福建的顺利平定，标志着钱镠的南方统一大业进入了最后的收官阶段。目光所及，仅剩岭南与更南的交州（安南）。
钱镠任命主动归附、且在虔州素有贤名的卢光稠为福建布政使，以其安抚地方之才稳定新附的闽地。其重要谋士谭全播（绰号“小诸葛”）则被调任武昌道按察使，于荆湖之地发挥其才智。
对投降的王氏家族，钱镠采取了分化安置、明升暗控的策略。王潮先在升州坐了半年冷板凳，观察其心志后，被任命为明州刺史，负责这个重要港口的海外贸易与经济发展，算是给了个体面的出路。其弟王审知，钱镠看出其能力不俗，但为避免其形成地方势力，任命为江陵道布政使，专司政务，远离军事。另一位兄弟王审邽，因历史上曾有主动让贤之名，被认为品行端正，被安排到邢宪司任职，人尽其才。
钱镒被正式任命为交广行营兵马招讨使，全权负责经略岭南及交州。其直属兵力为其本部两万破虏军，加上可调动的澎州锐武军一万及五千水师。同时，北面驻道州的杜建徽部和驻韶州的裴宏部，在确保自身防务前提下，需给予钱镒有限的军事支持。钱镠给他的目标是：三年之内，步步蚕食，全面占据两广及交州。
钱镒受命后，并未急于全面开战。他仔细分析了岭南形势。当时的岭南，情况比湖南更为复杂：
刘隐：控制着岭南东道的核心广州、战略要地端州及其起家之地封州。他通过权谋上位，实际军事经验有限，对周边地区的控制力并不牢固。
除了核心的广州周边，其他地方也是各自为政：
岭南西道“三管”：静江军节度使刘士政控制桂管。叶广略控制邕管。庞巨昭控制容管。
被当地豪族推为静海军节度使的曲承裕控制安南（交州）已有脱离中原控制的趋势。
乾宁二年（895年）夏，钱镒率本部两万破虏军，汇合澎州前来的一万锐武军及五千水师，自福州沿海路南下，直逼珠江口。同时，命令驻守韶州的裴宏，率军一万南下，做出夹击态势。
钱军水师庞大，战舰云集珠江，陆军于东莞一带登陆，兵锋直指广州。刘隐匆忙集结军队，试图依托城池和周边水网抵抗。然而，他的军队多为新募和兼并所得，凝聚力、战斗力与历经战火的钱军不可同日而语。在几次小规模接触战惨败后，广州城内人心惶惶。
钱镒并不急于强攻广州坚城，而是分兵扫荡周边，切断了广州与端州、封州的联系。同时，利用水师优势，封锁珠江，使得广州商贸几近断绝。裴宏的军队也从北面逼近，形成合围之势。
刘隐内外交困，自知绝非对手，抵抗意志迅速崩溃。在围城不到两个月后，刘隐便开城投降。钱镒遵从钱镠“速定核心，减少损耗”的指示，接受了刘隐的投降，将其及其家眷送往升州。广州一下，周边的端州、封州等地传檄而定。岭南东道核心区域，在半年内便宣告平定。
解决了刘隐，钱镒将目光投向岭南西道的桂、邕、容三管。此时，这三地的态度变得至关重要。
钱镒陈兵边界，同时派出大量使者，分别前往桂林、南宁、容县，向刘士政、叶广略、庞巨昭宣示钱镠的威德，并展示钱军的强大实力。他明确表示，若主动归附，可保留官职、爵位，只需接受吴国政令；若负隅顽抗，则大军一到，玉石俱焚。
面对兵锋正盛、刚刚轻松拿下广州的钱军，桂管刘士政最先动摇，上表请降。紧接着，实力较弱的容管庞巨昭也遣使归顺。唯有邕管叶广略，自恃地处偏远，地形复杂，态度暧昧，既不说降，也不言战。
钱镒对此心知肚明。他采纳了类似裴宏在福建的策略，并不急于派大军深入邕管瘴疠之地，而是下令接受桂管、容管的投降，并派遣少量官员和部队入驻关键节点，进行监督和联络。同时，他命令裴宏部在韶州以南、杜建徽部在道州以南，保持军事压力，并协助新附地区清剿小股土匪、维持秩序。
对于邕管，钱镒采取了“冷处理”。他公开宣称：“叶公既无悖逆之心，我朝亦不行不义之师。然邕管亦为中国之土，岂容长久自外？” 他下令封锁与邕管的主要商道，进行经济制裁，同时不断派遣细作潜入，散布流言，分化其内部。
钱镒深知，岭南西道地广人稀，蛮汉杂处，彻底消化需要时间。当前首要任务是巩固已得的岭南东道和表示归顺的桂管、容管，建立有效的统治体系，积累粮草，适应气候。他向钱镠汇报：“岭南三管，肉已烂在锅内，叶广略孤悬于外，迟早必为殿下所擒。今当先固根本，徐图邕州。” 钱镠同意了他的方略。至此，岭南大部已名义上归属钱镠，尽管邕管尚在观望，桂管、容管的控制也需加强。
就在钱镒稳步经营岭南之时，南面的交州（安南）传来不利消息。静海军节度使曲承裕病故，其子曲颢继位，野心勃勃，不仅拒绝接受钱镠的册封，还大肆清除境内亲中原的势力，积极整军经武，摆出彻底独立的姿态。交州地处偏远，中央政权控制力历来薄弱，若任其发展，必将成为心腹大患。
钱镒决定将主要精力转向交州。他留下部分兵力协同文官继续经营岭南，亲自率领两万五千精锐（以破虏军为骨干，配属部分锐武军），并得到五千水师的全力支持，于乾宁三年（896年）春，自钦州、廉州沿海路并进，水陆夹击，大举进入交州地界。
消息传至交州，曲颢大为震惊，急调五万兵马出城迎战，企图以兵力优势在平原决战。三月初，两军会于红河平原。晨雾未散，破虏军已列阵完毕，铁甲在初升的阳光下泛着冷光。钱镒并不急于强攻，而是先令水师奇袭敌军后阵，焚烧粮草。当交州军心浮动之际，锐武军突然从侧翼杀出，如利剑直插敌阵。
战场顿时陷入混乱。训练有素的破虏军主力趁机正面推进。交州军虽众，却多是临时征召的农民，在精锐的连续打击下迅速崩溃。不到两个时辰，曾经不可一世的五万大军土崩瓦解，尸横遍野，降者无数。曲颢在亲兵拼死护卫下，割须弃袍，狼狈逃出重围。
此役后，曲颢自知难以固守交州城，遂携心腹退入西部山区。那里层峦叠嶂，部落林立，他奔走联络当地豪帅，赠以金帛，许以重利，企图依靠复杂地形长期周旋。而钱镒则兵不血刃地进入了交州城。
交州土着势力强大，地形复杂，气候湿热，以往中原王朝征讨往往损失惨重。钱镒总结了裴宏在汀、建清剿山民的经验，并决心采取更为酷烈的手段，以求一劳永逸。
初期，钱镒试图招抚，但响应者寥寥，且降而复叛者甚多。他很快意识到，怀柔政策在此地难以迅速奏效。于是，他改变策略，对于主动归顺、并提供帮助的部落，给予重赏，并将其部众整体迁徙至交州平原地区，编户齐民，进行屯垦，由随军的营田军严密看管。
对于战败投降的土着军队，钱镒实施了残酷的 “十一抽杀令” 。每次受降后，便强制命令降兵互相指认，或随机抽取十分之一的人，当众处决。行刑前，他必先宣布：“顺我者赏，逆我者亡！尔等家小，已迁往交州城（即高骈所筑大罗城）。若想家人活命，便需戴罪立功！” 随后，他将这些降兵的家属全部强制迁至防守坚固的交州城内控制起来。
剩下的九成降兵，被编成“敢死营”、“先锋营”，驱使他们去攻打其他尚未臣服、尤其是位于西部山区的土着部落。钱镒明确规定：作战不努力、临阵退缩者，全队连坐，再行“十一抽杀”；但若作战勇敢，斩获颇多，则不仅本人可获得丰厚赏赐（钱帛、甚至土地），其家人在交州城内的待遇也会相应提高。
对于作战中捕获的大量俘虏，钱镒将其分为两类。一类是相对顺服、或有特殊技能（如工匠）的，被安排到平原进行耕作，或补充进“敢死营”。另一类，所有表现出抵抗意志、或被视为难以驯服的，不论男女老幼，全部戴上镣铐，押往交州已知的各大矿区（如谅山的金矿、黄连山的银铜矿等），在皮鞭和刀剑的监督下，进行极其艰苦和危险的采矿劳作。开采出来的金银铜铁，被源源不断地运往升州，成为钱镠政权重要的财富来源和战争资源。
钱镒的手段极其血腥残酷，在交州境内造成了巨大的恐慌和伤亡。“钱”字旗所到之处，往往伴随着焚烧的村落、被强制迁徙的人群和堆积如山的尸体。其凶名之盛，足以让交州小儿止啼。曲颢组织了几次抵抗，但在钱军正规军和那些为家人性命而战的“敢死营”亡命徒的联合打击下，均遭惨败。钱军稳扎稳打，逐步压缩曲氏势力的生存空间。
经过近两年异常残酷的清剿战争，到了光化元年春天，曲氏家族及其核心支持势力被基本杀空，其族裔近乎灭绝。整个交州地区的土着人口因战争、屠杀、强制迁徙和奴役而锐减。面对一片焦土和彻底臣服的幸存者，钱镒请示钱镠后，下令将剩余所有被认为“不顺服”的土着居民，全部强制迁往湖南或荆南人口相对稀少的平原地区，交由当地的营田军管辖，继续进行同化与屯垦。而交州本地，则开始大量迁入来自两浙、江西、福建的军民，进行实质性占领和开发。
光化元年（898年）夏，钱镒正式向升州报捷：两广及交州，已全部平定！
从乾宁二年夏受命出征，到光化元年春彻底扫平交州，钱镒几乎正好用了三年时间，完成了钱镠赋予的使命。他以广州为突破口，以政治威慑降服桂管、容管，以经济封锁和内部瓦解孤立邕管（叶广略在乾宁四年末见大势已去，最终请降），并以铁血手段犁庭扫穴，彻底解决了交州问题。
钱镠闻捷，大喜。他深知四弟在此过程中的艰辛与……必要的残酷。他下旨，盛赞钱镒之功，上表册封其为武安侯（取“以武安邦”之意，亦契合交州古有武安郡之称），并破例任命这位在南方杀出赫赫凶名、能止小儿夜啼的弟弟为交州道行军大总管、交州道都指挥使，继续坐镇交州，为他守卫这最南端的疆域，震慑一切不安分的宵小。
至此，自乾符六年（879年）钱镠就任苏州刺史以来，历经十余年征战，钱镠终于彻底统一了自荆襄以南，直至交趾的整个中国南方。