么被俘虏要么战死，使得他们并没有人下令自沉在码头上的三艘海军运输船以及东北特区旅顺运输公司的“南安号”“安溪号”运输船。所以人民革命军海军登陆人员，赶紧开走这五艘运输船前往巴拉望岛协助运输陆军部队。
至此马尼拉湾海战正式结束，此战西班牙菲律宾舰队全军覆没，而人民革命军海军远征舰队无一战舰受损，只有11名士兵在海战和登陆过程中受了轻伤。
6月15号下午一时，6月14号上午从巴拉望港出发的运兵船在3艘巡洋舰护送下到达了马尼拉，并在马尼拉港口靠岸登陆。