民生经济诸项事务议定，大都督府内的文武官员却未散去，眉宇间皆带着未尽的议事热忱。左宗棠跨步出列，声如洪钟：“大都督，如今各州府官吏仍有身着清廷袍褂、顶戴花翎者，官制亦沿用旧例，如此一来，清廷余痕未除，民心难聚。臣恳请尽快厘定新的官服制度与官僚体系，自成一体，以明正朔！”
余盛颔首，目光扫过众臣：“左先生所言切中要害。官服乃政权之貌，官制为治国之纲，确当革新。即日起，便由徐鸿福先生、左宗棠先生牵头，会同各部骨干，详议新制，限十日内拿出章程。”
接下来数日，大都督府议事厅灯火通明，众臣各抒己见，争执与共识交织。官服形制最终议定：摒弃清廷长袍马褂与顶戴花翎，取汉家衣冠精髓，参酌唐宋明规制而简化。
- 官帽：以明代乌纱帽为基，去除两侧展翼，改为简洁圆形帽顶，形似翼善冠却无金折角，通体玄色，分“前屋”（帽檐上方）与“后山”（帽后隆起）。前额镶嵌方形玉牌，文官用明黄玉，武官用朱红玉，玉牌边角刻回纹为饰，朴素而庄重。
- 公服：采用圆领窄袖长袍，束玉带（品级不同，玉带纹饰各异），颜色定品级：一品穿紫袍，二品穿绯红袍，三品穿深蓝袍，四品穿浅蓝袍，五品穿深青袍，六品穿浅青袍，七品穿深绿袍，八品穿浅绿袍，九品穿深灰袍。袍身不绣禽兽补子，仅在领口、袖口绣简易云纹，既显层级，又无繁缛。
- 常服：文武官员日常着圆领或对襟长袍，文官束素色腰带，武官束牛皮腰带，便于理事办公。
官制体系经反复争论调整，最终推出一套“中枢统揽、六部分理、专项赋能、地方分级、专司监察”的严密架构，细化如下：
一、中央官制
（一）权力中枢：大都督府
- 大都督：无品级，余盛总揽军政大权，统摄政事院、枢密院、大理寺、监察院，为安庆军治下最高决策者。
- 都督府秘书处：设秘书长一人（正三品），下辖文书科、典籍科、仪仗科，负责中枢文书流转、档案管理与礼仪安排，属官为正四品至从九品笔帖式。
（二）行政中枢：政事院
- 总参政（正一品）：政事院首长，总领行政事务，对大都督负责。
- 副参政（从一品，设四人）：分掌民政、财政、工商、教育宣传，协助总参政理事。
- 政事院下设十五部：各部设尚书（正二品）一人、侍郎（从二品）二人、郎中（正四品）四人、员外郎（从四品）六人、主事（正六品）若干，主事以下设笔帖式（从六品至从九品）：
1. 吏部：掌官员选拔、考核、升迁、降黜、俸禄、退休，下设文选司、考功司、稽勋司、禄秩司。
2. 户部：掌安庆军治下田赋、税收、户籍、粮仓、盐铁、民生福利，下设田赋司、户籍司、盐铁司、度支司、福利司。
3. 礼部：掌礼仪、祭祀、科举、教育、民俗教化，下设仪制司、祠祭司、科举司、学政司。
4. 兵部（行政层面）：掌地方兵备、驿站、兵役征召，下设兵备司、驿传司、兵役司、征募司（与枢密院分工明确，不掌兵权）。
5. 刑部：掌全国司法行政、法律修订、狱政管理，下设律法司、狱政司。
6. 工部：掌建筑、屯田、公共工程建设，下设营造司、屯田司、工程司。
7. 警务部：掌安庆军治下治安、消防、户籍巡查、缉捕盗贼，下设成都警察局、地方警务司、消防司、缉捕司。
8. 铁路局：掌治下铁路规划、修建、运营、维护、铁路治安，下设规划司、建设司、运营司、路政司、铁警科，统筹铁路干线与府级支线建设，明确铁路管辖终端至府级。
9. 交通部：掌治下公路、水路、驿站体系建设与管理（不含铁路、邮政），下设公路司、水路司、驿站管理司、交通监管司，衔接府级铁路与县镇交通网络。
10. 民政部：掌赈灾、救济、慈善、移民、地方自治事务，下设赈灾司、救济司、移民司、自治司。
11. 外务部：掌对外交涉、条约签订、领事管理、侨民事务，下设交涉司、条约司、领事司、侨务司。
12. 农工商部：掌农业生产、商业贸易、手工业发展、矿场开采，下设农业司、商业司、工矿司、实业司。
13. 邮传部：掌邮政、航运管理（航运业务与交通部水路司分工协作），下设邮政司、航运司、邮驿司。
14. 宣传部：掌国家意识形态引导、政策宣传、民间舆情疏导、文化传播，下设政策宣传司、舆情管理司、文化传播司、对外宣传司，塑造政权合法性与民众认同。
15. 中央银行：掌国家货币发行、金融监管、国库管理、信贷调控，下设货币司、监管司、国库司、信贷司，统一铸造钱币、规范民间金融机构，稳定经济秩序。
（三）军事中枢：枢密院
- 枢密总长（正一品）：枢密院首长，统管军事行政、军备、军令，对大都督负责。
- 枢密次长（从一品，设二人）：分掌军备后勤与军令调度。
- 枢密参军（正二品，设六人）：分管陆军、水军、军备、训练、情报、后勤。
- 下设六部一室，各部门主官品级参照政事院对应部门设定：
1. 陆军部：掌陆军编制、训练、战术制定，下设编制司、训练司、战术司。
2. 水军部：掌水军筹建、舰船制造、海防规划，下设筹建司、舰船司、海防司。
3. 军备部：掌武器研发、弹药生产、装备采购与配发，下设研发司、生产司、采购司。
4. 训练部：掌全军训练标准制定、军校管理、军官培训，下设标准司、军校司、培训司。
5. 情报部：掌军事战略情报收集、分析、传递，下设侦察司、分析司、传递司（侧重军方作战相关情报）。
6. 后勤部：掌军粮、军饷、被服、医疗保障，下设粮秣司、军饷司、被服司、医疗司。
7. 军令厅：掌作战计划拟定、部队调动，直接对枢密总长负责，厅长为正三品。
（四）司法中枢：大理寺（掌最高审判）
- 大理寺卿（正二品）：大理寺首长，审理重大案件、平反冤狱。
- 大理寺少卿（从二品，设二人）：分掌刑狱审理与司法监督。
- 大理寺丞（正三品，设四人）：分管刑事、民事、行政诉讼与复核。
- 下设三司，属官为正四品至从九品：
1. 刑狱司：掌死刑、谋逆、叛国等重大刑事案件审理。
2. 民讼司：掌涉及官员、跨省级的民事纠纷审理。
3. 复核司：掌地方上报案件的复核、冤狱平反。
- 确立“罪刑法定”“公开审理”“回避”三原则，禁止刑讯逼供。
（五）监察中枢：监察院
- 御史大夫（正二品）：监察院首长，统筹全院监察事务。
- 御史中丞（从二品，设二人）：协助御史大夫，分掌中央与地方常规监察。
- 监察御史（正三品，设十二人）：分巡各部及各省，弹劾违法违纪官员。
- 下设核心机构：
1. 巡按司：掌地方常规巡视监察。
2. 弹劾司：掌官员违纪违法弹劾。
3. 审计司：掌财政收支与部门履职审计监督。
（六）黑衣卫
- 黑衣卫（由原监察司改组）：直属大都督的专项监察力量，职能类明朝锦衣卫，掌内外百官监察、民间舆情探查、重大案件秘密侦办，不受常规监察体系掣肘，为大都督“耳目之司”。设内卫指挥使一人（李信，正二品）、外卫指挥使一人（吴天，正二品），分掌内部监察与外部探查，下辖镇抚司、侦缉司、诏狱司，属官从三品至从九品。
- 下设核心机构：
1.镇抚司：掌卫内纪律与案件审讯。
2.侦缉司：掌秘密侦查与情报收集。
3.诏狱司：掌重大案件关押与审讯。