虚空大帝覆灭后，联盟并未满足于元初文明母星的战场胜利。通过对虚空教团残余势力的审讯和战场数据的分析，林雨柔的情报团队发现，虚空教团在多元宇宙的多个区域仍有隐藏据点：星空中的三座残余舰队集结点、元初文明母星地下的两座虚空能量加工厂、时空夹缝中的一处核心补给站。这些据点如同毒瘤，若不及时清除，随时可能死灰复燃，威胁多元宇宙的和平。
张川立刻召开军事会议，制定 “多线纵深打击计划”：“联盟将兵分五路，同时对所有虚空据点发起攻击，不给敌人任何喘息和集结的机会！第一路，由雷克斯率领星刃舰队和机械宇宙的雷霆分队，攻击星空中的‘阿尔法集结点’，摧毁残余主力舰队；第二路，由莫尔带领暗影族和时空守护者，潜入‘贝塔集结点’，利用潜行和时空技术，精准打击指挥中枢；第三路，由赵灵儿带领灵能机甲部队和绿野族的支援分队，攻克地下的两座能量加工厂，切断敌人的能量补给；第四路，由凌霜率领时空穿梭舰队，突袭时空夹缝中的‘伽马补给站’，拦截所有战略物资；第五路，由我和苏婉儿率领圣光舰队的核心力量，作为机动支援部队，随时驰援各条战线，确保万无一失。”
“后勤保障同步跟进！” 林雨柔补充道，“各战线配备移动后勤枢纽，通过时空跳跃节点输送弹药和医疗物资；科研团队已升级‘虚空追踪仪’，能实时定位敌人的能量波动，为各部队提供精准导航；所有攻击部队均配备最新的‘虚空净化弹’，可快速清除据点内的虚空能量残留。”
五路部队在三小时内完成集结，按照预定计划向目标据点推进。雷克斯的第一路部队率先抵达阿尔法集结点，这里盘踞着虚空教团的三千艘残余战舰，虽然数量不及巅峰时期，但其中包含五十艘搭载了简化版超级虚空炮的中型战舰，战力不容小觑。
“星刃舰队，左翼展开！雷霆分队，右翼迂回！” 雷克斯下令，星刃舰队的八百艘战舰释放出银色星刃能量，形成密集的火力网，正面吸引敌人注意力；机械宇宙的五百艘雷霆战舰则借助高速引擎，绕至敌人侧翼，超级虚空炮精准锁定敌人的中型战舰。“开火！” 两道火力网交织，敌人的战舰如同脆弱的纸鸢，在法则能量与机械炮火的双重打击下纷纷爆炸，五十艘中型战舰在十分钟内被全部摧毁，残余的小型战舰陷入混乱，开始四散逃窜。
“追击残敌，不留死角！” 雷克斯驾驶星刃机甲，亲自冲在最前方，星刃长剑劈出一道千米长的能量刃，将一艘试图突围的旗舰劈成两半。第一路部队仅用两小时就彻底摧毁阿尔法集结点，歼灭虚空战舰两千八百余艘，俘虏三百余人，自身仅损失战舰二十七艘，战损比不足 1:100。
与此同时，莫尔的第二路部队已潜入贝塔集结点。这座集结点隐藏在一片陨石带中，战舰密集排列，外围布置了虚空能量干扰场，常规探测设备无法穿透。暗影族的战士们激活 “暗影同化” 技能，身体融入陨石阴影，悄无声息地靠近敌人的防御屏障；时空守护者则释放 “时空褶皱”，将干扰场的能量波动暂时扭曲，为潜入创造通道。
“目标：指挥舰的通讯核心！” 莫尔的暗影机甲如同幽灵般穿过防御屏障，带领二十名精锐战士潜入敌人的旗舰。旗舰内的虚空守卫虽有察觉，但暗影族的速度远超他们反应，暗影能量刃精准切割守卫的喉咙，时空守护者则用时空冻结技能封锁走廊，避免警报扩散。三分钟后，通讯核心被成功摧毁，贝塔集结点的战舰失去指挥，如同无头苍蝇般乱撞。
“外围部队，发起总攻！” 莫尔下令，隐藏在陨石带外的联盟战舰立刻开火，炮火精准命中失去防御的虚空战舰。贝塔集结点的覆灭比阿尔法更快，仅一小时四十五分钟，所有虚空战舰被摧毁，据点内的虚空指挥官被莫尔当场斩杀。
地下战场的战斗同样激烈。赵灵儿的第三路部队面对的是两座深埋地下五十公里的虚空能量加工厂，工厂外围覆盖着厚重的虚空岩石装甲，内部布满能量陷阱和虚空守卫。“灵能?破岩！” 赵灵儿的灵能机甲凝聚起红色能量炮，轰向装甲的薄弱部位，岩石装甲在灵能的高温下融化，露出内部的合金大门。
绿野族的支援分队立刻释放 “生命藤曼”，绿色的藤曼如同潮水般涌入工厂通道，缠绕住触发的能量陷阱，同时释放治愈能量，为冲锋的机甲战士提供防护。灵能机甲部队分成两组，分别攻入两座工厂，灵能长剑与虚空守卫的武器碰撞，发出刺耳的金属声响。工厂内的虚空能量炉是核心目标，赵灵儿亲自带领小队冲向能量炉，灵能爆燃技能将周围的守卫清空，随后在能量炉内布置高爆法则炸弹。“撤离！” 当小队全部撤出工厂后，炸弹引爆，两座能量加工厂在剧烈的爆炸中坍塌，黑色的虚空能量被提前布置的净化符文吸收，没有造成二次污染。
凌霜的第四路部队在时空夹缝中遭遇了意外抵抗。伽马补给站的虚空部队配备了 “时空干扰器”，能够扭曲局部空间，让联盟战舰的导航系统失灵。“启动‘时空锚定’装置！” 凌霜下令，时空穿梭舰队的每艘战舰都释放出一道淡蓝色的时空锚，将周围的空间稳定下来。随后，舰队分成三个梯队，第一梯队用时空炸弹摧毁干扰器，第二梯队拦截补给站内的运输舰，第三梯队登陆补给站，夺取战略物资。
补给站内的虚空战士负隅顽抗，他们依托复杂的仓储结构进行巷战，但时空守护者的 “时空瞬移” 技能让他们的防御形同虚设。凌霜的机甲瞬间出现在一名虚空小队长身后，时空刃刺穿其核心，随后下令：“优先夺取虚空能量晶体和修复材料，销毁无法带走的物资！” 经过三小时的激战，伽马补给站被彻底占领，联盟缴获虚空能量晶体三万余块、机甲修复材料两千余吨，销毁敌人储备的虚空毒素五十余罐，成功切断了虚空教团的后勤命脉。
张川和苏婉儿的机动支援部队虽未直接参与主战场，但在关键时刻驰援了凌霜的第四路部队，用圣光能量净化了突围的虚空战舰，确保了补给站的完整夺取。当五路部队相继传来捷报时，联盟在军事领域的多线打击取得全面胜利，虚空教团的残余有生力量被彻底打散，再也无法组织起有效的抵抗。