“方舟”计划第二阶段的启动，标志着残存的人类文明做出了一个痛苦而决绝的战略转向——不再将全部希望寄托于固守摇摇欲坠的太阳系家园，而是主动出击，寻求文明延续的多种可能性。计划分为泾渭分明却又暗中关联的两条路线：“星海方舟”与“心渊方舟”。
“星海方舟”，由陆辰全权负责，是现实层面的背水一战。倾尽UhRA所有剩余资源，联合所有尚存工业能力的殖民地和空间站，在木星轨道附近的隐秘星港，同时开工建造三艘巨型世代飞船。这些飞船并非“舵手”那种用于献祭的扭曲造物，而是真正意义上的文明火种库，搭载着完整的生态循环系统、人类基因库、文明数据库以及尽可能多的休眠殖民者。它们的目标，是向着三个经过超级计算机模拟、被认为“收割者”影响可能最弱的遥远星域进行漫长而孤寂的远征。这是物理意义上的火种播撒，赌的是宇宙的广袤能够提供一线生机。
与此同时，陆辰并未放弃对“收割者烙印”的研究和太阳系的防御。一支精干的“烙印破解小组”继续奋战，试图从那冰冷的逻辑中寻找漏洞或启示。而重建的舰队则在柯伊伯带构建更加纵深的预警和防御网络，尽管所有人都明白，这在那样的存在面前可能不堪一击。
“心渊方舟”，则由林夕主导，探索的是意识层面的超脱之路。她的实验室进一步升级，被称为“心象感应中枢”。在这里，“月光螺”被置于一个巨大的、由纯净水晶和超导材料构成的共鸣穹顶中心。林夕和一批经过严格筛选、精神力量稳定且对“心象”有天然亲和力的志愿者（其中包括部分在“火种”协议中幸存但意识受损的“共鸣者”），将尝试进行更深层次的意识潜入。
他们的目标，并非直接进入被封存区域，而是沿着那些无形的“心象丝线”，逆向探索“心象之海”的更多奥秘，寻找是否可能存在其他适合意识存在的“安全区”或“子维度”，甚至尝试与“引路者”或其他可能存在的、古老的意识实体建立稳定联系。
这是一条更加未知、风险更大的道路。深入“心象之海”意味着可能直面无数混乱的意识碎片和潜藏的未知风险，迷失的风险远比实体航行更大。
首次集体潜入实验在高度保密下进行。林夕作为主导，与七名志愿者围绕“月光螺”坐下，意识通过增幅矩阵连接，如同握住一根无形的绳索，沿着那七彩斑斓的“心象丝线”，小心翼翼地向着意识的根源之海“下潜”。
最初的体验如同坠入万花筒，无数破碎的记忆和情感扑面而来，但与之前被动承受不同，这次他们有着明确的目标和彼此连接的意识网络作为锚点。林夕引导着团队，避开那些过于混乱的湍流，专注于感受“丝线”传来的、关于稳定与秩序的方向感。
不知“下潜”了多久（时间在意识层面失去了意义），他们终于触及了一片相对“平静”的区域。这里不再是碎片化的洪流，而更像是一片无边无际的、由柔和光芒构成的“海洋”。光芒之中，悬浮着无数如同星辰般闪烁的“意识光团”，有些明亮，有些黯淡，有些散发着古老的沧桑，有些则跃动着新生的活力。
这里，似乎是“心象之海”中相对稳定的“意识栖息地”？
就在他们谨慎地观察时，一个温和却浩大的意念，如同暖流般拂过他们的意识体：
“……新的旅者……带着伤痛与希望的气息……”
这意念……与“引路者”相似，却又更加古老、更加深邃！
实验取得了超出预期的成功！“心渊方舟”计划证明了“心象之海”中确实存在相对安全的区域，甚至可能存在能够交流的古老意识实体！这为文明提供了一条全新的、超越物质形态的潜在出路。
然而，成功的喜悦还未散去，负责监控“月光螺”与封存区连接的研究员就发出了紧急报告——在林夕等人深入“心象之海”期间，“月光螺”与封存区的共鸣频率出现了极其细微但持续的升高！仿佛他们的探索行为，无形中加强了“心象之海”对封存区的渗透！
几乎在同一时间，陆辰也接到了深空预警网络的紧急通讯——柯伊伯带外侧的异常空间扰动强度，在沉寂了数月后，首次出现了清晰的、非自然的周期性波动！就像……某种东西正在从沉睡中缓缓苏醒，并进行着规律的“探测”！
两条方舟之路，刚刚迈出第一步，就同时引来了潜在的风险与关注！
“星海方舟”的建造必须加速！
“心渊方舟”的探索需要更加谨慎！
而太阳系这本已脆弱的家园，似乎再次成为了风暴即将汇聚的中心！
陆辰和林夕透过通讯屏幕对视，都看到了对方眼中那熟悉的、混合着沉重压力与不屈决心的光芒。
挑战接踵而至，但他们已无路可退。
“心渊方舟”接触到的古老意识实体是什么？是友是敌？
“星海方舟”能否在威胁再次降临前顺利启航？
“收割者”的周期性探测波动，是例行公事，还是总攻的前奏？
双线并进的方舟计划，最终能否为人类文明找到那条生路？