就在帝国的目光被西域的繁华盛景与朝堂的激烈辩论所吸引的同时，北疆——这片刚刚经历了血火洗礼、柔然汗国覆灭的广袤土地，也正在慕容恪的主持下，发生着一场静默却深刻、影响深远的社会变革。他坐镇朔方，秉承冉闵“革新运”的旨意和王猛“固本培元”的方略，开始推行一套旨在从根本上巩固北疆、消除胡患、实现长久安宁的 “漠南新政”。
新政的核心，在于“化剑为犁，融胡入华”，将军事征服的成果，通过一系列精心设计的经济、文化和制度安排，转化为持久稳定、血肉相连的统治。它不再仅仅依赖于城墙和烽燧，而是试图构筑一道无形的、却更加坚固的社会与人心长城。
首要之策，便是大规模、系统化的军屯与民屯，将戍边与开发紧密结合。
慕容恪以北伐中缴获和抄没的柔然贵族牧场为基础，在阴山以南、黄河“几”字弯内水草丰美的河套地区，划定了大片的屯田区。留守的北征将士，除了负责日常的巡逻警戒和军事训练任务外，大部分时间都投入到垦荒和耕种中。朝廷则从内地人口稠密地区，招募了大量无地或少地的流民、贫农，以及部分在战争中失去首领、愿意放弃游牧、转而务农的归附胡人部落。官府给予他们种子、农具、初期的口粮，并按照丁口分配土地，编入严格的屯田序列，建立详尽的户籍档案。
这些屯田点，并非简单的农田村落，而是经过精心规划的、带有强烈军事防御色彩的定居点。它们往往选择在水源附近、交通要冲，或是能够俯瞰大片草场的制高点上。屯点周围修建有夯土矮墙、木质栅栏、壕沟，设有哨楼和箭塔，形成一个个星罗棋布的、可以独立支撑一段时间的小型堡垒。屯田的士卒和民众，亦兵亦农，平时耕种放牧，战时即可凭借据点自卫或迅速集结成军，听从都护府调遣。这使得帝国的边防，从一条线变成了一个具有相当纵深的、充满生机的面。
格物司改进的新式铁犁、曲辕犁和来自中原的代田法、区田法等先进耕作技术被引入，并由随行的农师指导，使得塞外这片以往被认为只适合放牧的土地，粮食产出得以显着提高。都护府还组织人力，利用黄河水资源，兴修和疏浚了一些中小型的水利设施，开挖水渠，引水灌溉，进一步保障了收成的稳定性。
其次，是建立“都护府—羁縻州—部落”三级管理体系，对广袤的漠北草原和阴山以北归附的游牧部落实行灵活而有效的羁縻统治。
对于这些依旧保持游牧生活方式的部落，慕容恪并未采取直接管辖、强行改变其习俗的激进手段，而是借鉴了西域经验，但更加注重层级管理与文化渗透。
他在漠南（大致相当于原柔然核心统治区南部）设立“漠南都护府”（与朔方军镇在职能上有所侧重和重叠，但更侧重于对游牧部落的民政管理和羁縻），作为管理归附胡部的最高机构。将那些愿意内附、且经过考察相对恭顺的部落，按其原有组织规模和影响力，设立“羁縻州”或“羁縻都督府”，以其部落首领为刺史或都督，允许其保持一定的自治性，内部事务可依“旧俗”处理。但这些首领必须接受漠南都护府的领导，遵守《大魏律》的基本条款，定期朝贡（主要是马匹、皮毛等特产），并根据要求，提供一定数量的骑兵（称为“蕃兵”）随同魏军出征或戍边，履行作为帝国屏藩的义务。
对于这些部落首领及其子弟，则采取“质子”与“教化”相结合的策略。强制要求他们派遣子弟到朔方城的官学，甚至到建康的太学、格物大学学习汉文、儒家经典、礼仪和律法，由国家承担费用。此举一方面是人质，更重要的是希望通过这种长期的、沉浸式的文化熏陶，潜移默化地改变其下一代精英的认同，使其接受华夏文明，渐染华风。同时，朝廷给予这些首领一定的虚职官衔和爵位（如归义侯、怀化郎将等），将其政治利益与帝国体制捆绑，提升其地位和荣誉感。
其三，大力发展边境互市，以经济利益为纽带，促进融合，消弭冲突。
在朔方、云中、五原、幽州等边境重镇，设立官方的、管理严格的“榷场”。允许归附的胡人用他们的牛羊、马匹、皮毛、奶酪，来交换中原的粮食、布匹、茶叶、盐铁、陶器以及一些精美的工艺品。
慕容恪深知公平的重要性，他严格管理榷场，派遣官员和军士维持秩序，制定公平的交易价格，严厉打击欺行霸市、强买强卖和欺诈行为。这使得边境贸易空前繁荣。胡人获得了生活必需品和改善生活的物品，减少了下山劫掠的经济动机；而帝国则获得了急需的战马、役畜和畜牧产品，也通过征收交易税（通常以实物形式）增加了地方财政收入，补贴了军费。频繁而有序的经济往来，促进了胡汉普通百姓之间的接触、了解与互信，打破了以往因隔阂、贫困和暴力循环而产生的敌意，一种新的、基于互利的经济共同体意识开始萌芽。
其四，文化渗透与信仰引导，润物无声。
都护府鼓励，甚至提供资助，让汉人僧侣、道士前往归附的胡部传法，在部落聚居区附近修建佛寺、道观。佛教的慈悲普度、因果轮回和道教的清静无为、顺应自然观念，在一定程度上能够化解游牧民族的暴戾之气，也为其提供了新的精神寄托和伦理规范，与原有的萨满教体系产生互动。同时，都护府也组织通晓胡汉双语的人员，用胡语翻译一些浅显的儒家启蒙读物、孝道故事和《华夏颂》等宣扬大一统、忠君爱国思想的文章，在部落中传播，进行文化输出。
漠南新政的推行，并非一帆风顺。一些习惯了自由迁徙、以掠夺为补充生计手段的部落对此感到不适和束缚，时有小规模的叛乱或冲突发生。但慕容恪手段强硬，对于敢于叛乱者，坚决镇压，首领处死，部众打散编入其他屯田点或羁縻州；对于顺从者，则大力扶持，给予贸易优惠，帮助其度过灾年，赏赐官爵。恩威并施，刚柔并济之下，新政逐渐在北疆站稳了脚跟，其效果也开始缓慢而坚定地显现出来。
数年之后，漠南地区面貌已然大为改观。河套地区，昔日柔然铁蹄肆意践踏过的土地上，出现了片片阡陌纵横的良田和炊烟袅袅、鸡犬相闻的安稳村落；边境榷场人声鼎沸，胡汉商贾云集，语言各异却交易热络；一些胡人部落开始尝试半农半牧，甚至完全定居下来，学习农耕技术；更有些胡人青年，以能说流利汉话、识写汉字、知晓汉家礼仪为荣，主动向官府靠拢。
漠南新政，如同在北疆构筑了一道无形的、却更加坚固和深入的长城。它用经济利益的捆绑、文化制度的潜移默化和安全保障的提供，逐渐消弭着游牧与农耕文明之间千年冲突的根源，将曾经的敌人，转化为帝国的屏藩、税源甚至是潜在的子民。帝国的北疆，正在从军事征服后的焦土与管制区，转变为真正意义上的“汉疆永固”之地，一个充满了生机与融合希望的新家园。