三日之后，内阁与兵部将旨意进一步完善，以六百里加急之速，密送辽东，至熊延弼之手。
熊延弼接此密旨，竟激动得浑身战栗，心中暗呼：“圣上知我意也！”
新旨意对辽东战略进行了一系列前所未有的大胆调整，亦标志着大明于辽东之战略，发生根本性转折。
一、战略转攻为守，确立“存人”之本
旨意开篇便直言不讳，首次以官方文件的形式承认：“朕观辽东战局，我军野战之力，实逊于建虏。” 这需要莫大的勇气，但也打破了以往“天朝上国”的虚骄之气。同时也明确提出了“存地失人，人地皆丢；存人失地，人地皆存”的十六字原则，规定今后辽东战事，“当以固守坚城、疲敌耗敌为主，非有万全把握，不得浪战。”
这一原则的确立，为后续所有军事调动提供了依据，也让前线的熊廷弼等松了一口气，不必再迫于朝中那些文官们的压力而仓促出战。
二、南军北调，拱卫京畿与编练新军
针对南方客军的调动是旨意的核心。文中详细阐述了理由：“川浙、湖广、广西等客军，忠勇可嘉，然北地苦寒，多生疾疫；更兼缺马少骑，机动不足，难以制衡虏骑。” 因此，决定将他们主动撤离辽东战场。
戚家军：移驻京师西山，其使命被提升到战略高度——“专司火器演训与新军编练”。这支有着辉煌传统和严明军纪的军队，即将成为了皇帝打造新型核心武装的“种子部队”。
白杆兵：移防天下第一关——山海关。他们不仅要负责关防，更重要的任务是“训导辽人新卒”，将其擅长的山地战法与北方士兵的特点结合，打造一支新的边防劲旅。
酉阳土司兵：驻防居庸关，扼守京师西北，严防蒙古部和建奴南下。
福建水师：调驻登州府，由新任登莱巡抚孙元化直接统领，打造新战船，编练新式水师，未来将会为辽东开辟水上战场，同时也将为辽东提供后勤保障。
其余南军：如广西狼兵、湖广兵等，均被安置在京师周边要害之地，构成了一道紧密的京畿防护圈。
此举一举三得：保全了南军精锐、增强了核心防卫力量、也开始了新军事改革的实践。
三、坚壁清野，釜底抽薪
旨意严令，辽东军须配合朝廷政策，“力行坚壁清野之策”。动员辽东百姓、军户，“悉数内迁”，由朝廷提供路费、安排田地，安置于气候较温暖的河南、山东乃至江淮等人烟相对稀少的地区。同时，“带不走的粮秣、房舍，尽数焚毁，井渠填塞，勿以粒米资敌。”
这是一招狠棋，旨在极大增加后金占领辽东后的统治成本，削弱其战争潜力，使其即便得到土地，也是一片白地，难以立即利用。
四、倚重辽人，收缩防线
对于剩下的辽东本地军队，文书提出了“以辽人守辽土”的策略。敕命熊廷弼“尽收散勇之兵，汰弱留强”，将兵力集中收缩于辽阳、锦州、宁远等坚城，并赋予其临机决断之权——“若事不可为，沈阳亦可暂弃，务求保全兵力为上”。这给了熊廷弼极大的指挥灵活性，避免了分兵把守、被各个击破的命运。
五、开辟海上战线，强化后勤与牵制
旨意的另一大亮点是起用熟悉火器的孙元化，任命其为登莱巡抚。以其精干的才能和福建水师为基础，“督练水师新军，造舰船，兴海运”。其任务不仅是保障辽东半岛及皮岛毛文龙部的后勤补给，更要在未来“伺机跨海出击，扰敌侧后”，开辟第二战场，对后金形成战略牵制。
六、锐意革新，器利兵精
最后，旨意着眼于未来，指示工部辅臣徐光启，总管军器制造与研发。“着其于西山设军器监，广募工匠，乃至泰西技师，加紧研制红衣大炮、自生火铳等利器。” 甚至特别批示，“若自铸不及，可不惜重金，从澳夷（葡萄牙人）或南洋购求新式火铳、火炮，务求速成战力。”
这一系列环环相扣的部署，构成了一幅全新的防御与改革蓝图。它不再头痛医头、脚痛医脚，而是试图从战略思想、军队结构、后勤保障、技术装备等多个层面进行系统性调整。
然而可惜的是这份旨意虽然是以密旨的形式交给熊延弼，可是三天之后关内关外就传的沸沸扬扬，很显然此时的明朝无论是朝堂内，还是在辽东前线，都被渗透的如同筛子一样。
朱一凡为此大发雷霆，敕命锦衣卫在辽东设立军情处，专司情报收集，铲除内奸以及策反敌方等任务，并特批白银20万两暂用。
朱一凡就不相信一个个小小的努尔哈赤其财力能够同大明进行对比。
情报战也有可能在关键时刻决定一场战争的胜负。