格物院的应对措施，在朱元璋的明确支持下，迅速推行下去。
由徐达亲自调拨的一支精锐，配合格物院派遣的、由玄玑子弟子和沈括助手组成的技术小队，分赴东南沿海各州县。他们携带特制的净化符水、探测罗盘以及沈括设计的、能够吸附微弱邪气的“净尘匣”，开始对上报的疫区进行拉网式清查。
效果是显着的。符水洒下，弥漫在村落间的淡薄邪气如冰雪消融；净尘匣安置在曾经举行过邪祭的荒祠，夜间异响与鬼火逐渐消失；军士们严格巡查海岸，收缴并集中销毁那些变异的怪鱼。饱受困扰的沿海百姓，眼见为实，对朝廷、对格物院感恩戴德，称刘伯温为“再世青天”。
然而，就在这看似顺利的推进中，暗流开始涌动。
首先发难的是几份来自地方州县的奏报。奏报中声称，格物院所派人员“行事乖张”，不经地方官府，直接与民间接触，发放“不明药水”，有“收买人心”之嫌。更有甚者，弹劾格物院人员“借驱邪之名”，强闯民宅，惊扰乡绅，损毁“古物”，言辞激烈，直指格物院“目无法纪”，“恃宠而骄”。
这些奏报如同经过精心策划，几乎在同一时间送达通政司，内容大同小异，目标直指格物院的行事方式，而非其驱邪本身。
紧接着，应天府内，一些茶楼酒肆、文人雅集之间，开始流传起各种“秘闻”。有说格物院耗费巨资研制的符水，不过是寻常草药加朱砂，成本低廉却虚报价格，中饱私囊；有说格物院借清查邪气之名，实则是在绘制东南沿海山川地理详图，其心叵测；更隐晦的，则重提刘伯温“通晓鬼神”之事，暗示其权力过大，已非人臣之相，长此以往，恐成国之大患。
流言蜚语，如同无形的毒刺，虽不致命，却能轻易瓦解信任，动摇根基。
格物院内，沈括拿着几份抄录的弹劾奏章和市井流言记录，气得脸色发白：“无耻之尤！净化符水所需药材、朱砂，皆由内帑直接拨付，账目清晰可查！绘制地图更是无稽之谈！我等所绘，乃是邪气残留分布与水脉流向图，只为溯源清污！”
玄玑子亦是面色凝重：“贫道门下弟子，皆谨守清规，岂会行那强闯民宅、损毁古物之事？此乃污蔑！”
墨羿沉默地站在一旁，手中捏着一枚来自东南的传讯玉符，上面只有简短的汇报：“遇当地士绅阻挠，称其祖祠‘风水重地’，不容外人擅入。疑似有人暗中串联。”
刘伯温静静地听着，脸上看不出喜怒。他早已料到会有阻力，只是没想到对方动作如此之快，手段如此下作。他轻轻敲了敲桌面，示意众人稍安勿躁。
“流言止于智者，亦止于实证。”刘伯温声音平稳，“沈先生，将格物院所有物资账目、研究记录，整理成册，准备随时供有司核查。玄玑道长，约束门下，行事更加谨慎，凡遇地方士绅阻挠，可暂缓行动，上报地方官府协调，若官府推诿，则记录在案，直接呈报于我。”
他看向墨羿：“查清楚，是哪些人在背后串联阻挠，目的为何。记住，只需查明，暂勿动手。”
“是。”三人领命而去。
刘伯温独自留在堂内，走到窗前，望着院中那几株在春风中摇曳的新竹。他能感觉到，那潜藏在国运之下的滞涩感，因这些弹劾与流言，似乎又加重了一丝。这不仅仅是陈宁等清流官员的固执，其背后，或许还牵扯到地方势力的利益，乃至……某些对皇权、对现有秩序不满的暗影。
“也罢，水落石出之前，总要先搅动一番浑水。”他低声自语，眼中闪过一丝冷冽。他并不惧怕斗争，只是不愿将精力耗费于此。但既然避无可避，那便借此机会，将这帝国肌理下的些许淤塞，也一并清理一番！
他回到案前，铺开纸张，开始亲自起草一份奏章。并非辩解，而是以格物院主持人的身份，向皇帝详细陈述邪气余毒的危害、治理的原理、已取得的成效，以及下一步全面净化龙脉、稳固国本的计划。同时，他也坦然提及了在推行过程中遇到的地方阻力与不实流言，恳请陛下明察，并赋予格物院在特定情况下，便宜行事之权。
这份奏章，既是对皇帝的交待，也是一份公开的宣言。
次日，刘伯温的奏章与那些弹劾格物院的奏章，几乎同时摆上了朱元璋的御案。
谨身殿内，朱元璋看着这两类截然不同的奏章，脸色阴沉。他唤来亲军都尉府（锦衣卫前身）的指挥使毛骧，将那些弹劾奏章扔到他面前。
“去查。给朕查清楚，这些奏章所言，几分真，几分假。背后是谁在指使，目的何在。”朱元璋的声音冰冷，“朕倒要看看，是哪些魑魅魍魉，敢在朕的眼皮子底下，玩弄这种把戏！”
“臣遵旨！”毛骧心中一凛，知道陛下这是动了真怒，连忙领命而去。
随后，朱元璋颁布明旨，肯定了格物院近期在清剿邪气余毒、安抚民心方面的功绩，重申了对格物院的全力支持，并明确授予格物院在应对邪异事件时，遇地方阻挠可“先行后奏”之权。同时，旨意中也严厉申饬了那些“风闻奏事”、“构陷功臣”的行为，警告“勿谓言之不预”。
这道旨意，如同一记响亮的耳光，打在了陈宁等人的脸上。朝堂之上，暂时无人再敢公开非议程格物院。
然而，暗地里的较量，并未停止。
陈宁府邸，密室之中。
几名核心官员聚在一起，气氛压抑。
“陛下对刘伯温的信任，竟至如此地步！”一人捶桌叹息。
陈宁面色阴沉，眼中却闪烁着更加固执的光芒：“陛下乃被其术所惑！我等身为言官，匡正君心，肃清朝纲，责无旁贷！明面动他不得，便从别处着手。”
他看向其中一人：“你在户部，仔细核验格物院所有开销，但凡有丝毫不清不楚，立刻揪出！还有，东南那边，让我们的人，继续暗中鼓动那些地方士绅，就说格物院行事霸道，要毁他们祖脉风水，断他们家族气运！务必让他们的清查之举，寸步难行！”
他又看向另一人：“你在士林之中，继续宣扬‘子不语怪力乱神’之理，将刘伯温与历代方士、妖道类比，务必使其在清议中，名声扫地！”
“可是……陛下刚下旨申饬……”
“怕什么！”陈宁冷笑，“我等秉持公心，为国除弊，何惧之有？陛下能护他一时，还能护他一世？只要抓住其切实错处，或使其一事无成，陛下自然会看清其‘虚妄’本质！”
一场围绕格物院和刘伯温的、更加隐蔽也更加激烈的攻防战，在圣旨的余音中，悄然升级。而此时的刘伯温，在接到皇帝的明确支持后，已不再理会朝堂的纷争，将全部精力投入到了对邪气余毒的根治，以及对那冥冥中国运滞涩的深入探究之中。