李斯总揽朝政，皇帝静养深宫，这种权力格局的长期化，不可避免地引来了各种议论和猜测。在相对平静的朝堂水面之下，暗流开始涌动。其中，以一些信奉传统儒家学说、崇尚“君臣共治”乃至带有某些分封制理想的旧儒为代表，开始以各种方式，或明或暗地讽刺、抨击李斯专权。
这些旧儒，多是在博士官体系中任职，或是在太学教授弟子，亦或是些在野有名望的学者。他们中不少人，原本就对李斯主导的、偏向法家色彩的“新政”抱有疑虑，认为其过于强调律法和集权，忽视了道德教化和古制。如今，见李斯大权独揽，皇帝形同虚设，更是触动了他们心中关于“权臣当道”、“牝鸡司晨”（虽不贴切，但意味类似）的敏感神经。
他们的暗讽，并未在正式的朝会上公开发难——他们深知那样做无异于以卵击石。而是采取了一些更为隐蔽的方式：
其一，借讲学授徒之机，含沙射影。在太学或私人讲席上，这些儒生博士在讲解《春秋》、《尚书》时，往往会刻意强调“君臣之义”、“礼乐征伐自天子出”的道理。他们会引用历史上权臣擅政、最终导致国破家亡的例子，如伊尹放太甲（虽然后来迎回）、霍光废立等，虽不直接点名，但听者自然心领神会，知道其讽刺的矛头指向的是当今丞相专权的局面。他们还会大力宣扬古代“三公坐而论道”、“百官分职授政”的理想政治模式，暗指当前丞相府权力过于集中，有违古制。
其二，通过诗文、杂论隐晦表达。一些善于文辞的儒生，会撰写一些借古讽今的赋、论，或是在友朋书信往来中，抒发对时局的忧虑。文中可能用“硕鼠”比喻贪权者，用“阴霾蔽日”形容朝堂现状，用“礼崩乐坏”来感慨现行制度。这些文字在士人圈中流传，虽然不敢公开刊印，却也形成了一种不利于李斯的舆论氛围。
其三，在非正式场合散布流言。在官员休沐聚会的酒宴上，在博士官们值宿闲聊时，总会有人“不经意”地提起：“听闻昨日某郡守任命，竟是丞相府直接下文，未曾经过陛下御览？”“陛下久不视朝，政令皆出相府，长此以往，恐非国家之福啊…”这类流言蜚语，带着担忧和讽刺的意味，悄然扩散，试图影响其他官员的看法，给李斯施加无形的压力。
其四，鼓动言官风闻奏事。一些与旧儒关系密切的御史，开始变得活跃起来。他们虽然抓不到李斯贪腐或谋逆的直接证据，但却可以凭借“风闻”（即听说）上奏，弹劾丞相府某些官员办事专断、或是某些政策执行过程中扰民，试图通过这些侧面攻击，来间接质疑李斯专权所带来的弊端。
这些旧儒的暗讽和动作，自然逃不过李斯的耳目。丞相府的暗探和倾向于李斯的官员，会将这些言论和动向及时汇报给他。
李斯听闻后，反应却异常平静，甚至嘴角还泛起一丝冷峭的笑意。他早已预料到会有这一天。权力的集中必然招致非议，尤其是来自那些在现行权力结构中失意或理念不合的群体。
他并未采取激烈的镇压手段。因为他知道，这些旧儒虽然聒噪，但在当前形势下，并无真正的实力挑战他的地位。他们的言论，更多是士人清议，尚未形成能够动摇国本的势力。若贸然兴大狱镇压，反而会坐实自己“专权跋扈”的罪名，激起更强烈的反弹，不利于稳定。
但他的“不理会”并非纵容。他采取了更有策略的应对：
首先，他更加严格地遵守“事事禀报”的程序，哪怕只是形式，也要让所有政令在法理上出自皇帝，堵住“专权”最直接的口实。
其次，他指示自己提拔的能臣，在处理政务时更要注重效率和效果，用实实在在的政绩，来证明当前权力运作模式的有效性和必要性，回击那些空谈误国的指责。
再者，他暗中加强了对博士官体系和太学的监控，对于其中言辞过于激烈、有明显煽动倾向的个别人物，则会通过吏部考核或其他合规理由，进行调职或罢黜，剪除其影响力，却不明言是因言获罪。
李斯很清楚，与这些旧儒的较量，是意识形态和权力模式之争的延续。他现在掌握着绝对的优势，只需要稳健地驾驭帝国航船，用时间和成效来消磨这些反对的声音。只要帝国不出大乱子，皇帝（至少名义上）安然存在，这些暗讽和流言，终究只是水面上的浮沫，无法撼动巨轮的航向。然而，他也将这些旧儒的动向记在了心里，知道他们是一股需要警惕的力量，在未来的某些关键时刻，可能会被其他的政治对手利用，成为掀起风浪的引子。