米柱在入宫之后，己和皇帝等有了初步意见，他们必须借此机会，掌握主导权，掌握和控制更多的兵权，所以总督一职，志在必得。
米柱有许多的计划，也需要总督的配合，所以他推荐了好友亓诗教，至于说文臣领兵，这是必须的，权柄这么重的官员，必须是文官，他本就是副都御史，加兵部尚书衔，可以节制地方文武官员。
孙承宗道：“户部可以拔100万银两、五十万石粮草，作为平乱之用！”孙承宗这计相，平日极其吝惜，但是一旦有兵事、灾变时，就变得极其大方，百万纹银粮草划出，眼睛都不眨一下。
米柱则建议：“孔德兴指挥的皇家卫队一部，加上黑水卫队共有六千多人，正在洛阳待命，可以让他们立即出发，前往长江边，由船队运送西进，可以在最快时间内抵达。”
朱由校道：“孔德兴什么官衔？”
米柱道：“锦衣卫千户、皇家卫队一镇参谋长。”
朱由校道：“任命孔德兴为皇家卫队一镇师正，率部入川助剿。”
皇家卫队四镇师正，总兵级，向由五军都督府四位都督遥兼，这是虚衔，实权掌握在参谋长和各团团正之手，孔德兴野路子出身，一直在黑水卫队干，黑水卫队的总教官，负责训练和招募雇佣兵，他招募到的新兵，有的转往皇家卫队，有的转往皇家陆军，一部分自用，一部分发往南洋。
这是米柱第一个小弟，当秀才时便来投，也有过人的武艺和军事本领，在锦衣卫、皇家卫队、黑水卫队之间游走，游刃有余。
皇帝朱由校曰：“善！”大军出征，可不是一件容易事，你必须招集人手，准备武器装备、一路上的吃喝拉撒等等，加上赶路的时间，一俩个月内赶至四川都正常，那时的叛军，不知攻下多少州县了。
原本从贵州调兵是良策，但米柱这么一说，非但不能调兵，还要增兵以防水西安氏，这就让四川在短期之内陷入无兵可调的局面，面对叛军的反扑，只能靠自己了，在开局之时，叛军占优，处于进攻一方。
顶过了这一波，朝廷大军云集，这才是反攻之时。
可以这么说，如果不是亓诗教出任四省总督，米柱是不会调动黑水舰队和黑水卫队这些硬家伙的。
演义野史中经常有借兵之说，兵如同老婆，是不可能借的，借了就不属于自己，可以以雇佣兵的形式参战，事后许以好处，但借兵日后再还如同借老婆日后再还。
但亓诗教是米柱一党成员，有共同的政治观点，互为奥援，当然乐于助他。
两支部队的调动，可以让援军于七日内抵达重庆，这是以往不敢想像的。
而且他飞鸽传书长江上的内河舰队，他们作为前锋立即出发，溯江西进，最快三日可达，可以为沿江州县提供火力支持。
确定了总督人选，又派出了前锋部队，大臣们开始出谋划策，调动更多的资源和部队，奔赴前线，前去支援。
奢祟明为永宁宣抚使，属于明将，他属于叛乱，所以这叫平叛之战。
朝廷当即命令一饱学之士，写一篇征讨的檄文，直斥其非，更是公开的声称免去奢祟明一切职务，诛灭其九族，追随者一律处斩，对于造反的，一直是这么的严厉凶狠。
东厂提督更是指出，东北打仗、西南叛乱，朝廷旧有制度难以应付如此险恶严峻形势，建议成立军机处。
朱由校以内阁在太和门外，恐漏泄机密，同意于寝宫附近隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用，辅佐皇帝处理政务。
朱由校一口气从内阁六部之中挑选了一大群人入值。
军机处又叫南书房，用他的话是择词臣才品兼优者入值，入值者主要陪伴皇帝赋诗撰文，写字作画，有时还秉承皇帝的意旨起草诏令，撰述谕旨。
南书房非崇班贵檩、上所亲信者不得入，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令。
它没有专门的官员，军机处没有正式衙署，只有值班房，在隆宗门内，靠近康康帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。
无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构，召见时，皇帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决，军机大臣根据旨意，草拟文书。
米柱成立军机处的最终目的，是为了剥弱内阁的权力，如果能做到像是清宫一样，形成决议上谕后不走内阁，立即以军机处名义下发，这就可以大大加强皇帝的权力。
因为这军机处没有定员没有级品、俸禄，其它官员也不好反对。
孙承宗为军机处领班大臣，另有熊廷弼、袁应泰、米柱、张惟贤等为军机大臣，另设有军机行走十多名。
只有叶向高敏锐意识到，皇帝宠信军机处，权力集中在军机处，其权力就无限放大，绕过内阁，边缘化内阁只是迟早问题。
不过军机处成立，确是大大加强了效率，天亮之时，新任钦差大臣，四省总督亓诗教就率领马队，直奔四川，不搞什么告天祭拜祖庙那一套，而是立即出征，皇帝为他配备了一个营皇家卫队骑兵，三千名黑水卫队骑兵，轻车简从，全速南下，他们将在长江边上，乘船西进，最迟十日之内，抵达四川，主持战事。
米柱送亓诗教出城，亓诗教叹道：“米兄！你确定是这一项优差？”
米柱道：“总督四省军务，手持尚方宝剑，生杀予夺，这不是优差，什么才是？只怕回京之后，大人必定更进一步，米某也高攀不起了。”
亓诗教说道：“瞧你说的，平定奢祟明之乱，没有米兄支持，能成事吗？只是行军打仗，绝非亓某所长，恐有负圣望？”
米柱道：“西南平乱的主力，是皇家卫队、黑水卫队、白杆兵，黑水舰队也会陆续加入，这些武装力量，皇上只会任命信任的人去管，大人的主要任务，是调动四省军力平乱，协调各省抚将之间的关系，压缩叛军的生存空间，剪除隔绝叛军外援，歼灭叛军，战后重建等等！”
亓诗教笑道：“米兄已有腹案？”
米柱道：“这一切，自然是以亓兄为主，本官只是提供一些意见，仅供参考，亓兄有几支精锐在手，自然可以居中调度，运等帷幄，作战计划由皇家卫队第一镇拟订，情报由锦衣卫西南司负责提供，钱粮由军机处负责，亓兄有什么好担心的。”
这么大的支持力度，亓诗教为之宽心。
因为西南战事，米柱决定临时成立锦衣卫西南司，由马尚风和牛欢喜负责，他们两个同时挂锦衣卫指挥佥事衔，负责厂卫在西南几个省的所有业务，这几个省的百户卫所全归他们指挥调度，同时拥有诏狱特权，可以秘密逮捕官员，独立审判，权力极大。
米柱道：“这是本官的令牌和密码本，有此令牌和密码本，亓兄可以动用厂卫在西南所有的人力物力，它会成为亓兄的臂助。”
亓诗教这才确信，米柱是真心帮助他的，连锦衣卫分司都让他调用，这权力大了去了，足可以让他一展所长了。
亓诗教率领马队，迅速南下，有直奔南京，在福建休息的郑芝龙也接到命令，立即率领一支轻型舰队前往南京待命，在与钦差大臣会合之后，沿江西进，协助清剿叛军。
在亓诗教离开京城前，收到重庆第二份战报，马祥麟率领三千精兵入卫重庆，大破叛军于江边，斩杀五千余人，激战两时辰，打退了叛军进攻，与叛军对峙中。
这份战报一出，满朝文武百官为之弹冠相庆，重庆天险，只要它守得住，局势就不会迅速的崩盘，一切就在可控之中。
朱由校大笑：“马祥麟！朕知道这家伙，伏波将军马援之后，朕的护国麒麟。”
连严厉的叶向高都道：“米提督运筹帷幄，决战千里，力挽狂澜于既倒。”
米柱谦虚的道：“下官只是做了份内之事，不过手下们，这一次确实做得漂亮，皇上必须有所表示才是。”
朱由校道：“马祥麟乃石柱世袭土官，土皇帝一个，给块金也不换，这样吧！加龙虎将军衔，另有秦良玉，巾帼英雄，加四川总兵官衔，牛欢喜和马尚风己骤升至锦衣卫指挥佥事，加蟒袍一袭，以示荣耀！”
叶向高趁皇帝高兴，说道：“老臣斗胆向皇上讨个人情。”
朱由校欣然道：“阁老请说！”
叶向高道：“老臣斗胆，求皇上给殉职的徐可求等一个正名！”
朱由校脸色立即不好看了，他说道：“徐可求昏庸糊涂，尸位素餐，锦衣卫多次示警，都视如不见，不但害死自已，还累及百姓，使天府之地陷于战火，念及其己当场身死，就以原职之礼安葬吧？”追封、谥号和抚恤那是不可能的了。