暗物质本源被彻底净化后，三位星核守护者留下的能量印记悬浮在三域核心上空，散发着温和的光芒。一天清晨，三道印记突然同时亮起，射出金色、蓝色、青色三道光束，在星空中汇聚成一张“星图”——星图上标注着一处从未被发现的“失落星域”，旁边刻着星轨符文：“文明火种，藏于失落之地；守护之道，需寻本源之力。”
“失落星域？”云航凝视着星图，小陈立刻调取宇宙数据库，却未找到任何相关记载。星垣翻阅先民古籍，终于在残页中发现线索：“失落星域是宇宙早期文明‘星核文明’的发源地，他们曾掌握着与星核沟通的终极技术，后来因未知原因突然消失，只留下‘文明火种’守护宇宙平衡。”
三域联盟决定组建“寻迹舰队”，由云航带队，前往失落星域探寻文明火种。舰队搭载了星核守护者的能量印记——印记能感应星核文明的能量，为舰队指引方向。
航行半个月后，舰队抵达失落星域外围，这里的星空布满了古老的星舰残骸，每一艘残骸上都刻着与星核印记相似的符文。“侦测到前方有一颗‘核心星球’，星球表面覆盖着能量护盾，护盾内有强烈的星核能量反应！”小陈的声音带着兴奋。
舰队靠近核心星球时，护盾突然亮起，无数道能量光束朝着舰队射来。“是防御系统！”阿凯的“狂岩”机甲立刻展开护盾，挡住光束攻击。云航取出星核印记，将其能量注入高频刃，朝着护盾释放出一道七彩光束——光束接触护盾后，符文开始重组，护盾缓缓打开一道通道。
舰队驶入护盾，眼前的景象令人震撼：核心星球表面布满了星核文明的建筑，这些建筑由星核水晶构成，散发着柔和的能量；星球中心，一座巨型“星核塔”直插云霄，塔尖悬浮着一颗璀璨的“文明火种”，火种周围环绕着星核符文。
可就在舰队准备靠近星核塔时，塔内突然冲出大量“机械守卫”——这些守卫由星核金属打造，能操控星核能量，武器是能撕裂机甲的能量刃。“保护火种！不能让守卫破坏它！”云航的“星陨”机甲冲上前，高频刃与机械守卫的能量刃碰撞，星核能量与三源能量迸发刺眼光芒。
机械守卫的数量越来越多，甚至出现了体型超过百米的“守卫领主”，它的躯体释放出巨型能量场，能压制三源能量的输出。“星核印记能干扰它们的系统！”星垣大喊，云航立刻将印记能量扩散，机械守卫的动作瞬间迟缓。
里昂的银纹舰队抓住机会，主炮集中攻击守卫领主的核心，银色能量弹轰出一道缺口。云航操控机甲冲进缺口，高频刃注入星核与三源双重能量，斩断领主的能量核心。领主轰然倒塌，剩余的机械守卫失去控制，被舰队逐一摧毁。
舰队终于抵达星核塔下，云航登上塔顶，小心翼翼地靠近文明火种。火种突然释放出一道能量波，涌入云航的脑海——无数画面闪过：星核文明守护宇宙平衡的历史、应对暗物质危机的方法、与星核沟通的技术...原来，星核文明消失是为了封印早期暗物质危机，文明火种则是他们留下的“守护遗产”。
“文明火种认可你了！”星垣走上塔顶，看着火种融入云航的秩序核心，“现在，你能借助火种的力量，强化三域核心的防御，还能召唤星核文明的残留技术！”
就在这时，星球外围突然传来警报——一支由未知文明操控的“掠夺舰队”正朝着核心星球驶来，他们的目标显然是文明火种。“是‘宇宙掠夺者’！他们专门掠夺古老文明的遗产！”小陈的声音带着急促。
云航立刻返回舰队，激活文明火种的力量——星核塔释放出巨型能量罩，将核心星球保护起来；同时，星核文明的残留星舰从星海中苏醒，与寻迹舰队并肩作战。掠夺舰队的攻击被能量罩挡住，星核星舰的主炮发射出星核能量弹，瞬间摧毁数艘掠夺战舰。
掠夺舰队见势不妙，想要逃离，却被星核符文阵困住。云航操控“星陨”机甲，带着三源与星核双重能量，直扑掠夺舰队的旗舰。高频刃斩断旗舰的引擎，火种能量注入旗舰系统，彻底瘫痪了对方的操控。
战斗结束后，寻迹舰队将文明火种的技术带回三域联盟。借助火种的力量，三域核心的防御大幅提升，星核文明的星舰也编入守护舰队，成为新的战力。云航站在“流火号”的舰首，望着星核印记与文明火种交织的光芒。